View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13375_high_2 (Length: 732)

Name: NF13375_high_2
Description: NF13375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13375_high_2
NF13375_high_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-713)||(14754665-14755377)
chr6 (1-713)||(14714227-14714939)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 713
Target Start/End: Original strand, 14754665 - 14755377
Alignment:
Q  1 ccaccgcaaaaacggaatagcatcagcaataggaaaaacaccgatcaaacgcatataatcccttaaagcattcaaacaccgatttgcttcttcctcttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14754665 ccaccgcaaaaacggaatagcatcagcaataggaaaaacaccgatcaaacgcatataatcccttaaagcattcaaacaccgatttgcttcttcctcttta 14754764  T
Q  101 accatcacactctccccaaaatatctcttcccagcaaccattctaagagcagtattaaaagccaactcatgaaaccacttcttcatctccacaagcaaat 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14754765 accatcacactctctccaaaatatctcttcccagcaaccattctaagagcagtattaaaagccaactcatgaaaccacttcttcatctccacaagcaaat 14754864  T
Q  201 aaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaaactaaatagctctttgatcgaagtttgaacttctgagacacgaacatgagtcaatagatcgatccgatg 300  Q
    ||||                     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  14754865 aaccattttcgtctcttttatttttccaaatactaaatagctctttgatcgaagtttgaacttctgagacacggacatgagttaatagatcgatccgatg 14754964  T
Q  301 gtttgagagaaaacttagagtaacgatcttcctcatttcgcgccaaaagggaccgtagggtgcaaaaccaagcatggcatgattatatgtcatgtgctcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14754965 gtttgagagaaaacttagagtaacgatcttcctcatttcgcgccaaaagggaccgtagggtgcaaaaccaagcatggcatgattatatgtcatgtgcttg 14755064  T
Q  401 aatgcaacgaggtttggacgataagatacagctgtatcgtttgttgtgtagcattctttcgccgtttcccagttgtttatgactagagtcgttgcggtgc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14755065 aatgcaacgaggtttggacgataagatacagctgtatcatttgttgtgtagcattcttttgctgtttcccagttgtttatgactagagtcgttgcggtgc 14755164  T
Q  501 cgagtttgatggtgaaaatgcgaccatacttgtctgccatggcacctagaagatgatgagttgcttgagatttgcttaggaggggaaggtggccaattat 600  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14755165 cgagtttgatggtgaaaatgggaccatacttgtctgccatggcacctaggagatgatgagttgcttgagatttgcttaggaggggaaggtggccaattat 14755264  T
Q  601 tggccatgcaccagcaaccattgggggttgtttggttttgatggatctggagtggttgaatagaattatgaagaaaaagattgctgaaaggaagccaatt 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  14755265 tggccatgcaccagcaaccattgggggttgtttggttttgatggatctggagtggttgaatagaattatgaagagaaagattgctgaaaggaggccaatt 14755364  T
Q  701 gcaattgtgtttt 713  Q
    |||||||||||||    
T  14755365 gcaattgtgtttt 14755377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 713
Target Start/End: Original strand, 14714227 - 14714939
Alignment:
Q  1 ccaccgcaaaaacggaatagcatcagcaataggaaaaacaccgatcaaacgcatataatcccttaaagcattcaaacaccgatttgcttcttcctcttta 100  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14714227 ccacctcaaaaaaggaacagcatcagcaataggaaacacaccagtcaaacgcatgtaatctcttaaagcattcaaacacctattagcttcttcctcttta 14714326  T
Q  101 accatcacactctccccaaaatatctcttcccagcaaccattctaagagcagtattaaaagccaactcatgaaaccacttcttcatctccacaagcaaat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| | |||||    
T  14714327 accatcacactctccccaaagtatcttttcccagcaaccattctaagaactatattaaaagccaactcatttaaccatttcttcatctccaccaacaaat 14714426  T
Q  201 aaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaaactaaatagctctttgatcgaagtttgaacttctgagacacgaacatgagtcaatagatcgatccgatg 300  Q
    ||||                     ||||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||  ||||| ||||||| |||| ||||    
T  14714427 aaccattttcatctttcctatttttccaaaaattatatagctctttaatcgaagtttgaacctcagagacacaaatgtgagttaatagattgatctgatg 14714526  T
Q  301 gtttgagagaaaacttagagtaacgatcttcctcatttcgcgccaaaagggaccgtagggtgcaaaaccaagcatggcatgattatatgtcatgtgctcg 400  Q
     |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  14714527 atttgagagaaaatttagtgtaacgatcttcctcatttcgcgccaaaagggaccgtaaggtgcaaaaccaagcatggcataattatatgtcatgtgttcg 14714626  T
Q  401 aatgcaacgaggtttggacgataagatacagctgtatcgtttgttgtgtagcattctttcgccgtttcccagttgtttatgactagagtcgttgcggtgc 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||| ||||||| || |||||||    
T  14714627 aatgccacgaggtttggacgataagcaacagctatatcgtttgttgtgtagcattcttttgctgttttccaattgtttatggctagagttgtcgcggtgc 14714726  T
Q  501 cgagtttgatggtgaaaatgcgaccatacttgtctgccatggcacctagaagatgatgagttgcttgagatttgcttaggaggggaaggtggccaattat 600  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||    
T  14714727 cgagtttgatggtgaaaataggaccatatttgtctgccatggaacctagaagatgatgagttgcttgagatttactaaagaggggaagatggccaattat 14714826  T
Q  601 tggccatgcaccagcaaccattgggggttgtttggttttgatggatctggagtggttgaatagaattatgaagaaaaagattgctgaaaggaagccaatt 700  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  14714827 tggccaagtaccagcaaccattgggggttgtttggttttgttggatttggagtggtggaatagaattatgaagagaaagattgttgaaaggaggccaatt 14714926  T
Q  701 gcaattgtgtttt 713  Q
    |||||||||||||    
T  14714927 gcaattgtgtttt 14714939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University