View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13291_high_6 (Length: 238)

Name: NF13291_high_6
Description: NF13291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13291_high_6
NF13291_high_6
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (18-230)||(2690939-2691151)
chr7 (18-238)||(2126788-2127008)
chr7 (18-238)||(2136162-2136382)
chr7 (26-235)||(2114906-2115115)
chr7 (18-238)||(2066701-2066921)
chr7 (18-238)||(2139394-2139614)
chr7 (18-238)||(2073802-2074021)
chr7 (18-238)||(2099528-2099748)
chr7 (18-238)||(2244756-2244976)
chr7 (19-198)||(2057585-2057764)
chr7 (26-153)||(1695884-1696011)
chr7 (194-236)||(2058605-2058647)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 2691151 - 2690939
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2691151 aaagcatacctatcttggacgggattttagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 2691052  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2691051 atccattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 2690952  T
Q  218 ctggaattccaag 230  Q
    |||||||||||||    
T  2690951 ctggaattccaag 2690939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 2126788 - 2127008
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2126788 aaagctcacctatcttggatgggatttgagagtaattgaagtcattgtcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaaggcgaaagagactgctatttgc 2126887  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  2126888 atccattgtaccatagagttggctgctactaagatcaatgtgaatcacatggtctgtgtgctcatgacatttaatgccatcccatgagcaacaatctgtg 2126987  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  2126988 ctggaattccaagatgatgtt 2127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 2136162 - 2136382
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||| ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2136162 aaagctcacctatcttggtagggattttagagtaattgaagttattatcagatagatcaagaactcgaaggtgcacaaggcgaaagagactgctatttgc 2136261  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2136262 atccattgtaccatagagttggctgctactaagattgatgtgaatcacatgatctgtgtgcttatgacatttaatgccatcccatgagcagcaatctgtg 2136361  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  2136362 ctggaattccaagatgatgtt 2136382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 26 - 235
Target Start/End: Original strand, 2114906 - 2115115
Alignment:
Q  26 cctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgcatctattg 125  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2114906 cctatcttggatgggatttgagagtaattgaagtcattgtcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaaggcgaaagagactgctatttgcatccattg 2115005  T
Q  126 taccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtgctggaatt 225  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2115006 taccatagatttggctgctcctaagatcgacgtgaatcacatgatctgtgcgctcatgacatttaatgccatcccatgagcagcaatctgtgctggaatt 2115105  T
Q  226 ccaagatgct 235  Q
    ||||||||||    
T  2115106 ccaagatgct 2115115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 2066701 - 2066921
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2066701 aaagcttacctatcttggatgggatttgagagtaattgaagtcattgtcggaaagatcaagaactcgaaggtgcacaaggcgaaagagactgctatttgc 2066800  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  2066801 atccattgtaccgtagagttggctgctacttagatcaatatgaatcacatgatcagtgtgctcatgacatttaatgccatcccatgagcaacaatctgtg 2066900  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2066901 ctggaattccaagatgctgtt 2066921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 2139394 - 2139614
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2139394 aaagcttacctatcttggatggaatttgagagtaattgaagtcattgtcagaaagatcaagaactcgaagatgcacaaggcgaaagagactgctatttgc 2139493  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||| |||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2139494 atccattctaccgtagagttggctgctacttagatcaatgtgaatcacatgacctgtgtgctcgtgacatttaatgccatcccatgagcagcaatctgtg 2139593  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  2139594 ctggaattccatgatgctgtt 2139614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 2073802 - 2074021
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2073802 aaagctcacctatcttggatgggatttgagagtaattgaagtcattgtcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaaggcgaaagagactgctatttgc 2073901  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||    
T  2073902 atccattctaccatagagttggctgctactaagatcaatgtgaatcacatggtctgtgtgctcatgacatttaa-cgcatcccatgagcaacaatctgtg 2074000  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  2074001 ctggaattccaagatgatgtt 2074021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 2099528 - 2099748
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2099528 aaagctgacctatcttggacgggattggagagtaattgaagtcattgtcagaaagatcaagaactcgaaggtgtacaaggcgaaagagactgctatttgc 2099627  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||||    
T  2099628 atccattttaccatagagttggctgctactaagatcaatgtgaatcacttgatttgtgtgctcatgacatttaatgccatcccatgaacaacaatctgtg 2099727  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  2099728 ctggagttccaagatgctgtt 2099748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2244976 - 2244756
Alignment:
Q  18 aaagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgc 117  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2244976 aaagctcacctatcttggacgggatttgagagtaattgaagtcgttgtcaaaaagatcaagtaatcgaaggtgtacaaggcgaaagagactgctatttgc 2244877  T
Q  118 atctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatcccacgagcagcaatctgtg 217  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2244876 atccattgtaccatagagttggctgctacttagatcaatatggatcacatgatcagtgtgctcgtggcatttaatgccatcccatgagcagcaatctgtg 2244777  T
Q  218 ctggaattccaagatgctgtt 238  Q
    ||||||||||| || ||||||    
T  2244776 ctggaattccatgaagctgtt 2244756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 198
Target Start/End: Original strand, 2057585 - 2057764
Alignment:
Q  19 aagcttacctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  2057585 aagctcacctatcttagacgggattttggagtaattgaagtcattgtcagaaagatcaagaacttgaaggtgcacaaggtgaaatagactgctatttgca 2057684  T
Q  119 tctattgtaccataaagttggctgctactaagatcgatgtgaatcacatgatctgtgtgctcgtgacatttaattccatc 198  Q
     | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| |||||    
T  2057685 accaatgtaccgtagagttgactgctactaagatcaatgtgaatcacttgatttgtgtgctgatgacatttaatgccatc 2057764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 1696011 - 1695884
Alignment:
Q  26 cctatcttagacgggatttgagagtaattgaagttattatcagaaagatcaagaactcgaaggtgcacaagacgaaagagactgctatttgcatctattg 125  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||| ||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||  |||     
T  1696011 cctatcctagatgggattcgagagtatttgaaatcattatctgcaagatcaagaactcgaaggtgcacaaggcgaaacagactgttattagcatgaattt 1695912  T
Q  126 taccataaagttggctgctactaagatc 153  Q
    ||||||| ||   |||||||||||||||    
T  1695911 taccatagagcatgctgctactaagatc 1695884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 236
Target Start/End: Original strand, 2058605 - 2058647
Alignment:
Q  194 ccatcccacgagcagcaatctgtgctggaattccaagatgctg 236  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2058605 ccatcccatgagcagcaatctgtgctggaattccaagatgctg 2058647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University