View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13375_high_24 (Length: 312)

Name: NF13375_high_24
Description: NF13375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13375_high_24
NF13375_high_24
[»] scaffold0133 (2 HSPs)
scaffold0133 (18-301)||(9267-9550)
scaffold0133 (18-301)||(13615-13898)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (40-301)||(9910-10171)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (18-301)||(16781865-16782148)
chr6 (55-301)||(16658772-16659019)
chr6 (47-301)||(17070269-17070523)
chr6 (47-301)||(16797932-16798186)
chr6 (19-301)||(16988211-16988490)
chr6 (47-301)||(18872327-18872582)
chr6 (47-297)||(18586845-18587096)
chr6 (55-301)||(16867156-16867403)
chr6 (47-301)||(18869850-18870105)
chr6 (47-242)||(18793764-18793960)
chr6 (47-174)||(16839372-16839499)
chr6 (78-196)||(16790239-16790357)
chr6 (212-301)||(16838444-16838533)
chr6 (199-242)||(16788774-16788817)
[»] scaffold0144 (1 HSPs)
scaffold0144 (47-301)||(38250-38504)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (51-301)||(38938504-38938754)
chr3 (78-301)||(7052435-7052658)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (50-264)||(13378897-13379112)
[»] scaffold0230 (1 HSPs)
scaffold0230 (47-297)||(5446-5697)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (47-242)||(10181-10377)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (218-252)||(20155352-20155386)


Alignment Details
Target: scaffold0133 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 18 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 9550 - 9267
Alignment:
Q  18 cctagaccaaagtcatctctaatccaaacaactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacct 117  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9550 cctagagcaaaatcatctccaatccaaacaactttgattcatttctgttctcacatctgaaaatggctgatgctttacttggaatcttgattcaaaacct 9451  T
Q  118 cagatcttttgtacaagaggaggttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaa 217  Q
    | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9450 cggatcatttgtacaagaggagcttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaatccgtgctgtcctaaaa 9351  T
Q  218 gatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9350 gatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 9267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13898 - 13615
Alignment:
Q  18 cctagaccaaagtcatctctaatccaaacaactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacct 117  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13898 cctagagcaaaatcatctccaatccaaacaactttgattcatttctgttctcacatctgaaaatggctgatgctttacttggaatcttgattcaaaacct 13799  T
Q  118 cagatcttttgtacaagaggaggttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaa 217  Q
    | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13798 cggatcatttgtacaagaggagtttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaatccgtgctgtcctaaaa 13699  T
Q  218 gatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  13698 gatgcagaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgattgatgctgcttatgtgattgatgat 13615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 40 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 10171 - 9910
Alignment:
Q  40 tccaaacaactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggag 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  10171 tccaaacaactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggaatcttgattcaaaacctcggatcatttgtacaagaggag 10072  T
Q  140 gttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataa 239  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10071 tttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaatccgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataa 9972  T
Q  240 caaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9971 caaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 9910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 16782148 - 16781865
Alignment:
Q  18 cctagaccaaagtcatctctaatccaaacaactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacct 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16782148 cctagagcaaagtcatctctaatctaaacaactttgattcatttctgttctcacatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcgtgattcaaaacct 16782049  T
Q  118 cagatcttttgtacaagaggaggttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaa 217  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16782048 cggatcttttgtacaagaggagcttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagactatctagaaagctcactttaatccgtgctgtcctaaaa 16781949  T
Q  218 gatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16781948 gatgctgaaaagaagcaaataacaaatgatgctgtgaaagagtggttacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 16781865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 55 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 16659019 - 16658772
Alignment:
Q  55 ttcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgctacctattt 153  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||  |||||||| |||||||||| | ||||||| ||||  ||| |||    
T  16659019 ttcatttctgttctcatacctacaaaatggctgaagctttacttggaatcgtgatagaaaacctcggatcttttgttcgagaggagattgcatccttttt 16658920  T
Q  154 gggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtc 253  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  16658919 gggtgttggagaattgacccaaaggctatctggaaatctcactgcaattcgtgctgtactaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatcttgtg 16658820  T
Q  254 aaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    |   | ||||| ||  ||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  16658819 aggaactggctgcaaaaactgggtgacgctgcttatgtacttgatgat 16658772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17070523 - 17070269
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgcta 146  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||| ||||      
T  17070523 aactttgattcatttctgttcacatttctcgaaatggctgaagctttacttggaatcgtgattgaaaacctcggatcttttgttcgagaggagattgcat 17070424  T
Q  147 cctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacga 246  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |  |||  |  ||| |||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  17070423 cctttttgggtgttggagaattgacccagaagctaaatgaaaacctcaccacaatccgtgctgtactaaaagatgctgaaaagaagcagataacaagcga 17070324  T
Q  247 tgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    || ||| ||| | ||||| ||| || || |||||||||||||||| |||||||||    
T  17070323 tgttgtgaaacaatggctgcagaaattgggtgatgctgcttatgtacttgatgat 17070269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 16798186 - 16797932
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgcta 146  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||| ||||      
T  16798186 aactttgatacatttctgttcacatttctcgaaatggctgacgctttaattggaatcgtgattgaaaacctcggatcttttgttcgagaggagattgcat 16798087  T
Q  147 cctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacga 246  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |  |||  |  ||| |||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  16798086 cctttttgggtgttggagaattgacccagaagctaaatgaaaacctcaccacaatccgtgctgtactaaaagatgctgaaaagaagcagataacaagcga 16797987  T
Q  247 tgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    || |||  || | ||||| ||| || || |||||||||||||||| |||||||||    
T  16797986 tgttgtgcaaaaatggctgcagaaattgggtgatgctgcttatgtacttgatgat 16797932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 16988490 - 16988211
Alignment:
Q  19 ctagaccaaagtcatctctaatccaaacaactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctc 118  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||    |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  16988490 ctagagcaaagtcatttccaatccaaaa---tttggttcatttctgttctaatatctgtaaatggctgacgctttacttggaatcgtgattgaaaacctc 16988394  T
Q  119 agatcttttgtacaagaggaggttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaag 218  Q
     ||| |||||| | ||||||| ||||  ||| ||||||||||| | |||||||||| |  |||  |  ||| |||||   ||| |||||||| |||||||    
T  16988393 ggatattttgttcgagaggagcttgcatcctttttgggtgttgaaaaattgacccagaaactaaatgaaaacctcaccacaatccgtgctgtactaaaag 16988294  T
Q  219 atgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| ||| | ||||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  16988293 atgctcaaaagaagcaaataacaagcaatgttgtgaaacaatggctgcagaaactgtctgatgctgcttatgtacttgatgat 16988211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Original strand, 18872327 - 18872582
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgct 145  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| | ||||||| || |     
T  18872327 aactttgattcatttctgttctcgtacctgcaaaatggctgatgttttacttggaactgtgattcaaaacctcggatcttttgttcgagaggagctttcg 18872426  T
Q  146 acctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacg 245  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||  |||| | |||| |||||   |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||| |     
T  18872427 acctttttgggtgttgaagaattgacacaaaagctatgtggaaatctcaccgcaattcgtgctgtcctccaagatgctgaagagaagcaactaacaagcc 18872526  T
Q  246 atgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
     || ||| ||||| ||||| ||| | |||  ||||| ||| ||||| |||||||||    
T  18872527 gtgttgtgaaagattggctgcagaagctgactgatgttgcctatgttcttgatgat 18872582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 47 - 297
Target Start/End: Original strand, 18586845 - 18587096
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgct 145  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| |||||| ||||||||| |   ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| || |     
T  18586845 aactttgattcatttctgttcacttacctgcaaaatgactgatgttttacttggaactgtgattcaaatcctcggatcttttgttcgagaggagctttcg 18586944  T
Q  146 acctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacg 245  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||   ||| | |||| |||||   |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |     
T  18586945 acctttttgggtgttggagaattgacacaaaagttatgtggaaatctcaccgcaattcgtgctgtcctccaagatgctgaagagaagcaaataacaagcc 18587044  T
Q  246 atgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttga 297  Q
     || ||| ||||| ||||| ||| | |||  ||||| ||||||||| |||||    
T  18587045 gtgttgtgaaagattggctgcagaagctgactgatgttgcttatgttcttga 18587096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 55 - 301
Target Start/End: Original strand, 16867156 - 16867403
Alignment:
Q  55 ttcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgctacctattt 153  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||  |||| ||| ||||  |||||||  |||||||||| | ||||||| ||||  ||| |||    
T  16867156 ttcatttctgttctcatacctacaaaatggctgaagctttgattggaatcgtgatagaaaaccttggatcttttgttcgagaggagattgcatccttttt 16867255  T
Q  154 gggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtc 253  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||  |  ||| |||||   ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  16867256 gggtgttggagaattgacccagaaactaaatgaaaacctcaccacaatccgtgatgtactaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatcctgtg 16867355  T
Q  254 aaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    |   | ||||| ||  ||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  16867356 aggaactggctgcaaaaactgggtgacgctgcttatgtacttgatgat 16867403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Original strand, 18869850 - 18870105
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgct 145  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |   |||||||||||||| | || ||||| | ||||||| || |     
T  18869850 aactttgattcatttatgttctcttatctggaaaatggctgatgttttacttggaactgtgattcaaaacctcgggtcgtttgttcgagaggagctttcg 18869949  T
Q  146 acctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacg 245  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||  |||| | |||| |||||   |||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| | |     
T  18869950 acctttttgggtgttgaagaattgacacaaaagctatgtggaaatctcaccgcaattcaggctgtcctccaagatgctgaagagaagcaaataacgagcc 18870049  T
Q  246 atgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
     || ||| ||||| ||||| ||| | |||  ||||| ||||||||| |||||||||    
T  18870050 gtgttgtgaaagattggctgcagaagctgactgatgttgcttatgttcttgatgat 18870105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 242
Target Start/End: Original strand, 18793764 - 18793960
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgct 145  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| |||||| ||||||||| |   ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| || |     
T  18793764 aactttgattcatttctgttcacttacctgcaaaatgactgatgttttacttggaactgtgattcaaatcctcggatcttttgttcgagaggagctttcg 18793863  T
Q  146 acctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaa 242  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||   ||| | |||| |||||   |||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18793864 acctttttgggtgttggagaattgacacaaaagttatgtggaaatctcaccgcaattcgtgctgtccttcaagatgccgaagagaagcaaataacaa 18793960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 16839499 - 16839372
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgcta 146  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||| ||||      
T  16839499 aactttgattcatttctgttcacatttctcgaaatggctgacgctttaattggaatcgtgattgaaaacctcggatcttttgttcgagaggagattgcat 16839400  T
Q  147 cctatttgggtgttggagaattgaccca 174  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16839399 cctttttgggtgttggagaattgaccca 16839372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 78 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 16790357 - 16790239
Alignment:
Q  78 aaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaag 177  Q
    |||||||||||| ||||||| | | | | |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  16790357 aaatggctgatgttttacttagaaccgtaattcaaaacctcggatcttttgttcaagaggagcttgcatcctttttgggtgttggggaattgacccaaag 16790258  T
Q  178 cctatctagaaagctcact 196  Q
     |||||  |||| ||||||    
T  16790257 gctatccggaaatctcact 16790239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 212 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 16838533 - 16838444
Alignment:
Q  212 ctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||| ||| ||| | ||||| ||| || || |||||||||||||||| |||||||||    
T  16838533 ctaaaagatgccgaaaagaagcagataacaagcaatgttgtgaaacaatggctgcagaaattgggtgatgctgcttatgtacttgatgat 16838444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 199 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 16788817 - 16788774
Alignment:
Q  199 aattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaa 242  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  16788817 aattcgtgttgtcctcaaagatgctgaagagaagcaaataacaa 16788774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0144 (Bit Score: 99; Significance: 7e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0144
Description:

Target: scaffold0144; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 47 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 38504 - 38250
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctgaaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgcta 146  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||  ||| ||||| |||| ||| ||  |||||| | ||| ||| ||||      
T  38504 aactttgattcatatctgttctcatttttgaaaatggccgacgctttacttgcaatcgtgattgaaaatctcggacattttgttcgagatgagcttgcat 38405  T
Q  147 cctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacga 246  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | |  ||   | |||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38404 cctttttgggtgttggagaattgaccgagaagctgcgtggaaaactcagattaatccgtgctgtcctaaaagatgctgaaaaaaagcaaataacaaacga 38305  T
Q  247 tgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||    
T  38304 tgccgtgaaagagtggctacagcaactcggtgattctgcttatgtacttgatgat 38250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 301
Target Start/End: Original strand, 38938504 - 38938754
Alignment:
Q  51 ttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgctacct 149  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||  ||| ||||| ||| |||| || | |||||   ||||||| |||| ||||    
T  38938504 ttgattcatt-ctgttctcatacctgcaaaatggctgacgctttacttgaaatcctgattgaaaccctcggaacatttgttggagaggagcttgcaacct 38938602  T
Q  150 atttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgc 249  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |  |||  | |||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| | |||     
T  38938603 atttgggtgttggagagttgacccagaagctacgtggaaatctcactgcaattcgtgctgtcctcaaagatgctgaagagaagcaaattacaagccatgt 38938702  T
Q  250 tgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||| ||||| ||||| ||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  38938703 tgtgaaagactggctgcagaaattgcgtgatgttgcttatgtacttgatgat 38938754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 78 - 301
Target Start/End: Original strand, 7052435 - 7052658
Alignment:
Q  78 aaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgctacctatttgggtgttggagaattgacccaaag 177  Q
    |||||||||||| ||||||||| | | ||||| |||||||| |||||||| | | ||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||||||||||| |     
T  7052435 aaatggctgatgttttacttggaaccgtgattgaaaacctcggatctttttttcgagaggagcttgcatcctttttgggtgtaggagaattgacccagaa 7052534  T
Q  178 cctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgt 277  Q
     |||| | |||| ||||||  |||||||||| | || ||||| ||||||  ||||||||| |||| | ||||||| ||||| ||||| ||| | |||  |    
T  7052535 gctatgtggaaatctcactgcaattcgtgctatactcaaagacgctgaagtgaagcaaattacaagccatgctgtaaaagattggctgcagaagctggct 7052634  T
Q  278 gatgctgcttatgtgcttgatgat 301  Q
    ||||||||| |||| |||||||||    
T  7052635 gatgctgctcatgttcttgatgat 7052658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 50 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 13379112 - 13378897
Alignment:
Q  50 tttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgctacc 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |   |||||||||||||  |||||||||| ||| | ||| || | |||    
T  13379112 tttgattcatttctgttatcatacctgcaaaatggctgatgttttacttggaactgtgattcaaaaccttggatcttttgttcaacaagagctttcaacc 13379013  T
Q  149 tatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatg 248  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |  |||| | |||| ||||||  |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||   |||    
T  13379012 tttttgggtgttggagaattgacccagaagctatgtggaaatctcactgcaattcgggctgtcctcaaagatgctgaagagaagcaaataacaagtcatg 13378913  T
Q  249 ctgtcaaagagtggct 264  Q
    |||| ||||| |||||    
T  13378912 ctgtaaaagattggct 13378897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0230
Description:

Target: scaffold0230; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 47 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 5697 - 5446
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgct 145  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| |||||| ||||||||| |   ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| || |     
T  5697 aactttgattcatttctgttcacttacctgcaaaatgactgatgttttacttggaactgtgattcaaatcctcggatcttttgttcgagaggagctttcg 5598  T
Q  146 acctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaaacg 245  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||   ||| | |||| |||||   |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |     
T  5597 acctttttgggtgttggagaattgacacaaaagttatgtggaaatctcaccgcaattcgtgctgtcctccaagatgctgaagagaagcaaataacaagcc 5498  T
Q  246 atgctgtcaaagagtggctacagcaactgcgtgatgctgcttatgtgcttga 297  Q
     || ||| ||||| ||||| ||| | |||  ||||| ||||||||| |||||    
T  5497 gtgttgtgaaagattggctgcagaagctgactgatgttgcttatgttcttga 5446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 10377 - 10181
Alignment:
Q  47 aactttgattcatttctgttctcatatctg-aaaatggctgatgctttacttggtatcttgattcaaaacctcagatcttttgtacaagaggaggttgct 145  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| |||||| ||||||||| |   ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| || |     
T  10377 aactttgattcatttctgttcacttacctgcaaaatgactgatgttttacttggaactgtgattcaaatcctcggatcttttgttcgagaggagctttcg 10278  T
Q  146 acctatttgggtgttggagaattgacccaaagcctatctagaaagctcactttaattcgtgctgtcctaaaagatgctgaaaagaagcaaataacaa 242  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||   ||| | |||| |||||   |||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  10277 acctttttgggtgttggagaattgacacaaaagttatgtggaaatctcaccgcaattcgtgctgtccttcaagatgccgaagagaagcaaataacaa 10181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 20155386 - 20155352
Alignment:
Q  218 gatgctgaaaagaagcaaataacaaacgatgctgt 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20155386 gatgctgaaaagaagcaaataacaaatgatgctgt 20155352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University