View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13281_low_1 (Length: 1017)

Name: NF13281_low_1
Description: NF13281
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13281_low_1
NF13281_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-1001)||(25840254-25841237)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 913; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 913; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1001
Target Start/End: Original strand, 25840254 - 25841237
Alignment:
Q  19 ggtatgtcataggaggttctctcaatgaaagcaccgattgatacagaaacaaat-ttgcactcttcaagtcaatgccaaaccccaaattttacgtatcaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840254 ggtatgtcataggaggttctctcaatgaaagcaccgattgatacagaaaaaaaaattgcactcttcaagtcaatgccaaaccccaaattttacgtatcaa 25840353  T
Q  118 attcctagtgagtttagcaaaattagggtctgtggttttggacaatctacattttagaatttcaagtgttatacagtgatatactttgtcaagttgcatt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840354 attcctagtgagtttagcaaaattagggtccgtggttttggacaatctacattttagaatttcaagtgttatacagtgatatactttgtcaagttgcatt 25840453  T
Q  218 gtgattccaaatatatccaatgttgataaaaaatatttaactttaattataattatctacaaataatgataaatgattcgtgattggtagattttgatgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840454 gtgattccaaatatatccaatgttgataaaaaatatttaactttaattataattatctacaaataatgataaatgattcgtgattggtagattttgatgg 25840553  T
Q  318 tgcatcaaaatattgaccatggtnnnnnnnnntcttcacaagcatgtaaaaacttaaaaacgcacctgcaacattgaattcttacgactcttcaaggaag 417  Q
    |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840554 tgcatcaaaatattgaccatggtaaaaaaaaatcttcacaagcatgtaaaaacttaaaaacgcacctgcaacattgaattcttacgactcttcaaggaag 25840653  T
Q  418 accgagacttcatagaagaaaccaattcagaatcattaacctcatcacgagaatcaaatgaagaaatagaagcaaaactaatttgattcaacaattcaac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840654 accgagacttcatagaagaaaccaattcagaatcattaacctcatcacgagaatcaaatgaagaaatagaagcaaaactaatttgattcaacaattcaac 25840753  T
Q  518 attctcctgattagccaatgataactccacaaactctactccccaaagaatccaattatgtgtagcagaggtaggatcatcatgtgtaatagaatttctc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840754 attctcctgattagccaatgataactccacaaactctacaccccaaagaatccaattatgtgtagcagaggtaggatcatcatgtgtaatagaatttctc 25840853  T
Q  618 catggtggtgttccaccattacctctcaaatattttccacaccaacttctcagtttcacgttgaacccttcttttattggttcccattcatatttccagc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25840854 catggtggtgttccaccattacctctcaaatattttccacaccaactcctcagtttcacgttgaacccttcttttattggttcccattcatatttccagc 25840953  T
Q  718 ccaaacccgcgtcgtaatcggcttggacaactttgtttccggtcatgccgaggagaaatggcgtgtctgtcgcggttaggtaacggccgtggtggctcct 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25840954 ccaaacccgcgtcgtaatcggcttggacaactttgtttccggtcatgccgaggagaaatggcgtgtccgtcgcggttaggtaacggccatggtggctcct 25841053  T
Q  818 gaggcgtatatggtgaggttttgtttcgaccggttcgattaaccatagtgattttttggttgttccatttctgctctgacggatgttgttgttgtcttca 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25841054 gaggcgtatatggtgaggttttgtttcgaccggttcgataaaccatagtgattttttggttgttccatttctgctctgacggatgttgttgttgtcttca 25841153  T
Q  918 tctgctactaggtacttccctaggtggctgcgtagtttcacagcctttgatttgttgaaatactccattttactaattgtgttg 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25841154 tctgctactaggtacttccctaggtggctgcgtagtttcacagcctttgatttgttgaaatactccattttactagttgtgttg 25841237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University