View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13366_high_5 (Length: 645)
Name: NF13366_high_5
Description: NF13366
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13366_high_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 532; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 532; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Original strand, 1529782 - 1530396
Alignment:
| Q |
18 |
caaaggtgagtctattctttcattactttgctgttacaacatcaagaatccctaaattaattttaaaattgcaaccttctaattatttggttatatgaaa |
117 |
Q |
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| T |
1529782 |
caaaggtgagtctattctttcattactttgctgttacaacatcaagaatccctaaattaattttaaaattgcaaccttctaattatttggttatatgaaa |
1529881 |
T |
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| Q |
118 |
tcttctaatattgatacttatgttcatctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnnaatgattatttgaaaa |
217 |
Q |
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| T |
1529882 |
tcttctaatattgatacttatgttcatctcaaggtcgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagttttttttttaatgattatttgaaaa |
1529981 |
T |
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| Q |
218 |
ccccttttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgt |
317 |
Q |
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| T |
1529982 |
ccccttttgatctatgtgctaaaaattgagttttttttgttgggtttgttgaaatctgaatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgt |
1530081 |
T |
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| Q |
318 |
ttaatgattgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattctattgagtggtgaaatggtgattg |
417 |
Q |
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| T |
1530082 |
ttaatgattgttgtttttttaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattctattgagtggtgaaatggtgattg |
1530181 |
T |
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| Q |
418 |
attattgagatgttagttatttttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgt |
517 |
Q |
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| T |
1530182 |
attattgagatgttagttatttttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgt |
1530281 |
T |
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| Q |
518 |
tggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaa |
617 |
Q |
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| T |
1530282 |
tggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaa |
1530381 |
T |
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| Q |
618 |
tttttgcagaataat |
632 |
Q |
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| T |
1530382 |
tttttgcagaataat |
1530396 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 22476936 - 22476322
Alignment:
| Q |
18 |
caaaggtgagtctattctttcattactttgctgttacaacatcaagaatccctaaattaattttaaaattgcaaccttctaattatttggttatatgaaa |
117 |
Q |
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| T |
22476936 |
caaaggtgagtctattctttcattactttgttgttacaacatgagaaatccctaaattaattttaaaattgcagccttctaattatttggttatatgaaa |
22476837 |
T |
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| Q |
118 |
tcttctaatattgatacttatgttcatctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnna--atgattatttgaa |
215 |
Q |
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| T |
22476836 |
tcttctaatattgatacttatgttcatctcaaggtcgatttgtgcattgtatctcttctactttttttaatcagtttttttttttttatgattatttgaa |
22476737 |
T |
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| Q |
216 |
aaccccttttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacat |
315 |
Q |
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| T |
22476736 |
aaccccttttgatctatgtgctaaaaattaagttttttttgtttggtttgttgaaatctggattgtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacat |
22476637 |
T |
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| Q |
316 |
gtttaatgattgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattct-attgagtggtgaaatggtga |
414 |
Q |
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| T |
22476636 |
gtttaatgattgttgtttttttaatttatcagagtgatccttggttctgggtatgcttgatgataatttgctggattcttattgagtggtgaaatggtga |
22476537 |
T |
|
| Q |
415 |
ttgattattgagatgttagttatttttagctgtatataatttgtgtttttt-ggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgtttt |
513 |
Q |
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| T |
22476536 |
ttggttattgagatgttagttatttttagttgtatataatttttgtttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgtttt |
22476437 |
T |
|
| Q |
514 |
ttgttggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggc |
613 |
Q |
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| T |
22476436 |
ttgttggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggc |
22476337 |
T |
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| Q |
614 |
ctaatttttgcagaa |
628 |
Q |
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| T |
22476336 |
ctaatttttgcagaa |
22476322 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Original strand, 26841551 - 26842174
Alignment:
| Q |
18 |
caaaggtgagtctattctttcattactttg------ctgttacaacatcaagaatccctaaattaattttaaaattgcaaccttctaattatttggttat |
111 |
Q |
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| T |
26841551 |
caaaggcgagtctattctttcgttactttgttgtgcctgttacaacatcaagaatccctaaattaattttaaaattgcaaccttctaattattgggttat |
26841650 |
T |
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| Q |
112 |
atgaaatcttctaatattgatacttatgttcatctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnnaatgattatt |
211 |
Q |
| |
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| T |
26841651 |
atgaaatcttctaatattgatacttatgttcatctcaaggtcgatttgtgaattgtatctcttatt-tttttttaatcagttttttttt--atgattatt |
26841747 |
T |
|
| Q |
212 |
tgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnn--gttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctattt |
309 |
Q |
| |
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|
| T |
26841748 |
tgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgagtatttcttttgttcgttttgttgaaatctggattgtagtttgaatttgataaatattgctattt |
26841847 |
T |
|
| Q |
310 |
aaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattct-attgagtggtgaaa |
408 |
Q |
| |
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| T |
26841848 |
aaacatgtttgatgattgttgtttttttaatttatcagagtgatccttggttctgggtatgcttgatgataatttgctagattcttattgagtggtgaaa |
26841947 |
T |
|
| Q |
409 |
tggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagt |
508 |
Q |
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| T |
26841948 |
tggtgattgattattgagatgttagttatttttagttgtatataatctgtgttttttggaaattggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagt |
26842047 |
T |
|
| Q |
509 |
gttttttgttggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcacta---ttcttatatttatgttcatttc |
605 |
Q |
| |
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|
| T |
26842048 |
gttttttgttggaggaatagattgtttgattaattgtgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttcttatatttatgttcatttc |
26842147 |
T |
|
| Q |
606 |
aatttggcctaatttttgcagaataat |
632 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
26842148 |
aatttggcctaatttttgcagaataat |
26842174 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 206 - 580
Target Start/End: Original strand, 29099045 - 29099432
Alignment:
| Q |
206 |
attatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgct |
305 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
29099045 |
attatttggaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgaatttttttaat-gggtttgtttaaatctgcattgtagtttgaatttgataaagattgct |
29099143 |
T |
|
| Q |
306 |
atttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnna--------atttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattc-tat |
396 |
Q |
| |
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| T |
29099144 |
atttaaatatgtttaatgattgtttttttttatttttttttatttatcagagtgattcttgcttctggttatgcttgatgatggtttgctggattcatat |
29099243 |
T |
|
| Q |
397 |
tgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataattt-----gtgttttttggaatttggtatttgattgatatgta |
491 |
Q |
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| T |
29099244 |
tgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttacttttagctgtatataatataatctgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgta |
29099343 |
T |
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| Q |
492 |
ctggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgca |
580 |
Q |
| |
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|
| T |
29099344 |
ctggtttgaaaagtagtgttttttgtctgtggaagagattgcttgattaattaggaattagttaggatggatttgcagaataatatgca |
29099432 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 289 - 454
Target Start/End: Original strand, 21923016 - 21923182
Alignment:
| Q |
289 |
atttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctg |
388 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
21923016 |
atttgataaatactgctatttaaacatgtttaatgattgttgttttttttatttatcagagtgatccttggttctggttatgcttgatgataatttgttg |
21923115 |
T |
|
| Q |
389 |
gattct-attgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataat |
454 |
Q |
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| T |
21923116 |
gattcttattgagtggtgaaatggtgattaattattgagatgttagttatttttagctgtatataat |
21923182 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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