View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13277_low_8 (Length: 237)

Name: NF13277_low_8
Description: NF13277
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13277_low_8
NF13277_low_8
[»] chr6 (45 HSPs)
chr6 (16-237)||(25484086-25484307)
chr6 (16-237)||(26143895-26144116)
chr6 (16-237)||(25580749-25580970)
chr6 (16-234)||(25539570-25539788)
chr6 (16-234)||(25511919-25512136)
chr6 (16-234)||(26056949-26057167)
chr6 (16-234)||(26076919-26077137)
chr6 (16-234)||(27426549-27426767)
chr6 (16-234)||(27591958-27592176)
chr6 (16-234)||(27717436-27717654)
chr6 (16-234)||(31285586-31285804)
chr6 (16-234)||(27676557-27676775)
chr6 (16-234)||(27679977-27680195)
chr6 (16-234)||(26624298-26624516)
chr6 (16-234)||(26730275-26730493)
chr6 (16-234)||(27610057-27610275)
chr6 (24-234)||(27705191-27705401)
chr6 (16-234)||(27530241-27530456)
chr6 (16-234)||(26647506-26647724)
chr6 (16-234)||(26753474-26753692)
chr6 (16-217)||(26803473-26803674)
chr6 (16-234)||(26862607-26862825)
chr6 (16-206)||(27697551-27697741)
chr6 (16-217)||(27337049-27337250)
chr6 (16-217)||(27397789-27397990)
chr6 (19-206)||(25492284-25492471)
chr6 (17-234)||(28787266-28787483)
chr6 (17-234)||(28793387-28793604)
chr6 (16-234)||(26885097-26885312)
chr6 (16-234)||(26824846-26825064)
chr6 (17-217)||(26656993-26657190)
chr6 (17-217)||(26762964-26763161)
chr6 (25-217)||(27603658-27603850)
chr6 (17-82)||(28782129-28782194)
chr6 (28-66)||(27664310-27664348)
chr6 (164-234)||(28140710-28140780)
chr6 (133-234)||(27215596-27215697)
chr6 (16-66)||(27215479-27215529)
chr6 (16-66)||(28227979-28228029)
chr6 (16-66)||(28240381-28240431)
chr6 (16-66)||(28243822-28243872)
chr6 (16-66)||(28326505-28326555)
chr6 (16-66)||(28504141-28504191)
chr6 (17-66)||(29827014-29827063)
chr6 (125-181)||(28186530-28186586)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (16-234)||(60596-60814)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (16-234)||(18074788-18075006)
chr4 (16-234)||(18654410-18654628)
chr4 (16-234)||(18698333-18698551)
chr4 (17-234)||(18678493-18678710)
chr4 (137-234)||(18723018-18723115)
chr4 (16-234)||(18730437-18730655)
chr4 (137-212)||(18688581-18688656)
chr4 (25-234)||(5089887-5090096)
chr4 (16-67)||(18723185-18723236)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (16-234)||(2476-2694)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (16-210)||(28126636-28126830)
chr1 (16-234)||(28163313-28163531)
chr1 (16-234)||(267277-267495)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-234)||(29272775-29272993)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (17-234)||(8515-8732)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (17-234)||(12612-12829)
scaffold0277 (25-234)||(3649-3858)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (26-82)||(16691904-16691960)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (16-66)||(28477-28527)
scaffold0038 (16-66)||(40543-40593)
scaffold0038 (16-66)||(43984-44034)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 45)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 237
Target Start/End: Original strand, 25484086 - 25484307
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25484086 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 25484185  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25484186 gaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 25484285  T
Q  216 ttacttatgcatctggcctgcc 237  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  25484286 ttacttatgcatctggcctgcc 25484307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 237
Target Start/End: Original strand, 26143895 - 26144116
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143895 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 26143994  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26143995 gaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagaaattttaaaccgtgtag 26144094  T
Q  216 ttacttatgcatctggcctgcc 237  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  26144095 ttacttatgcatctggcctgcc 26144116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 16 - 237
Target Start/End: Original strand, 25580749 - 25580970
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25580749 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagtgtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 25580848  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25580849 gaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaatttatgaagagattttaaaccgtgtag 25580948  T
Q  216 ttacttatgcatctggcctgcc 237  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  25580949 ttacttatgcatctgggctgcc 25580970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 25539570 - 25539788
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25539570 tggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcattaccactcgtgatacacatttattagcctgtcatgggattacaagtacacatgtagta 25539669  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539670 aaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcgtttaaaaatgacaaagttccttcgagttatgaagagattttaaaccgtgtag 25539769  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    |||||||||||||||||||    
T  25539770 ttacttatgcatctggcct 25539788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 25511919 - 25512136
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25511919 tggaggacttgactggttcggtcctggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacacttactagcctgtcatgg-attacaagtacacatgcagta 25512017  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25512018 gaagggttgaatgagatagaagctcttattttgttgaggcgaatggcttttaaacatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 25512117  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    |||||||||||||||||||    
T  25512118 ttacttatgcatctggcct 25512136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26056949 - 26057167
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  26056949 tggaggacttgattggttcggtcttggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacgcttactagcctatcatgtgaatacaagtacacatgcagta 26057048  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26057049 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagatattttaaaccgtgtag 26057148  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26057149 ttacttatgcatctggcct 26057167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26076919 - 26077137
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  26076919 tggaggacttgattggttcggtcttggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaacgcttactagcctatcatgtgaatacaagtacacatgcagta 26077018  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26077019 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagatattttaaaccgtgtag 26077118  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26077119 ttacttatgcatctggcct 26077137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27426767 - 27426549
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||   ||  ||| ||||||||    
T  27426767 tggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagta 27426668  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  27426667 aaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtag 27426568  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || ||||||| ||||||||    
T  27426567 ttgcttatgcttctggcct 27426549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27592176 - 27591958
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||   ||  ||| ||||||||    
T  27592176 tggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagta 27592077  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  27592076 gaagagttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggcttttaaaaatgagaaagttccttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcag 27591977  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    ||   ||||| ||||||||    
T  27591976 ttgtatatgcttctggcct 27591958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27717654 - 27717436
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| | |||||  |||| ||||    
T  27717654 tggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagta 27717555  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  27717554 gaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcag 27717455  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| ||||||||    
T  27717454 ttgcatatgcttctggcct 27717436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 31285586 - 31285804
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    |||||||||| | ||||||||||||||||    
T  31285586 tggaggacttgattggttcggccgtggaagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagtagtcatgggataaaaagtacacatgcagta 31285685  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  31285686 gaagggttgaatgggactgaagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcag 31285785  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||| | ||||||||    
T  31285786 ttgcatattcttctggcct 31285804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27676775 - 27676557
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||   ||  ||| ||||||||    
T  27676775 tggaagactcgattggtttggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagta 27676676  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  27676675 gaagagttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggcttttaaaaatgagaaagttccttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcag 27676576  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    ||   ||||| ||||||||    
T  27676575 ttgtatatgcttctggcct 27676557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 27679977 - 27680195
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  | ||  ||||||||  | ||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  27679977 tggaggacttgattggttcggatgtggaagcagagtcatcattaccactcgaaacaaagacttactaagcagtcatggcatagaaagtacacatgcagta 27680076  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  27680077 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgataaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcag 27680176  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| | ||||||    
T  27680177 ttgcatatgcttttggcct 27680195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26624298 - 26624516
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||  | || ||| |||||  |  ||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  26624298 tggagggcttgattggttcggacgtggaagcagggtcataattaccactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacacatgcagta 26624397  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||| ||| |||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  26624398 gaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcag 26624497  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| ||||||||    
T  26624498 ttgcatatgcttctggcct 26624516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26730275 - 26730493
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||  | || ||| |||||  |  ||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  26730275 tggagggcttgattggttcggacgtggaagcagggtcataattaccactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacacatgcagta 26730374  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||| ||| |||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  26730375 gaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcag 26730474  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| ||||||||    
T  26730475 ttgcatatgcttctggcct 26730493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27610275 - 27610057
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||| | |||||  |||  |||     
T  27610275 tggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattgccactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcataaagtg 27610176  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |    
T  27610175 gaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgctg 27610076  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| ||||||||    
T  27610075 ttgcatatgcttctggcct 27610057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27705401 - 27705191
Alignment:
Q  24 ttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagggtt 123  Q
    |||||||||| || | |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| |||| ||||   ||  ||| || |||||||||||||    
T  27705401 ttgattggtttggccctggaagcagagttatcatcaccactcgaaataaacacttactagcctctcataggatagaaaaaacatatccagtagaagggtt 27705302  T
Q  124 gaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttat 223  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | |||    
T  27705301 gaatgggatagatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaacgttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatat 27705202  T
Q  224 gcatctggcct 234  Q
    || ||||||||    
T  27705201 gcttctggcct 27705191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27530456 - 27530241
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||  | || |||||||||     |||||||||   ||||||||||||||||    
T  27530456 tggaggacttgattggttcggtcctgggagtagagtcatcattactactcgaaacaaacacttactaaagattcatgggatagaaagtacacatgcagta 27530357  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||   || || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |     
T  27530356 gaagggttgaatgcgacagaagctctcgaattgttgaggtggatggctttcaaa---gaaaatgttccttcaagtcatgaagacattttaaaccgtgcac 27530260  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  27530259 ttacttatgcttctggcct 27530241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26647506 - 26647724
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||   ||| ||| ||||||||    
T  26647506 tggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagta 26647605  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
      |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  26647606 agagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagacgttttaaaccgtgcag 26647705  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| || |||||    
T  26647706 tttcatatgcttcaggcct 26647724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26753474 - 26753692
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||   ||| ||| ||||||||    
T  26753474 tggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagta 26753573  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
      |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  26753574 agagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagacgttttaaaccgtgcag 26753673  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| || |||||    
T  26753674 tttcatatgcttcaggcct 26753692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Original strand, 26803473 - 26803674
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||  || ||||||  ||   ||| ||| ||||||||    
T  26803473 tggaggacctgattggtttggccatggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacatttactgaccagtcatgatatagaaagaacatatgcagta 26803572  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  26803573 gaggggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaataacaaagtaccttcaagttatgaagacattttaaatcgtgcag 26803672  T
Q  216 tt 217  Q
    ||    
T  26803673 tt 26803674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26862607 - 26862825
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||   ||| ||| |||| |||    
T  26862607 tggaggacttgattggtttggtcatggaagtagagtcatcattaccactcgagataaacacttactaacatgccatgggatagaaagaacatatgcggta 26862706  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     | ||| |  |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||   |||||||||| |||||| | ||  |||||||||||| ||    
T  26862707 aacgggctacatgagacagaagcttttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatggtgaagttccttcgagttataacgatgttttaaaccgtgcag 26862806  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| || |||||    
T  26862807 ttgcatatgcttccggcct 26862825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27697741 - 27697551
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| |  |||||||||   ||  ||  ||||||||    
T  27697741 tggaggactcgattggtttggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagaccatcatgggatagaaaaaacgtatgcagta 27697642  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaa 206  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||    
T  27697641 aaagggttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccatcaaggtacaaagagattttaa 27697551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27337250 - 27337049
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||   ||| ||| ||||||||    
T  27337250 tggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagta 27337151  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
      |||| |  ||| ||  ||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  27337150 agagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggcttttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcag 27337051  T
Q  216 tt 217  Q
    ||    
T  27337050 tt 27337049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27397990 - 27397789
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||   ||| ||| ||||||||    
T  27397990 tggaggacttgattggttcggtcctggaagcagagtcatcatcaccacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagta 27397891  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
      |||| |  ||| ||  ||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  27397890 agagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggcttttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcag 27397791  T
Q  216 tt 217  Q
    ||    
T  27397790 tt 27397789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25492471 - 25492284
Alignment:
Q  19 aggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaa 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| || || ||| ||||| || ||||||||||   |||||  ||||||||||||    
T  25492471 aggacttgattggttcggtcgtggaagcggagttatcattaccactcgagacaaacacatactaaccagtcatgggatagaaagtatgcatgcagtagaa 25492372  T
Q  119 gggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaa 206  Q
    | |||| ||| |  |||||||||||||||| | | | | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  25492371 gagttgcatggggaagaagctcttgaattgcttatgtggatggcttttaaaaatgacagagttccttcaatttatgaagacattttaa 25492284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 234
Target Start/End: Original strand, 28787266 - 28787483
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||    ||||||||||   ||||||||||| |||      
T  28787266 ggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattacgactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacacatgaagtga 28787365  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||    
T  28787366 aagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagt 28787465  T
Q  217 tacttatgcatctggcct 234  Q
    | ||||||| || |||||    
T  28787466 ttcttatgcttcgggcct 28787483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 234
Target Start/End: Original strand, 28793387 - 28793604
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||    ||||||||||   ||||||||||| |||      
T  28793387 ggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattacgactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacacatgaagtga 28793486  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||    
T  28793487 aagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagt 28793586  T
Q  217 tacttatgcatctggcct 234  Q
    | | ||||| || |||||    
T  28793587 ttcgtatgcttcgggcct 28793604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26885097 - 26885312
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| || |    || ||| ||| ||||    
T  26885097 tggaggacttgattggtttggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgtgataaacacttactaacgtgccatagggtagatagaacatatgaagta 26885196  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||||| |  ||| || ||||||| |||||||||||||| |  |||| ||||||   ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  26885197 gaagggatatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaaa---gacaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcag 26885293  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| || |||||    
T  26885294 tttcatatgcttcgggcct 26885312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 26824846 - 26825064
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacac-atgcagt 114  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| || || || |||||  ||  ||||| ||| | || ||    ||| |||    
T  26824846 tggaggatttgattggttcggtaatggcagcagagtcatcattacaactcgagacaaacaattacttaccaatcatgagat-agaattaatgtatgaagt 26824944  T
Q  115 agaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgta 214  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||| |    
T  26824945 agaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttaaggtggatggcttttaaaaataacaaagtaccgtcaagttatgaacacattttaaaccgtgca 26825044  T
Q  215 gttacttatgcatctggcct 234  Q
    ||| | ||||| || |||||    
T  26825045 gtttcatatgcttcgggcct 26825064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 217
Target Start/End: Original strand, 26656993 - 26657190
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||  |||||| |||||   ||  ||| |||| |||     
T  26656993 ggaggacttgattggttcggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacgggatagaaataacatatgccgtaa 26657092  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||| |   ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  26657093 aagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagt 26657189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 217
Target Start/End: Original strand, 26762964 - 26763161
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||  |||||| |||||   ||  ||| |||| |||     
T  26762964 ggaggacttgattggttcggttgtggaagcagagtcatcattaccactagagataaacacttgctaaactgtcacgggatagaaataacatatgccgtaa 26763063  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||| |   ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  26763064 aagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggcttttaga---gacaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagt 26763160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27603850 - 27603658
Alignment:
Q  25 tgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagggttg 124  Q
    ||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| || |  ||||||||| || ||||||  ||   ||| |   ||||| |||||||||||    
T  27603850 tgattggtttgggcttggaagcagggtcatcattaccactcgagacagacacttactaaccagtcatgatatagaaagaaagtatgcattagaagggttg 27603751  T
Q  125 aatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagtt 217  Q
      |  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  27603750 tgtaggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaagaataacaaagtaccttcagtttatgaagacgttttaaaccgtgcagtt 27603658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 82
Target Start/End: Original strand, 28782129 - 28782194
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttacta 82  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  28782129 ggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttacta 28782194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 28 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 27664348 - 27664310
Alignment:
Q  28 ttggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27664348 ttggttcggtcaaggaagcagagtcatcattaccactcg 27664310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 234
Target Start/End: Original strand, 28140710 - 28140780
Alignment:
Q  164 tttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggcct 234  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  28140710 tttaaaaataataaagttgattcaagttatgagcacattttaaaccgtgcagttacttatgcctctggcct 28140780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 234
Target Start/End: Original strand, 27215596 - 27215697
Alignment:
Q  133 agaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggc 232  Q
    |||||||| | |||||||||||   ||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||  ||||| || |||| | |||||||||  ||||||    
T  27215596 agaagctcataaattgttgaggttgatggcatttaaaaatggtgaagttccttcaagttatgaaggcatttttaatcgtgcacttacttatgtttctggc 27215695  T
Q  233 ct 234  Q
    ||    
T  27215696 ct 27215697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 27215479 - 27215529
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||| |||||    
T  27215479 tggaggacttgattggtttggtggtggaagtagagtcatcattacgactcg 27215529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 28227979 - 28228029
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||    
T  28227979 tggaggacttgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcg 28228029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 28240381 - 28240431
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  28240381 tggagggcttgattggttcagtcctgacagcagagtcatcattaccactcg 28240431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 28243822 - 28243872
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||||||    
T  28243822 tggaggacttgattggttcggtcctggtagtagagtgatcgttaccactcg 28243872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 28326505 - 28326555
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||||||    
T  28326505 tggaggacttgattggttcggtcctggcagtagagtgatcgttaccactcg 28326555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 28504141 - 28504191
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||||||    
T  28504141 tggaggacttgattggttcggtcctggcagtagagtgatcgttaccactcg 28504191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 66
Target Start/End: Original strand, 29827014 - 29827063
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  29827014 ggaggacttgattggtttggtcctggcagcatagtgatcattaccactcg 29827063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 181
Target Start/End: Original strand, 28186530 - 28186586
Alignment:
Q  125 aatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagtt 181  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | | | |||||| |||||| ||||||||    
T  28186530 aatgagaaagaagctcttgaattgttgacgtggaaggctttaaaaaataacaaagtt 28186586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 60596 - 60814
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||   ||  ||| ||||||||    
T  60596 tggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagta 60695  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  60696 aaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtag 60795  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || ||||||| ||||||||    
T  60796 ttgcttatgcttctggcct 60814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Original strand, 18074788 - 18075006
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||   ||  ||| ||||||||    
T  18074788 tggaggagttgattggttcggtcctggaagccgagtcatcatcaccacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagta 18074887  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  18074888 aaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtag 18074987  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || ||||||| ||||||||    
T  18074988 ttgcttatgcttctggcct 18075006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 18654628 - 18654410
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||  |  ||||| |||   || ||  |||| ||||    
T  18654628 tggaggacgtgattggttcggttgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgcatgaagta 18654529  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     ||||| ||  |  |  | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18654528 aaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaatttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgcag 18654429  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| ||||||||    
T  18654428 ttgcgtatgcttctggcct 18654410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 18698551 - 18698333
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| ||  ||||| |||   || ||  |||| ||||    
T  18698551 tggaggacgtgattggttcggctgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaaccaatcatgagatagaaattatccatgaagta 18698452  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     ||||| ||  |  |  | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  18698451 aaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcag 18698352  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    ||   ||||| ||||||||    
T  18698351 ttgtgtatgcttctggcct 18698333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 18678710 - 18678493
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||  |  ||||| |||   || ||  |||| ||||     
T  18678710 ggaggacgtgattggttcggttgtggaagcagagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgcatgaagtaa 18678611  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| ||  |  |  | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  18678610 aagggatgtctagggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaacgtgcagt 18678511  T
Q  217 tacttatgcatctggcct 234  Q
    |   ||||| ||||||||    
T  18678510 tgtgtatgcttctggcct 18678493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 137 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 18723115 - 18723018
Alignment:
Q  137 gctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggcct 234  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||| ||||||||    
T  18723115 gctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgagcagttgcgtatgcttctggcct 18723018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 18730655 - 18730437
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| ||||||||||||   |||||||| ||| ||||||||||||||| | || ||||||||| ||  ||||| |||   || ||  |||| ||||    
T  18730655 tggaggacgtgattggttcggctgtggaagcatagttatcattaccactcgtaacaaacacttactaaccaatcatgagatagaaattatccatgaagta 18730556  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
     ||||| ||  |  |  | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  18730555 aaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcag 18730456  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    ||   ||||| ||||||||    
T  18730455 ttgtgtatgcttctggcct 18730437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 137 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 18688656 - 18688581
Alignment:
Q  137 gctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtg 212  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18688656 gctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttataaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtg 18688581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 5090096 - 5089887
Alignment:
Q  25 tgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagggttg 124  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||   ||||||||||||   |  ||| | | |||||| || ||     
T  5090096 tgattggtttggtcttggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaaaatgtcatgggattgatataacatacgaagtagatggttta 5089997  T
Q  125 aatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatg 224  Q
    |||||||  ||||||||| |||| || ||| | | |||||||||||||   |  |||  | ||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||    
T  5089996 aatgagaacgaagctcttcaattattaaggtggaaggcttttaaaaatagtactgttaatccaagttatgaaggaattttaaaccgtgtggtaacttatg 5089897  T
Q  225 catctggcct 234  Q
    | ||||||||    
T  5089896 cttctggcct 5089887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 18723236 - 18723185
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgt 67  Q
    |||||||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  18723236 tggaggacctgattggttcggctctggaagcagagttatcattaccactcgt 18723185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 2694 - 2476
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| | |||||  |||| ||||    
T  2694 tggaggacctgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagta 2595  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  2594 gaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcag 2495  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| ||||||||    
T  2494 ttgcatatgcttctggcct 2476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28126830 - 28126636
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||   |||||| ||||| |||    
T  28126830 tggaggacttgattggttcggtcgtggaagcaaagtcatcattaccactcgagagaaacacttactaacctgtcatgggatagaaagtacgcatgcggta 28126731  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccg 210  Q
     |||||||| |||  ||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  28126730 aaagggttgtatgtaacaaaagcacttgaattgttgaggtggatggcttttaaacataacaaagttccttcaagttatgatgatgttttaaaccg 28126636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 28163531 - 28163313
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||   |||||  ||| | |||    
T  28163531 tggaggactcgattggttcggtcgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggatagaaagtatgcattcggta 28163432  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||    
T  28163431 gaagggttgtatgggacggaagcgcttgaattgttgacgtggatggcttttaaaaataacaaagttccttcaagttatgaagatgttttaaatcgtgcag 28163332  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| || |||||    
T  28163331 tttcatatgcttcaggcct 28163313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 267495 - 267277
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||| || || || |||||| |||||||||||||   |||||| |||| ||||    
T  267495 tggaggacttgattggttcggctatggaagcagagtcgtcgttaccactcgagacaagcaattactaacctgtcatgggatagaaagtacgcatgaagta 267396  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||   |||||| |||| |||  | ||||||||||  |||| ||    
T  267395 gaagggttgtatgggaccgaagctcttgaattgttgagttggatggcttttaaaaatgatccagttccatcaatttacaatgagattttaattcgtgcag 267296  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || ||||||| ||||||||    
T  267295 ttgcttatgcttctggcct 267277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 29272993 - 29272775
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagta 115  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||| || || ||||| ||| | ||||||||||| | |||||  |||| ||||    
T  29272993 tggaggacatgattggttcggccgtggaagcaaagtcatcattactactcgagacaaacacttgctaacttgtcatgggataaaaagtatgcatgaagta 29272894  T
Q  116 gaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtag 215  Q
    |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||| |||| ||    
T  29272893 gaagggctgtatgggacaaaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaatcgtgcag 29272794  T
Q  216 ttacttatgcatctggcct 234  Q
    || | ||||| || |||||    
T  29272793 tttcatatgcttcgggcct 29272775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 234
Target Start/End: Original strand, 8515 - 8732
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||    |||||||||| | |||||| |||| |||      
T  8515 ggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgcatgaagtga 8614  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| || |||  |||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||    
T  8615 aagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagt 8714  T
Q  217 tacttatgcatctggcct 234  Q
    | | ||||| || |||||    
T  8715 ttcatatgcttcgggcct 8732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 12829 - 12612
Alignment:
Q  17 ggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtag 116  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||    |||||||||| | |||||| |||| |||      
T  12829 ggaggacctgattggttcggccgtggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgcatgaagtga 12730  T
Q  117 aagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagt 216  Q
    ||||| || |||  |||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||    
T  12729 aagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagt 12630  T
Q  217 tacttatgcatctggcct 234  Q
    | | ||||| || |||||    
T  12629 ttcatatgcttcgggcct 12612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 3858 - 3649
Alignment:
Q  25 tgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagggttg 124  Q
    ||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||    ||||||||||   |||||| |||| |||  ||||| ||    
T  3858 tgattggtttggccttggaagcagggtcatcattaccactcgagacaaacacttgctaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctg 3759  T
Q  125 aatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatg 224  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||| | ||||    
T  3758 tatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatg 3659  T
Q  225 catctggcct 234  Q
    | || |||||    
T  3658 cttcgggcct 3649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 82
Target Start/End: Original strand, 16691904 - 16691960
Alignment:
Q  26 gattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcgtgataaccacttacta 82  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  16691904 gattggtttggtcctggaagtagagtcatcattaccactcgagacaaacacttacta 16691960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 28477 - 28527
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||    
T  28477 tggaggacttgattggtttggtcctggaagtaaagtgatcattaccactcg 28527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 40543 - 40593
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  40543 tggagggcttgattggttcagtcctgacagcagagtcatcattaccactcg 40593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Original strand, 43984 - 44034
Alignment:
Q  16 tggaggacttgattggttcggtcatggaagcagagtcatcattaccactcg 66  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||||||    
T  43984 tggaggacttgattggttcggtcctggtagtagagtgatcgttaccactcg 44034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University