View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13276_low_2 (Length: 683)

Name: NF13276_low_2
Description: NF13276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13276_low_2
NF13276_low_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (16-666)||(30719745-30720416)
chr4 (16-666)||(30880943-30881614)
chr4 (60-666)||(30892026-30892653)
chr4 (16-299)||(44731181-44731464)
chr4 (16-302)||(16867568-16867854)
chr4 (366-634)||(44731545-44731822)
chr4 (374-666)||(16867927-16868228)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (15-302)||(8898943-8899230)
chr5 (348-666)||(8898561-8898888)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (68-302)||(31727101-31727335)
chr2 (372-449)||(31726704-31726781)
chr2 (589-631)||(31726522-31726564)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (376-438)||(54277046-54277108)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 666
Target Start/End: Original strand, 30719745 - 30720416
Alignment:
Q  16 acatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttga 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30719745 acatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaacaccttgataggggtattgagcttcagtgttga 30719844  T
Q  116 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719845 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 30719944  T
Q  216 cgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa------------- 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  30719945 cgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaa 30720044  T
Q  303 ------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacatgcatagtatgtaattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgaccttggt 396  Q
           |||||| |||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30720045 attaactagagtttaatgacaattcaatatttgatca----catagtttgtaattgaatgcattacataatagatagacacttaccacattgaccttggt 30720140  T
Q  397 tcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgttgatggaacacttgcattttcatacttaaaactacttgtctttgtgattgaggagca 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30720141 tcttcactggtgttactgctcctttctttctccaatccactgttgatggaacacttgcattttcatacttaaaagtacttgtctttgtgattgaggagca 30720240  T
Q  497 catatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggtgaggtctgcaaattgattaatgccaagcttgtatggcttgtt------agca 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||      ||||    
T  30720241 catatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggtgaggtctgcaaattgattaatgcctaatttgtataacttgttattgccagca 30720340  T
Q  591 ttgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctttaaacgattctctctttcttgaagatccttat 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30720341 ttgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctttaaacgattctctctttcttgaagatccttat 30720416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 30881614 - 30880943
Alignment:
Q  16 acatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttga 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30881614 acatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaacaccttgataggggtattgagcttcagtgttga 30881515  T
Q  116 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881514 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 30881415  T
Q  216 cgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa------------- 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  30881414 cgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaa 30881315  T
Q  303 ------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacatgcatagtatgtaattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgaccttggt 396  Q
           ||| || |||||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881314 attaactagaatttaatgacaattcaatatttgatca----catagtttgtaattgaatgcattacataatagatagacacttaccacattgaccttggt 30881219  T
Q  397 tcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgttgatggaacacttgcattttcatacttaaaactacttgtctttgtgattgaggagca 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30881218 tcttcactggtgttactgctcctttctttctccaatccactgttgatggaacacttgcattttcatacttaaaagtacttgtctttgtgattgaggagca 30881119  T
Q  497 catatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggtgaggtctgcaaattgattaatgccaagcttgtatggcttgtt------agca 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||      ||||    
T  30881118 catatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggtgaggtctgcaaattgattaatgcctaatttgtataacttgttattgccagca 30881019  T
Q  591 ttgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctttaaacgattctctctttcttgaagatccttat 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881018 ttgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctttaaacgattctctctttcttgaagatccttat 30880943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 30892653 - 30892026
Alignment:
Q  60 atttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataaga 159  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892653 atttgcactgcaagttccgtcaacaccttgataggggtattgagcttcagtgtggagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataaga 30892554  T
Q  160 ccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattcctt 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30892553 ccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggattcctt 30892454  T
Q  260 cggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacatgcat 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||| |||||||||||||||||||||||    |||    
T  30892453 cggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagagtttaatgacaattcaatatttgatca----cat 30892358  T
Q  341 agtatgtaattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgtt 440  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30892357 agtttgtaattgaatgcattacataatagatagacacttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttctccaatccactgtt 30892258  T
Q  441 gatggaacacttgcattttcatacttaaaactacttgtctttgtgattgaggagcacatatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgt 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892257 gatggaacacttgcattttcatacttaaaagtacttgtctttgtgattgaggagcacatatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgt 30892158  T
Q  541 tggtgaggtctgcaaattgattaatgccaagcttgtatggcttgtt------agcattgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctt 634  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892157 tggtgatgtctgcaaattgattaatgcctaatttgtataacttgttattgccagcattgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctt 30892058  T
Q  635 taaacgattctctctttcttgaagatccttat 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892057 taaacgattctctctttcttgaagatccttat 30892026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 16 - 299
Target Start/End: Original strand, 44731181 - 44731464
Alignment:
Q  16 acatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||||  | |    
T  44731181 acatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgctttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggtatgcggcttcagtactaa 44731280  T
Q  116 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 215  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731281 gtccgtgattttgaatgatgaatttgaaagcatcgtccataagaccaccctcacaaccttggtccacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 44731380  T
Q  216 cgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctac 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44731381 cgataaagagaccaactttccagtactcaacttagtaattccttcggttgctgcaacagctgaaaatgcccaacaacatcctac 44731464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 16 - 302
Target Start/End: Original strand, 16867568 - 16867854
Alignment:
Q  16 acatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttga 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||  |||| || || ||||||||||||||||| || |  ||||| || || |    
T  16867568 acatcttcatacccagtaatggtaactgcattgatggatcctttgtttgcgttgcatgtcccgtcaacaccttgataagggtagttggcttcggtattta 16867667  T
Q  116 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  16867668 gtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcgtccataagaccaccctcacaaccttggtccacacctttcgtgtcacagtcaacgagttcttgttc 16867767  T
Q  216 cgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa 302  Q
     |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16867768 tgataaagagatcaactttccagtactcaacttatgaattccttcggttgctgcaacagcagaaaacgcccaacaacatcctacaaa 16867854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 366 - 634
Target Start/End: Original strand, 44731545 - 44731822
Alignment:
Q  366 ttagatagacacttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgttgatggaa---cacttgcattttcat 462  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || || |   ||||| |||||||||    
T  44731545 ttagattgatacttaccacattgaccttggttcttcacaggtgtcactgctcctttcttcctccaatccactgtggacgggattgcacttacattttcat 44731644  T
Q  463 acttaaaactacttgtctttgtgattgaggagcacatatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggtgaggtctgcaaattgatt 562  Q
    |||||||| || |||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  44731645 acttaaaagtagttgttttcgcgattgaggagcacatatgacccttgaatttgtttctagatgctatgaactcttcattggtgaggtctgcaaattgatt 44731744  T
Q  563 aatgccaagcttgtatggcttgtt------agcattgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctt 634  Q
    |||||| | ||||||| |||||||      | |||||||| || ||||||||||||| || ||| || ||||||||||    
T  44731745 aatgcctaacttgtatagcttgttattggcatcattgttgaaaacttcaatgtaattcacatttgctgtgaatatctt 44731822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 374 - 666
Target Start/End: Original strand, 16867927 - 16868228
Alignment:
Q  374 acacttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgttgatggaa---cacttgcattttcatacttaaaa 470  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |  |||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  16867927 acacgtaccacattgtccttggttcttcacaggtgtaactgctcctttcttcctccaatccaccgaggatggaattgcacttgcattttcatacttaaaa 16868026  T
Q  471 ctacttgtctttgtgattgaggagcacatatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggtgaggtctgcaaattgattaatgccaa 570  Q
     |||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  16868027 gtacttgtccttgtgattgaagagcacatatgccccttgaacttgtttctagacgatgtgaactcgtcgttggtgaggtcggcaaattgattaacgccta 16868126  T
Q  571 gcttgtatggcttgtt------agcattgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctttaaacgattctctctttcttgaagatcctt 664  Q
    |  ||||| |||||||      | | |||||| |||||||||||||||| || |||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||    
T  16868127 gtgtgtatagcttgttattgtcacctttgttgaaagcttcaatgtaattcacattttcagtgaatatcttgaaacgtttctccctttcttgagaatcctt 16868226  T
Q  665 at 666  Q
    ||    
T  16868227 at 16868228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 15 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 8899230 - 8898943
Alignment:
Q  15 aacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttg 114  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  8899230 aacatcttcatacccggtaatagtagttgcttgaatggatgctttatttgcattacatgttccatcaacaccctgataggggtattgagcttcagtgttg 8899131  T
Q  115 agtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8899130 agtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgtt 8899031  T
Q  215 ccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa 302  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8899030 ctgataaagagaccaactttccagtactcaacttatgaattccttcggttgctgcaacagcagaaaacgcccaacaacatcctacaaa 8898943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 348 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 8898888 - 8898561
Alignment:
Q  348 aattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgttgatggaa 447  Q
    |||| |||||||||  | ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |    
T  8898888 aattaaatgcattagtttttagatagaaacgtaccacattggccttggttcttcacaggtgtcactgctcctttcttcctccaatccactgtagatggga 8898789  T
Q  448 ---cacttgcattttcatacttaaaactacttgtctttgtgattgaggagcacatatgacctttgaatttgtttctagatgctatgaactcctcgttggt 544  Q
       ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||    
T  8898788 ttgcacttacattttcatacttaaaagtagttgtccttatgattgatgagcacatatgtcccttgaatttgttcctagatgctacaaactcctcattggt 8898689  T
Q  545 gaggtctgcaaattgattaatgccaagcttgtatg------gcttgttagcattgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatatctttaaa 638  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||        |||| | |||| ||| ||||||||||||| || | ||||||| |||||||||| |||    
T  8898688 gaggtctgcaaattgattaatgcctagtttgtatgattcgttattgtcaccattattgaaagcttcaatgtatttcatgttttctgtgaatatcttgaaa 8898589  T
Q  639 cgattctctctttcttgaagatccttat 666  Q
    || ||||| ||||||||| |||||||||    
T  8898588 cgcttctccctttcttgatgatccttat 8898561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 68 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 31727335 - 31727101
Alignment:
Q  68 tgcaagttccatcaacaccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctc 167  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  31727335 tgcatgttccatcaacaccttgataagggtattcagcttcagtgctaagtccattattttggatgatgaattcaaaagcatcatccataagaccaccctc 31727236  T
Q  168 acaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgcc 267  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||||||      
T  31727235 acaaccttggtcttcaccatttgtgtcacaatcaacaagttcttgttctgataaagagaccaaatttcctgtggtcaacttatgaattccttcggttgat 31727136  T
Q  268 gcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa 302  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31727135 gcaaccgcagaaaacgcccaacaacatcctacaaa 31727101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 372 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31726781 - 31726704
Alignment:
Q  372 agacacttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactgttgatggaaca 449  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||  | |||||||||||  |||||||||    
T  31726781 agacacttaccacattggccttgatttttcacaggtgtcactgctccttcctgcctccaatccactgcagatggaaca 31726704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 589 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 31726564 - 31726522
Alignment:
Q  589 cattgttggaagcttcaatgtaatttacgttttctttgaatat 631  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  31726564 cattgttgaaagcttcaatgtaattcacattttctttgaatat 31726522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 376 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 54277108 - 54277046
Alignment:
Q  376 acttaccacattgaccttggttcttcactggtgttactgctcctttctttcaccaatccactg 438  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||||||| |||||| ||||    
T  54277108 acttaccacattgaccttgattcttgaccggggttacagcacctttctttctccaatcaactg 54277046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University