View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13362_low_1 (Length: 567)

Name: NF13362_low_1
Description: NF13362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13362_low_1
NF13362_low_1
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (15-553)||(38605590-38606137)
chr5 (97-382)||(40181191-40181480)
chr5 (174-362)||(41885803-41885992)
chr5 (165-253)||(40180547-40180635)
chr5 (106-253)||(38604990-38605140)
chr5 (323-379)||(38605210-38605266)
chr5 (505-541)||(41885617-41885653)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (109-284)||(44459541-44459716)
chr8 (109-284)||(44467074-44467249)
chr8 (399-551)||(44459271-44459423)
chr8 (399-551)||(44466804-44466956)
chr8 (97-377)||(44460150-44460430)
chr8 (97-377)||(44467683-44467963)
chr8 (97-236)||(34502246-34502385)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (97-377)||(46359020-46359300)
chr1 (415-551)||(46358842-46358978)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (177-244)||(9161362-9161429)
chr6 (184-243)||(410918-410977)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 553
Target Start/End: Original strand, 38605590 - 38606137
Alignment:
Q  15 gacatcatctggacaaggaggaaggtaagtgtaagtgtaaccttgagaagaagagtgaagattatcatctttggagtgcag---cagcagcaagttttga 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  38605590 gacatcgtctggacaaggaggaaggtaagtgtaagtgtagccttgagaagaagagtgacgattatcatctttggagtgcagcagcagcagcaagttttga 38605689  T
Q  112 cagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgatttggcacacattgaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38605690 cagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgatttggcacacattgaa 38605789  T
Q  212 agacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgaggtgattgagaatgggtgggttaagaag 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38605790 agacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgacctataattgagaagaattgtatgaggtgattgagaatgggtgggttaagaag 38605889  T
Q  312 gcctgtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcatttttccttagtttaagatgagat------gattcagaagagcac 405  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      |||||||||||||||    
T  38605890 gccggtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcattcttccttagtttaagatgagatgattcagattcagaagagcac 38605989  T
Q  406 attgatgagacaagggattcgagaacaggggtagtgattaggcacttataatttttccaaacccaccttatgaacaagataaggttgtgaggtgatacct 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38605990 attgatgagacaagggattcgagaacaggggtagtgattaggcacttataatttttccaaacccaccttatgaacaagataaggttgtgaggtgatacct 38606089  T
Q  506 ttggggtttgaactaatttggtttgacaagaggtttgaataactttga 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38606090 ttggggtttgaactaatttggtttgacaagaggtttgaataactttga 38606137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 97 - 382
Target Start/End: Original strand, 40181191 - 40181480
Alignment:
Q  97 agcagcaagttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtc---aaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtctt 193  Q
    |||||||| |||||| |||||||    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  40181191 agcagcaacttttgatagatagactctgcttggtggatcatatcagcactacaccttgtgctcctcaaaagagcttgcagtgtatagtaatatgtatctt 40181290  T
Q  194 gatttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgaggtgattgag 293  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| |||||||| | ||| ||||   |||| |||| ||||||| ||| |||||| | ||||||    
T  40181291 gatttggcacacattgaaatacgtcaaaattatgaaaaacatcaagtgctgcctttccttgctgccccataactgagaaggattctatgagtttattgag 40181390  T
Q  294 aatgggtgggttaagaaggcctgtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacag-aaaaagtatgtcatttttccttagtttaa 382  Q
    |||   ||  ||||||| | | |||| |||  ||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||  || |||||||||||||    
T  40181391 aatccttgcattaagaaagtcagtttcatagcggccaatatacttaagcatgtcccacagaaaaaaatatgtatttcttccttagtttaa 40181480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 174 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 41885992 - 41885803
Alignment:
Q  174 tgtaaagtaatatgtgtcttgatttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaag 273  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||||||||| ||  ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  41885992 tgtaaagtaatatgtatcttgatttggctcacattgaaaagcctcaaatttatgaaaaacatcgtgtgcagctttcccttctcgccccataattgagaag 41885893  T
Q  274 aattgtatgaggtgattgagaatgggtgggttaagaaggcctgtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccaca-gaaaaagtat 362  Q
    |||| ||| || | ||| |||||  | | |||||||||||| || |||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41885892 aattctattagtttatttagaatccgagcgttaagaaggccggtctgataatggcctgtagtcttaagcaaatcccacaggaaaaagtat 41885803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 165 - 253
Target Start/End: Original strand, 40180547 - 40180635
Alignment:
Q  165 agcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgatttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgcctt 253  Q
    |||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  40180547 agcttgcagtgtaaagatatatgtatcttgatttggcacacattgaaagacctcaaatttatgaaaaacatcaagtgcagccttccctt 40180635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 106 - 253
Target Start/End: Original strand, 38604990 - 38605140
Alignment:
Q  106 ttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtc---aaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgatttggca 202  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||| ||  |||| |||   ||||||||||  |||||||||  |||||  |||||||| ||||    
T  38604990 ttttgacagatagaagcggcttgctggagcatatcagcactgcaacttgttgtcttaaaaagagcttccagtgtaaagatatatgaatcttgattaggca 38605089  T
Q  203 cacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgcctt 253  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||| ||||    
T  38605090 cacactgaaagacctcaaatttatgaaaaacttggagtgcagtcttacctt 38605140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 379
Target Start/End: Original strand, 38605210 - 38605266
Alignment:
Q  323 aatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcatttttccttagtt 379  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  38605210 aatggccaatatgtttaagcaagtcccacagaaaaagtatgtcattctgccttagtt 38605266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 505 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 41885653 - 41885617
Alignment:
Q  505 tttggggtttgaactaatttggtttgacaagaggttt 541  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  41885653 tttggggtttgaactaatttaatttgacaagaggttt 41885617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 109 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44459716 - 44459541
Alignment:
Q  109 tgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgatttggcacacatt 208  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||| |||| || |||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  44459716 tgacagatagaagctgcttgatggatcatatgagtactacaggtcgtggtcaaaagagcttgcagagtaaagtaatatgtatcgtgatttggcacacact 44459617  T
Q  209 gaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgag 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44459616 gaaaggcctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagatttaccttctcgccccataattgagaaggattgtatgag 44459541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 109 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44467249 - 44467074
Alignment:
Q  109 tgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgatttggcacacatt 208  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||| |||| || |||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  44467249 tgacagatagaagctgcttgatggatcatatgagtactacaggtcgtggtcaaaagagcttgcagagtaaagtaatatgtatcgtgatttggcacacact 44467150  T
Q  209 gaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgag 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44467149 gaaaggcctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagatttaccttctcgccccataattgagaaggattgtatgag 44467074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 399 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 44459423 - 44459271
Alignment:
Q  399 agagcacattgatgagacaagggattcgagaacaggggtagtgattaggcacttataatttttccaaacccaccttatgaacaagataaggttgtgaggt 498  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| | ||| ||||||||| || |||| ||   |||||| || ||||||    
T  44459423 agagcatattgatgaaacaagggattccagaacaggggtagtgatgaggtccttgttattcttccaaaccaactttataaagttgataagattatgaggt 44459324  T
Q  499 gatacctttggggtttgaactaatttggtttgacaagaggtttgaataacttt 551  Q
       |||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  44459323 tgaacctttggggcttcaacaaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 44459271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 399 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 44466956 - 44466804
Alignment:
Q  399 agagcacattgatgagacaagggattcgagaacaggggtagtgattaggcacttataatttttccaaacccaccttatgaacaagataaggttgtgaggt 498  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| | ||| ||||||||| || |||| ||   |||||| || ||||||    
T  44466956 agagcatattgatgaaacaagggattccagaacaggggtagtgatgaggtccttgttattcttccaaaccaactttataaagttgataagattatgaggt 44466857  T
Q  499 gatacctttggggtttgaactaatttggtttgacaagaggtttgaataacttt 551  Q
       |||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  44466856 tgaacctttggggcttcaacaaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 44466804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 44460430 - 44460150
Alignment:
Q  97 agcagcaagttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgat 196  Q
    |||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||| |||||| || |||  |  |||||| |||||||    
T  44460430 agcagcatcttttgacacatagaagcggcttggtggatcatatcagtggtacactttgtggtcaaaaaagcttgcagcgtatggatatatgtatcttgat 44460331  T
Q  197 ttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgaggtgattgagaat 296  Q
    | ||||| ||||||||  |||||||  ||||||||||||| ||| | | ||| ||||  | |   || | |   ||| | |||| ||| |||||||||||    
T  44460330 tcggcacgcattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttcgagtccggtctttccttggcacaacatcaatccaaaggagtgtaggagttgattgagaat 44460231  T
Q  297 gggtgggttaagaaggcctgtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcatttttccttag 377  Q
        | | |||||||| | || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  44460230 cctggtgctaagaaggtcagtctgatagtggccaatatgcttaagcaattcccacagaaaaaatatgtcgttcttccttag 44460150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 44467963 - 44467683
Alignment:
Q  97 agcagcaagttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgat 196  Q
    |||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||| |||||| || |||  |  |||||| |||||||    
T  44467963 agcagcatcttttgacacatagaagcggcttggtggatcatatcagtggtacactttgtggtcaaaaaagcttgcagcgtatggatatatgtatcttgat 44467864  T
Q  197 ttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgaggtgattgagaat 296  Q
    | ||||| ||||||||  |||||||  ||||||||||||| ||| | | ||| ||||  | |   || | |   ||| | |||| ||| |||||||||||    
T  44467863 tcggcacgcattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttcgagtccggtctttccttggcacaacatcaatccaaaggagtgtaggagttgattgagaat 44467764  T
Q  297 gggtgggttaagaaggcctgtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcatttttccttag 377  Q
        | | |||||||| | || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  44467763 cctggtgctaagaaggtcagtctgatagtggccaatatgcttaagcaattcccacagaaaaaatatgtcgttcttccttag 44467683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 97 - 236
Target Start/End: Original strand, 34502246 - 34502385
Alignment:
Q  97 agcagcaagttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgat 196  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |||||||||| | |||||||   ||||  ||||| ||||||||||||  |||||||||   ||||| ||| |||    
T  34502246 agcagcatcttttgacagatagaagcggcttggtgggtcatatcagtgatacatcttgtgatcaaaagagctttcagtgtaaaggtgtatgtatctcgat 34502345  T
Q  197 ttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttc 236  Q
    | ||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||    
T  34502346 tcggcacacattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttc 34502385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 46359300 - 46359020
Alignment:
Q  97 agcagcaagttttgacagatagaagaggcttggtggatgatatcagcactacacgttgtggtcaaaagagcttgaagtgtaaagtaatatgtgtcttgat 196  Q
    |||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||| |||||| || |||  |  |||||| |||||||    
T  46359300 agcagcatcttttgacacatagaagcggcttggtggatcatatcagtggtacactttgtggtcaaaaaagcttgcagcgtatggatatatgtatcttgat 46359201  T
Q  197 ttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcagacttgccttctcgccctataattgagaagaattgtatgaggtgattgagaat 296  Q
    | ||||| ||||||||  |||||||  ||||||||||||| ||| | | ||| ||||  | |   || | |   ||| | |||| ||| |||||||||||    
T  46359200 tcggcacgcattgaaatgcctcaaatttatgaaaaacttcgagtccggtctttccttggcacaacatcaatccaaaggagtgtaggagttgattgagaat 46359101  T
Q  297 gggtgggttaagaaggcctgtttgataatggccaatattcttaagcaaatcccacagaaaaagtatgtcatttttccttag 377  Q
        | | |||||||| | || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  46359100 cctggtgctaagaaggtcagtctgatagtggccaatatgcttaagcaattcccacagaaaaaatatgtcgttcttccttag 46359020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 415 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 46358978 - 46358842
Alignment:
Q  415 acaagggattcgagaacaggggtagtgattaggcacttataatttttccaaacccaccttatgaacaagataaggttgtgaggtgatacctttggggttt 514  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| | ||| ||||||||| || |||| ||   |||||| || ||||||   |||||||||| ||    
T  46358978 acaagggattccagaacaggggtagtgatgaggtccttgttattcttccaaaccaactttataaagttgataagattatgaggttgaacctttggggctt 46358879  T
Q  515 gaactaatttggtttgacaagaggtttgaataacttt 551  Q
     ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  46358878 caacaaatttagtttgacaagaggtttcaataacttt 46358842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 177 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9161429 - 9161362
Alignment:
Q  177 aaagtaatatgtgtcttgatttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgcag 244  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  9161429 aaagtaatatgtctcttgattcggaacacattgaaagacctcaaattaatgaaaaacttcaagtgcag 9161362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 184 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 410977 - 410918
Alignment:
Q  184 tatgtgtcttgatttggcacacattgaaagacctcaaacatatgaaaaacttcaagtgca 243  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  410977 tatgtatcttgatttggaacacattgaaatacctcaaatttatgaaaaacttcaagtgca 410918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University