View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13314_low_3 (Length: 760)

Name: NF13314_low_3
Description: NF13314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13314_low_3
NF13314_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (22-739)||(43408497-43409216)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 739
Target Start/End: Original strand, 43408497 - 43409216
Alignment:
Q  22 ccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtatatatgtttgtt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||    
T  43408497 ccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtat----gtttgtt 43408592  T
Q  122 acttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408593 acttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtagtc 43408692  T
Q  222 acaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaa---gcaaacaatca---tcagatcatagtactggatttgattaaatcaacaaaaactaaataaaatt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43408693 acaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaattagcaaacaatcatcatcagatcatagtactggatttgattagatcaacaaaaactatataaaatt 43408792  T
Q  316 gtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagctatatgaagcagccgtgaacgagataatggaagtgttggcttcagtgtgcaaga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43408793 gtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagctatatgaagcagcggtgaacgagataatggaagtgttggcgtcagtgtgcaaga 43408892  T
Q  416 cgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcctacaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaac 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408893 cgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcctacaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgtggtgtttcaac 43408992  T
Q  516 tatgagttgctgcatatcaacggttgattcagcttgttatgttggtgacatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaat 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408993 tatgagttgctgcatatcaacggttgattcagcttgttatgttggtgacatggatgtattgggattccaagaagcgtgcagtgagtatcacctttttaat 43409092  T
Q  616 ggacaaggaatagtaggaacagccttcacaacaaccaaaccttgttttgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatg 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409093 ggacaaggaatagtaggaacagccttcacaacaaccaaaccttgttttgctattgatattactgccttcagcaaatctgaatatccacttgctcaccatg 43409192  T
Q  716 ccaacatgtttggcttacacgctg 739  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  43409193 ccaacatgtttggcttacacgctg 43409216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University