View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13315_low_7 (Length: 413)

Name: NF13315_low_7
Description: NF13315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13315_low_7
NF13315_low_7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (11-395)||(5278281-5278665)
chr4 (11-368)||(5286289-5286646)
chr4 (11-358)||(5282431-5282778)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (11-359)||(20353823-20354171)
chr5 (11-368)||(20357675-20358032)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-359)||(6235270-6235612)
[»] scaffold0899 (1 HSPs)
scaffold0899 (225-346)||(3145-3265)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (85-234)||(702379-702528)
chr6 (19-206)||(710676-710860)
chr6 (100-206)||(717709-717815)
chr6 (19-206)||(712847-713031)
chr6 (218-287)||(14437443-14437512)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (35-240)||(35313548-35313753)
[»] scaffold1230 (1 HSPs)
scaffold1230 (224-343)||(1140-1259)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 5278665 - 5278281
Alignment:
11 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
5278665 gaggaacagagatccttatagtacttgaaggcactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtgctcaacaa 5278566  T
111 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 210  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
5278565 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 5278466  T
211 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
5278465 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatcagatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataattgatt 5278366  T
311 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatgatcagtcgactgtttactctaaattgatagttgtcttt 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
5278365 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatgatcagtcgactgtttactctaaattgataggtgtcttt 5278281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 11 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 5286646 - 5286289
Alignment:
11 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
5286646 gaggaacagagatccttatagtacttgaaggcactctttatgttggatttgtcacttcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtgctcaacaa 5286547  T
111 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 210  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
5286546 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgccgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 5286447  T
211 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
5286446 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatcagatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataattgatt 5286347  T
311 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatgatcagtcgact 368  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||    
5286346 atcttcaaaagcagtcttggtatgacaacaactagtttgagaacatgattagttgact 5286289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 358
Target Start/End: Original strand, 5282431 - 5282778
Alignment:
11 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
5282431 gaggaacagagatccttatagtactcgaaggcactctttatgttggatttgtcacgtccaatcaagacaacaatcgtctcttcaccaaagtgctcaacaa 5282530  T
111 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5282531 gggtgatgtgtttgtgttcccgattggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 5282630  T
211 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgatt 310  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
5282631 ggagttatcactgtagcaaatgctttgtttaaatcgaatccgcttatttccgacgaagttcttaccaaagcatttcaagtggataagagcataattgatt 5282730  T
311 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatga 358  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
5282731 atcttcaaaagcagtcttggtacgacaacaactagttggagaacatga 5282778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 359
Target Start/End: Original strand, 20353823 - 20354171
Alignment:
11 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
20353823 gaggaacagagatccttatagtactcgaaggcactctttatgttggatttgtcacgtccaatcaagacaacaatcgtctcttcaccaaagtgctcaacaa 20353922  T
111 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 210  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
20353923 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 20354022  T
211 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgatt 310  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
20354023 ggagtaatcactgttgcaaacgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataattgatt 20354122  T
311 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatgat 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
20354123 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagttggagaacatgat 20354171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 11 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 20358032 - 20357675
Alignment:
11 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
20358032 gaggaacagagatccttatagtacttgaaggcactctttatgttggatttgtcacttcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaagtgctcaacaa 20357933  T
111 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 210  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
20357932 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaatgccgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 20357833  T
211 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgatt 310  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
20357832 ggagttatcaccgttgcaaatgctttgtttaaatcagatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataattgatt 20357733  T
311 atcttcaaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatgatcagtcgact 368  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||    
20357732 atcttcaaaagcagtcttggtatgacaacaactagttagagaacatgattagttgact 20357675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 17 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 6235612 - 6235270
Alignment:
17 cagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtga 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||    
6235612 cagagatccttatagtactcgaaggcactctttatgttggatttgtcacgtccaatcaagacaacaatcgtctcttcaccaaagtgctaaacaagggtga 6235513  T
117 tgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaacccaggagtt 216  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6235512 tgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactaaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaacccaggagtt 6235413  T
217 atcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgattatcttc 316  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
6235412 atcaccgttgcaaatgctttgtttaaatctaatccgcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataattgattatcttc 6235313  T
317 aaaaacagtcttggtatgacaacaactagtcggagaacatgat 359  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
6235312 aaaagcagtcttggtatgacaacaactagttgaagaacatgat 6235270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0899 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0899
Description:

Target: scaffold0899; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 225 - 346
Target Start/End: Original strand, 3145 - 3265
Alignment:
225 tgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgattatcttcaaaaacag 324  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||    
3145 tgcaaatgcttttcttaaatctaatccgcctatttctgaaaaagttcttaccaaagcttttcgagtgcattagagcataattgattatcttc-aaagcag 3243  T
325 tcttggtatgacaacaactagt 346  Q
    |||||||||||||| |||||||    
3244 tcttggtatgacaataactagt 3265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 702528 - 702379
Alignment:
85 cgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 184  Q
    |||||| |||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || |||||||    
702528 cgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 702429  T
185 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcactgttgcaaatgct 234  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||| ||||||    
702428 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgct 702379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 710860 - 710676
Alignment:
19 gagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatg 118  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| || || |||| ||| |||   |||||| | || || ||||| ||||| || ||||    
710860 gagattcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaac---cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatg 710764  T
119 tgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaa 206  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||    
710763 tgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaa 710676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 100 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 717815 - 717709
Alignment:
100 gtactcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagca 199  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
717815 gtactaaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagca 717716  T
200 gtcaaaa 206  Q
    | |||||    
717715 gccaaaa 717709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 712847 - 713031
Alignment:
19 gagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatg 118  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| || || |||| ||| |||   |||||| |||| || ||||| ||||| || ||||    
712847 gagattcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaac---cgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatg 712943  T
119 tgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaa 206  Q
    |||||||||| || || || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||    
712944 tgtttgtgtttccaattggcctcattcactttcaattgaatgttgggtatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaa 713031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 218 - 287
Target Start/End: Original strand, 14437443 - 14437512
Alignment:
218 tcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttca 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || | | |||||| ||  |||||||||| || ||||||||    
14437443 tcactattgcaaatgctttgtttaaatctaatacacctatttctgaaaaagttcttacgaatgcttttca 14437512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 240
Target Start/End: Original strand, 35313548 - 35313753
Alignment:
35 tggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgat 134  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| || ||    
35313548 tggaaggcacactttacgttggatttgtttcctcaaatcaagacaataaccgtctcttcaccaaagtattgaacaaaggtgatgtatttgtgtttccaat 35313647  T
135 cggtcttattcattttcagttgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcactgttgcaaatgct 234  Q
    |||||| ||||| || || ||||| || || |||||  | ||| |||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||  |||||||||||    
35313648 cggtctcattcacttccaattgaacgttggttatggggaggctattgccattgctggtcttagtagccaaaaccctggagtgattaccattgcaaatgct 35313747  T
235 ttgttt 240  Q
     |||||    
35313748 gtgttt 35313753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1230 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold1230
Description:

Target: scaffold1230; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 224 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1259 - 1140
Alignment:
224 ttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataattgattatcttcaaaaaca 323  Q
    |||||||||||||||||||||||   || | |||||   |  ||||||||| ||||| |||||  || ||  | |||||||||||||||||| |||| ||    
1259 ttgcaaatgctttgtttaaatctacgccgcctatttttcagaaagttcttagcaaagtttttcgagtagactaaagcataattgattatctttaaaagca 1160  T
324 gtcttggtatgacaacaact 343  Q
    |||||| |||||||| ||||    
1159 gtcttgatatgacaataact 1140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University