View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13366_high_7 (Length: 569)

Name: NF13366_high_7
Description: NF13366
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13366_high_7
NF13366_high_7
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-556)||(15063456-15064010)
chr5 (80-498)||(7100535-7100964)
chr5 (80-498)||(12021856-12022285)
chr5 (80-498)||(40368409-40368838)
chr5 (80-498)||(16797236-16797665)
chr5 (80-498)||(37680603-37681032)
chr5 (374-549)||(26455364-26455539)
chr5 (366-478)||(30064953-30065065)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (142-550)||(17783257-17783675)
chr8 (80-498)||(198845-199274)
chr8 (80-498)||(313682-314111)
chr8 (80-498)||(30406964-30407393)
chr8 (80-498)||(43808644-43809073)
chr8 (80-498)||(1289892-1290320)
chr8 (80-498)||(41948375-41948806)
chr8 (229-361)||(31474464-31474597)
chr8 (86-297)||(27437620-27437832)
chr8 (434-498)||(31474317-31474381)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (80-498)||(7941244-7941673)
chr7 (80-498)||(27759964-27760393)
chr7 (67-337)||(13829437-13829708)
chr7 (436-540)||(13829224-13829328)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (80-498)||(8316665-8317094)
chr6 (100-498)||(27569344-27569753)
chr6 (62-498)||(17162645-17163092)
chr6 (371-546)||(15566014-15566189)
chr6 (80-541)||(17887747-17888219)
chr6 (301-342)||(15566228-15566269)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (80-498)||(54168505-54168934)
chr3 (67-498)||(53355364-53355806)
chr3 (80-291)||(43552859-43553071)
chr3 (51-342)||(9816389-9816681)
chr3 (436-498)||(43553228-43553290)
chr3 (437-556)||(21849134-21849253)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (80-498)||(8053959-8054388)
chr2 (80-498)||(36673618-36674047)
chr2 (80-364)||(35951743-35952028)
chr2 (273-365)||(15490823-15490915)
chr2 (434-498)||(35951599-35951663)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (80-498)||(26314580-26315009)
chr1 (80-498)||(43592870-43593301)
chr1 (315-365)||(30646172-30646222)
chr1 (52-215)||(30645904-30646067)
chr1 (437-543)||(30646301-30646407)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (80-498)||(46026-46455)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (80-498)||(44150125-44150554)
chr4 (80-498)||(31357728-31358157)
chr4 (85-494)||(50629096-50629516)
chr4 (365-420)||(1831399-1831454)
chr4 (366-492)||(18217902-18218028)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (80-498)||(6073-6502)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 15064010 - 15063456
Alignment:
Q  1 aatgctatgattgaggaacttaatgcaatcaacataaacagtacctaggagctcaccaagttaccagctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15064010 aatgctatgattgaggaacttaatgcaatcaacataaacaatacctaggagctcaccaagttaccagctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatat 15063911  T
Q  101 tcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaattggccttgactattttgaagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15063910 tcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacacaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaagttggccttgactattttgaagt 15063811  T
Q  201 gtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggccatgtatcacttagatgtaaaatcagctttct 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15063810 ttatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggccatgtatcacttagatgtaaaatcagctttct 15063711  T
Q  301 taaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaagtattcagattacataaggctctttatggcttgaag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15063710 taaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaatattaaagggaagtattcagattacataaggctctttatggcttgaag 15063611  T
Q  401 caagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaaggga 500  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15063610 caagtaccaagagcatggaataagaggcttggcagttttcttgtgcagcaagaatttgtgaaatgtaaatct-aatatggtttgtatgtgaagaaaggga 15063512  T
Q  501 aaactggtaatcagatactcatttgcttatatgttgatgatctaattgtggctggt 556  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  15063511 aaactggtaatcagatactcatgtgcttatatgttgatgatctaattttgactggt 15063456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 7100964 - 7100535
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  7100964 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 7100865  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  7100864 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 7100765  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  7100764 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 7100665  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  7100664 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 7100565  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  7100564 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 7100535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 12021856 - 12022285
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  12021856 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 12021955  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  12021956 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 12022055  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  12022056 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 12022155  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||    
T  12022156 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagttttcttgtacagcaagaatttgtcaaatgcaa 12022255  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  12022256 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 12022285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 40368838 - 40368409
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  || || ||||||||  |||| |  ||||| || ||| ||||       
T  40368838 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagcacaaagcaagattagtggttaggggattcatgcagaaggc 40368739  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  40368738 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgttatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 40368639  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  40368638 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccgccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 40368539  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  40368538 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgcagcaagaatttgttaaatgcaa 40368439  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  40368438 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 40368409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 16797236 - 16797665
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  16797236 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 16797335  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  16797336 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 16797435  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  16797436 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 16797535  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| || |  ||||||| ||||| ||    
T  16797536 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagtaggaatttgttaaatgcaa 16797635  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  16797636 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 16797665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 37680603 - 37681032
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  || || ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  37680603 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagcacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 37680702  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||| ||||     
T  37680703 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgaggttgatagttgctatagcttgtggaaggaactggccaatgcatcat 37680802  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||  |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  37680803 ttggatgtaaaatatgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 37680902  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| | | ||||| |||||  |||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||    
T  37680903 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagaacttggaacaagagaattgacagttttcttgtacagcaagaatttgtcaaatgcaa 37681002  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  37681003 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 37681032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 374 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 26455539 - 26455364
Alignment:
Q  374 ttacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctg 473  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||| || ||  |||||||||||||   |||  || || |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  26455539 ttacacaaggctctttatggtttaaagcaagcactaagggcatggaataagataattgacagcttccttgtgcagcaagaatttgtaaaatgtaagtctg 26455440  T
Q  474 aatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttatatgttgatgatctaattgt 549  Q
    | |||||  ||||||||||||||||  |||  |||||||| |||||||| ||  || |||||||||||||||||||    
T  26455439 agtatggcgtgtatgtgaagaaaggagaaagaggtaatcaaatactcatgtgtctacatgttgatgatctaattgt 26455364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 366 - 478
Target Start/End: Original strand, 30064953 - 30065065
Alignment:
Q  366 tattcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatg 465  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||   | || |||||||||||||||| |||  |  ||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  30064953 tattcagattacataaggctctatatggtttgaagcaatctctaagagcatggaataagaggattgtcaactttctagtgcagcaagaatttgtcaaatg 30065052  T
Q  466 taaatctgaatat 478  Q
     ||| ||||||||    
T  30065053 caaagctgaatat 30065065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 5e-82; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 142 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 17783675 - 17783257
Alignment:
Q  142 aaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaattggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatag 241  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17783675 aaagcaaggctagtaggaaggggctttatgcagaaagttggccttggctactttgaagtgtaagcaccagtagctagactagaaactgtgagattgatag 17783576  T
Q  242 ttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacc 340  Q
     |   ||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||   ||||||||||| ||| | |||||||| |||| || || ||||||||    
T  17783575 ctactatagcttgtggaagaaacttgcctatgtaccatttagatgtaaaatgttctttcttaaatggtcaactagatgaaattgtatacgtaacacaacc 17783476  T
Q  341 tccatgcttcaacattaaagggaa---------gtattcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttg 431  Q
    |||| | ||||| || ||||| ||         || | || |||||| ||| |||| ||||||||||| || |  |||| |||||||||||||||| |||    
T  17783475 tccaggtttcaaaatcaaaggaaatggagatatgtgtacaaattacacaagcctctctatggcttgaaacatgctccaagagcatggaataagaggattg 17783376  T
Q  432 gtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttata 531  Q
      ||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || ||||| |||||| | ||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  17783375 acagttttcttgttcagcaagaatttttgaaatgcaagtctgagtatggtgtctatgtgacgaaaggaaaagcaggtaatcagatactcatctgcttata 17783276  T
Q  532 tgttgatgatctaattgtg 550  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17783275 tgttgatgatctaattgtg 17783257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 199274 - 198845
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  199274 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 199175  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  199174 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 199075  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  199074 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 198975  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  198974 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 198875  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  198874 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 198845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 314111 - 313682
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  314111 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 314012  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  314011 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 313912  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  313911 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 313812  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  313811 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 313712  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  313711 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 313682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 30407393 - 30406964
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  30407393 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 30407294  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  30407293 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 30407194  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  30407193 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 30407094  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  30407093 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 30406994  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  30406993 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 30406964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 43809073 - 43808644
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  43809073 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 43808974  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  43808973 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 43808874  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  43808873 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 43808774  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  43808773 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 43808674  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  43808673 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 43808644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 1289892 - 1290320
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||  || || ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  1289892 caatagatgtgaagtggattttcaagttaaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagcacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 1289991  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcca-tgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| || ||||     
T  1289992 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaaggaactggccaatgcatcat 1290091  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| | |||  ||||| |||  |||| |||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| ||  |||| ||          || |    
T  1290092 ttggatgtaaaatctgattttctaaatggtcctttag-tgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcgaaggaaaagaggatatggtgt 1290190  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||| |||||||||||  |||  | |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  1290191 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaagcaccaagagcttggaataagagaattgacaattttcttgtgcagcaagaatttgtcaaatgcaa 1290290  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1290291 gtctgaatatggtgtatatgtgaagaaagg 1290320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 41948375 - 41948806
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || |||| |||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  41948375 caatagatgtgaagtggattttcaagttgaaactgaagccaaatggtgaagtagtcaagcacaaagtaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 41948474  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcca-tgtatcac 278  Q
    |||  | || ||  ||||||| |||||  | || | |||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| || ||||     
T  41948475 tggtatggattaccttgaagtatatgcttcagttgatagattggaaactgtgagattgatagttgatatagcttgtggaaggaactggccaatgcatcat 41948574  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaagta----------t 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || |||||||| ||          |    
T  41948575 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacatccaccaggtttcaaaatcaaagggaaatagaatatggtgt 41948674  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||| ||||| |||||  |||  |||||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||    
T  41948675 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaagcaccaagagcttggaacaagagaattgacagttttcttgtgcaacaagaatttatcaaatgcaa 41948774  T
Q  469 atct--gaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     |||  | ||||||| | ||||||||||||||    
T  41948775 gtctgggtatatggtgtatatgtgaagaaagg 41948806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 229 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 31474597 - 31474464
Alignment:
Q  229 gtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcca-tgtatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgt 327  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||| ||||||| || ||||||||||| | |||  ||||| |||  ||||||||||  ||||    
T  31474597 gtgagattgatagttgcaatagcttgtggaagaaacggaccaatgtatcatttggatgtaaaatctgtttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgt 31474498  T
Q  328 atgttacacaacctccatgcttcaacattaaagg 361  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  31474497 atgtaacacaaccaccatgtttcaaaatcaaagg 31474464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 27437832 - 27437620
Alignment:
Q  86 atgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaattggcct 185  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||  ||| | ||||| ||  |||| || ||||| || ||| ||||   |||| |    
T  27437832 atgtgaaatagattttcaagttgaaactaaagtcaaatggtgaagtagccaaatacaaagctagattagtggctaggggattcatgcagaaggctggcat 27437733  T
Q  186 tgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcacttagat 284  Q
     || || |||||||| ||||| || ||||| ||| |||| ||||||||| ||||| |||  ||| ||| |||||||||||| || ||||||||  | |||    
T  27437732 ggattactttgaagtatatgctccagtagcaagattagagactgtgagactgataattgctataacttttggaagaaactgaccaatgtatcatctggat 27437633  T
Q  285 gtaaaatcagctt 297  Q
    |||||||| ||||    
T  27437632 gtaaaatctgctt 27437620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 434 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 31474381 - 31474317
Alignment:
Q  434 agttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  || | |||||||||| | ||||||||||||||    
T  31474381 agttttcttgtgcatcaaaaatttgtcaaatacaagtttgaatatggtgtatatgtgaagaaagg 31474317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 7941673 - 7941244
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  7941673 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 7941574  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  7941573 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 7941474  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  7941473 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 7941374  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  7941373 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 7941274  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  7941273 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 7941244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 27759964 - 27760393
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  27759964 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 27760063  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  27760064 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 27760163  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  27760164 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 27760263  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  27760264 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 27760363  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  27760364 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 27760393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 13829708 - 13829437
Alignment:
Q  67 gctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggct 166  Q
    |||| ||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||| ||  |||| |    
T  13829708 gctagcaagaaaccaatagatgtgaaatggattttcaagttgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaaacacaaagcaagattagtggcttggggat 13829609  T
Q  167 ttatggagaaaattggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactg 266  Q
    | ||| ||||   | |  | || || |||||||| ||||| |  ||| | ||| ||||   |||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||     
T  13829608 tcatgcagaaggctagtatggattactttgaagtttatgctctagtaacaagattagaggttgtgagattgatagttgttataacttgtggaaggaacta 13829509  T
Q  267 gcc-atgtatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacaca 337  Q
     || ||| |||| ||||||||||||||  ||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| |||||    
T  13829508 accaatgcatcatttagatgtaaaatctacttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacaca 13829437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 436 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13829328 - 13829224
Alignment:
Q  436 ttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttatatgtt 535  Q
    ||||||||| || ||| ||||||| ||||| || |||||||||||| | |||||||||||||| |     ||||||||  ||||||| || |||||||||    
T  13829328 ttttcttgtccaacaagaatttgtcaaatgcaagtctgaatatggtgtatatgtgaagaaaggaattgaaggtaatcaactactcatctgtttatatgtt 13829229  T
Q  536 gatga 540  Q
    |||||    
T  13829228 gatga 13829224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 8317094 - 8316665
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  8317094 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 8316995  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  8316994 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 8316895  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  8316894 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 8316795  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  8316794 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 8316695  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  8316694 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 8316665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 100 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 27569753 - 27569344
Alignment:
Q  100 ttcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaattggccttgactattttgaag 199  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  || || ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||    ||  | || || |||||||    
T  27569753 ttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagcacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggccggtatagattactttgaag 27569654  T
Q  200 tgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcacttagatgtaaaatcagcttt 298  Q
    | ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||| |||||    
T  27569653 tatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcatttggatgtaaaatctgcttt 27569554  T
Q  299 cttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtattcagattacataaggctctt 388  Q
      | ||| |||  ||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | ||||| || ||||||||          || |  |||||||| || |||||     
T  27569553 tctgaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacaaccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaagatatggtgtatagattacacaaagctctc 27569454  T
Q  389 tatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatg 488  Q
    ||||| ||||| || | || || ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||| | ||||    
T  27569453 tatggattgaaacaggcacgaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgcagcaagaatttgttaaatgcaagtctgagtatggtgtatatg 27569354  T
Q  489 tgaagaaagg 498  Q
    ||||||||||    
T  27569353 tgaagaaagg 27569344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 62 - 498
Target Start/End: Original strand, 17162645 - 17163092
Alignment:
Q  62 taccagctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaag 161  Q
    |||| |||| ||||||  |||| ||||| |||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||   |||   | ||    
T  17162645 tacctgctagcaagaaaccaatagatgttaaatggattttcaagttgaaactaaaggcaaatggtgaagtagccaaacacaaagcaatattagcgtctag 17162744  T
Q  162 gggctttatggagaaaattggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaaga 261  Q
     || || ||| ||||  |||   | || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||     
T  17162745 aggattcatgcagaagtttgatatggattactttgaagtttatgctccagtagcaagactagagactgtgatattgatagttgttatagcttgtggaagg 17162844  T
Q  262 aactggcc-atgtatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaag 360  Q
    |||||||| ||| |||| || |||||||||||  ||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | |||||  | ||||    
T  17162845 aactggccaatgcatcatttggatgtaaaatctacttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacaaccaccaggtttcaaagtcaaag 17162944  T
Q  361 ggaa----------gtattcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagca 450  Q
    ||||          || |  |||| ||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||| |||||  |||  | ||||||||||| |||    
T  17162945 ggaaggagagtatggtgtatagatcacacaaggcactatatggtttgaagcaagcaccaagagcctggaacaagagaattgacaattttcttgtgcggca 17163044  T
Q  451 ataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
    | ||||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17163045 agaatttgtcaaatgcaagtctgaatatggtgtatatgtgaagaaagg 17163092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 371 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 15566189 - 15566014
Alignment:
Q  371 agattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaat 470  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||| |||||||||||| |||  |  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||     
T  15566189 agattacataaggctctatatggtttgaagcaagctccaagagcctggaataagaggattgacaactttcttgtgcagcaatactttgtcaaatgcaaag 15566090  T
Q  471 ctgaatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttatatgttgatgatctaat 546  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||  | |||  | || ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15566089 ctgaatatggtgtctatgtgaaaaatagcaaagttagtgatttgatactcatttgcttatatgttgatgatttaat 15566014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 80 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 17888219 - 17887747
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| || ||| |||||||||||||||||||||  || || ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  17888219 caatagatgtgaagtggtttttcaaattaaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagcacaaagcaagattagtggctagggggttcatgcagaaggc 17888120  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||| ||||     
T  17888119 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactatgagattgatagttgctatagcttgtggaaggaactggcctatgcatcat 17888020  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  | ||||||||  |||||||| |||||||| ||| | || || || ||||||||          || |    
T  17888019 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtccttcagatgaagaagtgtatgtgacacaaccaccaggttttaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 17887920  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || || || ||||| ||||| || | ||||| ||| || || |||||  |||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  17887919 atagattacacaaagccctctatggattgaaacaggcaccaagagcttgaaacaagagaattgacagttttcttgtgcagcaagaatttgttaaatgcaa 17887820  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttatatgttgatgat 541  Q
     | ||| |||||| | |||||||||||||| ||   |||||||||  |||||||||   | ||||||||||||    
T  17887819 gtttgagtatggtgtatatgtgaagaaaggaaatgatggtaatcaactactcatttttctttatgttgatgat 17887747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 301 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 15566269 - 15566228
Alignment:
Q  301 taaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctc 342  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15566269 taaatggtctactagatgaagttgtgtatgtcacacaacctc 15566228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 54168934 - 54168505
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  54168934 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 54168835  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  54168834 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 54168735  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  54168734 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 54168635  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  54168634 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 54168535  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  54168534 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 54168505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 67 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 53355806 - 53355364
Alignment:
Q  67 gctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggct 166  Q
    |||| ||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||  || ||||| |    
T  53355806 gctaccaagaaaccaatagatgtgaaatggattttcaagttgaagttgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagaggctaggggat 53355707  T
Q  167 ttatggagaaaattggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactg 266  Q
    | ||| ||||   |||  | || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  53355706 tcatgcagaaggctggtatggattactttgaagtttatgctccagtagcaagactagagactatgaggttgatagttgctatagcttgtggaagaaactg 53355607  T
Q  267 g-ccatgtatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa- 364  Q
    | | ||| |||| || |||||||||||   |||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| |  ||| | ||||| || ||||||||     
T  53355606 gtcaatgcatcatttggatgtaaaatctttttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacatcgaccaggtttcaaaatcaaagggaag 53355507  T
Q  365 ---------gtattcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataat 455  Q
             || |  |||||||| || || || ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  ||||||||| |||||||| |||    
T  53355506 gagaatatggtgtatagattacacaaagcactctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagttttcttatgcagcaagaat 53355407  T
Q  456 ttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
    |||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  53355406 ttgtcaaatgcaagtctgaatatggtgtatatgtgaagaaagg 53355364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 80 - 291
Target Start/End: Original strand, 43552859 - 43553071
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  43552859 caatagatgtgaagtggattttcaagttgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaaacacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 43552958  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || ||||||||||| ||||| || |  |||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||| ||| ||||     
T  43552959 tggtatggattattttgaagtatatgctccagatgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaaggaaccggccaatgcatcat 43553058  T
Q  279 ttagatgtaaaat 291  Q
    || ||||||||||    
T  43553059 ttggatgtaaaat 43553071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 342
Target Start/End: Original strand, 9816389 - 9816681
Alignment:
Q  51 gctcaccaagttaccagctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaagg 150  Q
    ||||||||| || ||| | || ||||| || || |||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||  ||   || || |||||||||    
T  9816389 gctcaccaatttgccaccaaataagaaagctatagatgtgaaatggattttcaagctgaaattaaaaccaaatggtgacatatctaagcataaagcaagg 9816488  T
Q  151 ctagtagcaaggggctttatggagaaaattggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatag 250  Q
     |||| || || || |||||| ||||| |||| ||||| || ||  | || ||||||||| |||| ||||| ||||  || ||||||||||| |  |||     
T  9816489 atagttgcgagaggttttatgtagaaagttggacttgattacttaaaggtatatgcacctatagcaagacttgaaagagtcagattgatagtagcaataa 9816588  T
Q  251 cttgtggaagaaactgg-ccatgtatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctc 342  Q
    ||||||||||||| ||| |  ||||||| || ||||| |||||| | ||||||||| ||| | | ||| || | ||||||||  |||||||||    
T  9816589 cttgtggaagaaaatggtctttgtatcatttggatgtgaaatcaacattcttaaatagtccacttgattaactggtgtatgtctcacaacctc 9816681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 436 - 498
Target Start/End: Original strand, 43553228 - 43553290
Alignment:
Q  436 ttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  43553228 tttttttgtgcagcaagaatttgtcaaatgcaagtctgaatatggtgtatatgtgaagaaagg 43553290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 556
Target Start/End: Original strand, 21849134 - 21849253
Alignment:
Q  437 tttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttatatgttg 536  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||| |     ||||||||  ||||||| ||| | |||||||    
T  21849134 tttcttgtacagcaagaatttgtcaaatgcaagtctgagtatggtgtatatgtgaagaaaggaagtgaaggtaatcaactactcatctgcctttatgttg 21849233  T
Q  537 atgatctaattgtggctggt 556  Q
    ||||||| || ||| |||||    
T  21849234 atgatctgatagtgactggt 21849253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 8053959 - 8054388
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  8053959 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 8054058  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  8054059 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 8054158  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  8054159 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 8054258  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  8054259 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 8054358  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  8054359 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 8054388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 36673618 - 36674047
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  36673618 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 36673717  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  36673718 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 36673817  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  36673818 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 36673917  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  36673918 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 36674017  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  36674018 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 36674047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 35952028 - 35951743
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||| || ||||  || ||| ||||       
T  35952028 caatagatgtgaagtggattttcaaattgaaaccgaaaccaaatggtgaagtagccaaacacaaagcaagattagtggctagggaattcatgcagaaggc 35951929  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||| ||||     
T  35951928 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgttatagcttgtggaaggaactggccaatgcatcat 35951829  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa 364  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||    
T  35951828 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcatttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaa 35951743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 273 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 15490915 - 15490823
Alignment:
Q  273 tatcacttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaag 365  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||  || ||| | |||||||||| |||| |||||||||| | | |||||| |||||||||||    
T  15490915 tatcacttggatgtgaaatcagcattcttaaatgatccatttgttgaagttgtgcatgtcacacaacctctaggattcaaccttaaagggaag 15490823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 434 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 35951663 - 35951599
Alignment:
Q  434 agttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  35951663 agttttcttgtgcagcaagaatttgtcaaatgcaagtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 35951599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 26314580 - 26315009
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  26314580 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 26314679  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  26314680 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 26314779  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  26314780 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 26314879  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  26314880 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 26314979  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  26314980 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 26315009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 43593301 - 43592870
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  43593301 caatagatctgaagtggattttcaaattgaaaatgaagccaaatggtgaagtatccaaacacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 43593202  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| |  || |||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||| ||||     
T  43593201 tggtatggattactttgaagtatatgctctagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaaggaactggccaatgcatcat 43593102  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||  |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  43593101 ttggatgtaaaatatgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaaaaggataaggtgt 43593002  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| ||||   |||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||    
T  43593001 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagataattggcagttttcttgtgcagcaagagtttgtcaaatgcaa 43592902  T
Q  469 atctgaatatggtttg--tatgtgaagaaagg 498  Q
    |||||| |||||| ||  ||||||||||||||    
T  43592901 atctgagtatggtgtgtatatgtgaagaaagg 43592870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 365
Target Start/End: Original strand, 30646172 - 30646222
Alignment:
Q  315 gatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaag 365  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  30646172 gatgaagttgtttatgttacacaacctccaggcttcaaaatcaaagggaag 30646222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 215
Target Start/End: Original strand, 30645904 - 30646067
Alignment:
Q  52 ctcaccaagttaccagctaacaagaaggcaattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggc 151  Q
    ||||| ||||||||| | || || || || ||||||||||||||| |||| ||  |||||  ||||||| |||||||  |||  || || ||  |||||     
T  30645904 ctcacaaagttaccaacaaataaaaaagctattgatgtgaaatgggtatttaaactgaaacggaagccagatggtgagatagctaagcataagacaaggt 30646003  T
Q  152 tagtagcaaggggctttatggagaaaattggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagc 215  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||  |||  |||||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  30646004 tagtagcaagaggctttatgcataaagctggaattgactattttgaagtatatgaacctatagc 30646067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 543
Target Start/End: Original strand, 30646301 - 30646407
Alignment:
Q  437 tttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctgaatatggtttgtatgtgaagaaagggaaaactggtaatcagatactcatttgcttatatgttg 536  Q
    ||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||| |||||||| || | |||||||||||||| ||  |  |||||  ||||| ||| |||||||||||||    
T  30646301 tttcttgtgcaacaagaatttataaaatgcaaagctgaatattgtgtatatgtgaagaaaggaaatgccagtaatatgatacccatatgcttatatgttg 30646400  T
Q  537 atgatct 543  Q
    || ||||    
T  30646401 attatct 30646407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 46455 - 46026
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  46455 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 46356  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  46355 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 46256  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  46255 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 46156  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || |||||| || ||||| ||||||| ||||| ||    
T  46155 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttttgaagcaagaatttgttaaatgcaa 46056  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  46055 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 46026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 44150125 - 44150554
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| || ||||| || ||| ||||       
T  44150125 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagtacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcagaaggc 44150224  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  44150225 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaagaaactggccaatgcatcat 44150324  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| |||||  | ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  44150325 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacagtcaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 44150424  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
     ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  44150425 acagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagctttcttgtgaagcaagaatttgttaaatgcaa 44150524  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  44150525 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 44150554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 31357728 - 31358157
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||  |||| || ||||| || ||| | ||       
T  31357728 caatagatgtgaagtggattttcaaattgaaattgaagccaaatggtgaagtagcctaacacaaagcaagattagtggctaggggattcatgcataaggc 31357827  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | |||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||| ||| ||||     
T  31357828 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaattgtgagattgataattgctatagcttgtggaaggaactggccaatgcatcat 31357927  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||  |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  31357928 ttggatgtaaaatttgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacatccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 31358027  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| ||||||||| |||||  ||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  31358028 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagagcatggaacaagagaattaacagttttcttgtgcagcaagaatttgtcaaatgcaa 31358127  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||| | |||||| | ||||||||||||||    
T  31358128 gtctaactatggtgtatatgtgaagaaagg 31358157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 50629516 - 50629096
Alignment:
Q  85 gatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaattggcc 184  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || ||||||||  |  | || ||||| || ||| ||||   ||       
T  50629516 gatgtgaagtggattttcaagttgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagcacaaagcaagattcatggctaggggattcatgcagaaggctgata 50629417  T
Q  185 ttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactgg-ccatgtatcacttaga 283  Q
    | || || |||||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| | ||| |||| || ||    
T  50629416 tggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattgatagttgctatagcttgtggaaggaattggtcaatgcatcatttgga 50629317  T
Q  284 tgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtattcaga 373  Q
    ||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | ||| | || ||||||||          || |  |||    
T  50629316 tgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacaaccaccaggtttcgaaatcaaagggaaagaggatatggtgtataga 50629217  T
Q  374 ttacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaaatctg 473  Q
    ||||| || |  || ||||| ||||| || | ||||| ||| ||||| |||||  |||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||    
T  50629216 ttacacaaagtcctctatggattgaaacaggcaccaagagcttggaacaagagaattgacagttttcttgtgcagcaagaatttgtcaaatgcaagtctg 50629117  T
Q  474 aatatggtttgtatgtgaaga 494  Q
    | |||||| | ||||||||||    
T  50629116 agtatggtgtatatgtgaaga 50629096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 420
Target Start/End: Original strand, 1831399 - 1831454
Alignment:
Q  365 gtattcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaa 420  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||  |||| |||||||||    
T  1831399 gtattcagattacgtaaggctctgtatggattgaagcaagctccaagagcatggaa 1831454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 366 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 18218028 - 18217902
Alignment:
Q  366 tattcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatg 465  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| || |  |||| ||  | ||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  18218028 tattcagattacaagaggctctatatggattgaatcatgctccaagagtctagaacaagagaattgatagctttcttgtgcagcaagaatttgtaaagtg 18217929  T
Q  466 taaatctgaatatggtttgtatgtgaa 492  Q
     ||| ||||||||||| | ||||||||    
T  18217928 caaacctgaatatggtgtctatgtgaa 18217902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 80 - 498
Target Start/End: Original strand, 6073 - 6502
Alignment:
Q  80 caattgatgtgaaatggatattcaagttgaaattgaagccaaatggtgaagtaggaaaacaaaaagcaaggctagtagcaaggggctttatggagaaaat 179  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||  |||| |  ||||| || ||| ||||       
T  6073 caatagatgtgaagtgggttttcaaattgaaactgaagccaaatggtgaagtagccaagaacaaagcaagattagtggataggggattcatgcagaaggc 6172  T
Q  180 tggccttgactattttgaagtgtatgcacctgtagctagactagaaactgtgagattgatagttggcatagcttgtggaagaaactggcc-atgtatcac 278  Q
    |||  | || || |||||||| ||||| || || |||||| | |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| ||||     
T  6173 tggtatggattactttgaagtatatgctccagttgctagattggaaactgtgagattaatagttgctatagcttgtggtaggaactggccaatgcatcat 6272  T
Q  279 ttagatgtaaaatcagctttcttaaattgtctattagatgaagttgtgtatgttacacaacctccatgcttcaacattaaagggaa----------gtat 368  Q
    || ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | ||||| || ||||||||          || |    
T  6273 ttggatgtaaaatctgcttttctaaatggtcctttagatgaagaagtgtatgtgacacaaccaccaggtttcaaaatcaaagggaaagaggatatggtgt 6372  T
Q  369 tcagattacataaggctctttatggcttgaagcaagtaccaatagcatggaataagaggcttggtagttttcttgtgcagcaataatttgtgaaatgtaa 468  Q
      |||||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||| | | ||||| |||||  |||  || |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||    
T  6373 atagattacacaaagctctctatggattgaaacaggcaccaagaacttggaacaagagaattgacagatttcttgtacagcaagaatttgtcaaatgcaa 6472  T
Q  469 atctgaatatggtttgtatgtgaagaaagg 498  Q
     ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  6473 gtctgagtatggtgtatatgtgaagaaagg 6502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University