View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13282_low_7 (Length: 535)

Name: NF13282_low_7
Description: NF13282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13282_low_7
NF13282_low_7
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (10-535)||(33959317-33959842)
chr8 (269-535)||(33952276-33952542)
chr8 (269-535)||(33974876-33975142)
chr8 (282-535)||(33991809-33992062)
chr8 (40-264)||(33990176-33990400)
chr8 (39-266)||(33950699-33950932)
chr8 (39-274)||(33973363-33973583)
chr8 (282-535)||(33912956-33913209)
chr8 (307-535)||(33941720-33941948)
chr8 (10-42)||(33950631-33950663)
[»] scaffold0391 (3 HSPs)
scaffold0391 (282-535)||(11880-12133)
scaffold0391 (171-273)||(10335-10437)
scaffold0391 (40-139)||(10180-10279)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (282-535)||(8278213-8278464)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (428-500)||(6738025-6738097)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Original strand, 33959317 - 33959842
Alignment:
Q  10 aaaatatctcaaattcttcaaaaagcaccaaaggatttatctcctgtggttcaagacataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaggaaa 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33959317 aaaatatctcaaatacttcaaaaagcacgaaaggatttatctcctgtggttcaagacataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaggaaa 33959416  T
Q  110 taaatagtctaatagaagaaaatgatgcaggagaaagtgcatgcaaatgttcttctgagaatgattcctatgttgtcgatgagaaccaatctcttattgt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33959417 taaatagtctaatagaagaaaatgatgcaggagaaagtgcatgcaaatgttcttctgagaatgattcctatgttgttgatgagaaccaatctcttattgt 33959516  T
Q  210 aaatgatgctgaagaaacactttataagccaagagaaattcttgagcttctcaaccacgaaaatcggcctcgtgacttgtggcgaacgatagggaaagaa 309  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33959517 aaatgatgttgaagaaacactttataagccaagagaaattcttgagcttctcaaccacgaaaatcggcctcgtgacttgtggcgaaagatagggaaagaa 33959616  T
Q  310 ctatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcctacaatcatggagt 409  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33959617 ctagcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcctacaatcatggagt 33959716  T
Q  410 gcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaat 509  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33959717 gcttcatggacatagccttatttcccgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtatagactagatgacaacggaat 33959816  T
Q  510 acaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  33959817 acaagcaatggaaatcatcaacaaat 33959842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 269 - 535
Target Start/End: Original strand, 33952276 - 33952542
Alignment:
Q  269 aaaatcggcctcgtgacttgtggcgaacgatagggaaagaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaa 368  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||    
T  33952276 aaaatcggcctcgtgacatgtggcgaaagatagggaaagaactatcacaaggtcattctattcttgattctaatactgatttacttactcgcctccaaaa 33952375  T
Q  369 gatctttgatgttttggaagataatcctacaatcatggagtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgtt 468  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33952376 gatcttcgatgttttagaagataatcccacaatcatggagtgcttcatggacatagccttatttcccgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgtt 33952475  T
Q  469 gatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33952476 gatatgtgggcagagctgtatagactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatcatcaacaaat 33952542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 269 - 535
Target Start/End: Original strand, 33974876 - 33975142
Alignment:
Q  269 aaaatcggcctcgtgacttgtggcgaacgatagggaaagaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaa 368  Q
    |||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  33974876 aaaatcggcctcatgacttgtggcataagatagtgaaggaactatcacaaggtcattcaattcttgattctaataccgaattacttactcgcctccaaaa 33974975  T
Q  369 gatctttgatgttttggaagataatcctacaatcatggagtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgtt 468  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33974976 gatcttcgatgttttggaagataatccaaaaatcatggagtgcttcatggacctagccttatttcccgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgtt 33975075  T
Q  469 gatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33975076 gatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatcatcaacaaat 33975142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 282 - 535
Target Start/End: Original strand, 33991809 - 33992062
Alignment:
Q  282 tgacttgtggcgaacgatagggaaagaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgtt 381  Q
    |||||||||||| | ||||| ||  ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33991809 tgacttgtggcgtaagatagtgatggaattgtcacaaggtcattctattcttgattctaataccgaattacttactcgcctccaaaagatctttgatgtt 33991908  T
Q  382 ttggaagataatcctacaatcatggagtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcag 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33991909 ttggaagataatcctacaatcatggagtgcttcatggacatagccttatttcctgaagaccatagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcaa 33992008  T
Q  482 agctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33992009 agctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaatggaaatcatcaacaaat 33992062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 40 - 264
Target Start/End: Original strand, 33990176 - 33990400
Alignment:
Q  40 aaggatttatctcctgtggttcaagacataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaggaaataaatagtctaatagaagaaaatgatgcag 139  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || | |||| ||||||||||||||||||    
T  33990176 aaggatttaactcttgtggttcaagacataaagcaatacaatgaacatttggatcatcccagagaagaaatcaagactctattagaagaaaatgatgcag 33990275  T
Q  140 gagaaagtgcatgcaaatgttcttctgagaatgattcctatgttgtcgatgagaaccaatctcttattgtaaatgatgctgaagaaacactttataagcc 239  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |    
T  33990276 aagaaagtgcatgcaaatgttcttctgagaatgattcctatgttgttgatgagaaccaatctcttattgtaaatgatgttgaagagacactttataaggc 33990375  T
Q  240 aagagaaattcttgagcttctcaac 264  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  33990376 cagagaaattcttgagcttctcaac 33990400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 39 - 266
Target Start/End: Original strand, 33950699 - 33950932
Alignment:
Q  39 aaaggatttatctcctgtggttcaagacataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaggaaataaatagtctaatagaagaaaatgatgca 138  Q
    ||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33950699 aaaggatttatctcccgttgtacaagatataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaagaaataaatagtctgatagaagaaaatgatgca 33950798  T
Q  139 ggagaaagtgcatgcaaatgttcttctgagaatgattc------ctatgttgtcgatgagaaccaatctcttattgtaaatgatgctgaagaaacacttt 232  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||      ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||    
T  33950799 ggagaaagtgcatgtacatgttcttctgagaatgattcctatggctatgttgttgaggagaaccaatctcttactgtaaatgatgttgaagagacgcttt 33950898  T
Q  233 ataagccaagagaaattcttgagcttctcaacca 266  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  33950899 ataagaccagagaaattcttgagcttctcaacca 33950932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Original strand, 33973363 - 33973583
Alignment:
Q  39 aaaggatttatctcctgtggttcaagacataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaggaaataaatagtctaatagaagaaaatgatgca 138  Q
    ||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||             
T  33973363 aaaggatttatctcccgttgtacaagatataaagcattacaatgaacacttggatcaacccagagaagaaataaatagtttgatagaagaa--------- 33973453  T
Q  139 ggagaaagtgcatgcaaatgttcttctgagaatgattcctatgttgtcgatgagaaccaatctcttattgtaaatgatgctgaagaaacactttataagc 238  Q
          ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||     
T  33973454 ------agtgcatgcaaatcttcttttgagaatgattcctacgttgttgatgagaaccaatctcttattgtaaatgatgtcgaagagacactttacaagg 33973547  T
Q  239 caagagaaattcttgagcttctcaaccacgaaaatc 274  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33973548 ccagagaaattcttgagcttctcaaccacgaaaatc 33973583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 282 - 535
Target Start/End: Original strand, 33912956 - 33913209
Alignment:
Q  282 tgacttgtggcgaacgatagggaaagaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgtt 381  Q
    ||||||||||  || ||| | ||| ||||| || ||||||| |||| | |||||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||    
T  33912956 tgacttgtgggaaaagattgtgaaggaactttctcaaggtcgttctatacttgattctagtactgaattacttactcgcctccgaaaggtcttggatgtt 33913055  T
Q  382 ttggaagataatcctacaatcatggagtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcag 481  Q
    |||||||||||| |||  | || ||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||  |||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| |    
T  33913056 ttggaagataatgctattaacaaggagtgcttcatggaccttgcattattccctgaagacctgagaattcccgtttctgctctcattgatatgtgggcgg 33913155  T
Q  482 agctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
    || ||||||||||||||||  | || ||| |||||| ||  |||||||||||||    
T  33913156 agttgtataaactagatgatgaaggcatagaagcaatggccatcatcaacaaat 33913209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 307 - 535
Target Start/End: Original strand, 33941720 - 33941948
Alignment:
Q  307 gaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgttttggaagataatcctacaatcatgg 406  Q
    ||||| |||| ||||| |||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |  | ||  |    
T  33941720 gaactttcacgaggtcgttctatacttgattctaatactgaattacttattcgcctccaaaagattttggatgttttggaagataatgccattagcaaag 33941819  T
Q  407 agtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatgacaacgg 506  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |  ||||||||||| |||||  |  ||||||||||||||||| |||||  |||||||||  ||||    
T  33941820 agtgcttcatggaccttgcattatttcctgaagatcagagaattcctgttgctgccttgattgatatgtgggcagagttgtatggactagatgatgacgg 33941919  T
Q  507 aatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
     | | |||||| ||| || ||||||||||    
T  33941920 caaagaagcaatggacataatcaacaaat 33941948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 10 - 42
Target Start/End: Original strand, 33950631 - 33950663
Alignment:
Q  10 aaaatatctcaaattcttcaaaaagcaccaaag 42  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33950631 aaaatatctcaaattcttcaaaaagcacaaaag 33950663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 3)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 282 - 535
Target Start/End: Original strand, 11880 - 12133
Alignment:
Q  282 tgacttgtggcgaacgatagggaaagaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgtt 381  Q
    ||||||||||  || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11880 tgacttgtggacaaagatagtgaaggaactgtcacaaggtcattctatacttgattctaatactgagttacttactcgcctccaaaagatctttgatgtt 11979  T
Q  382 ttggaagataatcctacaatcatggagtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcag 481  Q
    || ||||||||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||  || |||||||||| |    
T  11980 ttcgaagataatctcataatcaaggagtgcttcatggacctagccttatttcccgaagaccatagaattcctgttgctgctctaattaatatgtgggctg 12079  T
Q  482 agctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
    |  ||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  12080 aattgtatgaactagatgacaatggaatagaagcaatggaaatcataaacaaat 12133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 273
Target Start/End: Original strand, 10335 - 10437
Alignment:
Q  171 tgattcctatgttgtcgatgagaaccaatctcttattgtaaatgatgctgaagaaacactttataagccaagagaaattcttgagcttctcaaccacgaa 270  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||  |||||||||| | |||| |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||| | |||    
T  10335 tgattcctatgtcgttgatgataaccaatctcttacggtaaatgatgttaaagagacactttacaaggccagagaaattcttgaacttcttaacaaggaa 10434  T
Q  271 aat 273  Q
    |||    
T  10435 aat 10437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 139
Target Start/End: Original strand, 10180 - 10279
Alignment:
Q  40 aaggatttatctcctgtggttcaagacataaagcaatacaatgatcatttggatcaccccagagaggaaataaatagtctaatagaagaaaatgatgcag 139  Q
    |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||| ||||||||  | |||||||  |  |||||||||||||||| |||||    
T  10180 aagggtttaactactgtggttcaagacataaagcaatacaatgaaaacatggaccaccccagcaaagaaataagcacactaatagaagaaaatgttgcag 10279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 282 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 8278464 - 8278213
Alignment:
Q  282 tgacttgtggcgaacgatagggaaagaactatcacaaggtcattctcttcttgattctaataccaaattacttattcgcctccaaaagatctttgatgtt 381  Q
    |||||||||||| | ||||| ||  ||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  8278464 tgacttgtggcgtaagatagtgacggaactgtcacgaggtc-ttctgttcttgattctaataccgaattacttactcgcctccaaaagatattcgatgtt 8278366  T
Q  382 ttggaagataatcctacaa-------tcatggagtgcttgatggacctagccttatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatg 474  Q
    || ||||||||||| ||||       ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||          
T  8278365 ttagaagataatcccacaatcatgattcatgaagtgcttcatggacatagccttatttcctgaagcccatagaattcatgtcgctgctctcgtt------ 8278272  T
Q  475 tgggcagagctgtataaactagatgacaacggaatacaagcaaaggaaatcatcaacaaat 535  Q
      |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||    
T  8278271 --ggcagagctgaatagactagatgacaacggaatagaagcaatggaaatcatcaataaat 8278213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 428 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 6738097 - 6738025
Alignment:
Q  428 tatttcctgaagaccgtagaattcctgtcgctgctctcgttgatatgtgggcagagctgtataaactagatga 500  Q
    |||||||||||||||  || || |||||  |||  ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6738097 tatttcctgaagaccagaggatccctgttactgtcctcattgatatgtgggcagaactgtataatctagatga 6738025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University