View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13279_low_5 (Length: 730)
Name: NF13279_low_5
Description: NF13279
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13279_low_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 263153 - 262453
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatatatataacataaagaga |
107 |
Q |
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263153 |
ccaaaaatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatata----acataaaaaga |
263058 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
263057 |
agtctaactctagagagtattaaacaacttacaacagcaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacc-attctatgagctcatgaaca |
262959 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
262958 |
tagttggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatgttgtcaacattacaacaa |
262859 |
T |
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| Q |
308 |
caaaaaattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattg |
407 |
Q |
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| T |
262858 |
caaaaaattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattg |
262759 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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| T |
262758 |
atattagattttatttccagtttagattcatgaaaatgtggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatgaagttgcaaaatgttcgtctc |
262659 |
T |
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| Q |
508 |
aggtcatggaaaatatgtgtaacaaccaagttccttaacaatcaaagtaatttaaaatacaagtcttcaaaattgaatcaagacattatattaaaataag |
607 |
Q |
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| T |
262658 |
aggtcatggaaaatatgtgtaacaaccaagttcctcaacaatcaaagtaatttaaaatacaagtcttcaaaattgaattaagacattatattaaaataag |
262559 |
T |
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| Q |
608 |
tgacatgtttttacataaagcnnnnnnnngtgaaacttaaatacaacttagaaccctaaactctagactcttgtgatccggctccgattaacttcaaaca |
707 |
Q |
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| T |
262558 |
tgacatgtttttacataaagtaaaaaaaagtgaaacttaaatacaacttagaaccctaaactctagactcttgtgatccggctccgattaacttcaaaca |
262459 |
T |
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708 |
gcttat |
713 |
Q |
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262458 |
gcttat |
262453 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 713
Target Start/End: Original strand, 652768 - 653468
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatatatataacataaagaga |
107 |
Q |
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| T |
652768 |
ccaaaaatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatata----acataaaaaga |
652863 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
652864 |
agtctaactctagagagtattaaacaacttacaacagcaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacc-attctatgagctcatgaaca |
652962 |
T |
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| Q |
208 |
tagttggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatggtgtcaacattacaacaa |
307 |
Q |
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| T |
652963 |
tagttggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatgttgtcaacattacaacaa |
653062 |
T |
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| Q |
308 |
caaaaaattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattg |
407 |
Q |
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| T |
653063 |
caaaaaattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattg |
653162 |
T |
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| Q |
408 |
atattagattttatttccagtttagattcatgaaaatgaggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatgaagttgcaaaatgttcgtctc |
507 |
Q |
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| T |
653163 |
atattagattttatttccagtttagattcatgaaaatgtggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatgaagttgcaaaatgttcgtctc |
653262 |
T |
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| Q |
508 |
aggtcatggaaaatatgtgtaacaaccaagttccttaacaatcaaagtaatttaaaatacaagtcttcaaaattgaatcaagacattatattaaaataag |
607 |
Q |
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| T |
653263 |
aggtcatggaaaatatgtgtaacaaccaagttcctcaacaatcaaagtaatttaaaatacaagtcttcaaaattgaattaagacattatattaaaataag |
653362 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
653363 |
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653462 |
T |
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| Q |
708 |
gcttat |
713 |
Q |
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653463 |
gcttat |
653468 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 713
Target Start/End: Original strand, 838503 - 839203
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatatatataacataaagaga |
107 |
Q |
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| T |
838503 |
ccaaaaatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatata----acataaaaaga |
838598 |
T |
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| Q |
108 |
agtctaactctagagagtattaaacaacttacaacaacaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacccattctatgagctcatgaaca |
207 |
Q |
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| T |
838599 |
agtctaactctagagagtattaaacaacttacaacagcaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacc-attctatgagctcatgaaca |
838697 |
T |
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| Q |
208 |
tagttggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatggtgtcaacattacaacaa |
307 |
Q |
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| T |
838698 |
tagttggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatgttgtcaacattacaacaa |
838797 |
T |
|
| Q |
308 |
caaaaaattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattg |
407 |
Q |
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| T |
838798 |
caaaaaattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattg |
838897 |
T |
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| Q |
408 |
atattagattttatttccagtttagattcatgaaaatgaggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatgaagttgcaaaatgttcgtctc |
507 |
Q |
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| T |
838898 |
atattagattttatttccagtttagattcatgaaaatgtggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatgaagttgcaaaatgttcgtctc |
838997 |
T |
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| Q |
508 |
aggtcatggaaaatatgtgtaacaaccaagttccttaacaatcaaagtaatttaaaatacaagtcttcaaaattgaatcaagacattatattaaaataag |
607 |
Q |
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| T |
838998 |
aggtcatggaaaatatgtgtaacaaccaagttcctcaacaatcaaagtaatttaaaatacaagtcttcaaaattgaattaagacattatattaaaataag |
839097 |
T |
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| Q |
608 |
tgacatgtttttacataaagcnnnnnnnngtgaaacttaaatacaacttagaaccctaaactctagactcttgtgatccggctccgattaacttcaaaca |
707 |
Q |
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| T |
839098 |
tgacatgtttttacataaagtaaaaaaaagtgaaacttaaatacaacttagaaccctaaactctagactcttgtgatccggctccgattaacttcaaaca |
839197 |
T |
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| Q |
708 |
gcttat |
713 |
Q |
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| T |
839198 |
gcttat |
839203 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 666 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 23856330 - 23856284
Alignment:
| Q |
666 |
aactctagactcttgtgatccggctccgattaacttcaaacagcttat |
713 |
Q |
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| T |
23856330 |
aactctagacact-gtgatccgactccgattaacttcaaacagcttat |
23856284 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 5e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 573 - 681
Target Start/End: Original strand, 5681266 - 5681375
Alignment:
| Q |
573 |
ttcaaaattgaatcaagacattatattaaaataagtgacatgtttttacataaagc-nnnnnnnngtgaaacttaaatacaacttagaaccctaaactct |
671 |
Q |
| |
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| T |
5681266 |
ttcaaaattgaattaagacattatattaaaataagtgacatgtttttacataaagcaaaagaaaaaataaacttaaatacaactgagaaccctaaactct |
5681365 |
T |
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| Q |
672 |
agactcttgt |
681 |
Q |
| |
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| T |
5681366 |
agactcttgt |
5681375 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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