View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13305_low_4 (Length: 642)

Name: NF13305_low_4
Description: NF13305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13305_low_4
NF13305_low_4
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-625)||(2450802-2451426)
chr6 (5-626)||(2440081-2440705)
chr6 (5-626)||(2671994-2672618)
chr6 (5-626)||(2568619-2569243)
chr6 (5-626)||(2640834-2641458)
chr6 (5-626)||(2596178-2596802)
chr6 (5-626)||(2592027-2592651)
chr6 (5-626)||(2623571-2624195)
chr6 (327-397)||(3431209-3431279)
chr6 (334-390)||(29329570-29329626)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-549)||(17870107-17870657)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (334-395)||(5766109-5766170)
chr2 (334-395)||(5823502-5823563)
chr2 (334-427)||(5832005-5832098)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (353-394)||(39157724-39157765)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 625
Target Start/End: Original strand, 2450802 - 2451426
Alignment:
Q  1 cggtaaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450802 cggtaaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacg 2450901  T
Q  101 attgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataaggg 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450902 attgatggtagtgatataaagtcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataaggg 2451001  T
Q  201 agaatattgcatatggggcatatgataaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaata 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451002 agaatattgcatatggagcatatgataaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaata 2451101  T
Q  301 tggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451102 tggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtg 2451201  T
Q  401 ttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2451202 ttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaagaacaagtgtggttg 2451301  T
Q  501 tggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451302 tggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatatgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaa 2451401  T
Q  601 aggaccaagtggagcttattactct 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  2451402 aggaccaagtggagcttattactct 2451426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Original strand, 2440081 - 2440705
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||  |||    
T  2440081 aaatcaacggctttggttggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattctatgatccacttaaagggatagtgacagttg 2440180  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  2440181 atggtagagacataaaaacttataatctacgatcattaaggaaacatattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataagagaaaa 2440280  T
Q  205 tattgcatatggggcatatgat---aaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    ||||| |||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  2440281 tattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaaaagat 2440380  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2440381 ggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgt 2440480  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2440481 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgt 2440580  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
     || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440581 agcacataggttgagtactattcaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 2440680  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    || ||||||||||| ||||||||||    
T  2440681 gggccaagtggagcatattactctt 2440705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2672618 - 2671994
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||| ||||    
T  2672618 aaatcaacggctttggtaggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattg 2672519  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    | ||||| || |||||  | |||||||| |||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  2672518 acggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacacattgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaa 2672419  T
Q  205 tattgcatatggggcatatgataa---ggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    |||||||||||| || |||||| |   |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2672418 tattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggcttcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagat 2672319  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2672318 ggttatgatactttgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgt 2672219  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2672218 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaattagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgt 2672119  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
     || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672118 agcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttttagacaagggaagtgttgttgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 2672019  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  2672018 gggccaagtggagcttattactctt 2671994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2569243 - 2568619
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  2569243 aaatcgacagctttggtaggggaaagtggttctggaaaatcaacaatcataggacttattgaaagattctatgatccacttaaagggatagtgacaattg 2569144  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    ||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  2569143 atggtagagacataaagacatataatctaaggtcattaagggaacacattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaa 2569044  T
Q  205 tattgcatatggggcata---tgataaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    |||||||||||| || ||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2569043 tattgcatatggagcttacgatgataaggttgatgagagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaagtgctcatgattttatatcaagcttaaaagat 2568944  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2568943 ggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgt 2568844  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2568843 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaattagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgt 2568744  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||    
T  2568743 ggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttttggataagggcattgttgttgagaaaggaacacattcaaatttattgtcaaaa 2568644  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    || |||||||| |||||||||||||    
T  2568643 gggccaagtggtgcttattactctt 2568619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2641458 - 2640834
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2641458 aaatcgacggctttggtcggggaaagtggttcagggaaatcaacaatcataggactaattgagagattctatgatccaattaaagggatagtgacaattg 2641359  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    |||||   |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  2641358 atggtgaagatataaagtcttataatctaaggtcgttaaggaaacacattgcacttgtaagtcaagaaccaacactgtttggtggtaccataagggaaaa 2641259  T
Q  205 tattgcatatggggcatatgat---aaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    ||||||||| || || ||||||   || ||||||||||||||||||||  | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  2641258 tattgcatacggagcctatgatgataaagttgatgagagtgagattattcaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttacaagat 2641159  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2641158 ggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 2641059  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  2641058 tacttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtgcaagatgctttagaaagagttatggttggaaggacaagtgtagttgt 2640959  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||       
T  2640958 cgcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttttggataaggggattgttgttgaaaaaggaacacattcatctttgttgtctttg 2640859  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  2640858 ggaccaagtggagtttattactctt 2640834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2596802 - 2596178
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  2596802 aaatcgacggctttggtaggggaaagtggttctggaaaatcgacaattataggactaattgagagattctatgatccatttaaagggatagtgacaattg 2596703  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    | ||||| || |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||    
T  2596702 acggtagagacataaagacatataatctacgatcattaaggaaacatattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataaaagaaaa 2596603  T
Q  205 tattgcatatggggcatatgat---aaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    ||||| |||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  2596602 tattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaaaagat 2596503  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2596502 ggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgt 2596403  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2596402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtccaagatactttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgt 2596303  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||       
T  2596302 ggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttatctttg 2596203  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  2596202 ggaccaagtggagtttattactctt 2596178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Original strand, 2592027 - 2592651
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    |||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  2592027 aaatcaacagcgttggtaggagaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgatccacttaaagggatagtgacaattg 2592126  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |  || ||    
T  2592127 atggtagggacataaaaatttataatctaaggtcactaaggaaacacattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccatcaaagaaaa 2592226  T
Q  205 tattgcatatggggcatatga---taaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    ||||||||||||  |||||||   |||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  2592227 tattgcatatggatcatatgatgataaggttgatgaaagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaaaagat 2592326  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2592327 ggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgt 2592426  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2592427 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaattagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgt 2592526  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
     || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592527 agcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 2592626  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    || ||||||||||| ||||||||||    
T  2592627 gggccaagtggagcatattactctt 2592651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 626
Target Start/End: Original strand, 2623571 - 2624195
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||| |  ||||||||||||| ||||    
T  2623571 aaatcgacagctctggtagggaaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgatccacttgaagggatagtgacaattg 2623670  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    |||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||    
T  2623671 atggcagagacataaaaacttataatctaaggtcattaaggaaacacattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataaaagaaaa 2623770  T
Q  205 tattgcatatggggcatatg---ataaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatat 301  Q
    ||||||||||||  ||||||   || |||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  2623771 tattgcatatggatcatatggtgatcaggttgatgagagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaaaagat 2623870  T
Q  302 ggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgt 401  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  2623871 ggatatgacacattgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattaaagaatccagatgtgt 2623970  T
Q  402 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggttgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2623971 tgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaattagtccaagacactttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgt 2624070  T
Q  502 ggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaa 601  Q
     || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2624071 agcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttgttgagaatggaacacattcatccttgttgtctaaa 2624170  T
Q  602 ggaccaagtggagcttattactctt 626  Q
    || ||||||||||| ||||||||||    
T  2624171 gggccaagtggagcatattactctt 2624195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 327 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 3431279 - 3431209
Alignment:
Q  327 gaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaag 397  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  3431279 gaggagttcaattatctggtggacaaaagcaaaggattgcaattgcaagagctatgttgaaaaatccaaag 3431209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 29329626 - 29329570
Alignment:
Q  334 tcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaa 390  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  29329626 tcaactttctggagggcaaaagcaaagaattgcaattgctagggcaatattgaagaa 29329570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 8e-66; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 17870657 - 17870107
Alignment:
Q  5 aaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattg 104  Q
    ||||| ||||| || || ||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| || |    
T  17870657 aaatcgacggcattagtggggcaaagcgggtctggcaaatcaaccatcataggattaatagagagattctatgatccaataaaaggaaatgtgacaatag 17870558  T
Q  105 atggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaa 204  Q
    ||||||   | |||||||| ||||| |||| |||| |||| || || ||  |||||||||| ||||| ||||||||| |   ||| |||||||| || ||    
T  17870557 atggtacaaacataaaatcatataacctaaagtcactaagaaaacacatagcacttgtgagccaagaaccaacattgataaatggaaccataagagacaa 17870458  T
Q  205 tattgcatatggggca------tatgataaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaa 298  Q
     |||||||||||  ||      | ||| ||  | ||||| | |||||| ||||| ||| | |  |  || |||||||||||||| ||  |||| || |||    
T  17870457 cattgcatatggaacaacaacatgtgacaacatcgatgaaactgagatcatagaggcatcaagagtagccaatgctcatgatttcattgcaagtttgaaa 17870358  T
Q  299 tatggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaagg 398  Q
     |||| |||||||||| |||||| || | |||||| |||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  17870357 gatgggtatgagacatggtgtggggacaaaggagtgcaactttcaggggggcaaaaacaaaggatagcaatagctagagccatgttgaagaatccaaagg 17870258  T
Q  399 tgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaaggacaagtgtggt 498  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||| ||||||||||||| ||  | | ||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  17870257 tgttgcttctagatgaagcaacaagtgcacttgataataattcagaaaaggtagtgcaagatgcattgaataaggtaatggttggaaggactagtgtggt 17870158  T
Q  499 tgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgttgtttt 549  Q
    ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||| ||||||    
T  17870157 tgtagcacataggttgagtaccatacacaattgtgatgttattgctgtttt 17870107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 395
Target Start/End: Original strand, 5766109 - 5766170
Alignment:
Q  334 tcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaa 395  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  5766109 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgctagggcaatattgaagaacccaa 5766170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 395
Target Start/End: Original strand, 5823502 - 5823563
Alignment:
Q  334 tcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaa 395  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||    
T  5823502 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggccatattgaagaatccaa 5823563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5832098 - 5832005
Alignment:
Q  334 tcaactttctggtggtcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgca 427  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||||  |  | ||| | ||||||||||||||||||    
T  5832098 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggcaatattgaagaacccaaaaatccttcttcttgatgaagcaacaagtgca 5832005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 394
Target Start/End: Original strand, 39157724 - 39157765
Alignment:
Q  353 aagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatcca 394  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  39157724 aagcaaaggatagcaatagctagagcaatgttgaagaatcca 39157765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University