View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13327_high_1 (Length: 816)

Name: NF13327_high_1
Description: NF13327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13327_high_1
NF13327_high_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (11-617)||(24061462-24062087)
chr1 (16-447)||(39450177-39450614)
chr1 (16-447)||(39471049-39471486)
chr1 (613-797)||(24061232-24061416)
chr1 (643-797)||(39450741-39450895)
chr1 (643-797)||(39460128-39460282)
chr1 (643-797)||(39471613-39471767)
chr1 (337-447)||(39459891-39460001)
[»] scaffold0458 (4 HSPs)
scaffold0458 (16-447)||(3007-3444)
scaffold0458 (643-797)||(2726-2880)
scaffold0458 (643-797)||(12767-12921)
scaffold0458 (337-447)||(13048-13158)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (28-444)||(44475899-44476318)
chr7 (164-442)||(44489080-44489361)
chr7 (187-272)||(44464871-44464956)
chr7 (695-756)||(44474623-44474684)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 24062087 - 24061462
Alignment:
Q  11 cgaagaaaataagaacgtcatggccacaaaaagggagacatttgaatttcaaaaatggtaatttaccattgaagatgtcaaataaagcacgcgctattta 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24062087 cgaataaaataagaacgtcatggccacaaaaagggagacatttgaatttcaaaaatggtcgtttgccattgaagatgtcaaataaagcacgcgctattta 24061988  T
Q  111 tgattcagctagacgccatgggagaaaactacttcaaaccgatgaagatagtattttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061987 tgattcagctagacgccatgggagaaaactacttcaaaccgatgaagatagtattttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaac 24061888  T
Q  211 tttaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagttgcaagtgatggatacttcctcatttttatcacagaaggtgtgtatgaagagt 310  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  24061887 ttcaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacggttgctagtgatggatacttcttcatatttatcaccaaaggtgtgtatcaagagt 24061788  T
Q  311 atgtctccattgataaaaagaagaaatacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttcac 410  Q
    | || || ||    ||||| || || ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||| ||||||||||||    
T  24061787 acgtatctatacccaaaaacaaaaagtacttgatgatggttggagagggaatcaatcaaacagttatcacaggagaccacaatgttgttgatggtttcac 24061688  T
Q  411 aacattcaattcagccacctttggtaagaaaaattaacttaga---------------cataagaaattgctacatattcacaattcatttagtcacaaa 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061687 aacattcaattcagccacctttggtaagaaaaattaacttacatattaaatagaccaccataagaaattgctacatattcacaattcatttagtcacaaa 24061588  T
Q  496 agcataata----nnnnnnnnnnnngctgaatcaagagcgtaatgacatcaaatcaccaatttatttagtaatctatttcgcgaaattggtttgaataac 591  Q
    | |||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061587 aacataatattttttttttttttttgctgaatcaagagcgtaatgacatcaaatcacaaaattatttagtaatctatttcgcgaaattggtttgaataac 24061488  T
Q  592 gattgataattttggttggtttctaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24061487 gattgataattttggttggtttctaa 24061462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 39450177 - 39450614
Alignment:
Q  16 aaaataagaacgtcatggccacaaaaagggagacatttgaatttcaaaaatggtaatttaccattgaagatgtcaaataaagcacgcgctatttatgatt 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39450177 aaaataagaacatcatggccacaaaatggaaagcatttgaatttcaaaaatggtcgtttgccattgaagatgtcaaataaagcacgtgctatttatgatt 39450276  T
Q  116 cagctagacgccatgggagaaaactacttcaaaccgat------gaagatagtattttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaa 209  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||      ||||||||| || |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39450277 ccgctagacgcaatgggagaaaactacttcaaactaatactaatgaagatagtgttgtggtgagtgatgttgtcgttgttagtcaagatggaagtggaaa 39450376  T
Q  210 ctttaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagttgcaagtgatggatacttcctcatttttatcacagaaggtgtgtatgaagag 309  Q
    ||||||| | |||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| |||||    
T  39450377 ctttaccgcaatcaatgacgccgtagctgctgcaccaaataacacggttgctagtgatggatacttcttcatatttatcaccaaaggtgtgtatcaagag 39450476  T
Q  310 tatgtctccattgataaaaagaagaaatacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttca 409  Q
    || || || ||    ||||| || || ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||| |||||||||||    
T  39450477 tacgtatctatacccaaaaacaaaaagtacttgatgatggttggagagggaatcaatcaaacagttatcacaggagaccacaatgttgttgatggtttca 39450576  T
Q  410 caacattcaattcagccacctttggtaagaaaaattaa 447  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||| ||| ||||    
T  39450577 caacattcaattcggctacatttggtaagcaaatttaa 39450614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 39471049 - 39471486
Alignment:
Q  16 aaaataagaacgtcatggccacaaaaagggagacatttgaatttcaaaaatggtaatttaccattgaagatgtcaaataaagcacgcgctatttatgatt 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39471049 aaaataagaacatcatggccacaaaatggaaagcatttgaatttcaaaaatggtcgtttgccattgaagatgtcaaataaagcacgtgctatttatgatt 39471148  T
Q  116 cagctagacgccatgggagaaaactacttcaaaccgat------gaagatagtattttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaa 209  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||      ||||||||| || |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39471149 ccgctagacgcaatgggagaaaactacttcaaactaatactaatgaagatagtgttgtggtgagtgatgttgtcgttgttagtcaagatggaagtggaaa 39471248  T
Q  210 ctttaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagttgcaagtgatggatacttcctcatttttatcacagaaggtgtgtatgaagag 309  Q
    ||||||| | |||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| |||||    
T  39471249 ctttaccgcaatcaatgacgccgtagctgctgcaccaaataacacggttgctagtgatggatacttcttcatatttatcaccaaaggtgtgtatcaagag 39471348  T
Q  310 tatgtctccattgataaaaagaagaaatacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttca 409  Q
    || || || ||    ||||| || || ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||| |||||||||||    
T  39471349 tacgtatctatacccaaaaacaaaaagtacttgatgatggttggagagggaatcaatcaaacagttatcacaggagaccacaatgttgttgatggtttca 39471448  T
Q  410 caacattcaattcagccacctttggtaagaaaaattaa 447  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||| ||| ||||    
T  39471449 caacattcaattcggctacatttggtaagcaaatttaa 39471486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 613 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 24061416 - 24061232
Alignment:
Q  613 tctaaattatgttatgacttatggcatgcatgaagatactgtatatgtcaacaatttcactaacttgatgcttcatctggttttgcagctgtagttgctc 712  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  24061416 tctatattatgtcatgacttatggcatgcatgaagatactttatatgtcaacgatttcactaacatgatgcttcatgtgggtttgcagctgtggttgctc 24061317  T
Q  713 aagggttcgtggcagttaacataacatttcgcaacaccgctggagcagcaaaacatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061316 aagggttcgtggcagttaacataacatttcgcaacaccgctggagcagcaaaaaatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 24061232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 643 - 797
Target Start/End: Original strand, 39450741 - 39450895
Alignment:
Q  643 tgaagatactgtatatgtcaacaatttcactaacttgatgcttcatctggttttgcagctgtagttgctcaagggttcgtggcagttaacataacatttc 742  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||||||| |||| | ||| | ||  ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39450741 tgaagataatctataggttaaaaatttcactaatttgacgtttcttgtgaattttcagctgtagttggtcaagggtttgtggcagttaacataacatttc 39450840  T
Q  743 gcaacaccgctggagcagcaaaacatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 797  Q
    |||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39450841 gcaacaccgctggaccaagcaaacaccaagcagttgcactaagaagtggagcaga 39450895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 643 - 797
Target Start/End: Original strand, 39460128 - 39460282
Alignment:
Q  643 tgaagatactgtatatgtcaacaatttcactaacttgatgcttcatctggttttgcagctgtagttgctcaagggttcgtggcagttaacataacatttc 742  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||||||| |||| | ||| | ||  ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39460128 tgaagataatctataggttaaaaatttcactaatttgacgtttcttgtgaattttcagctgtagttggtcaagggtttgtggcagttaacataacatttc 39460227  T
Q  743 gcaacaccgctggagcagcaaaacatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 797  Q
    |||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39460228 gcaacaccgctggaccaagcaaacaccaagcagttgcactaagaagtggagcaga 39460282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 643 - 797
Target Start/End: Original strand, 39471613 - 39471767
Alignment:
Q  643 tgaagatactgtatatgtcaacaatttcactaacttgatgcttcatctggttttgcagctgtagttgctcaagggttcgtggcagttaacataacatttc 742  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||||||| |||| | ||| | ||  ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39471613 tgaagataatctataggttaaaaatttcactaatttgacgtttcttgtgaattttcagctgtagttggtcaagggtttgtggcagttaacataacatttc 39471712  T
Q  743 gcaacaccgctggagcagcaaaacatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 797  Q
    |||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39471713 gcaacaccgctggaccaagcaaacaccaagcagttgcactaagaagtggagcaga 39471767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 447
Target Start/End: Original strand, 39459891 - 39460001
Alignment:
Q  337 tacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttcacaacattcaattcagccacctttggta 436  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  39459891 tacttgatgatggttggagagggaatcaatcaaacagttatcacaggagaccacaatgttgttgatggtttcacaacattcaattcggctacatttggta 39459990  T
Q  437 agaaaaattaa 447  Q
    || ||| ||||    
T  39459991 agcaaatttaa 39460001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 4)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 3444 - 3007
Alignment:
Q  16 aaaataagaacgtcatggccacaaaaagggagacatttgaatttcaaaaatggtaatttaccattgaagatgtcaaataaagcacgcgctatttatgatt 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3444 aaaataagaacatcatggccacaaaatggaaagcatttgaatttcaaaaatggtcgtttgccattgaagatgtcaaataaagcacgtgctatttatgatt 3345  T
Q  116 cagctagacgccatgggagaaaactacttcaaaccgat------gaagatagtattttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaa 209  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||      ||||||||| || |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3344 ccgctagacgcaatgggagaaaactacttcaaactaatactaatgaagatagtgttgtggtgagtgatgttgtcgttgttagtcaagatggaagtggaaa 3245  T
Q  210 ctttaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagttgcaagtgatggatacttcctcatttttatcacagaaggtgtgtatgaagag 309  Q
    ||||||| | |||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| |||||    
T  3244 ctttaccgcaatcaatgacgccgtagctgctgcaccaaataacacggttgctagtgatggatacttcttcatatttatcaccaaaggtgtgtatcaagag 3145  T
Q  310 tatgtctccattgataaaaagaagaaatacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttca 409  Q
    || || || ||    ||||| || || ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||| |||||||||||    
T  3144 tacgtatctatacccaaaaacaaaaagtacttgatgatggttggagacggaatcaatcaaacagttatcacaggagaccacaatgttgttgatggtttca 3045  T
Q  410 caacattcaattcagccacctttggtaagaaaaattaa 447  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||| ||| ||||    
T  3044 caacattcaattcggctacatttggtaagcaaatttaa 3007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 643 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 2880 - 2726
Alignment:
Q  643 tgaagatactgtatatgtcaacaatttcactaacttgatgcttcatctggttttgcagctgtagttgctcaagggttcgtggcagttaacataacatttc 742  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||||||| |||| | ||| | ||  ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2880 tgaagataatctataggttaaaaatttcactaatttgacgtttcttgtgaattttcagctgtagttggtcaagggtttgtggcagttaacataacatttc 2781  T
Q  743 gcaacaccgctggagcagcaaaacatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 797  Q
    |||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2780 gcaacaccgctggaccaagcaaacaccaagcagttgcactaagaagtggagcaga 2726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 643 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 12921 - 12767
Alignment:
Q  643 tgaagatactgtatatgtcaacaatttcactaacttgatgcttcatctggttttgcagctgtagttgctcaagggttcgtggcagttaacataacatttc 742  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||||||| |||| | ||| | ||  ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12921 tgaagataatctataggttaaaaatttcactaatttgacgtttcttgtgaattttcagctgtagttggtcaagggtttgtggcagttaacataacatttc 12822  T
Q  743 gcaacaccgctggagcagcaaaacatcaagcagttgcactaagaagtggagcaga 797  Q
    |||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12821 gcaacaccgctggaccaagcaaacaccaagcagttgcactaagaagtggagcaga 12767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 13158 - 13048
Alignment:
Q  337 tacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttcacaacattcaattcagccacctttggta 436  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  13158 tacttgatgatggttggagagggaatcaatcaaacagttatcacaggagaccacaatgttgttgatggtttcacaacattcaattcggctacatttggta 13059  T
Q  437 agaaaaattaa 447  Q
    || ||| ||||    
T  13058 agcaaatttaa 13048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 44476318 - 44475899
Alignment:
Q  28 tcatggccacaaaaagggagacatttgaatttcaaaaatggtaatttaccattgaagatgtcaaataaagcacgcgctatttatgattcagctaga---c 124  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||  | || ||| ||||||| || || |||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||   |    
T  44476318 tcatggccacaaaatggaagacatttgaattttcacaacggtcatttacctttcaaaatgtcagataaagtgcgtgctatttatgattcagctagaaatc 44476219  T
Q  125 gccatgggagaaaactacttcaaaccgatgaagatagtattttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaactttaccactatcaa 224  Q
    | |||||| ||||  ||||||||||   ||| || ||| ||   |||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||| || || ||    
T  44476218 gacatgggcgaaagttacttcaaacaattgatgaaagtgttactgtaagtgaaattgtgattgttaatcaagatggaagtggaaattttacaacaattaa 44476119  T
Q  225 tgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagttgcaagtgatggatacttcctcatttttatcacagaaggtgtgtatgaagagtatgtctccattgat 324  Q
    |||||| |||   | ||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||| || |||||| | || || ||| | ||| |||||||||| || ||        
T  44476118 tgatgctataaacgttgcaccaaataacacggttgctagtagtggttactttctgatttttgttaccgagggtatttatcaagagtatgtatctataccc 44476019  T
Q  325 aaaaagaagaaatacttaatgatgattggagaaggaattaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttcacaacattcaattcag 424  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||| ||| |||||||| ||  |||  ||||||  ||||||||  ||||| ||||||||||    
T  44476018 aaaaacaagaagtacttgatgatggttggagatgggattaatcgaacgattatcactggtgatcataatgttattgatggttctacaacgttcaattcag 44475919  T
Q  425 ccacctttggtaagaaaaat 444  Q
    | || ||||||||| |||||    
T  44475918 caacatttggtaagcaaaat 44475899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 164 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 44489361 - 44489080
Alignment:
Q  164 ttttggtaagtgatattgttgttgttagtcaagatggaagtggaaactttaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagt---tgc 260  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||  |   |||    
T  44489361 ttttggttagggacattgttgttgttagtcaagatgggagtggaaactttacaactatcaatgatgctgttgctgctgctccaaataacactatcaatgc 44489262  T
Q  261 aagtgatggatacttcctcatttttatcacagaaggtgtgtatgaagagtatgtctccattgataaaaagaagaaatacttaatgatgattggagaagga 360  Q
    ||   ||||||| ||| | || ||||||| ||| || || |||||||| |||||||| ||   | |||| |||   ||  | |||||||| ||||| |||    
T  44489261 aacaaatggatatttcatgatatttatcaaagagggcgtttatgaagaatatgtctctatccctcaaaacaaggcgtatctgatgatgatcggagatgga 44489162  T
Q  361 attaatcaaacaattatcacaggcaatcgcaatgttgctgatggtttcacaacattcaattcagccacctttggtaagaaaa 442  Q
    || || | |||||||||||| ||||||| || ||||| |||||| |  ||||| || |||||  | || |||||||||||||    
T  44489161 atcaaccgaacaattatcaccggcaatcacagtgttggtgatggatggacaacttttaattccccaacatttggtaagaaaa 44489080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 44464956 - 44464871
Alignment:
Q  187 gttagtcaagatggaagtggaaactttaccactatcaatgatgcaatagctgctgcaccaaataacacagttgcaagtgatggata 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||  | ||| | |||||||||||    
T  44464956 gttagtcaagatggaagtggaaactttaccacgattaatgatgctattgctgcagctccaaataaatctgtttctagtgatggata 44464871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 695 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 44474684 - 44474623
Alignment:
Q  695 ttgcagctgtagttgctcaagggttcgtggcagttaacataacatttcgcaacaccgctgga 756  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  44474684 ttgcagctgtggttgcacaaggattcttagcggttaacatgacatttcgcaacacggctgga 44474623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University