View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1335_high_7 (Length: 498)
Name: NF1335_high_7
Description: NF1335
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1335_high_7 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 487
Target Start/End: Original strand, 263078 - 263568
Alignment:
| Q |
7 |
gatcatactcatgtgtatataatacagacaccgtagaaaacaactttaggttaagtctagttagccatatttttgggaaagcctaagagttaatccatag |
106 |
Q |
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| T |
263078 |
gatcatactcatgtgtatataatacagacaccgtagaaaacaactttaggttaagtctagttagccatatttttgggaaagcctaagagttaatccatag |
263177 |
T |
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| Q |
107 |
aattgaaataagtgctaaaccaagtttgtgagtattgaccagtatcttcaaatctaatttccacgg----------taaatcactcatgttccaaataat |
196 |
Q |
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263178 |
aattgaaataagtgctaaaccaagtttgtgagtattgaccagtatcttcaaatctaatttccacgggggaatgcgctaaatcactcatgttccaaataat |
263277 |
T |
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| Q |
197 |
tcaccttattattcaccaactaaaactatttattattcacccttaatgtgttcctctttaagtgttcttgtttcaatatttccaacattaccatttacct |
296 |
Q |
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| T |
263278 |
tcaccttattattcaccaactaaaactatttattattcacccttaatgtgttcctctttaagtgttcttgtttcaatatttccaacattaccatttacct |
263377 |
T |
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| Q |
297 |
caatctcttcattttccgtcatattgacccatgattcttttaggaacttcatgtctctatggaaaacatcaggaatattatcattgggtcactgtatctc |
396 |
Q |
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| T |
263378 |
caatctcttcattttccgccatattgacccatgattcttttaggaacttcatgtctctatggaaaacatcatgaatattatcattgggtcactgtatctc |
263477 |
T |
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| Q |
397 |
ttgttcaacttcctaatcttcatgtaccccatcttcattttctagttgagttgcatctacaattttcgagccatttgatttaattattcat |
487 |
Q |
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| T |
263478 |
ttgttcaacttcctaatcttcatgtaccccatcttcattttctagttgagttgcatctacaattttcgagccatttgatttaattattcat |
263568 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 652843 - 652353
Alignment:
| Q |
7 |
gatcatactcatgtgtatataatacagacaccgtagaaaacaactttaggttaagtctagttagccatatttttgggaaagcctaagagttaatccatag |
106 |
Q |
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| T |
652843 |
gatcatactcatgtgtatataatacagacaccgtagaaaacaactttaggttaagtctagttagccatatttttgggaaagcctaagagttaatccatag |
652744 |
T |
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| Q |
107 |
aattgaaataagtgctaaaccaagtttgtgagtattgaccagtatcttcaaatctaatttccacgg----------taaatcactcatgttccaaataat |
196 |
Q |
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| T |
652743 |
aattgaaataagtgctaaaccaagtttgtgagtattgaccagtatcttcaaatctaatttccacgggggaatgcgctaaatcactcatgttccaaataat |
652644 |
T |
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| Q |
197 |
tcaccttattattcaccaactaaaactatttattattcacccttaatgtgttcctctttaagtgttcttgtttcaatatttccaacattaccatttacct |
296 |
Q |
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| T |
652643 |
tcaccttattattcaccaactaaaactatttattattcacccttaatgtgttcctctttaagtgttcttgtttcaatatttccaacattaccatttacct |
652544 |
T |
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| Q |
297 |
caatctcttcattttccgtcatattgacccatgattcttttaggaacttcatgtctctatggaaaacatcaggaatattatcattgggtcactgtatctc |
396 |
Q |
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| T |
652543 |
caatctcttcattttccgccatattgacccatgattcttttaggaacttcatgtctctatggaaaacatcatgaatattatcattgggtcactgtatctc |
652444 |
T |
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| Q |
397 |
ttgttcaacttcctaatcttcatgtaccccatcttcattttctagttgagttgcatctacaattttcgagccatttgatttaattattcat |
487 |
Q |
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| T |
652443 |
ttgttcaacttcctaatcttcatgtaccccatcttcattttctagttgagttgcatctacaattttcgagccatttgatttaattattcat |
652353 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 838578 - 838088
Alignment:
| Q |
7 |
gatcatactcatgtgtatataatacagacaccgtagaaaacaactttaggttaagtctagttagccatatttttgggaaagcctaagagttaatccatag |
106 |
Q |
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| T |
838578 |
gatcatactcatgtgtatataatacagacaccgtagaaaacaactttaggttaagtctagttagccatatttttgggaaagcctaagagttaatccatag |
838479 |
T |
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| Q |
107 |
aattgaaataagtgctaaaccaagtttgtgagtattgaccagtatcttcaaatctaatttccacgg----------taaatcactcatgttccaaataat |
196 |
Q |
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| T |
838478 |
aattgaaataagtgctaaaccaagtttgtgagtattgaccagtatcttcaaatctaatttccacgggggaatgcgctaaatcactcatgttccaaataat |
838379 |
T |
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| Q |
197 |
tcaccttattattcaccaactaaaactatttattattcacccttaatgtgttcctctttaagtgttcttgtttcaatatttccaacattaccatttacct |
296 |
Q |
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| T |
838378 |
tcaccttattattcaccaactaaaactatttattattcacccttaatgtgttcctctttaagtgttcttgtttcaatatttccaacattaccatttacct |
838279 |
T |
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| Q |
297 |
caatctcttcattttccgtcatattgacccatgattcttttaggaacttcatgtctctatggaaaacatcaggaatattatcattgggtcactgtatctc |
396 |
Q |
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| T |
838278 |
caatctcttcattttccgccatattgacccatgattcttttaggaacttcatgtctctatggaaaacatcatgaatattatcattgggtcactgtatctc |
838179 |
T |
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| Q |
397 |
ttgttcaacttcctaatcttcatgtaccccatcttcattttctagttgagttgcatctacaattttcgagccatttgatttaattattcat |
487 |
Q |
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| T |
838178 |
ttgttcaacttcctaatcttcatgtaccccatcttcattttctagttgagttgcatctacaattttcgagccatttgatttaattattcat |
838088 |
T |
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