View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13316_high_1 (Length: 638)
Name: NF13316_high_1
Description: NF13316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13316_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 631
Target Start/End: Original strand, 43157005 - 43157621
Alignment:
| Q |
17 |
agttggaaattagcgagtatttatcttgttattccacactcatttttgtttttatgcttcatggcaagtcttcatggtccatccccaaacgtagtttcta |
116 |
Q |
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| T |
43157005 |
agttggaaattagcgagtatttatcttgttattccacactcatttttgtttttatgcttcatggcaagtcttcatggtccatccccaaacgtagtttcta |
43157104 |
T |
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| Q |
117 |
ctctccatataaactaatgctactatgggccatcaaacattcaactcgtgtttaaatacggatctattaacatacatatcgatgatgattttcnnnnnnn |
216 |
Q |
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| T |
43157105 |
ctctccatataaactgctgctactatgggccatcaaacattcaactcgtgtttaaataaggatctattaacatacatatcgatgatgatttt-ttttttt |
43157203 |
T |
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| Q |
217 |
gaggggtcgatgttgatttctttaaagtggtggtgatatggatgtttaatttgattcaatgagtggccatcatttttactttaaataaactttcaataat |
316 |
Q |
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| T |
43157204 |
gaggggtcgatgttgatttctttaaagtggtggtgatatggatgtttaatttgattcaatgagtggccatcatttttactttaaataaactttcaataat |
43157303 |
T |
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| Q |
317 |
atatttctcaa--taggcacacaaatatttaattaacgaggtgtaattagaaccaacggagttgagtctagttgaatgaaccgtagattcttacaatgtg |
414 |
Q |
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| T |
43157304 |
atatttctcaaaataggcacacaaatatttaattaacgaggtgtaattagaaccaacggagttgagtctagttgaatgaactatagattctcacaatgtg |
43157403 |
T |
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| Q |
415 |
acaaatcaaagctcaatcttgaatgtatgatatacacacnnnnnnnattcaacacacctcaaatatgattacttcaagttgattaaaggaatgttgcgat |
514 |
Q |
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| T |
43157404 |
acaaatcaaagctcaatcttgaatatatgagatacacactttttttattcaacacacctcaaatatgattacttcaagttgattaaaggaatgttgcgat |
43157503 |
T |
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| Q |
515 |
aaactcaatcaaactcttaacttcatatcaacatgtcttttattcaatattttataaatagggtcgaagatcgaatctataagacctcttgaagcaaatg |
614 |
Q |
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| T |
43157504 |
aaactcaatcaaactcttaaattcatatcagcatgtcttttattcaatattttacaaatagggtcgaagatggaatctataagacctcttgaagcaaatg |
43157603 |
T |
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| Q |
615 |
atacac-ttagtataatc |
631 |
Q |
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| T |
43157604 |
atacactttagtataatc |
43157621 |
T |
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