View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13275_low_3 (Length: 699)

Name: NF13275_low_3
Description: NF13275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13275_low_3
NF13275_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-697)||(959759-960439)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 697
Target Start/End: Original strand, 959759 - 960439
Alignment:
Q  19 ggcaccatcaattgaaaattataaacaaacactagagtagtacgaannnnnnngttgacaaaaccctagagtagtacgatttaacaattgaaaaatgtga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  959759 ggcaccatcaattgaaaattataaacaaacactagagtagtacgaatttttttgttgacaaaaccctagagtagtacgatttaacaattgaaaaatgtga 959858  T
Q  119 ctaaatatgtgtatatgatgatggtgtgatcgacacactcccccactttgaataatcttcacattaccatcccacatgtt-caccaaaaacgtggtgaaa 217  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  959859 ctaaatatgtgcatatgatgatggtgtgatcgacacactcccccactttgaat-----------taccatcccacatgtttcaccataaacgtggtgaaa 959947  T
Q  218 gcatgctttttacaacttagctcaataattggtgaagcaaagtaataagataagaggggttttgtacttctct------------tgtggttttcaaaca 305  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||    
T  959948 gcatgcttttcacaacttagctcaataattggtgaagcaaagtaataagataagaggggttttgtacttctctaagggtaagggttgtggttttcaaaca 960047  T
Q  306 cttgtcatcatgatcctaagtgtgttttggttaaacatttgttaaacatgatttctaatcaattttattttgtaaaattgattaattatatgattggatt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960048 cttgtcatcatgatcctaagtgtgttttagttaaacatttgttaaacatgatttctaatgaattttattttgtaaaattgattaattatatgattggatt 960147  T
Q  406 cactttctatgagaggtaaacatgattttagaattctaaacatgattttgtcatatgtgtgagtattcactttctataaatcatacacgtaagatgagtt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  960148 cactttctatgagaggtaaacatgattttagaattctaaacatgattttgtcatatgtgtgagtattcactttccataaatcatacatgtaagatgagtt 960247  T
Q  506 ctcctatctcaatcaatttttactatgtacgaagtttttaccattggttaacaatgattattaatctctatcagaggatatgtcacacacataagataag 605  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  960248 ctcccatctcaatcgatttttactatgtacgaagtttttaccgttggttaacaatgattattaatctctatccgaggatatgtgagacacataagataag 960347  T
Q  606 ttctctcatctcaaccgattttttcatatgcaagagctggaaattgaactctaaccacttatttaaggagctctaatctcttaccatttaaa 697  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960348 ttctctcatctcaatccattttttcatatgcaagagctgaagattgaaccctaaccacttgtttaaggagctctaatctcttaccatttaaa 960439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University