View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13295_low_6 (Length: 669)

Name: NF13295_low_6
Description: NF13295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13295_low_6
NF13295_low_6
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-644)||(46892913-46893549)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 46893549 - 46892913
Alignment:
Q  9 gaagaatatatgatgatgtttgatcttgcaaggtcaaggcttgggtttactaattccttgaactcccatggaatgaagtgttctgatctctttgacttca 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46893549 gaagaaaatatgatgatgtttgatcttgcaaggtcaaggcttgggtttactaattccttgaactcccatggaatgaagtgttctgatctctttgacttca 46893450  T
Q  109 ccaatgctccatagatctcatcacactttatgtgtgtgtgagacagagagggatatagagtgtatgcttaattattaagtataagcatctactttgttgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46893449 ccaatgctccatagatctcatcac--tttatgtgtgtg--agacagagagggatatagagtatatgcttaattattaagtataagcatctactttgttgt 46893354  T
Q  209 tgttttcatggttaataaaagcactagtaaagaataaaatcttgaagtgatgaatgataaaagacacttcttgtgttgtttagacacaaatttgttgttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46893353 tgttttcatggttaataaaagcactagtaaagaataaaatcttgaagtgatgaatgataaaagacacttcttgtgttgtttagacacaaatttgttgttt 46893254  T
Q  309 cagtagaccgtttttggtataagtgcttttttaat------acnnnnnnngaattttaaaatgtgtttaacaagacaaggcgacaaacaaccgctaagtt 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||      |        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46893253 cagtagaccgtttttggtataagtgcttttttaataaaaaaaaaaaaaatgaattttaaaatgtgtttaataagacaaggcgacaaacaaccgctaagtt 46893154  T
Q  403 taaggtttagtatcgtgtgaaaacatagtacttgtgatccattgccgatgcaaatgttgattcataaactttgattcct---aagtgtttgtaaatcagt 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  46893153 taaggtttagtatcgtgtgaaaacatagtacttgtgatccattgccgatgcaaatgttgattcataaactttgattcctcccaagtgtttgtaaatcagt 46893054  T
Q  500 gtcactacagtctttgaatgaagcgaaactacaacatctttcatggatannnnnnnctagtaatttcatatatctaactaacactcagaaactattgtcg 599  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  46893053 gtcactacagtcttcgaatgaagcgaaactacaacatctttcatggata-ttttttctagtaatttcatatat----ctaacactcagaaactattgtcg 46892959  T
Q  600 atacaaagacc-aaattaaaatgatgaaaacataagtaaaaaacaa 644  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46892958 atacaaagaccaaaatgaaaatgatgaaaacataagtaaaaaacaa 46892913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University