View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1334_low_3 (Length: 604)

Name: NF1334_low_3
Description: NF1334
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1334_low_3
NF1334_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (86-536)||(32783282-32783733)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (86-536)||(49352536-49352987)
chr4 (88-532)||(49341164-49341607)
chr4 (86-373)||(19030658-19030946)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (106-532)||(29743899-29744323)
chr7 (106-532)||(29601938-29602362)
chr7 (106-532)||(29750932-29751356)
chr7 (194-230)||(35933788-35933824)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (106-532)||(35158050-35158474)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 86 - 536
Target Start/End: Original strand, 32783282 - 32783733
Alignment:
Q  86 cagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaa 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  32783282 cagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaattcaatcaattgaaa 32783381  T
Q  186 ctcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaa-taccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgat 284  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32783382 ctcatctcttgcaacatacactgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaaataccaccaccaaagtctacaaaatcttgaagaaatgat 32783481  T
Q  285 cttgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  32783482 cttgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcacctcccaaagcatcctaa 32783581  T
Q  385 catccatattagtaaatataaagtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagc 484  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32783582 catccatattagtaaatgtaaagtccttttgaaagagggagaagcaagtaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcgtaacttaatttgatagc 32783681  T
Q  485 aggcaaaatgtcatcttctttttgaggtaaattccaaatttcactgtctctg 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32783682 aggcaaaatgtcatcttctttttgaggtaaattccaaatttcactgtctctg 32783733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 86 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 49352987 - 49352536
Alignment:
Q  86 cagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaa 185  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49352987 cagtaggaaccggcgttaggccaagcaaatcatttttaagaaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcaacaattgaaa 49352888  T
Q  186 ctcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtac-aataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||   || || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  49352887 ctcatctcttgcaacatacaatgaaagatcatgcaccaaatcatgcaatttaaaaccacaaaaaccaccaccaaagtctctaaaattttgaagaaatgat 49352788  T
Q  285 cttgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaa 384  Q
    || |||  |||||| | ||  ||||||||| |  || |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||| ||||| ||||    
T  49352787 ctagactgaagctcgtacacaaactgaatgttcatatcttccaaggttttacccctacttggtggcggaagaaaaccaagtgccacccatagcacactaa 49352688  T
Q  385 catccatattagtaaatataaagtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagc 484  Q
    |||  | ||||| |||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  49352687 catgaaaattagaaaaatcaaagttcttttcaaagagagagaagcaagcaaaacattgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgagacc 49352588  T
Q  485 aggcaaaatgtcatcttctttttgaggtaaattccaaatttcactgtctctg 536  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  49352587 aggcaaaatgtcatcttctttttgtggtaaattccaaatctcactgtctctg 49352536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 88 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 49341607 - 49341164
Alignment:
Q  88 gtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaact 187  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  49341607 gtaggaactcgtgttaggccaagcaaatcatttttaataaatgacaaatgaaggacattctcgaatatattttcatcatgaaatttcaacaattgaaact 49341508  T
Q  188 catctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtac-aataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatct 286  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  49341507 catctcttgcaacatacaatgagagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatccacaaaaaccaccaccaaagtctacaaaatcttgaataaatgatct 49341408  T
Q  287 tgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaaca 386  Q
     |||  ||| || | ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||  ||| |||| ||||| ||||||    
T  49341407 agactgaaggtcgtacagaaactgaatgctaatatcttccaaggttttacccatgtttggtggtggaagaaaaccaaatgccacccatagcacactaaca 49341308  T
Q  387 tccatattagtaaatataaagtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagcag 486  Q
    || | |||| |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  49341307 tcaaaattaataaatggaaagtacttttcaaagagagagaagcaagcaaaacattgttttaaataagaaggtaactgatcataactt--tttgatagcag 49341210  T
Q  487 gcaaaatgtcatcttctttttgaggtaaattccaaatttcactgtc 532  Q
     ||||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  49341209 acaaaatgtcgtcatctttttgtggtaaatcccaaatttcactgtc 49341164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 86 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 19030946 - 19030658
Alignment:
Q  86 cagtaggaactggtgttacgccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaa 185  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  19030946 cagtaggaattggtgttttgccaagcaaatcattttcaataaatgacagatgaagaatattctctgatatattttcattatgaaatttcaacaactgaaa 19030847  T
Q  186 ctcatctcttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaa-taccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgat 284  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||||  | || |||||| ||||  |||||||||||| ||||||    
T  19030846 ctcatcttttgcaacatacaatgcaagatcgtgcactaaatcatgcaagttaaagtaacaacaaacatcaccaatgtcttcaaaatcttgaaggaatgat 19030747  T
Q  285 cttgaccaaagctcttgcagtaactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctccca 373  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||    
T  19030746 cttgaccaaagctcatgcagaaactgaatgctaatatctaccaaggttttacctctgtttggttgtggaagaaaaccaagtgcctccca 19030658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 106 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 29744323 - 29743899
Alignment:
Q  106 ccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacataca 205  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| ||| || |||||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  29744323 ccaagcaaatcatttgtagtaaatgacaaatggagaacattctcaattatattttcattatggaattttaacaattgaaactaatctcttgcaacatata 29744224  T
Q  206 atgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatcttgaccaaagctcttgcagt 305  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||  ||||||| | |  || |||||||| || ||||||||    ||||| ||||      
T  29744223 gggcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgcacaag--cattaccaaagacaacgaagtcttgaaggaaagatcttgattgtagctcgtgcaaa 29744126  T
Q  306 aactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaacatccatattagtaaatataa 405  Q
    || | | |||    | ||||||||||||||||| |||||||||   | |||| | |||| ||||||||||||||  | ||||   ||||| |||||| ||    
T  29744125 aattaattgccgacatcttccaaggttttacccttgtttggtgatgggagaagatcaagagcctcccaaagcacagtgacatgattattactaaatacaa 29744026  T
Q  406 agtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagcaggcaaaatgtcatcttcttt 505  Q
    |||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  29744025 agtcttttacaaagagggagaagcaggcaaaacatcgtttcaaataagacggtaattgatcaaaacttaatttgatagcaggcaaaatatcatctttttt 29743926  T
Q  506 ttgaggtaaattccaaatttcactgtc 532  Q
    ||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  29743925 ttgtggtaaattccaaatctcattgtc 29743899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 106 - 532
Target Start/End: Original strand, 29601938 - 29602362
Alignment:
Q  106 ccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacataca 205  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  29601938 ccaagtaaatcatttgtagtaaatgacaaatggagaacattcttaattatattttcattatggagtttcagcaattgaaactcatctctggcaacatata 29602037  T
Q  206 atgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaataccaccaccaaagtctata-aaatcttgaagaaatgatcttgaccaaagctcttgcag 304  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||  |||| || | ||| ||||||||||| || ||||||||    ||||| ||||     
T  29602038 gggcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatacacaaa--cattaccagagac-atagaaatcttgaaggaaagatcttgattgtagctcgtgcaa 29602134  T
Q  305 taactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaacatccatattagtaaatata 404  Q
     || ||| | |    | ||||||||||||||||| |||||||||   |||||| | |||| ||||||||||||||  | |||     | ||  |||| |     
T  29602135 aaattgattaccgacatcttccaaggttttacccttgtttggtgatggaagaaaatcaagagcctcccaaagcacagtgacagtataagtaacaaatttg 29602234  T
Q  405 aagtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagcaggcaaaatgtcatcttctt 504  Q
    ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29602235 aagtctttttcgaagagggagaagcaggcaaaacatcgttttaaataagatggtaattgatcaaaacttaatttgatagcaggcaaaatatcatcttctt 29602334  T
Q  505 tttgaggtaaattccaaatttcactgtc 532  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  29602335 tttgtggtaaattccaaatctcattgtc 29602362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 106 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 29751356 - 29750932
Alignment:
Q  106 ccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacataca 205  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29751356 ccaagtaaatcatttgtagtaaatgacaaatggagaacattcttaattatattttcattatggaatttcagcaattgaaactcatctcttgcaacatata 29751257  T
Q  206 atgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaataccaccaccaaagtctata-aaatcttgaagaaatgatcttgaccaaagctcttgcag 304  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | ||  |||| || | ||| ||||||||||| || ||||||||    ||||| ||||     
T  29751256 gggcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaa--tacacaaacattaccagagac-atagaaatcttgaaggaaagatcttgattgtagctcgtgcaa 29751160  T
Q  305 taactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaacatccatattagtaaatata 404  Q
     || ||| | |    | ||||||||||||||||| |||||||||   |||||| | |||| ||||||||||||||  | |||     |||| ||||        
T  29751159 aaattgattaccgacatcttccaaggttttacccttgtttggtgatggaagaaaatcaagagcctcccaaagcacagtgacagaataattactaaagtgg 29751060  T
Q  405 aagtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagcaggcaaaatgtcatcttctt 504  Q
    ||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  29751059 aagtcttttacaaagagggagaagcaggcaaaacatcgttttaaatatgagggtaattgatcaaaacttaatttgagagcaggcaaaatatcatcttctt 29750960  T
Q  505 tttgaggtaaattccaaatttcactgtc 532  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  29750959 tttgtggtaaattccaaatctcattgtc 29750932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 194 - 230
Target Start/End: Original strand, 35933788 - 35933824
Alignment:
Q  194 ttgcaacatacaatgcaagatcatgcactaaatcatg 230  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35933788 ttgcaacatacaatgcaagatcgtgcaccaaatcatg 35933824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 76; Significance: 8e-35; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 106 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 35158474 - 35158050
Alignment:
Q  106 ccaagcaaatcatttttaataaatgacagatgaaggacattctcgagtatattttcattatgaaatttcatcaattgaaactcatctcttgcaacataca 205  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||| | | |||| ||   |||||| ||| ||||  | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  35158474 ccaaacaaataatttttagtaaatgacaaatgtaaggcattttcagatatattgtcactatgggagttcaacaattgaaactcgtctcttgaaacataca 35158375  T
Q  206 atgcaagatcatgcactaaatcatgcaatttaaatgtacaataccaccaccaaagtctataaaatcttgaagaaatgatcttgaccaaagctcttgcagt 305  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||| | |||   ||  |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |      
T  35158374 atgcaaggtcatgcactagatcgtgcaatttgaatttgcaag--cataaccatagtcaataaaatcttgaagaaaagatcttgaccgtagctcttttaaa 35158277  T
Q  306 aactgaatgctagtaccttccaaggttttacccctgtttggtggcagaagaacaccaagcgcctcccaaagcacgctaacatccatattagtaaatataa 405  Q
    ||||   ||| | || ||| ||| || | |||| |||||||||   |||||| |||||| |||||||| || ||  |   ||  | | |  | ||    |    
T  35158276 aacttgttgccaatatctttcaaagtgtcacccttgtttggtgattgaagaaaaccaagtgcctcccagagtacaattgtatgaaaactgttgaaatgga 35158177  T
Q  406 agtccttttgaaagagagagaagcaagcaaaacatcgttttaaataagaaggtaactgatcataacttaatttgatagcaggcaaaatgtcatcttcttt 505  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||    
T  35158176 agtctttttcaaagagggagaagcaagcaaaacactgttttaaataagaaggtaattgatcataacttaatttgattgctggtaaaatgtcctcgtcttt 35158077  T
Q  506 ttgaggtaaattccaaatttcactgtc 532  Q
    ||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  35158076 ttgcggtaaattccaaatctcattgtc 35158050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University