View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13282_low_3 (Length: 921)

Name: NF13282_low_3
Description: NF13282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13282_low_3
NF13282_low_3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (218-907)||(27881898-27882600)
chr1 (214-870)||(28980403-28981068)
chr1 (162-214)||(27881812-27881864)
chr1 (38-71)||(27881689-27881722)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (256-907)||(32930581-32931245)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (214-870)||(24408669-24409334)
chr7 (354-626)||(39766188-39766470)
chr7 (738-811)||(39766004-39766078)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (555-870)||(49731110-49731425)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (305-505)||(8268097-8268302)
chr6 (733-870)||(8267723-8267863)
chr6 (256-344)||(21975589-21975676)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (635-886)||(12808877-12809127)
chr5 (635-886)||(12745793-12746043)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (596-907)||(28356606-28356916)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (736-795)||(11869610-11869668)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 218 - 907
Target Start/End: Original strand, 27881898 - 27882600
Alignment:
Q  218 ttagttgtaattctaattaatcatgaaggttttacttgtattattttttagtgtccttttgcaatgcaactgtggcaaacgatgggtatttagagtgagg 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  27881898 ttagttgcaattctaattaatcatgaaggttttgctcatattattttttagtgtccttttgtaatgcaagtgtggcaaacgatggtcatttagagtgagg 27881997  T
Q  318 taaactaagtttttcttgtctctaacttacatttgctattttttctttgttacataatctatctcaggtacatgctcaacgtttggcaaccatttactca 417  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  27881998 caaactaagtttttcttgtctctaacttacatttgctattttttctttgttacataatctatctcaggaacatgctcaacgtttggcagccatttactcg 27882097  T
Q  418 agtttatggcagcaccatatccttaaacctggaagaatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgtgtcacctcattgacgattggcatga 517  Q
    ||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  27882098 agtttatggaagcaccgtaactttaaacctggaagaatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgcgtcacctcattgacgactggcatga 27882197  T
Q  518 tgcta---------atagtacgagtgacaatcagaaaaccacttcagcttcgcacgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaactgcaggtcgt 608  Q
    || ||         ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27882198 tgttaatattattcatagtacgagtgacaatcataaaactactttagcttcgcatgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaactgcaggtcgt 27882297  T
Q  609 gacgtgcattggcaaaggccggcccctggtcgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtc----tataattcatatatttatcggtatatgc 704  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  27882298 gacgtgcattggcaaaagccggcccctggttgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctatatataattcatatatgtattggtatatgc 27882397  T
Q  705 atatgcgacgatgatggagcnnnnnnnatagccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaatacca 804  Q
    | | | ||||||| ||||||        ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27882398 aaacgtgacgatggtggagctttttttttagccaaaatcatgaatttctctcctttatgttcagttcctattggtgaagctttatgtttgtttaatgcca 27882497  T
Q  805 tataatgtttaagtgacatgcatatgcacaatgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatgtcacttttcattccaaattacctgatgtttcaaa 904  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27882498 taaaatggttaagtgacatgcatatgcacagtgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatgtcacttttcattccaaattacctgatgtttcaaa 27882597  T
Q  905 att 907  Q
    |||    
T  27882598 att 27882600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 214 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 28981068 - 28980403
Alignment:
Q  214 tgtgttagttgtaattctaattaatcatgaaggttttacttgtattattttttagtgtccttttgcaatgcaactgtggcaaacgatgggtatttagagt 313  Q
    ||||||||||||||||| |||    ||||||| | || ||  |||||||||  ||||||||||||  |||||| ||||| ||| | | ||||||| |||     
T  28981068 tgtgttagttgtaattccaat----catgaagatcttgctcatattattttcgagtgtccttttgtgatgcaagtgtggtaaatggttggtatttggagc 28980973  T
Q  314 gaggtaaactaagtttttcttgtctctaactt----acatttgctattttttctttgttacataatctatctcaggtacatgctcaacgtttggcaacca 409  Q
     |||||||||| |||||||||||| ||||||     | ||  ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | ||||||| ||||||||| |||    
T  28980972 aaggtaaactatgtttttcttgtcactaactcgaccatataagctattttt-ctttgttacaaaatatatctcaggaatatgctcagcgtttggcagcca 28980874  T
Q  410 tttactcaagtttatggcagcaccatatccttaaac-ctggaagaatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgtgtcacctcattgacga 508  Q
    ||| ||  || |||||| | |||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| | |||||| ||||||  |    
T  28980873 tttgctggagcttatggaaccaccgtaaccttaaactctcgaagaatgagaatgaactttgtgccaacgtagtttatagagcgcgtcaccgcattgaaaa 28980774  T
Q  509 ttggcatgatgcta---------atagtacgagtgacaatcagaaaaccacttcagcttcgcacgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaact 599  Q
      | || |||||||         ||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||| ||| ||| |||||     | |||||| |  |||| ||||    
T  28980773 ccgacaagatgctagtattattcatagtgcgagtgacgatcaacaaaccacttcagattcacacacgatgcttc-----tcgtcgagcttcttgtaaact 28980679  T
Q  600 gcaggtcgtgacgtgcattggcaaaggccggcccctggtcgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatcggta 699  Q
    ||| ||| ||| || ||||| ||||||  ||| |||||| ||||| ||| |||  |||||||||| ||||   ||||||| | |||| ||   || ||||    
T  28980678 gcaagtcatgatgtacattgacaaaggttggcgcctggttgtctcgagtgcaacgttgatgcttctttttcttagtctatgaatcatgtaggcattggta 28980579  T
Q  700 tatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnatagccaaaaccatgaatttctctcctt-----tatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttg 794  Q
    ||||  |  || || |||||||| |        ||||||||| ||||| ||||| |||||     |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  28980578 tatgggtgcgcaacaatgatggaacttttgttctagccaaaagcatgagtttctatccttttatatatgttatgttcctgttggtgaagctttaggtttg 28980479  T
Q  795 tttaataccatataatgtttaagtgacatgcatatgcacaatgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatg 870  Q
    ||||||   ||| || | ||||||| |||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  28980478 tttaatgttatagaacggttaagtggcatgcagatagacaatgtcgactttgtgatggattctaaaacaaccaatg 28980403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 214
Target Start/End: Original strand, 27881812 - 27881864
Alignment:
Q  162 ccaatattaagcaaatccaaacatgtatgacggtaaaagaacatgggaaatct 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  27881812 ccaatattaagcaaatccaaacatgtatgacaataaaagaacgtgggaaatct 27881864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 71
Target Start/End: Original strand, 27881689 - 27881722
Alignment:
Q  38 ttgctaaattgcattgcagaggtgttaaaatgtg 71  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27881689 ttgctaaattgcattgcaaaggtgttaaaatgtg 27881722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 256 - 907
Target Start/End: Original strand, 32930581 - 32931245
Alignment:
Q  256 tattattttttagtgtccttttgcaatgcaactgtggcaaacgatgggtatttagagtgaggtaaactaagtttttcttgtctctaactt----acattt 351  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||     | |       
T  32930581 tattattttgaagtgtccttttgtaatgcaagtgtggcaaatggctggtatttggagtgaggtaaactatgttttccctgtcactaactcggccatagaa 32930680  T
Q  352 gctattttttctttgttacataatctatctcaggtacatgctcaacgtttggcaaccatttactcaagtttatggcagcaccatatccttaaacct-gga 450  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||  || |||||| ||||   || |||||||| | |||    
T  32930681 gctgttttttctttgttacagtatctatctcaggaacatgctcagcgtttggcagccatttgctggagcttatggaagcaatgtaaccttaaactttgga 32930780  T
Q  451 agaatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgtgtcacctcattgacgattggcatgatgctaata---------gtacgagtgacaatca 541  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |  | |||||||||||||  | |||||  ||| |||||         ||  ||||||| || |    
T  32930781 agaatgagaatgaactttgtgccaacgtagttgataaatcgcgtcacctcattgaa-actggcaaaatgttaatatcattcatagtgtgagtgacgatta 32930879  T
Q  542 gaaaaccacttcagcttcgcacgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaactgcaggtcgtgacgtgcattggcaaaggccggcccctggtcgt 641  Q
    | ||||||||| || || |||  |||||||||| |||  |||||| |    |||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||  | ||||| |    
T  32930880 gcaaaccactttagttttgcaaacgaggcttcccatgccgtcgagcttcccgtcaactgcaggtcgtgatgtatattgacaaaggtcggtgcatggtcat 32930979  T
Q  642 ctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatcggtatatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnatagccaaaa 741  Q
    |||||||  |||||  ||| ||| | |||||| ||||| | || | ||   || || |||||  | ||||||||||||||| |        |||||||||    
T  32930980 ctcaagtgtaatatgtatgtttcttctttgcaatctatgaatcgtgtaggcattggaatatgggtgtgcgacgatgatggaacttttgttctagccaaaa 32931079  T
Q  742 ccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaataccatataatgtttaagtgacatgcatatgcacaatgtcga 841  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||| |||||||| ||| | ||  |||||||| |    
T  32931080 ccataaatttttctcctttatgttttgttcctgttggtgaagctttaggtttgtttaattctatagaatggttaagtgaaatgtagattgacaatgtcaa 32931179  T
Q  842 ttttgtggtggattctaaaacaaacaatgtcacttttcattccaaattacctgatgtttcaaaatt 907  Q
     ||| ||||||| |||||||||| ||||| |  |||||| |||||   || |||||||||| ||||    
T  32931180 ctttttggtggagtctaaaacaaccaatgacgtttttcaatccaatagacatgatgtttcataatt 32931245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 214 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 24409334 - 24408669
Alignment:
Q  214 tgtgttagttgtaattctaattaatcatgaaggttttacttgtattattttttagtgtccttttgcaatgcaactgtggcaaacgatgggtatttagagt 313  Q
    ||||||||||||||||| |||    ||||||| | || ||  |||||||||||||||||||||||  ||| || ||| ||||| |   ||||||| ||||    
T  24409334 tgtgttagttgtaattcaaat----catgaagatcttgctcatattattttttagtgtccttttgagatgtaagtgtagcaaatggcaggtatttggagt 24409239  T
Q  314 gaggtaaactaagtttttcttgtctctaactt----acatttgctattttttctttgttacataatctatctcaggtacatgctcaacgtttggcaacca 409  Q
    ||||||||||| |||||||| ||  ||||||     | |  |||||||||||  |||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| |||| || |||    
T  24409238 gaggtaaactatgtttttctagttactaactcggccataaatgctatttttt--ttgttacgaaatctatcttaggaacatgctcaacatttgccagcca 24409141  T
Q  410 tttactcaagtttatggcagcaccatatccttaaac-ctggaagaatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgtgtcacctcattgacga 508  Q
    ||| |   ||||||||| |||||  || |||||||| ||   |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | |||||||||| |     
T  24409140 tttgcgagagtttatggaagcactgtaaccttaaactct---agaacgagattgaactttgtgccaacgtagttggcagagcgcattacctcattgaagt 24409044  T
Q  509 ttggcatgatgctaata---------gtacgagtgacaatcagaaaaccacttcagcttcgcacgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaact 599  Q
     ||||| ||||||| ||         || |||||  ||||||   |||||||   ||||| |||   |||||||| |||| |||  |||  | |||||||    
T  24409043 atggcaagatgctagtatcactcttagtgcgagtagcaatcaactaaccactctggcttcacacaaaaggcttcccatgtcgtcatgttactcgtcaact 24408944  T
Q  600 gcaggtcgtgacgtgcattggcaaaggccggcccctggtcgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatcggta 699  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||  ||  |||    
T  24408943 gcaggtcgtggtgtgcattggcaaaggccgacccctggtcgtctcaagggcagtattgatgcttccttttagcagtctatgaatcgtatatgcatttgta 24408844  T
Q  700 tatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnatagccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaa 799  Q
    || |     ||||| ||||| ||||        ||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||| | ||| ||||||    
T  24408843 taagtgcgcgcgacaatgatagagcatctgttctagtcaaaaccatgagtttctatcttttatgttatgttcctgttggtgacgcttaaggttcgtttaa 24408744  T
Q  800 tac----catataatgtttaagtgacatgcatatgcacaatgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatg 870  Q
    | |     ||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||    
T  24408743 tgctaggtataaaatggttaagtgacatgcatatgtgcaatgtcgactttgtagcggattctaaaacaagcaatg 24408669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 354 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 39766470 - 39766188
Alignment:
Q  354 tattttttctttgttacataatctatctcaggtacatgctcaacgtttggcaaccatttactcaagtttatggcagcaccatatccttaaacct-ggaag 452  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  | |||| || ||||||  |  |||||||||  ||||| || |||||||| | |||||    
T  39766470 tattttttctttgttacaaaatctatctcaggaacatgctcggcatttgacagccatttgttggagtttatggatgcaccgtaaccttaaactttggaag 39766371  T
Q  453 aatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgtgtcacctcattgacgattggcatgatgcta---------atagtacgagtgacaatcaga 543  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||| || || ||||||||||         ||||| |||||||| ||||      
T  39766370 aatgagaatgatcgttatgccaacgtagttgatagagcgcgtcacctctttgaagactgacatgatgctactatcattcatagtgcgagtgacgatcaac 39766271  T
Q  544 aaaccacttcagcttcgcacgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaactgcaggtcgtgacgtgcattggcaaagg 626  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||| ||| |||| ||| |  |  | |||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  39766270 aaaccacttcaacttctcacacgaggcctcccatgtcgtcaaacttctcgtcaactgcatgttgtgacgttcattggcaaagg 39766188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 738 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 39766078 - 39766004
Alignment:
Q  738 aaaaccatgaatttctctccttt-atgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaataccatataatg 811  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||    
T  39766078 aaaaccatgagtttctctccttttatgttatgttcacattagtgaaactttaggtttgtttaatgtcatataatg 39766004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 555 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 49731425 - 49731110
Alignment:
Q  555 gcttcgcacgcgaggcttccgatgttgtcgagttctttgtcaactgcaggtcgtgacgtgcattggcaaaggccggcccctggtcgtctcaagttcaata 654  Q
    ||||||||| |||| ||| | ||||  ||| |||| | ||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||  ||||    
T  49731425 gcttcgcacacgagactttccatgtcttcgcgttcctcgtcaactgcaggttgtgatatgcattggcaaaggtcgatccctggtcgtctcaagtgtaata 49731326  T
Q  655 ttgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatcggtatatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnatagccaaaaccatgaatttctc 754  Q
    | ||||||||||||| ||| || || | || |||||  || | ||||||  |   ||||||||||| | |        || ||||||| |||| ||||||    
T  49731325 tagatgcttccttttcgcaatccatgaatcctatatgcattgatatatgtgtgcacgacgatgatgaatcttttgttctaaccaaaacaatgagtttctc 49731226  T
Q  755 tcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaataccatataatgtttaagtgacatgcatatgcacaatgtcgattttgtggtggat 854  Q
    ||||||||| | | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||   ||| ||||||| || ||||||||||||    
T  49731225 tcctttatgctctcttcctgttggtgaagctttaggtttgtttaatactatagaatggttaagtgatatgtcgatggacaatgtagactttgtggtggat 49731126  T
Q  855 tctaaaacaaacaatg 870  Q
    |  ||||||| |||||    
T  49731125 ttgaaaacaaccaatg 49731110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 305 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 8268302 - 8268097
Alignment:
Q  305 atttagagtgaggtaaactaagtttttcttgtctctaactta--catt--tgctattttttctttgttacataatctatctcaggtacatgctcaacgtt 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |  |||   | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||| |||| |||    
T  8268302 atttagagtgaggtaaactatgtttttcttgtcactaactcagccatagatactattttttatttgttacaaaatctatctcagaaacatgttcaatgtt 8268203  T
Q  401 tggcaaccatttactcaagtttatggcagcaccatatccttaaacc-tggaagaatgagaatgaactttatgccaacgtagttgacagagtgtgtcacct 499  Q
    ||||| ||||||  |  ||||||||| || |  ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||     
T  8268202 tggcagccatttgttggagtttatggaaggaaaataaccttaaactatggaagaacgagaatgaactttgtgccaacgtagttgccagagcgtttcaccg 8268103  T
Q  500 cattga 505  Q
    ||||||    
T  8268102 cattga 8268097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 733 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 8267863 - 8267723
Alignment:
Q  733 tagccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaa---taccatataatgtttaagtgacatgcatat 829  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||   ||  ||| | || ||| |||||||||| ||    
T  8267863 tagccaaaaccatgcgcgtctctcctttatgttttgttcccgttggtgaagctttaggtttgtttaatgttattatagagtggttacgtgacatgcagat 8267764  T
Q  830 gcacaatgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatg 870  Q
    | ||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8267763 ggacattgtcgaatttgtgatggattctaaaacaaccaatg 8267723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 21975676 - 21975589
Alignment:
Q  256 tattattttttagtgtccttttgcaatgcaactgtggcaaacgatgggtatttagagtgaggtaaactaagtttttcttgtctctaact 344  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||| |  || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  21975676 tattattatttagtgtccttttgcgatgcaagtgtgcaaaatggaggatattt-gagtgaggtaaactacgtttttcttgtatctaact 21975589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 635 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 12809127 - 12808877
Alignment:
Q  635 tggtcgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatcggtatatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnata 734  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | || | ||   || | ||||||  |  ||||| |||||| |||        ||    
T  12809127 tggtcatctcaagtgcaatattgatgcttcatttttgcagtctatgaatcgtgtaggcattgctatatgtgtgcgcgacaatgatgaagcttttgttcta 12809028  T
Q  735 gccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaataccatataatgtttaagtgacatgcatatgcaca 834  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || |||||||  ||||| |||||||||||   ||| |||| |||||||||||||| |    ||    
T  12809027 gtcaaaaccatgagtttctctcctttacgttctgtt-ctgttggtgattctttaagtttgtttaatgttatagaatggttaagtgacatgcaaagtgtca 12808929  T
Q  835 atgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatgtcacttttcattccaa 886  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  12808928 atgtcgaatttgtgatggattataaaacaaccaatgacacttttcactccaa 12808877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 635 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 12746043 - 12745793
Alignment:
Q  635 tggtcgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatcggtatatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnata 734  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | || | ||   || | ||||||  |  ||||| |||||| |||        ||    
T  12746043 tggtcatctcaagtgcaatattgatgcttcatttttgcagtctatgaatcgtgtaggcattgctatatgtgtgcgcgacaatgatgaagcttttgttcta 12745944  T
Q  735 gccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgtttaataccatataatgtttaagtgacatgcatatgcaca 834  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || |||||||  ||||| |||||||||||   ||| |||| ||||||||| |||| |    ||    
T  12745943 gtcaaaaccatgagtttctctcctttacgttctgtt-ctgttggtgattctttaagtttgtttaatgttatagaatggttaagtgacgtgcaaagtgtca 12745845  T
Q  835 atgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatgtcacttttcattccaa 886  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  12745844 atgtcgaatttgtgatggattataaaacaaccaatgacacttttcactccaa 12745793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 596 - 907
Target Start/End: Original strand, 28356606 - 28356916
Alignment:
Q  596 aactgcaggtcgtgacgtgcattggcaaaggccggcccctggtcgtctcaagttcaatattgatgcttcctttttgcagtctataattcatatatttatc 695  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||| || |||| ||   ||     
T  28356606 aactgcaggtcgtgatgtacatttgcaaaggacggtgcctggtcgtctcaagtccaatattgatgcttctttttcacagtctacaaatcatgtagacatt 28356705  T
Q  696 ggtatatgcatatgcgacgatgatggagcnnnnnnnatagccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgt 795  Q
    |||||||   |  |||| |||||||| |         ||||||||  |||| | ||||  |||||||||| ||||| | || |||||| |||| ||||||    
T  28356706 ggtatatttgtgcgcgatgatgatggcgattttgttctagccaaattcatg-agttcttccctttatgttttgttcatgttagtgaagttttaagtttgt 28356804  T
Q  796 ttaataccatataatgtttaagtgacatgcatatgcacaatgtcgattttgtggtggattctaaaacaaacaatgtcacttttcattccaaattacctga 895  Q
    |||||   ||| | || || |||| |||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |  |||||| |||||  ||  |||    
T  28356805 ttaatgttatagattggttgagtggcatgcagatggacaatgtcgactttatggtggattctaaaacaaccaatgacgtttttcactccaacatatttga 28356904  T
Q  896 tgtttcaaaatt 907  Q
    ||||||| ||||    
T  28356905 tgtttcagaatt 28356916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 736 - 795
Target Start/End: Original strand, 11869610 - 11869668
Alignment:
Q  736 ccaaaaccatgaatttctctcctttatgttatgttcctattggtgaagctttatgtttgt 795  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  11869610 ccaaaaccatgaatttctct-ctttgggttatgttcctgttggagaagctttaggtttgt 11869668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University