View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13378_high_1 (Length: 894)

Name: NF13378_high_1
Description: NF13378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13378_high_1
NF13378_high_1
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (403-876)||(35538596-35539074)
chr5 (20-408)||(37504920-37505308)
chr5 (178-410)||(24077368-24077600)
chr5 (178-407)||(6618340-6618570)
chr5 (178-401)||(6920551-6920775)
chr5 (178-408)||(8807102-8807326)
chr5 (178-407)||(23101651-23101884)
chr5 (178-403)||(42379239-42379469)
chr5 (178-349)||(19520960-19521132)
chr5 (426-549)||(35544479-35544597)
chr5 (352-406)||(10378129-10378183)
chr5 (352-400)||(29692077-29692125)
chr5 (352-389)||(10378076-10378113)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (20-407)||(8406029-8406416)
chr3 (179-405)||(5331638-5331864)
chr3 (178-405)||(52787647-52787876)
chr3 (178-405)||(52793866-52794095)
chr3 (181-408)||(7047749-7047976)
chr3 (178-405)||(41283819-41284046)
chr3 (216-409)||(31167561-31167754)
chr3 (178-405)||(4606583-4606811)
chr3 (178-405)||(13276037-13276265)
chr3 (181-405)||(13282256-13282480)
chr3 (178-370)||(30760713-30760905)
chr3 (178-408)||(55346606-55346834)
chr3 (242-402)||(41720081-41720242)
chr3 (178-404)||(19007619-19007845)
chr3 (182-414)||(39233022-39233251)
chr3 (242-409)||(18096071-18096241)
chr3 (178-313)||(16865390-16865525)
chr3 (242-343)||(29453498-29453599)
chr3 (241-407)||(26412997-26413163)
chr3 (242-313)||(49846517-49846587)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (20-410)||(37567802-37568192)
chr7 (178-404)||(9195506-9195732)
chr7 (178-413)||(44279213-44279448)
chr7 (178-402)||(27087848-27088073)
chr7 (178-402)||(27190228-27190453)
chr7 (178-407)||(2133687-2133916)
chr7 (178-407)||(20948313-20948542)
chr7 (178-410)||(40667123-40667362)
chr7 (178-405)||(11564435-11564662)
chr7 (178-401)||(34381391-34381615)
chr7 (178-405)||(26924834-26925063)
chr7 (178-408)||(27749664-27749889)
chr7 (178-407)||(48565902-48566130)
chr7 (178-407)||(33153958-33154179)
chr7 (178-282)||(20537040-20537144)
chr7 (217-405)||(38189639-38189826)
chr7 (182-298)||(26642544-26642659)
chr7 (178-383)||(221749-221955)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (20-407)||(32037045-32037433)
chr2 (178-408)||(20283355-20283584)
chr2 (178-407)||(30728121-30728349)
chr2 (178-406)||(38975239-38975466)
chr2 (178-408)||(36554848-36555078)
chr2 (224-408)||(37861293-37861476)
chr2 (178-405)||(1857708-1857935)
chr2 (242-405)||(37917936-37918100)
chr2 (178-415)||(45166924-45167159)
chr2 (242-411)||(2979690-2979859)
chr2 (251-408)||(29198865-29199023)
chr2 (179-294)||(22336196-22336310)
chr2 (179-408)||(747014-747240)
chr2 (178-294)||(45168673-45168789)
chr2 (242-412)||(1928665-1928835)
chr2 (181-293)||(29198662-29198773)
chr2 (355-404)||(45168828-45168877)
chr2 (242-401)||(11913761-11913920)
chr2 (178-294)||(25740394-25740508)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (66-408)||(30301353-30301694)
chr4 (178-407)||(7315290-7315519)
chr4 (178-405)||(40630877-40631105)
chr4 (178-405)||(8087726-8087953)
chr4 (179-405)||(7882408-7882635)
chr4 (178-405)||(22459956-22460183)
chr4 (216-408)||(21357787-21357981)
chr4 (178-380)||(9390241-9390444)
chr4 (224-408)||(18103683-18103866)
chr4 (242-410)||(29350934-29351102)
chr4 (178-371)||(28510408-28510601)
chr4 (245-401)||(44234671-44234828)
chr4 (216-403)||(56208252-56208439)
chr4 (242-405)||(36968406-36968570)
chr4 (178-376)||(3006173-3006372)
chr4 (178-405)||(22453021-22453254)
chr4 (178-405)||(6807833-6808062)
chr4 (216-408)||(41548344-41548538)
chr4 (242-405)||(12689599-12689758)
chr4 (216-397)||(31989519-31989695)
chr4 (178-313)||(18691581-18691715)
chr4 (356-405)||(18665637-18665686)
chr4 (217-313)||(18665513-18665610)
chr4 (322-405)||(19509632-19509715)
chr4 (375-408)||(36088528-36088561)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (178-405)||(26849167-26849395)
chr8 (178-408)||(37806880-37807111)
chr8 (178-413)||(20162560-20162795)
chr8 (178-413)||(20194701-20194936)
chr8 (178-401)||(21257772-21257996)
chr8 (178-405)||(43204234-43204462)
chr8 (178-406)||(4860054-4860284)
chr8 (182-405)||(30591993-30592216)
chr8 (179-404)||(34322703-34322928)
chr8 (243-403)||(32776862-32777022)
chr8 (179-405)||(39679452-39679678)
chr8 (179-310)||(28713954-28714084)
chr8 (179-310)||(28721301-28721431)
chr8 (179-310)||(28728943-28729073)
chr8 (182-405)||(39154184-39154407)
chr8 (259-380)||(40672638-40672760)
chr8 (242-408)||(42576139-42576307)
[»] scaffold0087 (1 HSPs)
scaffold0087 (178-405)||(8525-8752)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (178-412)||(27275887-27276121)
chr1 (178-409)||(28728852-28729083)
chr1 (178-401)||(14752526-14752748)
chr1 (181-407)||(20360551-20360777)
chr1 (181-407)||(20550193-20550419)
chr1 (216-391)||(44700027-44700201)
chr1 (238-405)||(44773526-44773693)
chr1 (178-405)||(9196051-9196279)
chr1 (248-410)||(7880031-7880193)
chr1 (179-407)||(17171323-17171545)
chr1 (178-402)||(49535829-49536051)
chr1 (244-405)||(48187567-48187727)
chr1 (356-408)||(23832958-23833010)
chr1 (370-407)||(33334599-33334636)
chr1 (352-407)||(45310883-45310938)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (178-405)||(23306265-23306492)
chr6 (179-408)||(26631229-26631459)
chr6 (179-408)||(26737204-26737434)
chr6 (178-408)||(4582068-4582306)
chr6 (245-401)||(16802187-16802342)
chr6 (178-400)||(29730513-29730732)
chr6 (290-408)||(25359629-25359747)
chr6 (242-404)||(28329892-28330051)
chr6 (242-404)||(28507528-28507687)
chr6 (330-402)||(30800410-30800483)
chr6 (360-402)||(1389729-1389771)
chr6 (352-401)||(927297-927346)
[»] scaffold0048 (2 HSPs)
scaffold0048 (182-403)||(46897-47118)
scaffold0048 (178-392)||(73505-73722)
[»] scaffold1147 (1 HSPs)
scaffold1147 (194-405)||(405-617)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (178-310)||(13317-13449)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (179-408)||(24733-24962)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (284-412)||(1782-1911)
[»] scaffold0136 (1 HSPs)
scaffold0136 (179-405)||(10925-11149)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (186-405)||(4036-4249)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 403 - 876
Target Start/End: Original strand, 35538596 - 35539074
Alignment:
Q  403 ccttagagaatatttctggataaggtcatagacgttgatacttgggatggttggaccgctttcattttttatggggatggaaatgatgaaaagaatttac 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35538596 ccttagagaatatttctggataaggtcgtagacgttgatacttgggatggttggaccgctttctttttttatggggatggaaatgatgaaaagaatttac 35538695  T
Q  503 tcaggttggtcaatgatagctaatttgtgagcatgtggaacccaaaaccgacacaggattggaaaatatgctacgcgttggatgatgtgggacaactcac 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35538696 tcaggttggtcaatgatagctaatttgtgagcatgtggaacccaaaaccgacacaggattggaaaatatgctacgcgttggatgatgtgggacaactcac 35538795  T
Q  603 gattatcacgttcatttttaaattaatcatcatggtttattttttatagaaagtaatcatcttggttaacttttccaattac-----aagtacctcgaca 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||    
T  35538796 gattatcacgttcatttttaaattaatcatcatggtttattttttatagaaagtaatcatcttggttaacttttccaattacaagtaaagtacctcgaca 35538895  T
Q  698 aaaaataattcaagatcggtaatatgtttagagtttaacaactactacattcttcttttgaaaaatttattccattttttctaagaatgagtttaacaag 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35538896 aaaaataattcaagatcggtaatatgtttagagtttaacaactactacattcttcttttgaaaaatttattcaattttttctaagaatgagtttaacaag 35538995  T
Q  798 gatatgcataattaaaccataaacttcaaaatacacaagcaatgcatatcgatcgttatttggtttacacgcaaaacta 876  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35538996 gatatgcataattaaaccataaacttcaaaatacacaagcaatgcatatcgatcgttatttggtttacacgcaaaacta 35539074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 408
Target Start/End: Original strand, 37504920 - 37505308
Alignment:
Q  20 atgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37504920 atgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 37505019  T
Q  120 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 219  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37505020 agagcgtgcacagttatagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 37505119  T
Q  220 attcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnn 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  37505120 attcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttattttt 37505219  T
Q  320 nnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37505220 ttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 37505308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 178 - 410
Target Start/End: Original strand, 24077368 - 24077600
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  24077368 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 24077467  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  24077468 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttgtaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 24077566  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagag 410  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  24077567 ctccaaaatccaactcgcaaacaaagccttagag 24077600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6618570 - 6618340
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  6618570 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaactccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 6618471  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || || |||||||||||| | || ||||    
T  6618470 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataaacctttccttccctttccctccc 6618371  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  6618370 ctccaaaatccaactcgcaaacaaaacctta 6618340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 178 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 6920775 - 6920551
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  6920775 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccc-aatttgggggaactttaaaattggacaa 6920677  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccc-ttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||        ||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||||  |||  |||    
T  6920676 atgaagcccttcaaaacccctcaaaacctttccctttgtttttttaaaactcacaaacaaggatttaccactccataagcctttccttccattcctctcc 6920577  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    ||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  6920576 ccttcaaaatccaactcgcaaacaaa 6920551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8807326 - 8807102
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||    
T  8807326 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaatttgacaa 8807228  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagg-gtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||||| |||||||||||||||||        ||||||| |||||||||  |||| | | || |||||||||||     |||||||||    
T  8807227 atgaagcccttcaaaaccgcccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggattttaactc-cataagcctttcct-----tcccttccc 8807134  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  8807133 ctccaaaatccaactcgcaaacaaagccttag 8807102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Original strand, 23101651 - 23101884
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||||||| ||    
T  23101651 ctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttaggggaattttaaaattggacaa 23101749  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagccttt-----ccttcccctccc 371  Q
    || ||  |||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||| ||||||| |||||| |||| || ||||||||     ||||||||||||    
T  23101750 atgaagtccttcaaaacccgccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaa-ggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 23101848  T
Q  372 ttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
     ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  23101849 ctcccctctaaaatccaactcgcaaacaaagcctta 23101884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 42379469 - 42379239
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || |  |||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  42379469 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattggtaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccctaatttgggggaactttaaaattggacaa 42379371  T
Q  278 attaaccccttcaaaacccccc-----aaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctccc 371  Q
    || || | ||||||||||||||     |||| |||||||||        ||||||||||||||||| |||| ||||| | || |||||||||||| ||||    
T  42379370 atgaagctcttcaaaacccccccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaaggatttaccactccataaacctttccttcccttccc 42379271  T
Q  372 ttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagc 403  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42379270 ctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagc 42379239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 349
Target Start/End: Original strand, 19520960 - 19521132
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | | || || || |||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||||| ||    
T  19520960 ctaaaattggaattttgaattattatgaaggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccctctaaaacctcccaatttaggggaattttaaaattggacaa 19521059  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctta-nnnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc 349  Q
    || || |||||||||||||||||||| ||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19521060 atgaatcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttattttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactc 19521132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 426 - 549
Target Start/End: Original strand, 35544479 - 35544597
Alignment:
Q  426 ggtcatagacgttgatacttgggatggttggaccgctttcattttttatggggatggaaatgatgaaaagaatttactcaggttggtcaatgatagctaa 525  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||   ||  ||||||| | ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||| |||||    
T  35544479 ggtcatagacgttgatacttagaatggttgaacc---tt--ttttttacgaggatggaaatgattaaatgaatt-actcaggttgatgaatgattgctaa 35544572  T
Q  526 tttgtgagcatgtgga-acccaaaa 549  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  35544573 tttgtgagcatgtggagacccaaaa 35544597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 406
Target Start/End: Original strand, 10378129 - 10378183
Alignment:
Q  352 aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctt 406  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  10378129 aagcctttccttcccttcccttcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcctt 10378183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 400
Target Start/End: Original strand, 29692077 - 29692125
Alignment:
Q  352 aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaa 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  29692077 aagcctttccttcccttcccttcccttccaaaacccaactcgcaaacaa 29692125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 389
Target Start/End: Original strand, 10378076 - 10378113
Alignment:
Q  352 aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaa 389  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10378076 aagcctttccttcccttcccttcccctccaaaatccaa 10378113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8406416 - 8406029
Alignment:
Q  20 atgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406416 atgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 8406317  T
Q  120 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406316 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 8406217  T
Q  220 attcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnn 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  8406216 attcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttattttt 8406117  T
Q  320 nnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406116 ttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 8406029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 179 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 5331864 - 5331638
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || |||| || |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  5331864 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcattttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 5331765  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccct 378  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  5331764 tgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccatccataagcctttccttcccttcccctcccct 5331665  T
Q  379 ccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5331664 ccaaaacctaactcgcaaacaaagcct 5331638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 52787647 - 52787876
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  52787647 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 52787746  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||    
T  52787747 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttggtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 52787846  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52787847 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 52787876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 52793866 - 52794095
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  52793866 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 52793965  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||    
T  52793966 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttggtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 52794065  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52794066 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 52794095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 181 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 7047976 - 7047749
Alignment:
Q  181 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 280  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||     
T  7047976 aaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgggcaaatg 7047877  T
Q  281 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctcc 380  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||        ||||||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||||| | || ||||||||    
T  7047876 aaacccttcaaaaccccccaaaacccttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccatagcctttccttccctttccctcccctcc 7047777  T
Q  381 aaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7047776 aaaacccaactcgcaaacaaaaccttag 7047749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 41284046 - 41283819
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||| | ||||||| || ||||||| |||| |||||||| | |||| || | || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  41284046 ctaaatttgaaattttgaattattatgagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccctaaaatcctc-aatttgggggaactttaaaattggacaa 41283948  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || ||||||||||| || | || ||| |||||||||||||||| ||||    
T  41283947 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcagacaagggtttaccattccataagtctttccttcccctcccctccc 41283848  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41283847 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 41283819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 216 - 409
Target Start/End: Original strand, 31167561 - 31167754
Alignment:
Q  216 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 315  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  31167561 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgt 31167660  T
Q  316 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttaga 409  Q
          ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  31167661 ttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaatccaacttgcaaacaaagccttaga 31167754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 4606583 - 4606811
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaac-cccccaaattgggggaactctaaaattggata 276  Q
    |||||||||||||||||  |||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  4606583 ctaaaattggaattttgagttattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaatcccccaatttgggggaactttaaaattggaca 4606682  T
Q  277 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||    
T  4606683 aattaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtatttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 4606781  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  4606782 cctccaaaattcaactcgcaaacaaagcct 4606811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 13276265 - 13276037
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctcc-aaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggata 276  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| || ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  13276265 ctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggaca 13276166  T
Q  277 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || |||| |||||||||| |||| |||    
T  13276165 aattaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcttttccttcccttcccctcc 13276067  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  13276066 cctccaaaattcaactcccaaacaaagcct 13276037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 181 - 405
Target Start/End: Original strand, 13282256 - 13282480
Alignment:
Q  181 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 280  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| ||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||     
T  13282256 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatggttaatcccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 13282355  T
Q  281 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctc 379  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||||||    
T  13282356 aagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaataagggttta-cactccataagcctttcctttccttcccctcccctc 13282454  T
Q  380 caaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
     |||| ||||||| ||||||||||||    
T  13282455 taaaatccaactcgcaaacaaagcct 13282480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 178 - 370
Target Start/End: Original strand, 30760713 - 30760905
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||    
T  30760713 ctaaaattgaaattttgaattatcatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggagaactttaaaattggacaa 30760812  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcc 370  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  30760813 attaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccctcc 30760905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 55346834 - 55346606
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  55346834 ctaaaattgaaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc--caaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 55346737  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||| |||||||||||||||||  ||        ||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||| ||| |||||||||||||||     
T  55346736 atgaagcccttcaagaccccccaaaacctttcgtttgtttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactctataagcttttgcttcccctcccttcct 55346637  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  55346636 c-ccaaaactcaactcgcaaacaaagccttag 55346606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 242 - 402
Target Start/End: Original strand, 41720081 - 41720242
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||| |||    
T  41720081 aaccccccaatttgggggaactttaaaattagacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagagtt 41720180  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 402  Q
    || ||||| | ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  41720181 taccactctataagcctttccttcccttaccctcccctccaaaacccaactcgaaaacaaag 41720242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 404
Target Start/End: Original strand, 19007619 - 19007845
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | | || || || ||||||| |||| |||| ||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  19007619 ctaaaattggaattttgaattattatgacggcaaaattgtcaatttgtatgtttagccc-ccaaaacccctcaatttcggggaactttaaaattggacaa 19007717  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||| |  |||||||||||||        ||| ||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||| || ||      
T  19007718 atgaaacccttcaaaacccgctgaaacctttcccttgtttttttaaagctcccaaacaagggtttacctctccataagcctttccttcccctaccctcat 19007817  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 404  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  19007818 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 19007845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 182 - 414
Target Start/End: Original strand, 39233022 - 39233251
Alignment:
Q  182 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 281  Q
    ||||| ||||||| |||||| | ||| ||| || ||||||| |||| |||||||||| |||||||   || ||||||||||| ||||||| || |||| |    
T  39233022 aattgaaattttgaattattatgaggataaaattgtcaatttgtatgtttaaccctcaaaaaccct--aatttgggggaactttaaaatttgacaaatga 39233119  T
Q  282 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctcc 380  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||         ||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  39233120 agcccttcaaaaccccc-aaaacctttccctg-gttttttaaaactctcaaacaagggtttacctctccataagcctttcctccccttcccctcccctcc 39233217  T
Q  381 aaaacccaactcccaaacaaagccttagagaata 414  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  39233218 aaaatccaactcgcaaacaaagcctaagagaata 39233251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 242 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 18096241 - 18096071
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnna--aaactcacaaacaaggg 339  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||           |||||| ||||||| ||    
T  18096241 aaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaatcctttcccttgttttttttttaaactcgcaaacaaagg 18096142  T
Q  340 tttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttaga 409  Q
    |||| | ||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18096141 tttacctctccataaacctttccttcccctccctccccctccaaaacccaactcgcaaacaaagccttaga 18096071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 178 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 16865525 - 16865390
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatct--ttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggat 275  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| || | |  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  16865525 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtgtatggttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggac 16865427  T
Q  276 aaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 313  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16865426 aaatgaa-cccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 16865390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 343
Target Start/End: Original strand, 29453498 - 29453599
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||        ||||||| ||||||||||||    
T  29453498 aaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaacccccaaaaacttttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 29453597  T
Q  342 ta 343  Q
    ||    
T  29453598 ta 29453599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26413163 - 26412997
Alignment:
Q  241 aaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggt 340  Q
    ||||||| ||| || |||||| | |||||||||| | || || |||||||||| |||| |||||||||| |||        |||||||||||||||| ||    
T  26413163 aaacccctcaattttggggaattttaaaattggacagatgaagcccttcaaaatcccc-aaaacctttcacttgtttttttaaaactcacaaacaagagt 26413065  T
Q  341 ttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||| | ||| | || | ||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  26413064 ttacctctccataatcatttccttcccctctcctcccatccaaaactcaactcgcaaccaaagcctta 26412997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 49846587 - 49846517
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 313  Q
    |||||||||| |||  |||||| |||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  49846587 aaccccccaatttgaaggaactttaaaattggacaaatgaaacc-ttcaaaaccccccaaaaccttttcctt 49846517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 37568192 - 37567802
Alignment:
Q  20 atgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 119  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37568192 atgaaggaaactgtgttgttcagcttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 37568093  T
Q  120 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37568092 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 37567993  T
Q  220 attcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnn 319  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  37567992 atttgcatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggacaaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttt 37567893  T
Q  320 nnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagag 410  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37567892 ttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaaacctttcctttccctcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 37567802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 178 - 404
Target Start/End: Original strand, 9195506 - 9195732
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  9195506 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccctaatttgggggaactttaaaattggacaa 9195605  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  9195606 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccttcccctccc 9195704  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 404  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  9195705 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 9195732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 178 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 44279448 - 44279213
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||| || || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  44279448 ctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 44279350  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||    
T  44279349 atgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccctttcc 44279250  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagagaat 413  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  44279249 cttcaaaacccaactcgcaaataaagccttagagaat 44279213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 402
Target Start/End: Original strand, 27087848 - 27088073
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  27087848 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccacaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggacaa 27087947  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| || | ||||    
T  27087948 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcttttccttcccttctcctccc 27088047  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaag 402  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  27088048 ctccaaaacccaactcgcaaacaaag 27088073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 27190453 - 27190228
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  27190453 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccacaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggacaa 27190354  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||| |||| || |||| |||||||||| || | ||||    
T  27190353 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcttttccttcccttctcctccc 27190254  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaag 402  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  27190253 ctccaaaacccaactcgcaaacaaag 27190228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Original strand, 2133687 - 2133916
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  2133687 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaattagtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 2133786  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  2133787 attaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 2133885  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||||    
T  2133886 cttcaaaattcaactcccaaacaaagcctta 2133916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 20948542 - 20948313
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | || | || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| ||    
T  20948542 ctaaaattggaattttgaattattatgagagcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaattttaaaattggacaa 20948443  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||| |||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  20948442 atgaagcccttcaaaac-ccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataagcctttccttcccttcccttccc 20948344  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  20948343 ctccaaaactcaactcgcaaacaaagcctta 20948313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 178 - 410
Target Start/End: Original strand, 40667123 - 40667362
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaacccccc------aaattgggggaactctaaaatt 271  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||      || ||||||||||| |||||||    
T  40667123 ctaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaacccccccccccccaatttgggggaactttaaaatt 40667222  T
Q  272 ggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcc 370  Q
     || |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||| | |||    
T  40667223 tgacaaatgaagcccttcaaaacctcccaaaacctttcccttgttttgttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagtctttccttctcttcc 40667322  T
Q  371 cttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagag 410  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  40667323 cttcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagccttagag 40667362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 11564435 - 11564662
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  11564435 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 11564534  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||  |||||||| ||||| |||||   |||||||||||||  |||| ||||     
T  11564535 atgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagagtttaccactccatagcctttccttccgttcccctccct 11564634  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11564635 tccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 11564662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 178 - 401
Target Start/End: Original strand, 34381391 - 34381615
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  34381391 ctaaaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 34381490  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||| | |||| |||| || || |||||||||||| |||| || |    
T  34381491 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaagatttaccactccataaacctttccttcccttcccctctc 34381590  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||    
T  34381591 ctccaaaatccaactcgcaaacaaa 34381615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 26924834 - 26925063
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccc-cccaaattgggggaactctaaaattggata 276  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| || |    
T  26924834 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctcccaatttgggggaactttaaaatttgaca 26924933  T
Q  277 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac-tcacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| |||| |||    
T  26924934 aatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactggcaaacaagggtttaccacttcataagcctttcattcccttcccctcc 26925033  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  26925034 cctccaaaatccaacttgcaaacaaagcct 26925063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Original strand, 27749664 - 27749889
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  27749664 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttaggggaactttaaaattggataa 27749763  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||     |||||||||    
T  27749764 atgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cactccataagcctttcct-----tcccttccc 27749857  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    || |||||  |||||| |||||||||||||||    
T  27749858 cttcaaaattcaactcgcaaacaaagccttag 27749889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 48566130 - 48565902
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||| || ||||||||||| || |||| | |||| |||||||||| ||    
T  48566130 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaatcccccaaaaccccc-aatttggagaaactttaaaattggacaa 48566032  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| || |||| ||||    
T  48566031 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttatttttttaaaactcacaaacaagggttta-cactccataagccttttcttaccttcccctccc 48565933  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||||    
T  48565932 ctccaaaatccaactcacaaataaagcctta 48565902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 33154179 - 33153958
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||  |||| |||||||| ||||||| || ||    
T  33154179 ctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatatttaaccc--caaaaccccc--aatttggggaactttaaaattagacaa 33154084  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||| ||||||||| ||||| |||        |||| |||||||||| |||||| ||||| | ||||||||| |||||     || ||    
T  33154083 atgaaacccttcaaaatcccccaaaatctttctcttgtttttttaaaattcacaaacaatggtttaccactccataagcctttctttccc-----tttcc 33153989  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33153988 ctccaaaacccaactcacaaacaaagcctta 33153958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 178 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 20537144 - 20537040
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20537144 ctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20537045  T
Q  278 attaa 282  Q
    |||||    
T  20537044 attaa 20537040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 217 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 38189826 - 38189639
Alignment:
Q  217 tcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttann 316  Q
    |||||| |||| |||||||  |||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||       
T  38189826 tcaatttgtatgtttaacctcccaaaatcccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaa-ccccccaaaacctttcctttgtt 38189729  T
Q  317 nnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
         ||||||  |||||||||||||| | || || |||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  38189728 tgtttaaaacttgcaaacaagggtttacctctccataagcatttccttatcctcccctcccctccaaaatccaacacgcaaacaaagcct 38189639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 182 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 26642659 - 26642544
Alignment:
Q  182 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 281  Q
    ||||| ||||||| |||||| | |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  26642659 aattgaaattttgaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacctctcaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 26642561  T
Q  282 accccttcaaaaccccc 298  Q
    | |||||||||||||||    
T  26642560 agcccttcaaaaccccc 26642544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 221955 - 221749
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattgg-ata 276  Q
    ||||||||||||||||| |||||    |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||  |||| | ||||||||  | |    
T  221955 ctaaaattggaattttgaattatgacgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttgaaggaatt-taaaattgttaca 221857  T
Q  277 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||        ||||||  ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| || | |    
T  221856 aattaagaccttcaaaaccccccaaaacttatcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagaatttaccactccacaagcctttccttccccttcccttc 221757  T
Q  376 cctccaaa 383  Q
    ||||||||    
T  221756 cctccaaa 221749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 32037433 - 32037045
Alignment:
Q  20 atgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 119  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037433 atgaaggaaactgtgttgttcagcttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagag 32037334  T
Q  120 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037333 agagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtca 32037234  T
Q  220 attcgtatctttaaccctccaaaacc-ccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnn 318  Q
    ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  32037233 atttgcatctttaaccctccaaaacccccccaaattgggggaactctaaaattggacaaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttt 32037134  T
Q  319 nnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037133 tttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaaacctttcctttccctcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 32037045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 20283584 - 20283355
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  ||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20283584 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20283486  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||| |||||    
T  20283485 atgaagccctttaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactcctaagcctttccttcccttcccctcccc 20283386  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20283385 ttcaaaacccaactcacaaacaaagccttag 20283355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Original strand, 30728121 - 30728349
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  ||||  || ||  |||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  30728121 ctaaaattggaattttgaattattaaaaggacaaaattatcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccccaaatttgggggaactttaaaattggacaa 30728219  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  30728220 atgaagctcttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 30728318  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  30728319 ctccaaaatccaactcgcaaacaaagcctta 30728349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 38975466 - 38975239
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| ||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||    
T  38975466 ctaaaattaaaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaaccccc-aatttaggggaactctaaaattggacaa 38975368  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  38975367 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 38975269  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctt 406  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  38975268 ctccaaaacccaactcgcaaacaaaacctt 38975239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36555078 - 36554848
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||| ||    
T  36555078 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccc--aatttgggaaactttaaaattggacaa 36554981  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc-cttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||| ||||       |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || | || |||    
T  36554980 atgaagcccttcaaaaccccccaaaaactttcctcttatttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttcctttcctttccctcc 36554881  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  36554880 cctccaaaattcaactcgcaaacaaagccttag 36554848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 224 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 37861476 - 37861293
Alignment:
Q  224 gtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaa 323  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||    
T  37861476 gtatgtttaacccttcaaaaccccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaacccccaaaacctttccc-tattttttaaa 37861379  T
Q  324 aactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    ||||| |||||||||||||| | || || ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37861378 aactctcaaacaagggtttacctctccataagtctttccttcccctcccctcccctccaaatcccaactcgcaaacaaagccttag 37861293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 1857708 - 1857935
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  1857708 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaa-ccccgaatttgggggaactttaaaattggacaa 1857806  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac-tcacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || | |||||||||||||||||| |||||| |||       ||||||| |||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||  || ||    
T  1857807 atgaagctcttcaaaaccccccaaaaactttcctttatttttttaaaactcgcaaataagagtttaccacttcataagcctttccttcccctctttttcc 1857906  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  1857907 ctccaaaacccaagttgcaaacaaagcct 1857935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 242 - 405
Target Start/End: Original strand, 37917936 - 37918100
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||| ||||||||    
T  37917936 aaccccccaatttgggggaactttaaaattagacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaagcaagggtt 37918035  T
Q  342 tagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37918036 taccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 37918100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 178 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 45167159 - 45166924
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||| ||  |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||    
T  45167159 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttatcctcccaaaaccccc--aatttggggaactttaaaattggacaa 45167062  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||| ||||||||||| ||        ||||||| |||| ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| |||  ||||    
T  45167061 atgaaacccttcaaaaccccc-aaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaataagggtttaccactccataagcctttcattcccttcctctccc 45166963  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagagaatat 415  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  45166962 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagctttagagaatat 45166924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 242 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2979859 - 2979690
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||| ||| ||| ||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||    
T  2979859 aacccctcaatttgagggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 2979760  T
Q  342 tagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagaga 411  Q
    | | ||| || ||| ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  2979759 ttg-actccataagtctttccttccctttccctcccttccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaagaga 2979690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 251 - 408
Target Start/End: Original strand, 29198865 - 29199023
Alignment:
Q  251 aattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc- 349  Q
    |||| |||||||  |||||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||  |||||     
T  29198865 aatttggggaacattaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggggtttacactcc 29198964  T
Q  350 acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    | |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  29198965 ataagcatttccttcccttcccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagccttag 29199023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 294
Target Start/End: Original strand, 22336196 - 22336310
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  22336196 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 22336294  T
Q  279 ttaaccccttcaaaac 294  Q
    | || |||||||||||    
T  22336295 tgaagcccttcaaaac 22336310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 747240 - 747014
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| || |||   |||| || || ||||||| |||| |||||| | ||||| |||||||| || ||| |||| |||||||||| |||    
T  747240 taaaattggaattttgaatcattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacgccccaaa-ccccccaatttagggaaactttaaaattggacaaa 747142  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    | || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||        ||||| | ||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||||    
T  747141 tgaaacccttcaaaac-ccccaaaacattttccttgtttttttaaaacccgcaaacaaaggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 747043  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||||  |||||| |||||||||| ||||    
T  747042 tccaaaa--caactcgcaaacaaagctttag 747014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 294
Target Start/End: Original strand, 45168673 - 45168789
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||  |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | ||    
T  45168673 ctaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtaggtttaactctccaaacccccctaatttgggggaactttaaaattgaacaa 45168772  T
Q  278 attaaccccttcaaaac 294  Q
    || || || ||||||||    
T  45168773 atgaagccattcaaaac 45168789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 242 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 1928835 - 1928665
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||| ||||||||||| | ||       ||||||| |||||||| |||    
T  1928835 aaccccctaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaatccctcaaaacctttctc-tatttttttaaaactcccaaacaagagtt 1928737  T
Q  342 tagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagagaa 412  Q
    || |  | || |||||||||||| ||| ||| |||||||| |||| |||| | |||||||||| ||||||||    
T  1928736 tacctttccataagcctttcctttcccacccctcccctccgaaactcaacccgcaaacaaagcattagagaa 1928665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 181 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 29198773 - 29198662
Alignment:
Q  181 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 280  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||| ||| || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| || |||| |||||||| |||||||||| ||||     
T  29198773 aaattggaattttgaattattaagaggataaaattgtcaatttgtatatttaaccccccaaaaccctcc-aatttggggaactttaaaattggacaaata 29198675  T
Q  281 aaccccttcaaaa 293  Q
    || ||||||||||    
T  29198674 aaacccttcaaaa 29198662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 355 - 404
Target Start/End: Original strand, 45168828 - 45168877
Alignment:
Q  355 cctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 404  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45168828 ccttcccttcccctcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 45168877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 242 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 11913920 - 11913761
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| ||  || |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||| ||| |       ||||||| |||| |||  ||    
T  11913920 aaccccccaatttaaggaaactttaaaattggacaaataaaacccttcaaaaccccacaaaacctttacct-atttttttaaaactcccaaaaaagaatt 11913822  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    || | ||| | || |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11913821 tacctctccataaacctttcattcccctcccctcccctccaaaatccaactcacaaacaaa 11913761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 25740508 - 25740394
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||| | | |||  || || ||||||| |||| |||||||| | |||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||    
T  25740508 ctaaaattggaattttgaattaatatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccaaaaaccccc--aatttggggaactttaaaattggacaa 25740411  T
Q  278 attaaccccttcaaaac 294  Q
    || || ||||| |||||    
T  25740410 atgaagccctttaaaac 25740394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 66 - 408
Target Start/End: Original strand, 30301353 - 30301694
Alignment:
Q  66 cgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaa 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30301353 cgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaaaagagagcgtgcacagttacagtgaaatgagtcgttagaatgagatgaa 30301452  T
Q  166 attaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactct 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30301453 attaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaatttgtatctttaaccctccaaaa-cccccaaattgggggaactct 30301551  T
Q  266 aaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcc 365  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30301552 aaaattggacaaattaaccccatcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttc 30301651  T
Q  366 cctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30301652 cctcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagtcttag 30301694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Original strand, 7315290 - 7315519
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  7315290 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 7315389  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||  || | |||||||||| |||| |||||    
T  7315390 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactcctaaacgtttccttcccttcccctcccc 7315489  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7315490 tccaaaacccaactcgcaaacaaagcctta 7315519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40631105 - 40630877
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  40631105 ctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 40631006  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||    
T  40631005 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttttttaaaacttacaaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccttcccctcc 40630907  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40630906 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 40630877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 8087726 - 8087953
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  8087726 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 8087825  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  8087826 attaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaacttacaaacaaggg-ttaccactccataagcctttcctttccttcccctccc 8087924  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  8087925 ctccaaaattcaactcccaaacaaagcct 8087953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 179 - 405
Target Start/End: Original strand, 7882408 - 7882635
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||   || | || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||    
T  7882408 taaaattggaattttgaattattaagagagcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgagggaactttaaaattggacaaa 7882507  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||||    
T  7882508 tgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcacaaacaagagtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 7882607  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  7882608 tccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 7882635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 22459956 - 22460183
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||| |  |||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  22459956 ctaaaattggaatttagatttattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 22460055  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  22460056 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagtctttccttcccttcccctccc 22460154  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  22460155 ctccaaaatccaactctcaaacaaagcct 22460183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 216 - 408
Target Start/End: Original strand, 21357787 - 21357981
Alignment:
Q  216 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-a 314  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||      
T  21357787 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaaataagcccttctaaaccccccaaaacctttcccttgt 21357886  T
Q  315 nnnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
           ||||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  21357887 tttttttaaaactcccaaacaagggtttacctctccataagcctttccttcccctccgctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaaaccttag 21357981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 178 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 9390444 - 9390241
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  9390444 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 9390345  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||||| | || ||||| |||||| |||||||||    
T  9390344 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactcaataaacctttacttcccttcccttccc 9390245  T
Q  377 ctcc 380  Q
    ||||    
T  9390244 ctcc 9390241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 224 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 18103866 - 18103683
Alignment:
Q  224 gtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaa 323  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||    
T  18103866 gtatgtttaacccttcaaaaccccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaacccccaaaacctttccc-tattttttaaa 18103769  T
Q  324 aactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    ||||| |||||||||||||| | || || ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  18103768 aactctcaaacaagggtttacctctccataagtctttccttcccctcccctcccctccaaatcccaactcgcaaacaaagccttag 18103683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 242 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 29351102 - 29350934
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    ||||||| || ||||||||||| | |||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||    
T  29351102 aaccccctaatttgggggaactttcaaattggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtt 29351003  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagag 410  Q
    || ||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  29351002 ta-cactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagtcttagag 29350934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 178 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 28510601 - 28510408
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || |||||||  ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  28510601 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccttc-aaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 28510503  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||    
T  28510502 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgattttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccc 28510408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 245 - 401
Target Start/End: Original strand, 44234671 - 44234828
Alignment:
Q  245 cccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttag 344  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||        ||||||| ||||||| ||||||     
T  44234671 cccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaacccccctaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaaggtttac 44234770  T
Q  345 cact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    |||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44234771 cactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaa 44234828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 216 - 403
Target Start/End: Original strand, 56208252 - 56208439
Alignment:
Q  216 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 315  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  56208252 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttggaggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgt 56208351  T
Q  316 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagc 403  Q
          ||||||| |||||||||| ||| |||| || || |||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  56208352 atttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataaacctttcattcccttcccttccccttcaaaatccaactcgcaaacaaagc 56208439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 242 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 36968570 - 36968406
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||  || ||||||||| ||||| |||||||||||| |        ||||||| ||||||| ||||    
T  36968570 aaccccccaatttggggaaactttaaaattggacaaacgaagcccttcaaagcccccaaaaacctttcccatgtttttttaaaactcgcaaacaatggtt 36968471  T
Q  342 tagcactcac-aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    || || |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36968470 taccattcaataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 36968406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 178 - 376
Target Start/End: Original strand, 3006173 - 3006372
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  3006173 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 3006272  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||||||  |||||| ||||||||        |||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || ||| |||||    
T  3006273 atgaagcccttcaaaacccttcaaaacatttcccttgtttttttaaaattcacaaacaagggtttaccactccataagcctttcctttccttcctttccc 3006372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 22453021 - 22453254
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| ||||| | || ||    
T  22453021 ctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttggggaaactttaaaactagacaa 22453120  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctccct---- 372  Q
    || || |||||||||||||||||||||||| |||||        ||||||| ||||||||| |||| |||| || || ||||| |||||| |||||        
T  22453121 atgaaacccttcaaaaccccccaaaaccttccccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataaaccttttcttcccttccctttcc 22453220  T
Q  373 -tcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
     | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22453221 cttccctccaaaacccaactcacaaacaaagcct 22453254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 6808062 - 6807833
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctc-caaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggata 276  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  |||||| |||| || ||||| | ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  6808062 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttgtatgttcaacccccgcaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggaca 6807963  T
Q  277 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    ||| || | ||||||||| ||  ||||||||||||||        |||| || |||||||| ||||| |||| || ||| ||||||||||| |||| |||    
T  6807962 aatgaagcacttcaaaacaccataaaacctttcccttgtttttttaaaattcgcaaacaagagtttaccactccataagtctttccttcccttcccctcc 6807863  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  6807862 cctccaaaattcaactcgcaaacaaagcct 6807833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 41548538 - 41548344
Alignment:
Q  216 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 315  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| |      
T  41548538 gtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccc-aatttgggggaacttaaaaattggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacttttccc-tgt 41548442  T
Q  316 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctc----caaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
          ||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||| |||||||    | ||||||||||| |||||||||||||||    
T  41548441 ttttttaaaactcccaaacaagggtttacctctccacaagcctttccctcccctcccctcccctcccctccaaacccaactcgcaaacaaagccttag 41548344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 242 - 405
Target Start/End: Original strand, 12689599 - 12689758
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||| || || |||||||||| |||||| |||||||||        ||||||| ||||||||||||    
T  12689599 aacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcctttcaaaaccctccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 12689698  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    || ||||| | || | ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12689699 taccactcaataaacatttcct-----tcccttcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 12689758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 216 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 31989695 - 31989519
Alignment:
Q  216 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 315  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||   ||      
T  31989695 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctctaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaacatttgtttt-- 31989598  T
Q  316 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaa 397  Q
          ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  31989597 ---tttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagtctttcattcccttcccttcccctccaaaatccaactcacaaa 31989519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 178 - 313
Target Start/End: Original strand, 18691581 - 18691715
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| || || |||| |||||| ||||||| || ||    
T  18691581 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaattagtatgtttaaccccccaaaacctccaaatttggaggaactttaaaatttgacaa 18691680  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 313  Q
    || || ||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  18691681 atgaaaccctttaaaa-cccccataacctttccctt 18691715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 356 - 405
Target Start/End: Original strand, 18665637 - 18665686
Alignment:
Q  356 ctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18665637 ctttccttcccctccattcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 18665686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 313
Target Start/End: Original strand, 18665513 - 18665610
Alignment:
Q  217 tcaattcgtatctttaaccctcc--aaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 313  Q
    |||||| |||| |||||||| ||  |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  18665513 tcaatttgtatgtttaaccccccctaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagccctt-aaaaacccccaaaacctttccctt 18665610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 19509715 - 19509632
Alignment:
Q  322 aaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||| || |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19509715 aaaactcgcaaacaagggttta-cactccataagcctttcctttccttcccctccccaccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 19509632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 375 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36088561 - 36088528
Alignment:
Q  375 ccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36088561 ccctccaaaacccaacttccaaacaaagccttag 36088528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 26849395 - 26849167
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||| ||    
T  26849395 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttggggaaactttaaaattggacaa 26849296  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||  ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  26849295 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttctttttttaaaactcggaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctcccttccc 26849196  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26849195 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 26849167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Original strand, 37806880 - 37807111
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  |||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||    
T  37806880 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttggaggaactttaaaattggacaa 37806979  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||    
T  37806980 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaaaggtttaccactctataagcctttccttcccttcccctccc 37807079  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37807080 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagccttag 37807111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 178 - 413
Target Start/End: Original strand, 20162560 - 20162795
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||| || || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20162560 ctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20162658  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||    
T  20162659 atgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccctttcc 20162758  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagagaat 413  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  20162759 cttcaaaacccaactcgcaaataaagccttagagaat 20162795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 178 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 20194936 - 20194701
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||| || || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20194936 ctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20194838  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||    
T  20194837 atgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccctttcc 20194738  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagagaat 413  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  20194737 cttcaaaacccaactcgcaaataaagccttagagaat 20194701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 21257996 - 21257772
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  21257996 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctc-aaaaccccccaagttgggggaactttaaaattggacaa 21257898  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || |||||||||||| ||||||| || ||  ||         ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  21257897 atgaaacccttcaaaacctcccaaaatctatcatttgttttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagccttttcttcccctcccttcc 21257798  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  21257797 cctccaaaacccaactcgcaaacaaa 21257772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 43204462 - 43204234
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || |  ||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||    
T  43204462 ctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaaatgtcaatttgtatgtttaactccccaaaacccctcaatttggaggaactttaaaattggacaa 43204363  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||| |||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  43204362 atgaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataagcctttcctttccttcccctccc 43204263  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43204262 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 43204234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 178 - 406
Target Start/End: Original strand, 4860054 - 4860284
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||| | ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  4860054 ctaaaattggaatttcgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacccccgaatttgggggaactttaaaattggacaa 4860153  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaa-acaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||| ||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||| || | |||    
T  4860154 atgaagcccttcaaaaccccccaaaaccttttccttgtttttttaaaactcgcaacacaagggtttaccactccataagcctttccttcccttctcctcc 4860253  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctt 406  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4860254 cctccaaaacccaactcacaaataaagcctt 4860284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 182 - 405
Target Start/End: Original strand, 30591993 - 30592216
Alignment:
Q  182 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 281  Q
    ||||| ||||||| |||||| | |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  30591993 aattgaaattttgaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgtacaaatta 30592092  T
Q  282 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctcc 380  Q
    | || ||||||||||||| |||||||| ||||        ||||||| |||||||||||| | | || || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30592093 agccgttcaaaaccccccgaaaccttt-ccttgtttttttaaaactcccaaacaagggttaacctctccataagcctttccttcccctcccctcccctcc 30592191  T
Q  381 aaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||    
T  30592192 aaaaaccaactcgcaaacaaagcct 30592216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 179 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 34322928 - 34322703
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||| || ||||||||| | || |||| |||| |||||||||| |||    
T  34322928 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccttctaaaacccccaatatagggg-aactttaaaattggacaaa 34322830  T
Q  279 ttaaccccttcaaaacccccc-aaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    | || |||||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| | |||| ||||    
T  34322829 tgaagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttgttcttttaaaactcacaaacaagggttta-cactccataagcctttccttctcttcccctccc 34322731  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 404  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  34322730 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 34322703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 243 - 403
Target Start/End: Original strand, 32776862 - 32777022
Alignment:
Q  243 accccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggttt 342  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||        ||||||| |||| ||||||||    
T  32776862 accccccaatttgggggaactttaaaattgaacaaatgaagcccttcaaaaccccc-aaaacctttctcttgtttttttaaaactcgcaaagaagggttt 32776960  T
Q  343 agcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagc 403  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32776961 accactccataagcctttccttcccctcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagc 32777022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 179 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 39679678 - 39679452
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||    
T  39679678 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccctaaaaccccc-aatttgggagaactttaaaattggacaaa 39679580  T
Q  279 ttaaccccttcaaaacc-ccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||| |||||||| ||||| |||| || ||||| ||||||||| || | | ||    
T  39679579 tgaagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactccataagccattccttcccttctcct-cc 39679481  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  39679480 cttcaaaacccaactcgcaaacaaagcct 39679452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 28714084 - 28713954
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  28714084 taaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaa 28713986  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 310  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  28713985 tgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcc 28713954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 28721431 - 28721301
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  28721431 taaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaa 28721333  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 310  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  28721332 tgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcc 28721301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 28729073 - 28728943
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  28729073 taaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaa 28728975  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 310  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  28728974 tgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcc 28728943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 182 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 39154407 - 39154184
Alignment:
Q  182 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 281  Q
    ||||||||||||| |||||  | ||| ||| || ||| ||| |||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  39154407 aattggaattttgaattatcatgaggataaaattgtctattggtatgtttaactccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 39154308  T
Q  282 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctcc 380  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||| || |        ||||||| ||||||| |||||| | || || |||| ||| ||||||||||| ||| ||||    
T  39154307 agtcctttaaaaccccccaaaaccttt-ccatgtttttttaaaactcccaaacaatggtttacctctccataagcattttcttcccctcccctcctctcc 39154209  T
Q  381 aaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  39154208 aaaacccaactcccaaacaaagcct 39154184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 40672760 - 40672638
Alignment:
Q  259 gaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcct 357  Q
    ||||| |||||||||| |||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||| |||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  40672760 gaactttaaaattggacaaatgaaacgcttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactctcaaacaagagttttccactccacaagcct 40672661  T
Q  358 ttccttcccctcccttcccctcc 380  Q
    ||||||||||| || ||||||||    
T  40672660 ttccttccccttccctcccctcc 40672638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 42576307 - 42576139
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||| || |||| || ||||| | ||||||||||||  ||| ||||        || |||| |||| |||||||    
T  42576307 aaccccccaattttggggaactttaaaattagacaaatgaaaccctttagaaccccccaaaattttttccttgtttttttaagactcgcaaaaaagggtt 42576208  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccc-tcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    || || || | || |||||| |||||| ||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42576207 taccattccataaacctttcattccccctccccctccctccaaaacccaactcgcaaacaaagccttag 42576139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 8752 - 8525
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||    
T  8752 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggatctttaaaattggacaa 8653  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||| |||||    
T  8652 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttttgaaaactcacaaacaagggtttaccactcctaagcctttccttcccttcccctcccc 8553  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  8552 tccaaaacccgactcacaaacaaagcct 8525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 178 - 412
Target Start/End: Original strand, 27275887 - 27276121
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||    
T  27275887 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgaacaa 27275986  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  27275987 atgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgttttatcaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 27276085  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagagaa 412  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  27276086 ctccaaaatccaactcacaaacaaagccttagagaa 27276121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 178 - 409
Target Start/End: Original strand, 28728852 - 28729083
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||    
T  28728852 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaaccttaaaattggacaa 28728951  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac-tcacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| | || ||||    
T  28728952 atgaagcccttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cacttcataagcctttccttcccttaccctccc 28729050  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttaga 409  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  28729051 ctccaaaacctaactcgcaaacaaagccttaga 28729083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 178 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 14752748 - 14752526
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  14752748 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 14752650  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  14752649 atgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcacgaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccttcccctccc 14752551  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  14752550 ctccaaaacccaactcgcaaacaaa 14752526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 181 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 20360777 - 20360551
Alignment:
Q  181 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 280  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||     
T  20360777 aaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 20360678  T
Q  281 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctc 379  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||  |||| ||||||     
T  20360677 aagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttcttttttaaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactcaataagcctttccttccgttcccctccccta 20360579  T
Q  380 caaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  20360578 caaaatccaactcgcaaacaaagcctta 20360551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 181 - 407
Target Start/End: Original strand, 20550193 - 20550419
Alignment:
Q  181 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 280  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||     
T  20550193 aaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 20550292  T
Q  281 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctc 379  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||  |||| ||||||     
T  20550293 aagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttcttttttaaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactcaataagcctttccttccgttcccctccccta 20550391  T
Q  380 caaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  20550392 caaaatccaactcgcaaacaaagcctta 20550419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 216 - 391
Target Start/End: Original strand, 44700027 - 44700201
Alignment:
Q  216 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 315  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||| |||||| || ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44700027 gtcaatttgtatgtttaaccccccaataccccc-aatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttccc-tat 44700124  T
Q  316 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaact 391  Q
          ||||||| |||||||| ||||| | || || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  44700125 ttttttaaaactcccaaacaagagtttacctctccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaact 44700201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 238 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 44773693 - 44773526
Alignment:
Q  238 ccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaag 337  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||| || |        ||||||| ||||||||    
T  44773693 ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacgaatgaagcccttcaaaaccccccaaaaccttt-ccgtgtttttttaaaactcccaaacaag 44773595  T
Q  338 ggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||| | || || |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44773594 ggtttacctctccataagcatttccttcccctcccctcccttccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 44773526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 9196279 - 9196051
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaacc-ccccaaattgggggaactctaaaattggata 276  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |  | || || ||||||| |||| ||||||||  ||||| | |||||| || |||||||| |||||||||| |    
T  9196279 ctaaaattggaattttgaattattaagattgcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaatctccccaatttaggggaactttaaaattggaca 9196180  T
Q  277 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||| | ||| || |||| |||||||||  |||| |||    
T  9196179 aatgaagcccttcaaaacccccaaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttg-actccataagcatttccttccattcccctcc 9196081  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9196080 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 9196051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 248 - 410
Target Start/End: Original strand, 7880031 - 7880193
Alignment:
Q  248 ccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac 347  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| | |||| || || || ||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||| | |||    
T  7880031 ccaatttgggggaactttaaaattgaacaaatgaatccatttaaaaccccccaaaacctttcccttgttttatcaaaactcgcaaacaagggtt-accac 7880129  T
Q  348 tc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttagag 410  Q
    || | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  7880130 tccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcctaagag 7880193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 179 - 407
Target Start/End: Original strand, 17171323 - 17171545
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||| || || || |||| |||| ||||||||  |||||||||| |  |||||| |||| |||||||||| |||    
T  17171323 taaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgttaatttgtatgtttaaccc--caaaaccccctactttggggaaactttaaaattggacaaa 17171420  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||| |||||        |||||||  ||||||| ||||| |||| || |||| |||||||||||     | |||    
T  17171421 tgaagcccttcaaaaccccgcaaaaccttccccttgtttttttaaaactcgaaaacaagtgtttaacactccataagcatttccttcccc-----ttccc 17171515  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  17171516 tccaaaactcaactcgcaaacaaagcctta 17171545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 178 - 402
Target Start/End: Original strand, 49535829 - 49536051
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  |||||| |||| |||||||  |||||| | |   |||| |||||||| |||||||||| ||    
T  49535829 ctaaaattggaattttgaattattacgagggcaaaattatcaatttgtatgtttaacc--ccaaaaactcttcaatttggggaactttaaaattggacaa 49535926  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    || ||  |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||| | |||| |||| || | ||||||||||||||||| || ||    
T  49535927 atgaagtccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttgttaaaactcgcaaacaa-gatttaccactccatatgcctttccttcccctccattgcc 49536025  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaag 402  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||    
T  49536026 ctccaaaatccaactcacaaacaaag 49536051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 48187727 - 48187567
Alignment:
Q  244 ccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggttta 343  Q
    |||||||| |||||||||   |||||||| | |||| || || |||||||||||| ||||| ||||||||        ||||||| |||| |||||||||    
T  48187727 ccccccaatttgggggaatcttaaaattgaacaaatgaagccattcaaaaccccc-aaaacatttcccttggttttttaaaactcgcaaataagggttta 48187629  T
Q  344 gcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
     |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  48187628 -cacttcataagcctttccttcccctcccctcccctccaaaacacaactcgcaaacaaagcct 48187567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 356 - 408
Target Start/End: Original strand, 23832958 - 23833010
Alignment:
Q  356 ctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  23832958 ctttccttcccatcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaaaccttag 23833010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 33334636 - 33334599
Alignment:
Q  370 ccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33334636 ccttcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctta 33334599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 45310938 - 45310883
Alignment:
Q  352 aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctta 407  Q
    ||||||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  45310938 aagcctttcattccattcccatcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcctta 45310883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 178 - 405
Target Start/End: Original strand, 23306265 - 23306492
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  23306265 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 23306364  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  23306365 attaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 23306463  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  23306464 ctccaaaattcaactcgcaaacaaagcct 23306492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 179 - 408
Target Start/End: Original strand, 26631229 - 26631459
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  26631229 taaaattggaatgttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcctccaatttgggggaactttaaaattggataaa 26631328  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||  ||| |||||    
T  26631329 tgaagccgttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccctccccctcccc 26631428  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26631429 tccaaaacccaactcgcaaacaaagccttag 26631459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 179 - 408
Target Start/End: Original strand, 26737204 - 26737434
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  26737204 taaaattggaatgttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcctccaatttgggggaactttaaaattggataaa 26737303  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||  ||| |||||    
T  26737304 tgaagccgttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccctccccctcccc 26737403  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26737404 tccaaaacccaactcgcaaacaaagccttag 26737434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 4582306 - 4582068
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  4582306 ctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 4582207  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact--------cacaagcctttccttcccctc 369  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||| |||| ||||        ||  |||||||||||||| ||    
T  4582206 ataaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccatgagccatgagcctttccttcccttc 4582107  T
Q  370 ccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    || |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  4582106 ccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagtcttag 4582068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 245 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 16802342 - 16802187
Alignment:
Q  245 cccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttag 344  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||     
T  16802342 cccccaaattgggggaactttaaaattgaacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggttta- 16802244  T
Q  345 cact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    |||| || ||||| |||||| |  |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16802243 cactccataagccgttcctttcgttccc-tcccctccaaaatccaactcgcaaacaaa 16802187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 178 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 29730732 - 29730513
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||| | ||||||   |||  || || |||||||  ||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  29730732 ctaaaattggaatttggaattattaagaggacaaaattgtcaatttatatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 29730633  T
Q  278 attaaccccttcaaaacccccc-aaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcc 375  Q
    |     |||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||| |||    
T  29730632 ag----cccttcaaaacccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cactccataaacatttccttcccctcccctcc 29730538  T
Q  376 cctccaaaacccaactcccaaacaa 400  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||    
T  29730537 cctccgaaacccaactcacaaacaa 29730513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 290 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 25359747 - 25359629
Alignment:
Q  290 aaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaaccca 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||| |||    
T  25359747 aaaaccccccaaaacctttcccttgattttttaaaactcacaaacaagggttta-cacttcataagcctttcctttccttcccctcccctccaaaatcca 25359649  T
Q  389 actcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||| |||||||| ||||||    
T  25359648 actcgcaaacaaaaccttag 25359629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 28330051 - 28329892
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||    ||| | ||||        ||||||| ||||||||||||    
T  28330051 aaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaacccccccc---cctatgccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28329955  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 404  Q
     | ||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28329954 -accactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 28329892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 28507687 - 28507528
Alignment:
Q  242 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 341  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||    ||| | ||||        ||||||| ||||||||||||    
T  28507687 aaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaacccccccc---cctatgccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28507591  T
Q  342 tagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 404  Q
     | ||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28507590 -accactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 28507528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 330 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 30800483 - 30800410
Alignment:
Q  330 caaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 402  Q
    |||||||| ||||| |||| || |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30800483 caaacaagagtttaccactgcataagccttttctttccctcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaag 30800410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 360 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 1389771 - 1389729
Alignment:
Q  360 ccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 402  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1389771 ccttctcctcccatcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 1389729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 352 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 927346 - 927297
Alignment:
Q  352 aagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 401  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||    
T  927346 aagcctttccttcccctcccttttcctctaaaacccaactcgcaaacaaa 927297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 2)
Name: scaffold0048
Description:

Target: scaffold0048; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 182 - 403
Target Start/End: Original strand, 46897 - 47118
Alignment:
Q  182 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 281  Q
    ||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  46897 aattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 46996  T
Q  282 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctcc 380  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||        ||||||| ||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||| | || |||||||     
T  46997 agcccttcaaaaccccccaaagcctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttg-actccataagcctttccttccctttccctcccctca 47095  T
Q  381 aaaacccaactcccaaacaaagc 403  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  47096 aaaacccaactcgcaaacaaagc 47118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 178 - 392
Target Start/End: Original strand, 73505 - 73722
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| ||| |||| |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||  ||    
T  73505 ctaaaattggaattttgaattattatcagggaaaaattgtcaatttgtatgtttcaccccccaaaatccccaaatttgggggaactttaaaattggtcaa 73604  T
Q  278 attaaccccttcaaaa-ccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttc 374  Q
    || || |||||||||| ||||||||||||| ||||||          |||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  73605 atgaagcccttcaaaacccccccaaaacctatcccttgtttttttttaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctcccttc 73704  T
Q  375 ccctccaaaacccaactc 392  Q
    |||| | |||||||||||    
T  73705 cccttcgaaacccaactc 73722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1147 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold1147
Description:

Target: scaffold1147; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 194 - 405
Target Start/End: Original strand, 405 - 617
Alignment:
Q  194 gtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaa 293  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||   ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||    
T  405 gtattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccacacaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattgaagaaatgaagcccttcaaaa 504  T
Q  294 ccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactc 392  Q
    ||||||||||| ||||| ||        ||||||| |||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  505 ccccccaaaacttttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactccataagcctttccttcccctcccttcctctccaaaatccaactc 604  T
Q  393 ccaaacaaagcct 405  Q
      |||||||||||    
T  605 ataaacaaagcct 617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 178 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 13449 - 13317
Alignment:
Q  178 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  13449 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggacaa 13350  T
Q  278 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 310  Q
    || || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  13349 atgaagcccttcagaaccccccaaaacctttcc 13317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 179 - 408
Target Start/End: Original strand, 24733 - 24962
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  24733 taaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaatcccacaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 24832  T
Q  279 ttaaccccttcaaaa-ccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttccc 376  Q
    | || |||||||||| ||||||||||  ||||| ||         |||||| |||| |||| |||| |||| || ||| ||||||||| |||||||||||    
T  24833 tgaagcccttcaaaacccccccaaaatatttccgtt--tttttttaaactcgcaaataaggatttaccactccataagtctttccttctcctcccttccc 24930  T
Q  377 ctccaaaacccaactcccaaacaaagccttag 408  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  24931 ctccaaaaccgaactcgcaaacaaaggcttag 24962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 284 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 1911 - 1782
Alignment:
Q  284 cccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttccttcccctcccttcccctccaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1911 cccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttacgactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaa 1812  T
Q  383 aacccaactcccaaacaaagccttagagaa 412  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  1811 aacccaactcacaaacaaagcctaagagaa 1782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0136 (Bit Score: 56; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0136
Description:

Target: scaffold0136; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 179 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 11149 - 10925
Alignment:
Q  179 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||    
T  11149 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccc--aaaccccccaatttgggagaactttaaaattggacaaa 11052  T
Q  279 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccc 377  Q
    | ||  |||||||||||| ||||||| ||||| ||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||  |||| | |||    
T  11051 tgaagtccttcaaaaccctccaaaacttttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagccattccttccattcccctaccc 10953  T
Q  378 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10952 tccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 10925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 4249 - 4036
Alignment:
Q  186 ggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccc 285  Q
    |||||||||  ||||| |||||  || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||||  |||||   | ||||||||||||  || ||    
T  4249 ggaattttgatttattataaggacaaaatcgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacccc--aaatttagggaaactttaaattggataaaagaagcc 4152  T
Q  286 cttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||| ||||||| |||||| |  | || ||||||||| ||||||||    |||||||||||    
T  4151 cttcaaaaccccccaaaaccttt-ccttatttttttaaaactcccaaacaaaggtttacctttccataagcctttctttcccctc----cccctccaaaa 4057  T
Q  385 cccaactcccaaacaaagcct 405  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  4056 cccaactcgcaaacaaagcct 4036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University