View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13333_low_2 (Length: 266)

Name: NF13333_low_2
Description: NF13333
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13333_low_2
NF13333_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-248)||(7100337-7100578)
chr1 (7-248)||(7580668-7580909)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (7-247)||(30061289-30061529)
chr5 (7-247)||(30750563-30750803)
chr5 (7-247)||(30337474-30337714)
chr5 (36-248)||(17983814-17984026)
chr5 (15-247)||(30207439-30207671)
chr5 (15-247)||(29873091-29873323)
chr5 (7-247)||(29854228-29854468)
chr5 (12-246)||(30400992-30401226)
chr5 (7-247)||(17417542-17417782)
chr5 (28-247)||(30712398-30712617)
chr5 (22-247)||(30484318-30484543)
chr5 (12-247)||(30476292-30476527)
chr5 (7-235)||(30676237-30676465)
chr5 (21-247)||(30520588-30520814)
chr5 (21-247)||(30560928-30561154)
chr5 (7-247)||(30436730-30436970)
chr5 (7-242)||(30241330-30241565)
chr5 (33-245)||(30330184-30330396)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-247)||(25292904-25293136)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-247)||(26708249-26708474)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-248)||(13617513-13617756)
chr4 (22-247)||(20295546-20295771)
chr4 (15-247)||(52352876-52353108)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 7 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 7100578 - 7100337
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100578 caaagatgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgagtttcttctcacccaagcaaaggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 7100479  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100478 tttaggtggtgttggaaaaacaactctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 7100379  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatcc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100378 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatcc 7100337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 7 - 248
Target Start/End: Original strand, 7580668 - 7580909
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  7580668 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaggattgttgagtttcttctcacccaagcgagggactcggacttcctttccgtctatccaattgttgg 7580767  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7580768 tttaggtggtgttggaaaaacaactcttgctcaattggtctacaacgatgatagggtgagtcacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 7580867  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatcc 248  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7580868 gtattctcggtcaaggggattttgtgttccattatagaatcc 7580909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30061529 - 30061289
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  30061529 caaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcaagggactctgacttcctttccgtctatcccatagttgg 30061430  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  30061429 tttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgag 30061330  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
      |||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  30061329 actttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatc 30061289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30750803 - 30750563
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  30750803 caaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgctgagtttcttctcacccaagcaagggactctgacttcctttccgtctatcccatagttgg 30750704  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  30750703 tttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtgacaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgag 30750604  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
      |||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  30750603 actttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatc 30750563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Original strand, 30337474 - 30337714
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  30337474 caaaagtgtttggacgagaagttgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgaaggactctgacttcctttccgtctatcccatagttgg 30337573  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  30337574 tttaggtggtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgag 30337673  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
      |||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  30337674 actttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatc 30337714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 36 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17984026 - 17983814
Alignment:
Q  36 gagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttggaaaaacaacccttt 135  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||     
T  17984026 gagaagattgttgagtttcttctcacccaagcgaggttctctgacttcctttccgtctatcccattgttgggttaggtggtgttggaaaaacaactcttg 17983927  T
Q  136 ctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaaggggattttgtgttc 235  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17983926 ctcaattggtctacaacgatgataacgtgagtgaaattttcaaaacaaaaatttgggtttgggtttcaaaggttttctcagtcaagggaattttgtgttc 17983827  T
Q  236 cattatagaatcc 248  Q
    | |||||||||||    
T  17983826 cgttatagaatcc 17983814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30207671 - 30207439
Alignment:
Q  15 tttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtg 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30207671 tttgggcgagaagatgataaagagaagattatcgagtttcttctcacccaagcgagggactccgacttcctttccgtctatcccattgttggtttaggtg 30207572  T
Q  115 gtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctc 214  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||| || |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||    
T  30207571 gtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgctagggtgagtagcaattttaatacaaaaatatgggtttgtgtttccgagactttctc 30207472  T
Q  215 agtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     |||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30207471 ggtcaagaggattttgtgctccattatagaatc 30207439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 29873323 - 29873091
Alignment:
Q  15 tttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29873323 tttggacgagaagatgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaagcgagggactctgacttcctttccgtctatcccattgttggtttaggtg 29873224  T
Q  115 gtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctc 214  Q
    || ||||||||||||| ||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  | | ||| ||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  29873223 gtattggaaaaacaactctcgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgacaaaaatatttgggtttgtgtttctgagactttctc 29873124  T
Q  215 agtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     |||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  29873123 tgtcaagaggatttgttgttccattatagaatc 29873091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 29854468 - 29854228
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  29854468 caaaagtgtttggacgagaagatgataaagaaaagattgttgagtttcttctcacccaaacgagggactcagacttcctttccgtctatcccatttttgg 29854369  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  | | ||||||||||||||| ||||| ||     
T  29854368 tttaggtggtgttggaaaaacaactcttcttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtggcaattttgataaaaaaatttgggtttgcgtttctgaa 29854269  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
      ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||    
T  29854268 actttctcagtcaagagaattttgtgttctattgtagaatc 29854228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 30401226 - 30400992
Alignment:
Q  12 gtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttag 111  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  30401226 gtgtttggacgaaaagatgataaagaaaagatttttgagtttcttctcacccatgcgagggactctgacttcctttccgtctaccccattgttggtttag 30401127  T
Q  112 gtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggtttt 211  Q
    ||||| |||| |||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||  | | || |  ||||||||||||||| |||  |||    
T  30401126 gtggtattggtaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagggactattttgacataagatcttgggtttgtgtttccgagacttt 30401027  T
Q  212 ctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaat 246  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  30401026 ctctgtcaagaggattttgtgttctattatagaat 30400992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Original strand, 17417542 - 17417782
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | |||  |||| || ||||||||||| || ||    
T  17417542 caaaggtgtttggacgggaagatgatacaaagaagattgttgagtttctgctcacccaagcaagggattgtgaaatcctttcagtctatcccatagttgg 17417641  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
     ||||||||| |||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||| || |||||||||||| |||||||||| ||     
T  17417642 gttaggtggtattggtaaaacaactctagctcaattggtctacaatgatgttagggtgagtagcaattttaatacaaaaatttggatttgtgtttctgat 17417741  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  17417742 gctttctcaatcaagaggattttgtgttccatcatagaatc 17417782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 247
Target Start/End: Original strand, 30712398 - 30712617
Alignment:
Q  28 atgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttggaaaaac 127  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  30712398 atgataaagaaaagattgtcgagtttcttctcacccatgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccattgttggtttaggtggtattggaaaaac 30712497  T
Q  128 aaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaaggggatt 227  Q
    ||| |||  ||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||||||  | | |||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||    
T  30712498 aactcttgttcaattgatctacaatgatgttagggtgagtcgcaattttgataaaaaattttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggatt 30712597  T
Q  228 ttgtgttccattatagaatc 247  Q
    |||||||  |||||||||||    
T  30712598 ttgtgttgtattatagaatc 30712617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30484543 - 30484318
Alignment:
Q  22 gagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttgg 121  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| | || | ||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  30484543 gagacgatgataaagaaaagattgtcgagtttcttctcacctatgcgaaggactctaacttcatttctgtctatcccattgttggtttaggtggtattgg 30484444  T
Q  122 aaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaag 221  Q
    ||||||||| |||  ||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||    
T  30484443 aaaaacaactcttgttcaattgatctacaatgatgttagggtgagtcgcaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaag 30484344  T
Q  222 gggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     ||||||||||||  |||||||||||    
T  30484343 aggattttgtgttgtattatagaatc 30484318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30476527 - 30476292
Alignment:
Q  12 gtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggc-cagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggttta 110  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||| || || | | ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||  ||    
T  30476527 gtgtttggacgagtagatgatagagagaggattgtcgagtttcttctcacccaagcgcaagta-tctgacttcctatccatctatcctattgttggccta 30476429  T
Q  111 ggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttt 210  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||  |||||| || |||||| ||||| |||||||||| |||  ||    
T  30476428 ggtggtgttggtaaaacaacacttgctcaaatggtctacaatgatcatagggtaagtagcaattttaatacaaaagtttggatttgtgtttcggagactt 30476329  T
Q  211 tctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  30476328 tctctgtcaaaaggattttgtgttccattatagaatc 30476292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 235
Target Start/End: Original strand, 30676237 - 30676465
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||||||| | || |||||||||||| | ||    
T  30676237 caaaagtgtttggacgagaagttgatcaagaaaagattgtcgagtttcttctcacccatgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccatttttgg 30676336  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| | | |||||||| ||||||||||| | ||||  | | |||| |||||||||||||||| |||    
T  30676337 tttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcaattgatcttcaatgatgttagggtgagtggccattttgataaaaaagtttgggtttgtgtttctgag 30676436  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttc 235  Q
      |||||| |||||| |||||||||||||    
T  30676437 actttctcggtcaagaggattttgtgttc 30676465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 30520588 - 30520814
Alignment:
Q  21 cgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | || ||||||| |||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| |||    
T  30520588 cgagaagatgataaagagaagattgtcgagtttcttctcacccaagcaaagggctctgacctcctttccatctatccaattgttggcttaggtggtattg 30520687  T
Q  121 gaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaa 220  Q
    | |||||||| ||| ||||||| ||||| |||||| |  ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||    
T  30520688 ggaaaacaactcttgctcaattagtttataatgatcaccgggtgagtgacaattttgatacaaaaatttgggtttgtgtttctgaggctttctctgttaa 30520787  T
Q  221 ggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
        ||||||||| | |||||||||||    
T  30520788 caaaattttgtgtactattatagaatc 30520814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 247
Target Start/End: Original strand, 30560928 - 30561154
Alignment:
Q  21 cgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | || ||||||| |||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| |||    
T  30560928 cgagaagatgataaagagaagattgtcgagtttcttctcacccaagcaaagggctctgacctcctttccatctatccaattgttggcttaggtggtattg 30561027  T
Q  121 gaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaa 220  Q
    | |||||||| ||| ||||||| ||||| |||||| |  ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||    
T  30561028 ggaaaacaactcttgctcaattagtttataatgatcaccgggtgagtgacaattttgatacaaaaatttgggtttgtgtttctgaggctttctctgttaa 30561127  T
Q  221 ggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
        ||||||||| | |||||||||||    
T  30561128 caaaattttgtgtactattatagaatc 30561154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30436970 - 30436730
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||  || | ||||||||||||  | || ||||||||| |||| ||    
T  30436970 caaaagtgttaggaagagacgatgataaagaaaagattgtccagtttcttcttacccttgcgaaggactctgactttatttctgtctatcccgttgttgg 30436871  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||| |||    
T  30436870 tttaggtggtattggaaaaacaactcttgttcaattgatctacaatgatgttagggtgagtcgcaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgag 30436771  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
      |||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  30436770 actttctcggtcaaaaggattttgtgttctattatagaatc 30436730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 7 - 242
Target Start/End: Original strand, 30241330 - 30241565
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |  | |||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||| |||||||| || | ||    
T  30241330 caaaagtgtttggacgagaagacgataaaaagaagattatccagtttcttctcacccaagcaaaggactccgacttcctttccatctatcccgtttttgg 30241429  T
Q  107 tttaggtggtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagag 206  Q
     ||||||||| |||||||||| || |||  ||||| ||| |||||||||| ||  ||||||  |||||| || || ||| |||||||||||||||| |||    
T  30241430 gttaggtggtcttggaaaaaccactcttcttcaatcggtctacaatgatgttaccgtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgag 30241529  T
Q  207 gttttctcagtcaaggggattttgtgttccattata 242  Q
      |||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  30241530 aatttctctgtcaacaggattttgtgttccattata 30241565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 245
Target Start/End: Original strand, 30330184 - 30330396
Alignment:
Q  33 aaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttggaaaaacaaccc 132  Q
    ||||| ||||||||  | |||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||      
T  30330184 aaagataagattgtcaagtttcttctcacccaagcgagggacactgacttcctttccatctatcccatagttggtttaggaggtattggaaaaacaacta 30330283  T
Q  133 tttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaaggggattttgtg 232  Q
    ||  || |||| |  || |||||  |||||||||||  ||||| || | || ||||||||||||||| |  |||  ||||||  ||||  ||||| ||||    
T  30330284 ttgttcgattgatccacgatgatattagggtgagtggaaattttaatataataatttgggtttgtgtatatgagactttctctctcaataggattgtgtg 30330383  T
Q  233 ttccattatagaa 245  Q
    ||| |||||||||    
T  30330384 ttctattatagaa 30330396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Original strand, 25292904 - 25293136
Alignment:
Q  15 tttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  25292904 tttggacgagaagatgataaagagaagactgtcgagtttcttcttacccaagcaagggactctgacttcctttccgtccatcccattgttggtttaggtg 25293003  T
Q  115 gtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctc 214  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||  || ||| || ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  25293004 gtgttggaaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagggtgagtagcacttttaatacaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctc 25293103  T
Q  215 agtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25293104 ggtcaagaggattttgtgttccattatagaatc 25293136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 26708474 - 26708249
Alignment:
Q  22 gagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttgg 121  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  26708474 gagacgatgataaagaaaagattgtcgagtttcttctcacccatgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccattgttggcttaggtggtattgg 26708375  T
Q  122 aaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaag 221  Q
    ||||||||| |||  ||| ||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  26708374 aaaaacaactcttgttcagttgatctacaacgatgttagggtgagtgacaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcagtcaag 26708275  T
Q  222 gggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     ||||||||||||| |||||||||||    
T  26708274 aggattttgtgttctattatagaatc 26708249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13617756 - 13617513
Alignment:
Q  7 caaaggtgtttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcgg 106  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||||| |  |||| ||||||||| || || | |||||||||||| ||    
T  13617756 caaaggtgtttggacgataagataataaagagaagattgttaggtttcatctcacccaagtgagggcctctgactttctttctgactatcccattgttgg 13617657  T
Q  107 tttaggtggtgttg--gaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcag 204  Q
    ||||||||||||||   ||||| ||| | | ||||| | || || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  13617656 tttaggtggtgttgcaaaaaaaaaactcctgctcaaattgtctaaaatgatgataaggtgggtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtatgtattttag 13617557  T
Q  205 aggttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatcc 248  Q
    ||||||||||| || || | ||||||  ||||||||||||||||    
T  13617556 aggttttctcaatctagagaattttgctttccattatagaatcc 13617513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Original strand, 20295546 - 20295771
Alignment:
Q  22 gagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtggtgttgg 121  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  20295546 gagacgatgataaaaaaaagattgtcgagtttcttctcacccatgcgaaggactctgacttcatttctgtctatcccattgttggtttaggtggtattgg 20295645  T
Q  122 aaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaag 221  Q
    ||||||||| |||  |||||| || |||||||||||| | ||||||| ||||||  | | || |||||||||||||||||| |||  ||||||  || ||    
T  20295646 aaaaacaactcttgttcaattagtctacaatgatgatcgcgtgagtggcaattttgataaaagaatttgggtttgtgtttctgagactttctccttcgag 20295745  T
Q  222 gggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     |||||||| |||| |||||||||||    
T  20295746 aggattttgcgttctattatagaatc 20295771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 52353108 - 52352876
Alignment:
Q  15 tttggacgagaagatgataaagagaagattgttgactttcttctcacccaggccagggactctgacttcctatccgtctatcccattgtcggtttaggtg 114  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| || ||  | | |||||||||    || ||||| ||||| ||||||||||    
T  52353108 tttggacggaaagaagataaagagaagattgccgagtttcttctcacccaagcgagtaagtttgacttccttgttgtgtatcctattgttggtttaggtg 52353009  T
Q  115 gtgttggaaaaacaaccctttctcaattggtttacaatgatgatagggtgagtgacaatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctc 214  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||| |||||| | || ||  | | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  52353008 gtgttggtaaaacaactcttgttcaattggtctacaatgatgttagagtgagtaaaaaatttcatagaaaaatttgggtttgtgtttctgaggatttctc 52352909  T
Q  215 agtcaaggggattttgtgttccattatagaatc 247  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  52352908 tgtcaataggattttgtgttccattatagaatc 52352876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University