View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13363_high_1 (Length: 943)

Name: NF13363_high_1
Description: NF13363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13363_high_1
NF13363_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-933)||(7904897-7905820)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 7905820 - 7904897
Alignment:
Q  1 cttccttgtcttatcacccgttatctccctcatattgtagcttcactcttgccatctcatcagacattgaaccttcttcttttaaacaggcccaaagtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905820 cttccttgtcttatcacccgttatctccctcatattgtagcttcactcttgccatctcatcagacattgaaccttcttcttttaaacaggcccaaagtga 7905721  T
Q  101 tccacgttggcaacttgctatgtctcctgagctttagtgctttggaagcaactggaacatggatatttgtagatcctccccccaatatttctcccattgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905720 tccacgttggcaacttgctatgtcccctgagctt-agtgctttggaagcaactggaacatggatatttgtagatcctccccccaatatttctcccattgg 7905622  T
Q  201 aagcaaatgggtcttcaagattaaacggcatgccaatggttctattgagcgctatagagcacgtcttgtagccaagggttacaatcaaatcgaaggcgtg 300  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905621 aagcaaatggatcttca-gattaaacggtatgccaatggttctattgagcgctataatgcatgtcttgtagccaagggttacaatcaaatcgaaggcgtg 7905523  T
Q  301 gannnnnnnnng-cactctctctggtggaaaaactgtcaactgtttgattgttgcttgttgttgcttctataaaacgatggcatctccaccaattagacg 399  Q
    ||           ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905522 gattttttttttacactctctctggtggcaaaactgtcaattgtttgattgttgcttgctgttacttctattaaacgatggcatctccaccaattagacg 7905423  T
Q  400 ttaacaacgccttcttgcacggtgatcttcaagaggatgtctacatgcaccctcctcaaggtgtttctcctcctaggcctgggcaggtttgtaagctgct 499  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905422 ctaacaacaccttcttgcacggtgatcttcaagaggatgtctacatgcaccctcctcaaggtgtttctcctcctaggcctgggcaggtttgtaagctgct 7905323  T
Q  500 caagtccttatacggcctcaaacatgccagccggcgttggtttgaaaagcttatttcactcctcctgaccattggttttgtgcaagcttcagctgatcac 599  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905322 caagtccttatacggcctcaaacaagccagccggcgttggtttgaaaagcttatttcactcctcctgaccattggttttgtgcaagcttcagctgatcac 7905223  T
Q  600 tcctttttaattcgtgcttctccaacttctttcacagctttattaatatacgtgaatgacattatattggctggtgactgccttgctgcttttgctgaga 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905222 tcctttttaattcgtgcttctccaacttctttcacagctttattaatatacgtgaatgacattatattggctggtgactgccttgctgcttttgctgaga 7905123  T
Q  700 ttaagcaattgcttgatcatcattttcgtatcaaagaccttggccagctcaagttctttcttggcttggaggttgctcattcctcaaaaggtttaaaggt 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||    
T  7905122 ttaagcaattgcttgatcatcattttcgtatcaaagacctaggctagctcaagttctttcttggcttggaggttgctcattcctcaaa--------aggt 7905031  T
Q  800 atatccctctgtcaacgcaaatattgcctcgacttactttcagatgcaggcctaaccacttgtaaaccggttagtactcctcttgattatgcttgtcgtc 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7905030 atatccctctgtcaacgcaaatattgcctcgacttactttcagatgcaggcctaaccacttgtaaatcggttagtactcctcttgattatgcttgtcttc 7904931  T
Q  900 tccacattgatgatggacctccctttgatgatgt 933  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904930 ttcacattgatgatggacctccctttgatgatgt 7904897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University