View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13299_low_1 (Length: 968)

Name: NF13299_low_1
Description: NF13299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13299_low_1
NF13299_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-951)||(22442664-22443590)
chr8 (862-947)||(40099453-40099538)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 865; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 865; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 22443590 - 22442664
Alignment:
Q  7 tgtcgaagaatataggacactggcactccctggatatgcgtcccaaaagtacccaaatatattttattttacgaattattattatgataatttgcaagta 106  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22443590 tgtcgaaccatataggacactggcactccctggatatgcgtcccaaaagtacccaaatatattttattttacgaattattattatgataatttgcaagta 22443491  T
Q  107 cttcccaataacgcacagatacttttctatattgagatacttgtaggatactaacaatgtttttattttaagttcttccgaagacacttttgctgatatc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  22443490 cttcccaataacgcacagatacttttctatattgagatacttgtaggatactaacaatgttttttttttaagttc---cgaagacacttttgctgatatc 22443394  T
Q  207 ctatcatagactagaatatataatgttatatgcagatattctatcagttttgataaacccataagtattttcttataaattatgatcgtctattatataa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22443393 ctatcatagactagaatatataatgttatatgcagatattctatcagttttgataaacccataagtattttcttataaattatgatcgtctattatataa 22443294  T
Q  307 taatgtcgaatgatcaatgtctcttatagaaacccaaatcaaagagaagcagaaattgtattgttgattagaaactagatgtatgaaagaagacaaaacc 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22443293 taatgtcaaatgatcaatgtctcttatagaaacccaaatcaaagagaagcagaaattgtattgttgattagaaactagatgtatgaaagaagacaaaacc 22443194  T
Q  407 catgtaaccttagctattgctccttagagaagagatgaatctctctctgcacaacccaaaggtttctaacaaataagatattgaacgaacaataaaatat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22443193 catgtaaccttagctattgctccttagagaagagatgaatctctctctgcacaacccaaaggtttctaacaaataagatattgaacgaacaataaaatat 22443094  T
Q  507 gctcctataatcacgttttctatgctcgttaactgccaaatcagcacctcctctcaacttcccaagcccatttgttgagcttaggcccaaaacaggtatc 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22443093 gctcctataatcacgttttctatgctcgt---------------cacctcctctcaacttcccaagcccatttgttgagcttaggcccaaaacaggtatc 22443009  T
Q  607 ctaacactacccaccccttggagaaaagccttggaagataaggaaattgacttctgagtacaaatttatcctttcctaattctgaccagagggagtgagg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22443008 ctaacactacccaccccttggagaaaagccttggaagataaggaaattgacttctgagtacaaatttatcctttcctaattctgaccagagggagtgagg 22442909  T
Q  707 agctttgagcctcttcttgaaccaattcccaagtgttgttttctgaagacatcgctgttgaacaaacaatttgcagaaattgttttgaccaaccctgagt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22442908 agctttgagcctcttcttgaaccaattcccaagtgttgttttctgaagacatcgctgttgaacaaacaatttgcagaaattgttttgaccaaccctgagt 22442809  T
Q  807 gtaaaccttgatccaattagaaactgagatttggaagcatcagtaggtcctgacgatgaggacccttaaaacttgtactgttttagagaattcagaattg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22442808 gtaaaccttgatccaattagaaactgagatttggaagcatcagtaggtcctgacgatgaggacccttaaaacttgtactgttttagagaattcagaattg 22442709  T
Q  907 ccatgctttacaatttataaagcatatcataaaccaagtgcctag 951  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22442708 ccatgctttacaatttataaagcatatcataaaccaagtgcctag 22442664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 862 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 40099538 - 40099453
Alignment:
Q  862 atgaggacccttaaaacttgtactgttttagagaattcagaattgccatgctttacaatttataaagcatatcataaaccaagtgc 947  Q
    |||||||| ||||| | ||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||||| || | |||||||||    
T  40099538 atgaggactcttaatatttgtactatcttagagaaatcaaaattgccatgctttacaagccataaagcataccaaagaccaagtgc 40099453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University