View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13287_low_12 (Length: 315)

Name: NF13287_low_12
Description: NF13287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13287_low_12
NF13287_low_12
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (1-299)||(5126-5427)
scaffold0400 (1-242)||(10682-10923)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (1-299)||(5770-6071)
scaffold0365 (1-242)||(11325-11566)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-301)||(15035149-15035452)
chr1 (1-299)||(14501828-14502126)
chr1 (1-254)||(15023440-15023693)
chr1 (1-254)||(15009323-15009576)
chr1 (1-254)||(15030421-15030674)
chr1 (1-254)||(14465766-14466022)
chr1 (1-275)||(15015702-15015979)
chr1 (1-254)||(15000711-15000973)
chr1 (1-299)||(14534641-14534942)
chr1 (1-242)||(14524664-14524905)
chr1 (103-254)||(14480661-14480812)
chr1 (1-105)||(14480825-14480929)


Alignment Details
Target: scaffold0400 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 5427 - 5126
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5427 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaggccaatattggtgagatttaacttgcagatagattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 5328  T
Q  101 caactac---aaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    |||||||   |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  5327 caactactacaaggatcgttaccgatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagaacatctacttcgctgc 5228  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaacat 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5227 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaacat 5128  T
Q  298 tt 299  Q
    ||    
T  5127 tt 5126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 10923 - 10682
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||| | |  |||| || |||| |||| |||||||| |   ||  ||||||||||||  ||    
T  10923 tgatgagatattgagattttgaagtgtaccttttagtccaatacttgcaagatgtatcttgtagatagattttgacttgccatcacatgtgattcccacc 10824  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    ||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | | || |||| ||    
T  10823 caattgcaaggcttattaccaatccatgaagagagcaatgacttgctttggttgtcaaagcttgctttccatttcaataaagcatttgcctcgctgcttt 10724  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaaca 242  Q
    |  ||||||  |  |||||||||||||| || ||||||||||    
T  10723 gcgtttttgacgaagcatgaggtgatgttgccattacaaaca 10682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6071 - 5770
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6071 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaggccaatattggtgagatttaacttgcagatagattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 5972  T
Q  101 caactac---aaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    |||||||   |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  5971 caactactacaaggatcgttaccgatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagaacatctacttcgctgc 5872  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaacat 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5871 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaacat 5772  T
Q  298 tt 299  Q
    ||    
T  5771 tt 5770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 11566 - 11325
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||| | |  |||| || |||| |||| |||||||| |   ||  ||||||||||||  ||    
T  11566 tgatgagatattgagattttgaagtgtaccttttagtccaatacttgcaagatgtatcttgtagatagattttgacttgccatcacatgtgattcccacc 11467  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    ||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | | || |||| ||    
T  11466 caattgcaaggcttattaccaatccatgaagagagcaatgacttgctttggttgtcaaagcttgctttccatttcaataaagcatttgcctcgctgcttt 11367  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaaca 242  Q
    |  ||||||  |  |||||||||||||| || ||||||||||    
T  11366 gcgtttttgacgaagcatgaggtgatgttgccattacaaaca 11325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 15035452 - 15035149
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  15035452 tgatgagaaattgagagtttgaagcgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggattttgaatcatcatcacatgtgattccttcc 15035353  T
Q  101 caactac---aaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    |||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  15035352 caactactacaaggattattaccaatccatgaagagagcaatgccctgttgtggttgtcaaggcttgctttccacttcaacagagcatctgcctcactgc 15035253  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaacat 297  Q
    ||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||| |||| ||| |||||||  ||||||| |||||| |||    
T  15035252 ctttgatttttgttgcagcatgaggtgatgtggcaattacatacacatagaagaacaaaagaagacacgacattggtaagaacttcatcctctgaagcat 15035153  T
Q  298 ttga 301  Q
    ||||    
T  15035152 ttga 15035149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 14502126 - 14501828
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||| ||||  |||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||    
T  14502126 tgatgataaattgagactttgaagcgtaccttttagtccaatatcagtgagatttaccttgttgatggattttgaatcattatcacatgtgattccttcc 14502027  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  | || || ||||    
T  14502026 caactacaaggattattaccattccatgaagaaagcaatgccctactgttgttgtcaaggcttgctttccacttcaacagagcatcagcctcgctacctt 14501927  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaacattt 299  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |  || |||| ||| ||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  14501926 ggattattgttgcagcatgaggtgatgttgcaattacaaacacatagaagaacaaaataagacacgacattggtaagagctttatcttctgaagcattt 14501828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15023693 - 15023440
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || || |||| |  ||| ||||||||||||    
T  15023693 tgatgagaaattgagactttgaagagtaccgtttaatccaatattggtgagatttaccttgttgatggacttcgattcataatcacacgtgattccttcc 15023594  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | || || ||||    
T  15023593 caaccacaaggattattaccaatccatgaagagagaaatgccctgctatggttgtcaaggcttgttttccacttcaatagagcatcagcctcgctacctt 15023494  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaaca 254  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  15023493 ggatttttgttgcagcatgaggtgatgttgcaattacaaacacttagaagaaca 15023440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15009576 - 15009323
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || || |||| |  ||| ||||||||||||    
T  15009576 tgatgagaagttgagactctgaagtgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggacttcgattcataatcacacgtgattccttcc 15009477  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | || || ||||    
T  15009476 caaccacaaggattattaccaatccatgaagagagaaatgccctgctatggttgtcaaggcttgatttccacttcaatagagcatcagcctcgctacctt 15009377  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaaca 254  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  15009376 ggatttttgttgcagcatgaggtgatgttgcaattacaaacacatagaagaaca 15009323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15030674 - 15030421
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || || |||| |  ||| ||||||||||||    
T  15030674 tgatgagaagttgagactctgaagtgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggacttcgattcataatcacacgtgattccttcc 15030575  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | || || ||||    
T  15030574 caaccacaaggattattaccaatccatgaagagagaaatgccctgctatggttgtcaaggcttgatttccacttcaatagagcatcagcctcgctacctt 15030475  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaaca 254  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  15030474 ggatttttgttgcagcatgaggtgatgttgcaattacaaacacatagaagaaca 15030421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14466022 - 14465766
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  14466022 tgatgagaaattgagagtttgaagcgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgtagattgattttgattcatcatcacatgtgattccttcc 14465923  T
Q  101 caactac---aaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    |||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| | || | | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||    
T  14465922 caactactacaaggattattaccaatccatgaagagagtagtgtcttgctttggttgtcaaagcttgctttccacttcaacagagcatctgtctcactgc 14465823  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaaca 254  Q
     || |||||||||||  | ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  14465822 ttttgatttttgttgcagtatgagatgatgtggccataacaaacacatagaagaaca 14465766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 15015979 - 15015702
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  15015979 tgatgagaaattgagactttgaagtgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggattttgaatcatcatcacatgtgattccttcc 15015880  T
Q  101 ca---actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    ||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||| | |||| ||    
T  15015879 cagctactacaaggattattaccaatccatgaagagagtaatgctttgctttggttgtcaaagctttctttccacttcaacagagactctgcctcacggc 15015780  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaacagacgaacacacaacaatggta 275  Q
    ||| |||||||||||  |||||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||| | ||| |||| ||| |||||    
T  15015779 ctttgatttttgttgcagcatgaggtgatttgatcattacaaacacataaaagaacaaaagaagacacgacattggta 15015702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15000973 - 15000711
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||| | || |  ||| ||||||||||||    
T  15000973 tgatgagaaattgagagtttgaagcgtaccttttagtccaatattggtgagatttatcatgttgatggattttgattgataatcacacgtgattccttcc 15000874  T
Q  101 caactac---aaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    |||||||   |||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| |    
T  15000873 caactactacaaggattattgccaatccatgaagagagcaatgccctgctgtggttgtcaaggcttgccttccatttcaacagagcatcaacctcactac 15000774  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgat------gtggctattacaaacacatagaagaaca 254  Q
    ||||| ||||| |||  ||||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15000773 cttggttttttcttgcagcatgaggtgatgtggatgtggcaattacaaacacatagaagaaca 15000711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Original strand, 14534641 - 14534942
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||| ||||  |||||| ||||| | || |  ||| ||||||||||||    
T  14534641 tgatgagaaattgagactttgaagcgtaccttttagtccaatatcagtgagatttaccttgttgatggactttgatttataatcacacgtgattccttcc 14534740  T
Q  101 caacta---caaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgc 197  Q
    ||||||   ||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  | || ||||    
T  14534741 caactactacaaggattattgccaatccatgaagagagcaaagcattgctatggttgtcaaggcttgctttccacttcaacagagcatcagcctcgctgc 14534840  T
Q  198 cttggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaac---agacgaacacacaacaatggtaagggcttcatcttctgaaa 294  Q
    |||||   |||||||  |||| |||   |||||| || ||||||||| ||||||||   ||| ||  |||||||| ||||||| |||| ||||||| ||     
T  14534841 cttggtcatttgttgcagcataagg---tgtggccatgacaaacacaaagaagaacaaaagaagagtacacaacattggtaagagctttatcttcttaag 14534937  T
Q  295 cattt 299  Q
    |||||    
T  14534938 cattt 14534942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 14524664 - 14524905
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    |||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||| | |  |||| || |||| |||| |||||||| |   ||  ||||||||||||  ||    
T  14524664 tgatgagatattgagattttgaagtgtaccttttagtccaatacttgcaagatgtatcttgtagatagattttgacttgccatcacatgtgattcccacc 14524763  T
Q  101 caactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcctt 200  Q
    ||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||| | | | || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | | || |||| ||    
T  14524764 caattgcaaggcttattaccaatccatgaagagagcaaagacttgctttggttgtcaaagcttgctttccatttcaataaagcatttgcctcgctgcttt 14524863  T
Q  201 ggatttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaaca 242  Q
    | || |||| ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  14524864 gcatatttgctgaagcaagaggtgatgtggccattacaaaca 14524905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 103 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14480812 - 14480661
Alignment:
Q  103 actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttgg 202  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | | || | || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||  ||||||||    
T  14480812 actacaaggattattaccaatccatgaagagagtatttccttgctttgtttgtcaaagcttgctttccactttaaaagagcatctgcctcgttgccttgg 14480713  T
Q  203 atttttgttgtggcatgaggtgatgtggctattacaaacacatagaagaaca 254  Q
     ||||||     ||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||||    
T  14480712 ttttttgcatcagcatgaggtgatgtaaccattacaaacacacaaaagaaca 14480661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 14480929 - 14480825
Alignment:
Q  1 tgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||   ||| | ||||||||| || ||||   || |||||||||| || |  |||| |||||||||||    
T  14480929 tgatgagaaattgagactttgaagtgtaccttttagttcaaaactggtgagatctatcttgttaatagattttgagttattatcacatatgattccttcc 14480830  T
Q  101 caact 105  Q
    |||||    
T  14480829 caact 14480825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University