View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13292_low_4 (Length: 582)

Name: NF13292_low_4
Description: NF13292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13292_low_4
NF13292_low_4
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (16-582)||(2837660-2838226)
chr3 (26-582)||(2854880-2855436)
chr3 (34-582)||(2807779-2808327)
chr3 (16-582)||(2749507-2750073)
chr3 (33-582)||(5413398-5413947)
chr3 (11-582)||(2759726-2760297)
chr3 (11-582)||(2819069-2819643)
chr3 (11-582)||(2790832-2791397)
chr3 (18-582)||(2797873-2798437)
chr3 (12-581)||(2769582-2770145)
chr3 (31-470)||(3321307-3321746)
chr3 (16-463)||(3201563-3202010)
chr3 (26-359)||(3309703-3310036)
chr3 (34-242)||(3356444-3356652)
chr3 (71-304)||(3197483-3197716)
chr3 (26-143)||(3722483-3722600)
chr3 (208-471)||(3303197-3303460)
chr3 (394-469)||(3220909-3220984)
chr3 (11-92)||(3303000-3303081)
chr3 (414-470)||(3310091-3310147)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (16-582)||(5212-5778)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (203-299)||(11116747-11116842)
chr1 (34-232)||(4257572-4257770)
chr1 (426-473)||(11116893-11116940)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 582
Target Start/End: Original strand, 2837660 - 2838226
Alignment:
Q  16 tcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagc 115  Q
    ||||||| | |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2837660 tcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgataacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttcccttcaaagc 2837759  T
Q  116 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837760 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 2837859  T
Q  216 ctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcagg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837860 ctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcagg 2837959  T
Q  316 ctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2837960 ctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcacgttttgccattcaatca 2838059  T
Q  416 tggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctc 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838060 ttgttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctc 2838159  T
Q  516 tggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838160 tggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 2838226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 582
Target Start/End: Original strand, 2854880 - 2855436
Alignment:
Q  26 aatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttga 125  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2854880 aatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttcccttcaaagccaacatttga 2854979  T
Q  126 gacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854980 gacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatc 2855079  T
Q  226 cattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataac 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855080 cattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataac 2855179  T
Q  326 tgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatcatggttttaga 425  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2855180 tgagagataaaatctttgttagattggttaaatgggcattacgtcccaattccaatctcatattttcactcacgttttgccattcaatcattgttttaga 2855279  T
Q  426 ttttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctctggtggacaa 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2855280 ttttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcattttagaacaatttcttttgacacagcctcaagctctggtggacaa 2855379  T
Q  526 tgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855380 tgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 2855436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 34 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2808327 - 2807779
Alignment:
Q  34 aaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2808327 aaacttaaatccttcattttcctaatgatcacttgccgcaataaatcatggacttgacatatttgaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaa 2808228  T
Q  134 tcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcct 233  Q
     |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |  |||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |     
T  2808227 ccagacttctgtgaatcaattcatacaagtattcctctgctatatgctctggagttcttctctcatctgatttaacaaacccttcagctatccattgtcg 2808128  T
Q  234 agttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgagagat 333  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||| ||  || ||||| || |||    
T  2808127 agttaatctcttatgattaatagagtagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcagggtttcaagtagtagggcaagccatcgtaactcagtgat 2808028  T
Q  334 aaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatcatggttttagattttgttg 433  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| |||||| |||| |||||| || || |||||| |||||||||    
T  2808027 aaaatctttgttagacttgttaaatgggcattacgtcccaactccaagctcagattttgactcaccttttcccattccattattgttttatattttgttg 2807928  T
Q  434 aaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccacc 533  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||| |||||| |||||||| |||||| |    
T  2807927 aaagtagaccgccaatagctacaattgccaaaggtagctgcttgcattttcgaacaatatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatc 2807828  T
Q  534 aggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    | | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2807827 aagatcgaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgttt 2807779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 16 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2750073 - 2749507
Alignment:
Q  16 tcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagc 115  Q
    |||||||| ||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2750073 tcatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttctaatgatcaattcccgcattaaatcatggacttgacatgtttgaacttttccttcaaagc 2749974  T
Q  116 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 215  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  2749973 caacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgctctggagttcttctctcttccaattttacaaaccc 2749874  T
Q  216 ctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcagg 315  Q
     |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |  || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || || || || ||     
T  2749873 ttcagctatccattgtcgagttaatctcctatgattaattgcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgcatggtttcaagtaataaggaagt 2749774  T
Q  316 ctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatca 415  Q
    |  |||||||| || |||| |||||||  |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2749773 ccatcataactaagtgatagaatctttactagacacgttaaatgggcattacgtcctaattccagactcagattttcactcaccttttgccattcaatca 2749674  T
Q  416 tggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctc 515  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  2749673 ttgttttagattttgttgaaagtaaaccaccaatagctacaattgctagaggtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttc 2749574  T
Q  516 tggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    || ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  2749573 tgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgttt 2749507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 33 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 5413947 - 5413398
Alignment:
Q  33 gaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctga 132  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413947 gaaacttaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcagtaaatcatgtacttgacatgtttgaacttttccttcaaagccaacatttgagacctga 5413848  T
Q  133 atcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcc 232  Q
    | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| |   |||  |||||||| |||||||||||||| |    
T  5413847 accagacttctttgaatcaattcagacaagtattcctctgcaacttgctccggagttcttctctcttgcaattgaacaaacccttcagctatccattgtc 5413748  T
Q  233 tagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgagaga 332  Q
     ||||| |||||||||||||||    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||  || ||||| || ||    
T  5413747 gagttaatctcctatgattaataacatagtcctctggatataaaccaaaatacaaaatgcatggtttcaagtagtaaggaaggccatcgtaactaagtga 5413648  T
Q  333 taaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatcatggttttagattttgtt 432  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  5413647 cagaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgtcctaattccaggctcagattttgactcaccttttgccattcaataattgttttagattttgtt 5413548  T
Q  433 gaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccac 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||| |||||| | |||||||| |||||    
T  5413547 gaaagtagaccaccaatggctacaatttctagaggaagctgcttgcattttcgaacaatttctttcgatacatcctgaagctccgatggacaattcccac 5413448  T
Q  533 caggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    || ||||||||| ||| || ||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  5413447 caagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagttcccatgctttgttt 5413398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2760297 - 2759726
Alignment:
Q  11 catcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||    
T  2760297 catcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgtatgtactttcccttc 2760198  T
Q  111 aaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgaca 210  Q
    ||||  |||||  ||||| || |  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   |||||||||| |||||||||| |||    
T  2760197 aaagttaacatccgagacttggactagacttctctgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttgctctggagttcttctcccatcagatttaaca 2760098  T
Q  211 aacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacg 310  Q
    ||||| ||||||  ||||||   ||||| ||||||||||| ||| |   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||  |    
T  2760097 aacccttcagctgcccattgttgagttaatctcctatgatgaatagcaaaatcctctggatataaaccaaaatacaaaatgcatggtttcaagtagtgag 2759998  T
Q  311 gcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattc 410  Q
    ||||||  |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  2759997 gcaggccatcataactaagcgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggtattacaccccaactccaggctcaaattttgactcaccttttgccattc 2759898  T
Q  411 aatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagcctta 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  2759897 aatcatggttttagattttgttgaaagtagaccagcaacggccacaattgcaagaggtagttgcttgaacttttgcacaatttcttttgccacagcctca 2759798  T
Q  511 agctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    ||||| ||||||||| |||| ||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2759797 agctccggtggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgttt 2759726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 11 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2819643 - 2819069
Alignment:
Q  11 catcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttc 110  Q
    |||||||||||| |||||| || || || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| |||||    
T  2819643 catcatcatgcacacaatgacaaaatcttaaatcctttatttttgtaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatttatcaactttaccttc 2819544  T
Q  111 aaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctca--tcagatttg- 207  Q
    |||| ||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||   |||||||||| ||  | | |||||     
T  2819543 aaagtcaacatccgagacttgaaccagacttctctgaatcagttcagacaagtactcctctgcaacttgctctggagttcttctcccaactgatatttga 2819444  T
Q  208 acaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagt 307  Q
    |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| |||| |||| |  || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  2819443 acaaacccttcagctatccattgtcgagttattctcccatgactaatagcatagtcctctgggtataaaccaaaatacaaaatgcatggtttcaggtagt 2819344  T
Q  308 acggcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgcca 407  Q
      || ||||  |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  2819343 gagggaggccatcataactaagcgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgttccaactccaggctcaaattttgactcaccttttgcca 2819244  T
Q  408 ttcaatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagcc 507  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  2819243 ttcgatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacgattgccaaaggtaattgcttgaatttttgaacaatttcttttgccacaacc 2819144  T
Q  508 ttaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    | ||| || ||||||||| | |||||| | ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2819143 tcaagttccggtggacaacgaccaccaagctcagacctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgttt 2819069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 11 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2791397 - 2790832
Alignment:
Q  11 catcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttc 110  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  2791397 catcatcatgcacacaatgacagaaacttaagtccttcatttttctgatgagaacttcccagaataaatcatggacttgacatgtttgaactttcccttc 2791298  T
Q  111 aaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgaca 210  Q
    ||      || ||||||| ||||  | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||   ||||| |||||||| | |||| | |    
T  2791297 aa------caattgagacttgaactaaacttctatgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttcctctggagttcgtctctcataacatttaata 2791204  T
Q  211 aacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacg 310  Q
    ||||| || ||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||  || || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  2791203 aacccttcggctatccattgtcgagttaatctcttattattaacagaatagtcttgaggatatataccaaaatacaaaatgcatggtttcaagtagtagg 2791104  T
Q  311 gcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattc 410  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||  |||| ||||||  ||| ||||||    
T  2791103 gcaggctatcataactcagagataaaatctttgttagactagataaatgggcattacgtcccaactccaggttcaggttttgactcaccattttccattc 2791004  T
Q  411 aatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagcctta 510  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||    
T  2791003 agtcacggttttagcttttgttgaaagtagaccactgacggctacaattgccaggggtagctgcttgcattttcgaacaatttcttttgacatgaactta 2790904  T
Q  511 agctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2790903 agctctggtggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgttt 2790832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2798437 - 2797873
Alignment:
Q  18 atgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagcca 117  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||| |||    
T  2798437 atgcacacaatgacagaatcttaaatccttcatttttctaatgagcacttcccggaataaatcatggactcggcatgtttgaactttcccttcaaatcca 2798338  T
Q  118 acatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccct 217  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| | ||| ||||| || || || || |||  |||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  2798337 acatttgagacctgaaccatacttctgtgaattagttcagacaaatactcttctgcaactatctcttgagttcgtctctcatcagatttaacaaaccctt 2798238  T
Q  218 cagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggct 317  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||| ||||||| || || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||  | || |||||    
T  2798237 cagctatccattgtcgagttaatctcttatgattgatagaatagtcctgaggatatatagcaaaatacaaaatgcatggtttcaagtaaaaaggaaggct 2798138  T
Q  318 gtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatcatg 417  Q
     || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||||| ||||||  ||| ||||||| |||      
T  2798137 atcgtaactaagagataaaatctttgtaagactagttaaatgggcattgcgtcccaactccaggttcagattttgactcaccattttccattcagtcaca 2798038  T
Q  418 gttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctctg 517  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||  |  ||||||||||    
T  2798037 gttttagcttttgtcgaaaatagaccaccaatggctacaattgccaggggtagctgcttgcattttcgaactatttctattgacatggagttaagctctg 2797938  T
Q  518 gtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
    |||||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  2797937 gtggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgatttgttt 2797873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 2770145 - 2769582
Alignment:
Q  12 atcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttca 111  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  2770145 atcatcatgcacacaatgacagaaacttaagtccttcatttttttaatgaaaacttcctggaataaatcatggacttgacatgtttgaattttcccttca 2770046  T
Q  112 aagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaa 211  Q
    |      || ||||||| ||||  | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  ||    |||| ||||||||||||||| | ||    
T  2770045 a------caattgagacttgaactaaacttctatgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttcttctggggttcgtctctcatcagatttaataa 2769952  T
Q  212 acccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacgg 311  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||||| || || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  2769951 acccttcagctatccattgccgtgttaatctcttattattaatagaatagtcttgaggatatataccaaaatacaaaatgcatggtttcaagtagtaagg 2769852  T
Q  312 caggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattca 411  Q
     ||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | |  |||| |||||| ||||||||||||    
T  2769851 aaggccatcataactaagagacaaaatctttgttagactagataaatgggcattacgtcccaactccaggtttagcttttgactcaccttttgccattca 2769752  T
Q  412 atcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaa 511  Q
     |  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | || ||    
T  2769751 gttcttgttttagattttgttgaaaatagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcattttcgaacaatttctttagacatggactgaa 2769652  T
Q  512 gctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtt 581  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2769651 gctctggtggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgtt 2769582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 470
Target Start/End: Original strand, 3321307 - 3321746
Alignment:
Q  31 cagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacct 130  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||| || |||| |  || || |||||||| ||  | || || |    
T  3321307 cagaaacttaaatctttcatttttctaaggatcacttcacgcaacaaatcatgaacttgaaattttttgatcttcccatcaaagccgactctggaaacat 3321406  T
Q  131 gaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattg 230  Q
     || || |||||| || ||||| |||| || ||| || || || |||| |||||| | |||| |||| |||   || |||||||| || || ||||||||    
T  3321407 taaccaaacttctttgtatcaactctgtcaggtactcttctgcaacttcctccaatggtcttatctcctcattcttaacaaacccttctgccatccattg 3321506  T
Q  231 cctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataactgaga 330  Q
    || ||| |||||| |  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||| ||| |||| ||| ||||     |||||||| |||    
T  3321507 ccgagtaagtctcttccgattgatggagtagtcctcaggatatataccaaaatatagcatgcatgatttcaaatggtaaggcaaatcatcataactaaga 3321606  T
Q  331 gataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatcatggttttagattttg 430  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||  ||||  |  | || ||||  || | ||||| |||||| |||  ||| |||| ||||||||||  |||||    
T  3321607 gataaaatctttgttagactattcaagtgcacattgtgctctaactccatccttagattttgactcacctttctccactcaaacatggttttatcttttg 3321706  T
Q  431 ttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtag 470  Q
    |||| |  ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  3321707 ttgacaaaagacctccaatggccacaattgccagtggtag 3321746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 3202010 - 3201563
Alignment:
Q  16 tcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagc 115  Q
    ||||||||  ||||||| || || ||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  | || | ||| || ||||| |    
T  3202010 tcatgcattaaatggcaaaagcttaaatcttgcatttttctaaggatcacttcacgcaacaaattatggacttgacaactcttgattttcccatcaaaac 3201911  T
Q  116 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 215  Q
    |||| || || || ||||||| |||||| || ||||| |||| |||||| || ||||| || | ||||  | | ||||| || ||| |  | ||||||||    
T  3201910 caactttggaaacatgaatcaaacttctttgtatcaactctgtcaagtactcttcagcaacgttctccggattccttctttcctcacacctaacaaaccc 3201811  T
Q  216 ctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcagg 315  Q
     ||||| |||||||||| ||| |||||| |   | | |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||| |   ||||      
T  3201810 ttcagccatccattgccgagtaagtctcttcgtagtgatggtgtagtcctcgggatatataccaaaatacagcatgcatgatttcaaatggctaggcaaa 3201711  T
Q  316 ctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatca 415  Q
       || ||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||  |||| ||  | || |||| ||||| ||||| |||| | |||| |||||||| ||    
T  3201710 tcatcgtaacttagagataaaatctttattagacttgtcaaatgcacattgcgctctaactccattctcagatttttactcgcctttttccattcaaaca 3201611  T
Q  416 tggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgcca 463  Q
     |||||||| ||||||||| |  |||||  || |||| ||||||||||    
T  3201610 cggttttagcttttgttgacaaaagacctgcagtggccacaattgcca 3201563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 359
Target Start/End: Original strand, 3309703 - 3310036
Alignment:
Q  26 aatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttga 125  Q
    ||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |   |||| ||||||| |||||||||  |||| ||||| || ||||| |||||  | ||    
T  3309703 aatggcaaaagcttaaatctttcatttttctaatgatcacctggtgcaacaaatcattgacttgacaacttttgactttcccatcaaaaccaactctgga 3309802  T
Q  126 gacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatc 225  Q
     ||||||| || |||||| || | ||| |||| || ||| || ||||| |||| |||||| | | |  |||| |||    | |||||||| ||||| |||    
T  3309803 aacctgaaccaaacttctctgtaccaactctgtcaggtactcttcagcaacttcctccaatgatttagtctcctcattcataacaaacccttcagccatc 3309902  T
Q  226 cattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcaggctgtcataac 325  Q
    ||||||| ||| |||||| |  |||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| || | ||  ||||     |||||||    
T  3309903 cattgccgagtaagtctcttccgattgatggtgtagtcctcaggatatataccaaaatacagcatgcaagatttcaagtggtgaggcaaatcatcataac 3310002  T
Q  326 tgagagataaaatctttgttagactagttaaatg 359  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3310003 taagagataaaatctttgttagactagtcaaatg 3310036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 242
Target Start/End: Original strand, 3356444 - 3356652
Alignment:
Q  34 aaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaa 133  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||  || || |||||||    
T  3356444 aaacttaaatctttcatttttttaatgaccacttcacgcaacaaatcatggacttgacatcttttaactttcccatcaaagccaagtttggaaacctgaa 3356543  T
Q  134 tcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcct 233  Q
     || |||||| || | ||| |||  |||||| || ||||| |||| ||| || | |||| | |  |||   || |||||||| ||||| |||||||||||    
T  3356544 ccaaacttctctgtaccaactctatcaagtactcttcagcaacttcctcgaatggtcttgtgtgctcattcttaacaaacccttcagccatccattgcct 3356643  T
Q  234 agttagtct 242  Q
    ||| |||||    
T  3356644 agtaagtct 3356652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 304
Target Start/End: Original strand, 3197483 - 3197716
Alignment:
Q  71 gcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctc 170  Q
    |||| |||||||||||| ||||  |||| |||||||| |||||||||||| | || || |||| || |||| | |  ||||  |||  |||||| || ||    
T  3197483 gcaacaaatcatggactcgacaacttttgacttttccatcaaagccaacactagaaacttgaaccaaacttgtatatatcagctctttcaagtactcttc 3197582  T
Q  171 agccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctgga 270  Q
    ||| |||| |||||||||| ||| |||| || |  | ||||| || || ||||||||||||||||| |||||| ||  ||| |||| ||  | ||| |||    
T  3197583 agcaacttcctccaaagtttttccctcaacacacataacaaatccttcggctatccattgcctagtaagtctcttacaattgatggtgtggttctccgga 3197682  T
Q  271 tatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaat 304  Q
    || |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  3197683 tagataccaaaatacaacatgcatagttttaaat 3197716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 3722600 - 3722483
Alignment:
Q  26 aatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttga 125  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||| | || ||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||  || ||    
T  3722600 aatggcaaaaactaaaatctttcatttttttaataaccatttcacacaacaaatcatggacttgacatcttttaactttcccatcaaagccaagtttgga 3722501  T
Q  126 gacctgaatcagacttct 143  Q
     ||||||| || ||||||    
T  3722500 aacctgaaccaaacttct 3722483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 471
Target Start/End: Original strand, 3303197 - 3303460
Alignment:
Q  208 acaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagt 307  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||| |||||| |  | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||| ||| |||| ||    
T  3303197 acaaacccttctgccatccattgccgagtaagtctcttccgtttgatggagtagtcctcaggatatataccaaaatatagcatgcatgatttcaaatggt 3303296  T
Q  308 acggcaggctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgcca 407  Q
    | ||||     |||||||| |||||||||||  || | |||||||| || ||  |||| ||  | || |||| ||||| ||||  |||||| |||| |||    
T  3303297 aaggcaaatcatcataactaagagataaaattcttatcagactagtcaagtgcacattgcgctctaactccactctcagatttctactcaccttttccca 3303396  T
Q  408 ttcaatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagc 471  Q
     ||||  |||||||| |  |||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  3303397 ctcaaaaatggttttcggctttgttgacaaaagaccaccaatggcgacaatagccagtggtagc 3303460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 394 - 469
Target Start/End: Original strand, 3220909 - 3220984
Alignment:
Q  394 ctcactttttgccattcaatcatggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggta 469  Q
    ||||| |||| ||| ||||  |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  3220909 ctcaccttttcccactcaaaaatggttttagattttgttgataaaagaccaccaatggccacaattgccagtggta 3220984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Original strand, 3303000 - 3303081
Alignment:
Q  11 catcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgaca 92  Q
    |||| ||||||||  |||| ||||||||   ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  3303000 catcttcatgcattaaatgacagaaactttgatctttcatttttttaatgatcacttcacgcaacacatcatggacttgaca 3303081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 414 - 470
Target Start/End: Original strand, 3310091 - 3310147
Alignment:
Q  414 catggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtag 470  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  3310091 catggttttagcttttgttgacaaaagacctccaatggccacaattgccagtggtag 3310147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 582
Target Start/End: Original strand, 5212 - 5778
Alignment:
Q  16 tcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagc 115  Q
    ||||||| |||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  5212 tcatgcacacaatgacaaaaagttaaatccttcatttttctaatgatcacttcacgcaataaatcatggacttgacatgtttgaactttcccctcaaagc 5311  T
Q  116 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||   ||||  |||||||||| | || ||||||||    
T  5312 caacatttgagacctgaaccagacttctgtgaatcaattcagacaagtactcatctgcaacttgctcgggagtttgtctctcatcatacttaacaaaccc 5411  T
Q  216 ctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttttaaatagtacggcagg 315  Q
     |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  5412 ttcagctatccattgacgagttaatctcttatgattaatagaatagtcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggtttcaagtagtaaggcagg 5511  T
Q  316 ctgtcataactgagagataaaatctttgttagactagttaaatgggcattacgtcccaattccagtctcatattttcactcactttttgccattcaatca 415  Q
    |  |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || || |||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  5512 ccatcataactaagtgacaaaatctttgttagactcgttaaatgggcattacgttccaactctaggctcaaattttgactcaccttttgccattcaacca 5611  T
Q  416 tggttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctc 515  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  5612 ttgttttagattttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgcaagaggtagctgcttgcattttttaacaatttcttttgatacagcctcaagctc 5711  T
Q  516 tggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgttt 582  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  5712 aagtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagagttcccatactttgttt 5778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 203 - 299
Target Start/End: Original strand, 11116747 - 11116842
Alignment:
Q  203 atttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcctatgattaatggagtaatcctctggatatataccaaaatacaaaatgcatggttt 299  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| | | ||||| |||||| |||||||| |  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11116747 atttaacaaacccttcagctatccat-gtcgagttaatctcctgtgattaatagcatagtcctctggatatacaccaaaatacaaaatgcatggttt 11116842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 4257770 - 4257572
Alignment:
Q  34 aaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || || |||||||||| | ||||  || |  |||| || ||| ||  ||||   ||||| ||||    
T  4257770 aaactcaaatccttcatttttctcatgatcatttctcgtaacaaatcatggattcgacagcttgtcgctttaccatcatagtgaacacgggagacatgaa 4257671  T
Q  134 tcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcc 232  Q
     || ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||  | |||| |||||||| | ||| | | |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4257670 ccaaacttctgtggatcaactctgtcaaatattcctctccaacttcctccaaagattttcccacttcatgtttaacaaacccctctgctatccattgcc 4257572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 426 - 473
Target Start/End: Original strand, 11116893 - 11116940
Alignment:
Q  426 ttttgttgaaagtagaccaccaatggctacaattgccagaggtagctg 473  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  11116893 ttttgttgaaagtaggccaccaatggctacaattgccaaaggaagctg 11116940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University