View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13281_low_2 (Length: 718)

Name: NF13281_low_2
Description: NF13281
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13281_low_2
NF13281_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-695)||(7653949-7654644)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 566; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 695
Target Start/End: Original strand, 7653949 - 7654644
Alignment:
Q  1 taggattacttcttgtgcaagaaacatattagaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatcttgtgcaagaaacccacttgaaggatactattgatacatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7653949 taggattacttcttgtgcaagaaacatattagaaaccaaaaagtaaaaaagaaaaccatcttgtgcaagaaacccacttgaaggatattattgatacatt 7654048  T
Q  101 gatgattaatatgaaagtatatgtggctagcaatcatgatttacttttctaacactcgtatacaaaatgtctccttactcatgtcacaacacaatttata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654049 gatgattaatatgaaagtatatgtgattagcaatcatgatttacttttctaacactcgtatacaaaatgtctccttactcatgtcacaacacaatttata 7654148  T
Q  201 atatatatcacactcattccattgcatcgccactatattattttgaaactaaaatgcattaaaaataaacttggtcagttctgtttgtcctcaaatgtta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654149 atatatatcacactcattccattgcatcgccactatattattttgaaactaaaatgcattaaaaataaacttggtcagttctgtttgtcctcaaatgtta 7654248  T
Q  301 aggctacccgttactttcggtgaaaatattacactatcataatcaaccaatggtttttactatgatctccaatttcacctacagctacatcaattcacag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654249 aggctacccgttactttcggtgaaaatattacactatcataatcaaccaatggtttttactgtgatctccaatttcacctacagctacatcaattcacag 7654348  T
Q  401 ccacatacatgtcaaaactatgaccaagtagctcactcacttcactagctgcatgca----tggcacatataattgaaacctatacagtctcacacagtg 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654349 ccacatacatgtcaaaactatgaccaagtagctcactcacttcactagctgcatgcatagcttgcacatataattgaaacctatacagtctcacacagtg 7654448  T
Q  497 accgtttccttggccgtttattttggtatttaaacactaaacaaagctcttatagtttccccttaatttcaaccaaattatacagaaaagaaatataatc 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  7654449 accgtttccttggccgtttattttggtatttaaacactaaacaaagctcttatagtgtccccttaatttcaaccaaattata---aaaagaaatataatc 7654545  T
Q  597 aagaaacacataaataagaatctgatcttctcttttgatctgtttctataggttctgattcttgagataattaataataataatggcaatccatagaat 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654546 aagaaacacataaataagaatctgatcttctctttttatctgtttctataagtttcgattcttgaactaattaataataataatggcaatccatagaat 7654644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University