View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13377_low_4 (Length: 428)

Name: NF13377_low_4
Description: NF13377
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13377_low_4
NF13377_low_4
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (15-382)||(10034440-10034807)
chr3 (15-383)||(9841294-9841662)
chr3 (42-383)||(10519921-10520262)
chr3 (15-382)||(10665903-10666270)
chr3 (15-382)||(10263138-10263505)
chr3 (15-382)||(10129362-10129726)
chr3 (15-382)||(10431306-10431673)
chr3 (42-382)||(10361093-10361433)
chr3 (60-382)||(10373152-10373474)
chr3 (15-382)||(9852176-9852543)
chr3 (117-382)||(10091231-10091499)
chr3 (117-382)||(10198113-10198381)
chr3 (60-382)||(11771671-11771993)
chr3 (60-382)||(11779292-11779614)
chr3 (60-382)||(10531098-10531420)
chr3 (89-377)||(10503024-10503312)
chr3 (111-382)||(13852822-13853093)
chr3 (111-382)||(10679897-10680167)
chr3 (15-215)||(9980070-9980270)
chr3 (111-235)||(10583097-10583221)
chr3 (130-348)||(10192652-10192864)
chr3 (130-348)||(10085732-10085944)
chr3 (336-382)||(10583048-10583094)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (15-382)||(54867-55234)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (60-371)||(26909336-26909647)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (111-382)||(11487466-11487737)
chr8 (115-382)||(44955024-44955291)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (111-162)||(17850287-17850338)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10034807 - 10034440
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10034807 atcatcacccttttcaatactcaagttggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggctttgttctttgggatgaaatcgtaatt 10034708  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034707 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 10034608  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||    
T  10034607 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggattcgatatgaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaaaccag 10034508  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||||||||    |||   ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034507 actcctacaattccatatctgaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 10034440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 15 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 9841662 - 9841294
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    |||||||||||| ||||||  |||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |  |||  |||| ||||||  ||||| | ||||    
T  9841662 atcatcacccttatcaattcgcaagtaggaaagtgccgtcaaatattggtgaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatagcaatt 9841563  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841562 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacatttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 9841463  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||    
T  9841462 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggattcgattataagtgattcgaggctcgacgacagaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatctag 9841363  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgt 383  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9841362 actcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagtgt 9841294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 42 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 10520262 - 10519921
Alignment:
Q  42 ggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10520262 ggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttttgggtagaaatcttaattgattgcaatttgggaggtagacaaact 10520163  T
Q  142 ccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcat 241  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10520162 ccttcacaaaatgacaactctacacaatctagagtcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcag 10520063  T
Q  242 gggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgt 341  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||  |||| |||||||    
T  10520062 gggatatgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctgcactcacatatggtaagtgt 10519963  T
Q  342 ttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgt 383  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10519962 ttggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtgt 10519921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10666270 - 10665903
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||  || ||||||| |||||||||  ||||    
T  10666270 atcatcacccttttcaatactcaagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggagttattctttgagatgaaatcacaatt 10666171  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10666170 gtttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactgtgcacatcttagaatcaacttttcaagagcagtgagcatgtccatcttaagct 10666071  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10666070 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatcacaagttcttcgagtctcgacgactgacatgaaggactttctaaaatacaaatggaaaccag 10665971  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10665970 actcctacaattctgtatccaaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 10665903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10263505 - 10263138
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    |||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||| ||||| ||||||  ||||||  ||||    
T  10263505 atcatcacccttttgaatagtcaagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgttgttttttgggtagaaatctcaatt 10263406  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10263405 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcagaaaatgacaactctgcacatgttagaaacaacctttcaagagcggtgagcatttccatcttaagct 10263306  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||    
T  10263305 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatttgatagtaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctaaaatataaatggaatccag 10263206  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||| ||||| | || ||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10263205 acttctacacttatatatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg 10263138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10129726 - 10129362
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||   ||||| || ||||||| ||| ||||||||||| || ||||  |||  |||||||| |||    |||  ||||    
T  10129726 atcatcaccctttccaatactcaatcttgaaagagcggtcaaatcttgaagaccccattctgtcacaggcggtgctgttcttttggactgtatctcaatt 10129627  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10129626 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtcaatcttaagct 10129527  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||   ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  10129526 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatatgatataaagtgatttgagg---gacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccag 10129430  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129429 actcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 10129362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Original strand, 10431306 - 10431673
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||  || ||||| | ||||||| |  ||||    
T  10431306 atcatcacccttttgaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggagttattcttcgagatgaaaaccaaatt 10431405  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||| | || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10431406 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacagcttttgacatttcatatgcaacttttcaagagcggtgagcatgtccatcttaagct 10431505  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  10431506 tgacttcaaataattcaattgaataatgggatctgatataaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccag 10431605  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||| || |||| |  ||||  ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10431606 acttctgcaattaaatatgtcaagtaattggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg 10431673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 42 - 382
Target Start/End: Original strand, 10361093 - 10361433
Alignment:
Q  42 ggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaact 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||   ||  |||||||| |||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361093 ggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattctgtcacaggcagtgctgttcttttggactgtatcataattgattgtaatttgggaggtagacaaact 10361192  T
Q  142 ccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcat 241  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || | |||| |||||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361193 ccttcacaaaacgacaactctggccaatctagagtcaaccgttcaagagcggcaagcgtgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcat 10361292  T
Q  242 gggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgt 341  Q
    ||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10361293 gggatatgattataagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaatcacgtatggtaagtgt 10361392  T
Q  342 ttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10361393 tcggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtg 10361433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 60 - 382
Target Start/End: Original strand, 10373152 - 10373474
Alignment:
Q  60 ttggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaac 159  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||| || ||||| | |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373152 ttggagaccccattccgtaaccggcggtgttattcttcgagatgaaatccaaattgattgtaatttgagaggtagacaaactccttcacaaaatgacaac 10373251  T
Q  160 tctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtg 259  Q
    |||  ||||   | | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||| |||||    
T  10373252 tctcgacatcccaaactcaacctttcaagagcggtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaagcatgggagaagatctgaagtg 10373351  T
Q  260 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaacc 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  10373352 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagattcctacaattcagtatcataagtgtttggaggacagggaaacc 10373451  T
Q  360 atcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  10373452 atcaagtggaaaggatataagtg 10373474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9852543 - 9852176
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    ||||||||||||| ||||   |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||| ||  ||||||  ||||    
T  9852543 atcatcaccctttacaatccacaatgatgaaagagctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgtttttttggtagaaatcacaatt 9852444  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    | |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9852443 gttcttaatttgggaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaatcttcaagagcggtgagcatgtccatcttaagct 9852344  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||    
T  9852343 tgacttcaaataattcaattgaattatgggatttgatccgaagtgattggaggcttgacgaccgaggtgaagacctttctaaaatataaatggaatccag 9852244  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||| || |||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9852243 acttctccaatcatcaatgtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaaaggatttaagtg 9852176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 117 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10091499 - 10091231
Alignment:
Q  117 ttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgc---acattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||||| |||  |||| | ||||| || ||||||  || ||||| ||||    
T  10091499 ttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaacactcctcgacatttcagaaacaacttctcaagggcggtgagcgagttcatctgaagc 10091400  T
Q  214 ttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatcca 313  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| |  |||||||||||    
T  10091399 ttgactttaaacaattcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatcca 10091300  T
Q  314 gactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||| |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091299 gactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 10091231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10198381 - 10198113
Alignment:
Q  117 ttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgc---acattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |   |||||| |||  |||| | ||||| || ||||||  || ||||| ||||    
T  10198381 ttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaacagtcctcgacatttcagaaacaacttctcaagggcggtgagcgcgttcatctgaagc 10198282  T
Q  214 ttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatcca 313  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| |  |||||||||||    
T  10198281 ttgactttaaacaattcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatcca 10198182  T
Q  314 gactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||| |||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10198181 gactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 10198113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 60 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 11771993 - 11771671
Alignment:
Q  60 ttggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaac 159  Q
    ||||||||||||||| || || | |||| ||||| |||||||  || ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11771993 ttggagaccccattctgtaactggtggtgttgttatttgggaaaaactcacaattgattgtaagttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgaaaac 11771894  T
Q  160 tctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtg 259  Q
     || |    || |||  |||| | |||||||| || |||  || ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  11771893 actccttgattcagaaacaacttctcaagagcggtaagcgagttcatccgaagcttgactttaaacaattcaattgaatcatgggatctgatctcaagat 11771794  T
Q  260 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaacc 359  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||    
T  11771793 attggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaacc 11771694  T
Q  360 atcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  11771693 atcaagtggaaaggatgtaagtg 11771671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 60 - 382
Target Start/End: Original strand, 11779292 - 11779614
Alignment:
Q  60 ttggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaac 159  Q
    ||||||||||||||| || || | |||| ||||| |||||||  || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  11779292 ttggagaccccattctgtaactggtggtgttgttatttgggaaaaactcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaactctttcacaaaatgaaaac 11779391  T
Q  160 tctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtg 259  Q
     || |    || |||  |||| | |||||||| ||||||  || ||||  ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||      
T  11779392 actccttgattcagaaacaacttctcaagagcagtgagcgagttcatccgaagcttgactttaaacaattcaattaaatcatgggatctgatttcaagat 11779491  T
Q  260 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaacc 359  Q
     |  ||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||| ||||||||||    
T  11779492 gtcggaggctcgacgactgaggtgaaggtgtttctaaaatataaatggaatccagactcctacaatcacttaagtcaagtgtttggagcacagggaaacc 11779591  T
Q  360 atcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  11779592 atcaagtgggaaggatgtaagtg 11779614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 60 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10531420 - 10531098
Alignment:
Q  60 ttggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaac 159  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||  ||| ||||||| | || |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  10531420 ttggagaccccattctgttacaggcggcgttgctctttggaaagatatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaattccttcacaaaataacaac 10531321  T
Q  160 tctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtg 259  Q
    || | ||| | |||| ||||   ||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||| |||| | |||||    
T  10531320 tcgggacaatctagagtcaattgttcaagagcagtgagcgtgtccatccgaagcttgactttaagcaatccaattgaatcatgggatttgattttaagtg 10531221  T
Q  260 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaacc 359  Q
    ||  |||||| || |||||| ||| |||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||    
T  10531220 atcggaggcttgatgaccgacgtggaggactttctgaaataaaaaccgaatccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaacc 10531121  T
Q  360 atcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||||||| | |||||||||||||    
T  10531120 atcaagttggaaggatgtaagtg 10531098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 89 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10503312 - 10503024
Alignment:
Q  89 ttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaag 188  Q
    |||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |  |  | ||||  ||||||    
T  10503312 ttgttctttgggaccaaatatcaattgattgtaatttgggaggaagacaaactccttcacaaaatgataactcctgacaatccaagtccaactcttcaag 10503213  T
Q  189 agctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagga 288  Q
    ||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||  |  |  || |||||    
T  10503212 agccgtgagcgtgttcatctgaagcttgacttcaaatgattcaactgaatcatgggattggatatgaagtgattggaggctcgaatattggtgtaaagga 10503113  T
Q  289 ctttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 377  Q
    |||| | || || |||||||||||| | ||||||| | |   ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10503112 ctttttaaagtaaaaatggaatccaaattcctacagttactaatgttaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10503024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 111 - 382
Target Start/End: Original strand, 13852822 - 13853093
Alignment:
Q  111 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatctta 210  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |  | ||||| ||||||||| || ||| ||||||||  |    
T  13852822 aattgattgtaatttaggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctcgacattccaagtccaaccgttcaagagcggtaagcgtgtccatccga 13852921  T
Q  211 agcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaat 310  Q
    ||||| |||| || | || ||||||| ||||||||| ||||  |||||| || ||| || ||||  |||  || |||||||||| |||||  ||||||||    
T  13852922 agcttcactttaagtgatccaattgagtcatgggatttgattacaagtgtttggagtcttgacggtcgacttggaggactttctaaaatattaatggaat 13853021  T
Q  311 ccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||||| ||||||| |||  |||   |||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  13853022 ccagattcctacactcacttatccgaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtg 13853093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 111 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10680167 - 10679897
Alignment:
Q  111 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatctta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||| || |   ||||||||| |||||| ||||||||  |    
T  10680167 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaa-taacaactctggacaatctagagtctattgttcaagagcagtgagcgtgtccatccga 10680069  T
Q  211 agcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaat 310  Q
    |||||||||| ||  | | ||||||||||||| ||| |||| | |||||||| ||||||  ||||  || |||| ||||||||||||||| |||  ||||    
T  10680068 agcttgactttaagcagtccaattgaatcatgtgatttgattttaagtgattggaggcttaacgattgatgtgatggactttctgaaataaaaactgaat 10679969  T
Q  311 ccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10679968 ccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtg 10679897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9980270 - 9980070
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||| ||  ||||||  ||||    
T  9980270 atcatcaccctttacaattctcaagtcgaaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgtttttttggtagaaatcacaatt 9980171  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||  ||||||| || | |||||| |||||||||||||    
T  9980170 gattgtaatttgagaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaattttcaagggcggagagcatttccatcttaagct 9980071  T
Q  215 t 215  Q
    |    
T  9980070 t 9980070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 10583221 - 10583097
Alignment:
Q  111 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatctta 210  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||  |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  10583221 aattgatcgtaatttgagaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaattttcaagagcggtgagcatttccatctta 10583122  T
Q  211 agcttgacttcaaataattcaattg 235  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
T  10583121 aacttgacttcaaataattcaattg 10583097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 130 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 10192864 - 10192652
Alignment:
Q  130 ggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataatt 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |  | ||  ||||||||| |||||| |      |||||||||||||| ||| |||     
T  10192864 ggtaggcaaactccttcacaaaatgacaactctccacaattcaaagcccactgttcaagagcagtgagcgt------cttaagcttgactttaaacaatc 10192771  T
Q  230 caattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatg 329  Q
    ||||||  | ||||||| |||| | |||||| | |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| |    
T  10192770 caattgctttatgggatttgattttaagtgactggaggcttgacgaccgacatgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacg 10192671  T
Q  330 tatgataagtgtttggagc 348  Q
    ||||  |||||||||||||    
T  10192670 tatgtcaagtgtttggagc 10192652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 130 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 10085944 - 10085732
Alignment:
Q  130 ggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataatt 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |  | ||  ||||||||| |||||| |      |||||||||||||| ||| |||     
T  10085944 ggtaggcaaactccttcacaaaatgacaactctccacaagtcaaagcccactgttcaagagcagtgagcgt------cttaagcttgactttaaacaatc 10085851  T
Q  230 caattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatg 329  Q
    ||||||  | ||||||| |||| | |||||  | |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| |    
T  10085850 caattgctttatgggatttgattttaagtggctggaggcttgacgaccgacatgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacg 10085751  T
Q  330 tatgataagtgtttggagc 348  Q
    ||||  |||||||||||||    
T  10085750 tatgtcaagtgtttggagc 10085732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 336 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10583094 - 10583048
Alignment:
Q  336 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583094 aagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 10583048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 382
Target Start/End: Original strand, 54867 - 55234
Alignment:
Q  15 atcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaatt 114  Q
    ||||||||||||| ||||   ||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||| ||  ||||||  ||||    
T  54867 atcatcaccctttacaatacacaaaaaaaaaagagctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgtttttttggtagaaatcacaatt 54966  T
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||  ||||||| || | |||||| |||||||||||||    
T  54967 gattgtaatttgagaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaattttcaagggcggagagcatttccatcttaagct 55066  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55067 tgacttcaaataattcaattgaataacaggattcgattataagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaaaccag 55166  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||||||   |  ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55167 actcctacatctacttatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 55234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 60 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 26909647 - 26909336
Alignment:
Q  60 ttggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaac 159  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||| |||| ||  |||    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26909647 ttggagacaccattccgtaacagacggtgttgttatttgagaccaaaggtcaattgattgtaagttgggaggtagacaaacaccttcacaaaatgacaac 26909548  T
Q  160 tctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtg 259  Q
    |||  ||| |  |||| ||||  ||||||| |||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||    
T  26909547 tctcgacagtccagatacaactgttcaagatctgtgagcgtgtccatccgaagcttcactttaaataattcaattgaatcatgggatttgattttaagtg 26909448  T
Q  260 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaacc 359  Q
    |||| ||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||  ||||  ||||||| |||||||||||    
T  26909447 attcaaggcttgacggccgatgtgaaggagtttctgaaatataaatggaatccacactcctacaatcgtaaattttaagactttggagagcagggaaacc 26909348  T
Q  360 atcaagtggaaa 371  Q
    |||||| |||||    
T  26909347 atcaagcggaaa 26909336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 111 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 11487737 - 11487466
Alignment:
Q  111 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatctta 210  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||| || |||  |||   ||||||||| |||||||||||||||  |    
T  11487737 aattgattctaatttgggaggtagagaaacatcttcacaaaatgacaactctggacaattcagagacaaaacttcaagagcagtgagcatgtccatccga 11487638  T
Q  211 agcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaat 310  Q
    || ||||||| || | || ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||  |||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11487637 agtttgacttgaagtgatccaattgagtcatgggatttgatttcaagagatcggaggcttgacgaccaacatgaaggactttctaaaataaaaatggaat 11487538  T
Q  311 ccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||| ||||||||||| ||   | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487537 ccagacacctacaatcatatagttttagtctttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 11487466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 115 - 382
Target Start/End: Original strand, 44955024 - 44955291
Alignment:
Q  115 gattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 214  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||    || ||  ||   ||||  ||||||||| || ||  | ||||||  ||| |    
T  44955024 gattgtaatttgggaggtaggcaaacaccttcacaaaatgacagcttcagactttgaagtgacaactcttcaagagcagtaagtgtatccatccgaagat 44955123  T
Q  215 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 314  Q
    |||||| || | |||||||  | ||||||||| ||||   |||||||   ||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||  |||| ||||||||    
T  44955124 tgactttaagtgattcaataaagtcatgggatgtgattgtaagtgatcaaaggcttgacggccgaggtgaaggactttccaaaatgaaaattgaatccag 44955223  T
Q  315 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg 382  Q
    |||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  44955224 actcctacaaccactaatgttaagtctttggagcacagggaaaccatcaagtgggaatgatttaagtg 44955291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 111 - 162
Target Start/End: Original strand, 17850287 - 17850338
Alignment:
Q  111 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactct 162  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  17850287 aattgattgtaacttgggaggtagggaaactcctccacaaaatgacaactct 17850338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University