View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13359_low_2 (Length: 806)

Name: NF13359_low_2
Description: NF13359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13359_low_2
NF13359_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-794)||(38021482-38022258)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 794
Target Start/End: Original strand, 38021482 - 38022258
Alignment:
Q  18 ctttcaatgtgatttaagggcaacaacatgcaatattaaccactcttcgagtgtcaccaactaagtgagagtagtgatagagcaacctcttcagccgtgg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38021482 ctttcaatgtgatttaagggcaacaacatgcaatattaaccactcttcgagtgttaccaactaagtgagagtagtgatagagcaaccttttcagccgtgg 38021581  T
Q  118 caatgcnnnnnnnggaactcaaatgcatgacagttggatcgtttgaatgctcgaattttacaactgttctttgagtaggaatgattaaaattttgaaatg 217  Q
    ||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38021582 caatgctttttttggaactcaaatgcatgaccgttggatcgtttgaatgctcgaattttacaactgttctttgagtaggaatgattaaaaatttgaaatg 38021681  T
Q  218 aaatgagagaaattgtaagaaaaatatgaaagtttgtggtgatctaaagagaacagattctatttatataatataagggtaaaaatatattttttaccaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38021682 aaatgagagaaattgtaagaaaaatatgaaagtttgtggtgatctaaagagaacagattctatttatataatataagggtaaaaatatattttttaccaa 38021781  T
Q  318 tcaatccaaacttgcacgtcgcaagctgcagagcagctcacagtacctttatgttgttctaacttaaggtttagagtttacaatcttgtattcaaatact 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38021782 tcaatccaaacttgcacgtcgcaagctgcagagcagctcacagtacctttatgttgttctaacttaaggtttagagtttacaatcttgtattcaaatact 38021881  T
Q  418 atggttcaataaactataccacgttgttttctgtttacagaagttgcaccatgtgtgggaaggttctatccgactcacctataagtactttgnnnnnnnn 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  38021882 atggttcaataaactataccacgttgttttctgtttacagaagttgcaccatgtgtgggaaggttctatccgactcacctataagtactttgtttttcct 38021981  T
Q  518 nnnnnngtacctatcttcgttgtctatcaattgggtcaataacttgatctatcaatttaaattatgctttgttctttaaaaattactatggtatactgaa 617  Q
          ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38021982 ttttttgtatctatctttgttgtctatcaattgggtcaataacttgatctatcaatttaaattatgctttgttctttaaaaattactatggtatactgaa 38022081  T
Q  618 ttttctgtgtgcttttgtatgtataatgtgtgatcatatgttcttgcgttgcctcttaagtccctttttccatgcatttgttgaattgataaggtggtat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38022082 ttttctgtgtgcttttgtatgtataatgtgtgatcatatgttcttgcgttgcctcttaagtccctttttccatgcatttgttgaattgataaggtggtat 38022181  T
Q  718 gtttccttataggttgcatctaacatctaagggtgttgatattaaggaatagatgcaagcaaataatgtatgatgat 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38022182 gtttccttataggttgcatctaacatctaagggtgttgatattaaggaatagatgcaagcaaataatgtatgatgat 38022258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University