View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13381_low_9 (Length: 540)

Name: NF13381_low_9
Description: NF13381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13381_low_9
NF13381_low_9
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (160-526)||(12131580-12131954)
chr2 (10-167)||(12131096-12131253)
chr2 (13-418)||(87888-88285)
chr2 (10-314)||(18345932-18346226)
chr2 (10-366)||(34696360-34696708)
chr2 (10-366)||(34718772-34719120)
chr2 (10-418)||(39826313-39826713)
chr2 (72-396)||(20514872-20515188)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (10-418)||(29368494-29368893)
chr6 (11-418)||(15606460-15606859)
chr6 (10-414)||(19364403-19364790)
chr6 (10-418)||(11732108-11732503)
chr6 (193-419)||(30803178-30803403)
chr6 (10-384)||(30802428-30802792)
chr6 (10-114)||(14679783-14679887)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (13-418)||(55734338-55734735)
chr4 (29-418)||(49950652-49951033)
chr4 (10-418)||(2064184-2064582)
chr4 (10-418)||(28538243-28538641)
chr4 (10-418)||(51259988-51260387)
chr4 (10-267)||(18442602-18442851)
chr4 (10-418)||(28425524-28425924)
chr4 (72-398)||(32577551-32577869)
chr4 (10-235)||(29656123-29656341)
chr4 (10-238)||(37246315-37246536)
chr4 (95-418)||(56063331-56063646)
chr4 (10-129)||(51735430-51735549)
chr4 (10-103)||(56065265-56065358)
chr4 (193-273)||(26422863-26422942)
chr4 (337-417)||(40360794-40360874)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (10-418)||(53496386-53496773)
chr3 (10-294)||(55198973-55199249)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (79-418)||(26295687-26296018)
chr5 (10-418)||(20204290-20204685)
chr5 (13-418)||(25730170-25730567)
chr5 (10-396)||(22767715-22768093)
chr5 (22-182)||(27533377-27533537)
chr5 (10-238)||(27291951-27292175)
chr5 (14-418)||(30223261-30223657)
chr5 (10-418)||(8387410-8387815)
chr5 (10-324)||(12659767-12660073)
chr5 (255-414)||(27284871-27285028)
chr5 (12-94)||(15989209-15989291)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (22-379)||(5608707-5609056)
chr1 (10-384)||(51112678-51113044)
chr1 (10-332)||(36733108-36733422)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (10-318)||(16097912-16098212)
chr7 (10-409)||(1580947-1581344)
chr7 (13-322)||(17876839-17877139)
chr7 (10-384)||(22288604-22288970)
chr7 (10-418)||(9329059-9329459)
chr7 (313-419)||(16096667-16096773)
chr7 (10-226)||(16731466-16731662)
chr7 (10-226)||(17709600-17709796)
chr7 (255-398)||(29201557-29201700)
chr7 (10-121)||(29201409-29201520)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (10-418)||(40589173-40589555)
chr8 (13-418)||(43318489-43318885)
chr8 (10-418)||(7126552-7126952)
chr8 (72-418)||(21371558-21371895)
chr8 (193-382)||(478689-478877)
chr8 (11-103)||(8451582-8451674)
chr8 (327-419)||(8451815-8451907)
chr8 (193-234)||(8451747-8451788)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 160 - 526
Target Start/End: Original strand, 12131580 - 12131954
Alignment:
Q  160 ccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcac 259  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12131580 ccaataccaactctcatgcgtcaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacatttaggggcagataatctcac 12131679  T
Q  260 attgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcg 359  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  12131680 attgtacatgtcgtgattgtaaccgaagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgagccttatgatgggaattctccttccg 12131779  T
Q  360 gattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcata----gtttaagtactatgcctc----gtgtgtatgtactatt 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||     |||||||||||||||    
T  12131780 gattctatgtcactctccttcaacatggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcatagcatgtttaagtactatgcctcatgtatgtgtatgtactatt 12131879  T
Q  452 agtactattatctaatagtacttactaagtactaatctcttatgatttgtttgcctatacacattaaacatactg 526  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12131880 actactattatctaatagtacttactaagtactaatctcttatgatttgtttgcctatacacattaaacatactg 12131954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 167
Target Start/End: Original strand, 12131096 - 12131253
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12131096 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcaaaaataaaatctgtc 12131195  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaatacc 167  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12131196 aaactgctcacagttccaacacgcggttgcagcacacacaaaagccctgcccaatacc 12131253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 88285 - 87888
Alignment:
Q  13 atcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaa 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||||||| |||| ||| | |||||| | |||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  88285 atcattacgtgcagcccaaattttccaaagaagtgaagccacccgaccagcaatgtctcggctttctaagcgacatatatcaaaaacaaaatctgccaaa 88186  T
Q  113 ctgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgt 212  Q
    ||||||||||||||||| | || |||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||   |||| | |||||       ||||||||| ||||     
T  88185 ctgctcacagttccaactcgcgattgccgcacaatcgaaagtcctgcccaataccaactctcacatgccaccgtacaa-------cccacaaaagcatgc 88093  T
Q  213 caatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaa 312  Q
    |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||  | ||||||    
T  88092 caatcatcctcaacaaccgtatcacacg-aggggcagatcacctcacattgtacatgccgtgattgtaatcggagacgcgtcggaacacatcccctgcaa 87994  T
Q  313 atcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttca 412  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||| |||| |  ||||| |  |||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  87993 atcctccataacaaattacgagctttatgatgagaattcaccttccaaattcttttccactcttcttcaacatggaaccgatcagtatgtagcaactcca 87894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 314
Target Start/End: Original strand, 18345932 - 18346226
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||| ||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  18345932 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagcca-ccgaccagcaatgtctcggctttctaaacgacatatatcaaaaacaaaatctatc 18346030  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||| | |        |||||||||| ||| ||    
T  18346031 aaactgctcacagttccaactcacggttgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgctacc-------gtacaacccac-aaagca 18346122  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    |  ||||| |||||||||  |||||||||   || | || || || |||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |    
T  18346123 taccaatcgtcctcaacaaccgtatcaca-ccagagacaaatcatgtcacattgtatatatcgtgattgtaatcggagacgcgtcagaacaaactctccg 18346221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 366
Target Start/End: Original strand, 34696360 - 34696708
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| | |||| ||| | |||||||||| |||||||||| ||  |||||||| |    
T  34696360 gacatcattacttgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgactagcaatgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaagcaaaatctgcc 34696459  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||||||| |||||||||| | || || |||||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||| ||    
T  34696460 aaactgctctcagttccaactcgcgttttcagcacagttgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccacc-------gtacaacccacaaaagca 34696552  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||| || | ||||||| ||   |||| ||||  | ||||||||||||||| || |||||||    |||||||||  || |||||   ||     
T  34696553 tgccaatcatcctaaatactcgtatcgca-ccagggacagaatacctcacattgtacatgccgcaattgtagttagagacgcgtaggagcacacctccta 34696651  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattcta 366  Q
    ||||||||||||||| | |||||  | |||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  34696652 caaatcctccataacaagttacgtgctttatgaggggaattcacctttcagattcta 34696708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 366
Target Start/End: Original strand, 34718772 - 34719120
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| | |||| ||| | |||||||||| |||||||||| ||  |||||||| |    
T  34718772 gacatcattacttgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgactagcaatgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaagcaaaatctgcc 34718871  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||||||| |||||||||| | || || |||||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||| ||    
T  34718872 aaactgctctcagttccaactcgcgttttcagcacagttgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccacc-------gtacaacccacaaaagca 34718964  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||| || | ||||||| ||   |||| ||||  | ||||||||||||||| || |||||||    |||||||||  || |||||   ||     
T  34718965 tgccaatcatcctaaatactcgtatcgca-ccagggacagaatacctcacattgtacatgccgcaattgtagttagagacgcgtaggagcacacctccta 34719063  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattcta 366  Q
    ||||||||||||||| | |||||  | |||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  34719064 caaatcctccataacaagttacgtgctttatgaggggaattcacctttcagattcta 34719120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 39826313 - 39826713
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||| || | ||| | |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||  |    
T  39826313 gacatcattacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcgaccagcagtgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctaac 39826412  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    || | |||| |||||||||| | || ||| ||||||    |||| ||||||||||||||||| ||| |||| | | |||||       ||||| ||| ||    
T  39826413 aagcggctctcagttccaactcgcgtttgtagcacagttgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaatcgtacaa-------cccacgaaagca 39826505  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||| | |||||||||||||| |||| || | |  |||||||| ||  |||||||| |  ||    
T  39826506 tgccaatcatcctcaacagccgtatcacacc-aggggcagatcacctcacattgtacatatcgtgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccttg 39826604  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    |||||||| |||||| |||||||  | |||||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||||| |||||| |||| | |||||| || | |||||    
T  39826605 caaatcctgcataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttctagattctatgccactctccctcaacatggaaccaatcagtgtgtaacaact 39826704  T
Q  410 tcatcatag 418  Q
     ||||||||    
T  39826705 ccatcatag 39826713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 20515188 - 20514872
Alignment:
Q  72 gactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaact 171  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| ||||||  ||  ||||||||| | || ||||||||||    |||| |||||| ||||||||||    
T  20515188 gactttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgccaaactagtcttagttccaactcgcgtttgcagcacagttgaaagtcctgccaaataccaact 20515089  T
Q  172 ctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtc 271  Q
    |||  ||||||        |  ||||||||||||| |||  |||||||||||||||  |||||||||   |||  ||||| | ||||||||||||||| |    
T  20515088 ctcccgcgccac-------ggaacaacccacaaaagcataccaatcatcctcaacaaccgtatcacaccaagga-cagatcacctcacattgtacatgcc 20514997  T
Q  272 gtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtca 371  Q
       ||| ||   ||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||| ||||| |    |||||| |||||||| |||| | ||||||||||||    
T  20514996 acgattatagttggagacgcgtcggaatacaccccctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgaggggaattcaccttccagattctatgtca 20514897  T
Q  372 ctctccttcaacagggaatcgatca 396  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||    
T  20514896 ctctccttcaacatggaaccgatca 20514872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 29368494 - 29368893
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  29368494 gacatcattacgtccagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcgactttctgaacgacatacatcaaaaacaaaatctgtc 29368593  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||| |||| |||| | |||||||||||||  | ||| || || |||||||||||||||||| |||| ||       |||||||||||||| ||    
T  29368594 aaactgctcatagtttcaactcgcggttgcagcacagtcgaaatcc-tggccaataccaactctcatgtgcca-ctg------tacaacccacaaaagca 29368685  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||| | |||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||||||| ||    
T  29368686 tgccaatcatcctcaacagtcgtatcaca-tcagggacatatcatctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcgaagacgtgtcggaacacactctttg 29368784  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||||||||  |||||||| | |||||| |||||||| |||| |  ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  29368785 caaatcctccataataaattacgagctttatgaggggaattcaccttccatattttatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaact 29368884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 418
Target Start/End: Original strand, 15606460 - 15606859
Alignment:
Q  11 acatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtca 110  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||| ||| ||||||| |||| |||||| ||| | | ||||| || ||    
T  15606460 acatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcgactttcagaacaacatatgtcaaagacaaaatttgcca 15606559  T
Q  111 aactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacat 210  Q
    ||||||||| ||| ||||| | || |||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |        || |||||||||||| ||    
T  15606560 aactgctcaaagtgccaactcgcgcttgcagcacggtcgaaagccctgcccaataccaacactcatgcgccacc-------atataacccacaaaaatat 15606652  T
Q  211 gtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgc 310  Q
    || ||||||||||||||    |||||||   ||||  |||| | ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||  |||||||| | ||||    
T  15606653 gttaatcatcctcaacagctctatcaca-ccagggaaagatcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgttggaacacaccccctgc 15606751  T
Q  311 aaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaactt 410  Q
    |||||||||||||| ||||||   | |||||| |||||||  |||| |  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||     
T  15606752 aaatcctccataacaaattacatgctttatgaggggaatttaccttccatattctatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtaacaactc 15606851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 414
Target Start/End: Original strand, 19364403 - 19364790
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  19364403 gacatcattacgtgcagcccaaatttgctaaagaaataaagccatccgaccaccaatgtcttggctttctgaacgacatatatgaaaaataaaatttgtc 19364502  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||   | ||||||| ||||||||||||||||||  ||||     ||||  |||||||||||||| ||    
T  19364503 aaactgctcacagttccaactcacggttgcaacactatcgaaagcccagcccaataccaactctcacacgcc-----acaa--tacaacccacaaaagca 19364595  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||||||  ||   ||||||||| |||||| ||  | ||||||||||| | |||||||  ||||||  ||||||| ||||||| ||| | |||     
T  19364596 tgacaatcatcct--ac---cgtatcaca-ttagggacaagtcatctcacattgcatatgtcgtgcttgtaattggagacgtgtcagaatacaatatctt 19364689  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | |||||| |    ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||| || ||||    
T  19364690 caaatcctcaataacaaattacgagctttatgagg----ttcaccttccagattctatgccactctccttcaacatggaatcaaccagtatgtagtaact 19364785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 11732108 - 11732503
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| | || ||||||||| ||  ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||     || ||||  | |     
T  11732108 gacatcattacgtgcagcacaaattttcgaaagaagtaaagccactcgaccaacaatgtctcggctttctgaacgacatata-----aacaaaacttatt 11732202  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||  | |||||| |||| |||||||||||||| |||||| |  ||||        |||||||| ||    
T  11732203 aaactgctcacaattccaactcgtggttgcaacacattcgaaagccttgcctaataccaactctcacgcgccaccgcacaat-------ccacaaaatca 11732295  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||| | |||| ||||||||||    |||  || | ||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||| | | |||||||||||| ||    
T  11732296 tgccaatcatcttgaacaatcgtatcacaccg-gggtaaggtcatctcaatttgtacatgtcgtgcttgtaatcggagacacataagaacacactctttg 11732394  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
     |||||||||||||| |||||| | | ||||||  ||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||  ||||||||  |||||| |||||||    
T  11732395 taaatcctccataacaaattacaagctttatgagtggaattcaccttccagattttatgtcactctccttcaacttggaatcgactagtatgtagcaact 11732494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 193 - 419
Target Start/End: Original strand, 30803178 - 30803403
Alignment:
Q  193 tacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcg 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | | |  || || | |||||||| |||||||||| ||||||  ||||||| ||    
T  30803178 tacaacccacaaaaacatgtcaatcatcttcaacagtcgtatcacact-atgtacatatcacctcacattatacatgtcgtgattgtagtcggagacacg 30803276  T
Q  293 tcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcg 392  Q
    ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |    |||||| |||||||| |||| | ||||||||||| ||||| ||||||| | || ||    
T  30803277 tcataacacaccccctgcaaatcctccataacaaattatgtgttttatgaggggaattcaccttccagattctatgtctctctctttcaacatgaaaccg 30803376  T
Q  393 atcagtatgcagcaacttcatcatagt 419  Q
    |||| | || | ||||| |||||||||    
T  30803377 atcactgtggaacaactccatcatagt 30803403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 384
Target Start/End: Original strand, 30802428 - 30802792
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| ||||| |||||| | | ||| |||||||  |    
T  30802428 gacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagtcaccctaccaacaatgtctcgactttttgaacaacatatgttaaaaacaaaatcttcc 30802527  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||| || ||||||| |  | |||||| |||  | |||| ||| || ||| |||||||||| |||||| |       ||||||||||| ||||||    
T  30802528 aaacttctctcaattccaactcgtgtttgcagtacagtcgaaagtccttcctaatgccaactctcacgcgccacc-------ttacaacccactaaaaca 30802620  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||| ||| |||||| ||||||||||   |||| ||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||  | |||||| ||| |||||||  |||||    
T  30802621 tgccaataatcttcaacagtcgtatcaca-ccagggacagatcacctcacgttgtacatgtcgtgattgtagtcagagacgtgtcggaacaca--ctctg 30802717  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaaca 384  Q
    |||||  |||||||  ||||| |    |||| | |||||||| |||| | ||||||||| ||||||| |||||||    
T  30802718 caaattttccataaaaaattatgtgttttataaggggaattcaccttccagattctatgacactctctttcaaca 30802792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 14679887 - 14679783
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||  || ||||||||| || ||||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |    
T  14679887 gacatcattacgtgcaggccaaatttgtaaaagaagtaaagccacccgaccagctatgtctcggctttctgagcgacatatatcaaaaacaaaatctgcc 14679788  T
Q  110 aaact 114  Q
    |||||    
T  14679787 aaact 14679783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 55734735 - 55734338
Alignment:
Q  13 atcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaa 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||     
T  55734735 atcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatatctcgtctttctgagcgacatatatcaaaaacaaaatctgccaag 55734636  T
Q  113 ctgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgt 212  Q
    ||||||| | ||||||  |  ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||       ||||||||| ||||     
T  55734635 ctgctcataattccaattcgtggttgcagcacagtcaaaagccctgcgcaataccaactctcacgcgccaccgtacaa-------cccacaaaagcatgc 55734543  T
Q  213 caatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaa 312  Q
    |||||||||||||||  ||||||||    |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  55734542 caatcatcctcaacagccgtatcacccc-aggggcagatcatctcacattgtacatatcgtgattgtaatcggagacacgtcggaacacacactctgcaa 55734444  T
Q  313 atcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttca 412  Q
    ||| |||||||| |||||||| | |||||  | |||||| |||| | |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    
T  55734443 atcttccataacaaattacgagctttatggggagaattcaccttccagattttatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactcca 55734344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 49951033 - 49950652
Alignment:
Q  29 caaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcacagttccaa 128  Q
    |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| |||| ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||     
T  49951033 caaatttgccaaagaagtaaagccgcccgaccagcaatgtctcggctttctgagcgacatatatcaaaaacaaaatctgccaaattgctcacagttccag 49950934  T
Q  129 cacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacat 228  Q
    |   |||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| | |||||       ||||||||| |||| |||||||||||||| |    
T  49950933 cttgcggttgcagcacagtcaaaagccccgcccaatactaactctcgcgcgccaccgtacaa-------cccacaaaagcatgccaatcatcctcaacgt 49950841  T
Q  229 tcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaat 328  Q
       ||| |||   |||| |||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  49950840 ctttattacaccaaggg-cagattctctcgcattgtacatgtcgtgattgtaaccggagacgcgtcggaacacactctctgcaaattctccataacaaat 49950742  T
Q  329 tacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcatag 418  Q
    ||||| | |||||| |||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  49950741 tacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctctgtcactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaactctatcatag 49950652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2064582 - 2064184
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||  |||||||| |    
T  2064582 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaaaaagtaaaaccacccgaccatcaatgtcttgactttctgaacgagatatatctaaagcaaaatctgcc 2064483  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||| ||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |        |||||||||||||| ||    
T  2064482 aaactgctcacagttccaactcgcagttgcaacacagttaaaagccctgcccaattccaactctcacgcgccatc-------gtacaacccacaaaagca 2064390  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||||||||||| | |||| |||   ||||| |||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||  || ||| |||||||  |||||    
T  2064389 tgccaatcatcctcaacagttgtattaca-ccaggggaagatcatctcacattgtacatgctgtgattgtaaccggaatcgagtcggaacaca--ctctg 2064293  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    |||||| |||||||| ||| |||| | || ||| | |||||| |||| | |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| | |    
T  2064292 caaatcatccataacaaataacgagctttttgaggagaattcaccttccagattctatatcactctccatcaacatggaatcgatcagtatgtagctatt 2064193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 28538243 - 28538641
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |    
T  28538243 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtacagccacccgaccagcaatatctcggctttctgaacgacatatatcaaaaacaaagtctgcc 28538342  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||  |  ||||||| |||| ||||||||||| || |||| |        |||||||||||||| |     
T  28538343 aaactgctcacagttccaactcgcggttgcagcgcagtcgcaagccctacccagtaccaactctcttgtgccacc-------gtacaacccacaaaagct 28538435  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    |||||||||||||||||| |||| | |||   |||| || |  ||||||||||||||||||| | ||||||| || ||  ||||| |||||||| | ||     
T  28538436 tgtcaatcatcctcaacagtcgttttaca-ccagggacataccatctcacattgtacatgtcttgattgtaatcgaaggtgcgtcggaacacacacccta 28538534  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    || |||||||||||| ||||| |  | |||||| |||||||| |||| | ||||||||||||  || |||||||| |||| | ||||||||| |||||||    
T  28538535 catatcctccataacaaattatgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtca--ctgcttcaacatggaaccaatcagtatgtagcaact 28538632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 51259988 - 51260387
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| | ||| || |||| |||| |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  51259988 gacatctttacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccaacagtgtctcgattttc-gaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 51260086  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||  |||| ||||| |  | ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || ||| |        |||||||||||||| ||    
T  51260087 aaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcaccacc-------gtacaacccacaaaagca 51260179  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||||||||||| | ||||||||   | ||||| |  | ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| | |||    
T  51260180 tgccaatcatcctcaacagttgtatcaca-ccaagggcatagcacctcacatagtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcatcagaacacaccccctg 51260278  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    || |||||||||||| ||||| |  | |||||| |||| ||| |||| | ||||||||| || |||||||||||| | ||  |||| ||||| | |||||    
T  51260279 cagatcctccataacaaattatgtgctttatgaggggagttcaccttccagattctatgacattctccttcaacatgaaactgatcggtatgtaacaact 51260378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Original strand, 18442602 - 18442851
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || | ||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||| | | |||||||| |    
T  18442602 gacatcattacgtgtagcccaaattttccaaagaagtaaagccacctgaccagcaatatctcggctttctgagcgacatatatcaaatacaaaatctgcc 18442701  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||| ||||| ||  | | |||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||| ||    
T  18442702 aaactgctcatagttctaattcgcagttgcagcacagtcaaaagccatgtccaataccaactctcacgcgccacc-------gtacaacccacaaaagca 18442794  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtaca 267  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||  |||||||||||||||    
T  18442795 tgtcaatcatcctcaatagtcgtatcaca-ccaggggcagaacatctcacattgtaca 18442851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 28425924 - 28425524
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| |||| ||  ||||||||| | | | | |||||||||| |||||  ||| ||| |||||||| |    
T  28425924 gacatcattacgagcagcctaaatttgccaaagaaggaaagccactcgaccaacagtgtttcggctttctgaacaacatacgtcaaaaacaaaatctgcc 28425825  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    || | |||| |||||||||||| || ||||||||||  | |||| ||||||||||||||||| ||| |||| | |        ||||||| |||||| ||    
T  28425824 aagcggctctcagttccaacacgcgtttgcagcacagtcgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgcaacc-------gtacaacctacaaaagca 28425732  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||   ||||||| |  | ||||||||||||||||| | || | |  |||||||| ||  |||||||| | |||    
T  28425731 tgccaatcatcctcaacagccgtatcaca-acaggggcaaaccaactcacattgtacatgtcttgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccctg 28425633  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||||||||| |||||||  | |||||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||| | |||||| |||| ||||| || || | |||||    
T  28425632 caaatcctccataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttctagattctatgccactcttcctcaacatggaaccgatccgtgtgtaacaact 28425533  T
Q  410 tcatcatag 418  Q
     ||||||||    
T  28425532 ccatcatag 28425524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 72 - 398
Target Start/End: Original strand, 32577551 - 32577869
Alignment:
Q  72 gactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaact 171  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| ||| |||||| || ||||||| | || ||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||    
T  32577551 gactttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgccaagctgctctcaattccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagtcctgcctaataccaact 32577650  T
Q  172 ctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtc 271  Q
     ||| |||| | | |||||       ||||| ||| |||| |||||||||||||||   ||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  32577651 ttcacgcgcaaccgtacaa-------cccacgaaagcatgccaatcatcctcaacagctgtatcacacc-aggggcagatcacctcacattgtacatgtc 32577742  T
Q  272 gtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtca 371  Q
    || || | |  |||||||| ||  |||||||| | || ||||||||||||||| |||||||    |||||| |||||||| ||||   ||||||||||||    
T  32577743 gtgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccctacaaatcctccataacaaattacgtgttttatgaggggaattcaccttcgagattctatgtca 32577842  T
Q  372 ctctccttcaacagggaatcgatcagt 398  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||    
T  32577843 ctctccctcaacatggaaccgatcagt 32577869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 235
Target Start/End: Original strand, 29656123 - 29656341
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||  || ||||| ||  ||| ||||||| ||| | |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  29656123 gacatcattatgtgctgcccaaatttgccaaataaataaagccacgcgagcaacaatgtctcggctttctgaacaacatatatcataaacaaaatctgtc 29656222  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||||||  |||||||||| |    ||||| || |    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||| ||    
T  29656223 aaactgctttcagttccaactcgtctttgcatcatagttgaaagtcctgcccaataccaactctcatgcgccacc-------gtacaacccacaaaagca 29656315  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatc 235  Q
     |||| ||||||||||||||||||||    
T  29656316 agtcagtcatcctcaacattcgtatc 29656341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Original strand, 37246315 - 37246536
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||| ||  |||||| |||| ||| | |||||||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  37246315 gacatcattacatgcagcccaaattttccaaagaagtaaagccacacgaccagcaatgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatttgtc 37246414  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||| |||||||||| | || ||||| ||||  | |||| |||| |||||||||||| |||  ||||| |        |||| ||||||||| ||    
T  37246415 aaactactctcagttccaactcgcgtttgcaacacagtcgaaagtcctgtccaataccaactttcactcgccacc-------gtacagcccacaaaagca 37246507  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcaca 238  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||    
T  37246508 tgccaatcatcctcaacatccgtatcaca 37246536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 95 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 56063646 - 56063331
Alignment:
Q  95 caaataaaatctgtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagtta 194  Q
    |||| |||||||| |||||| ||  |||| ||||| |  | ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||    
T  56063646 caaaaaaaatctgccaaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccac-------ggta 56063554  T
Q  195 caacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtc 294  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||   |  | || |  | ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  56063553 caacctacaaaagcatgccaatcatcctcaacagttgtatcacacc-atagacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtc 56063455  T
Q  295 agaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgat 394  Q
      || |||| | ||||| |||||||||||| |||||||    |||||| |||| ||| |||| | ||||||| | || ||||| |||||| | || | ||    
T  56063454 gaaatacaccccctgcagatcctccataacaaattacgtgttttatgaggggagttcaccttccagattctaagccattctccgtcaacatgaaacctat 56063355  T
Q  395 cagtatgcagcaacttcatcatag 418  Q
    | ||||| | ||||||||||||||    
T  56063354 cggtatgtaacaacttcatcatag 56063331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 129
Target Start/End: Original strand, 51735430 - 51735549
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||| ||| ||||||||| || || |||| |||| |||   |||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  51735430 gacatcattatgtgcagctcaaatttgtcaaagaagtaaagccacccaaccagcaatgtctgagctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgtc 51735529  T
Q  110 aaactgctcacagttccaac 129  Q
    ||| ||||| ||||||||||    
T  51735530 aaattgctctcagttccaac 51735549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 56065358 - 56065265
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaa 103  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||| | ||| || ||||||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  56065358 gacatcattacgggcagcccaaatttgccaaagaagtaaaaacacccgaccaacagtgtctcgattttctgaacaacatatgtcaaaaaaaaaa 56065265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 273
Target Start/End: Original strand, 26422863 - 26422942
Alignment:
Q  193 tacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgt 273  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||  ||||||||| | |||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  26422863 tacaacccacgaaagcatgccaatcttcctcaacagccgtatcacactaaggg-cagatcacctcacattgtacatgtcgt 26422942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 40360874 - 40360794
Alignment:
Q  337 ttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcata 417  Q
    |||||| |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| | || | ||||| |||||||    
T  40360874 ttatgaggggaattcaccttccagattttatgtcactctccttcaacatggaaccgatcaatgtgtaacaactccatcata 40360794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 53496773 - 53496386
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |    
T  53496773 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagctacccgaccagcaatgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatcagcc 53496674  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| |||||||||             ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||       ||||||||| ||    
T  53496673 aaacttctcacagtt-------------gcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcatgcgctaccgtacaa-------cccacaaaagca 53496594  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||   | || ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  53496593 tgccaatcatcctcaacattcgtatcacacc-acggacagatcagctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagacgcgtcggaacacactctctg 53496495  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||||||||  |||||||  | |||||| ||| |||| |||| | |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  53496494 caaatcctccataataaattacgcgctttatgaggggcattcaccttccagattttatgccactctccttcaacatggaatcgatcagtatgtagcaact 53496395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 55199249 - 55198973
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||| || | ||| || | || |||| |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  55199249 gacatcattacgtgcagcccaaatttgtcaaagaagtaaagccacccgaccagcagtgtctcgattatcggaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 55199150  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||  |||| ||||| |  | ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||| | |||| |        |||||||||||||| ||    
T  55199149 aaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagccctacccgataccaactctcacgtgccacc-------atacaacccacaaaagca 55199057  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtc 294  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||   | |  || |  ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  55199056 tgtcaatcatcctcaacaactgtatcaca-ccacgaacatagcatctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtc 55198973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 79 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 26296018 - 26295687
Alignment:
Q  79 tgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgc 178  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | |||||||||||||| | |||||| |||| |  | ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26296018 tgaacgacatatatcaaaaacaaaatctgccaaatttctcacagttccaactcgcggttgtagcatagtcgaaagccctgcccaataccaactctcttgc 26295919  T
Q  179 gccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattg 278  Q
    || | | |||||       |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  26295918 gctaccgtacaa-------cccaaaaaagcatgccaatcatcctcaacattcgtatcac-gccacagacagatcagctcacattgtacatgtcgtgattg 26295827  T
Q  279 taaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctcct 378  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||||| ||| |||| |||| | |||| |||| |||| ||||    
T  26295826 taatcggagacgcgtcggaacacactctctgcaaatcctccataataaattacgcgctttatgaggggcattcaccttccagattttatgccactatcct 26295727  T
Q  379 tcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcatag 418  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26295726 tcaacatggaatcgatcagtatgtagcaacttcatcatag 26295687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 20204685 - 20204290
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| | ||| ||||||||| || | ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |    
T  20204685 gacatcattacgtgcaacccaaattcgtcaaagaagtaaagccacctgaccagcaatgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatctacc 20204586  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    |||||||||||||||||||  |  ||||||| ||||  | ||||||   ||||||||||||||||| |||||| | |    ||   | ||||||||| ||    
T  20204585 aaactgctcacagttccaattcgtggttgcaacacagtcgaaagcctgacccaataccaactctcacgcgccaccgt----gt---agcccacaaaagca 20204493  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||   ||||||| || |||| ||||||||| ||     ||||||||||||| || ||  |||||||||||||     
T  20204492 tgtcaatcatcctcaacaaccgtatcacacc-aggggcatatcatctaacattgtacgtg-----attgtaaccggagccgtgttggaacacactctcta 20204399  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||| |||| | ||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||| | |||||    
T  20204398 caaatcctccataacaaattacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctacgtcattctccttcaacatgaaatcgatcagtatgtaacaact 20204299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 25730567 - 25730170
Alignment:
Q  13 atcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaa 112  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||  ||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  25730567 atcattacgtgcagctcaaatttgccaaagaagtaaagccattcgaccagcaaagtctcgactttctgaacaacatatatcaaaaacaaaatctgccaaa 25730468  T
Q  113 ctgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgt 212  Q
    ||  ||||||||||||| | |||||||| ||||  | |||| | |||||||||||||||| || |||||| |        |||||||||||||| ||||     
T  25730467 ctattcacagttccaactcgcggttgcaccacagtcgaaagtcttgcccaataccaactcccacgcgccatc-------gtacaacccacaaaagcatgc 25730375  T
Q  213 caatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaa 312  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||   | || ||||  | ||||||||| ||||||||| ||||||| || | | ||||| |||||||  | ||| ||    
T  25730374 caatcatcctcaatagtcgtatcaca-ccaaggacagaccacctcacattgcacatgtcgtgattgtaatcgaaaatgcgtcggaacacatcccctgtaa 25730276  T
Q  313 atcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttca 412  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||| |||| | |||||| || ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| | |||||  |    
T  25730275 atcctccataacaaattacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctttgccacgctccttcaacatggaaccgatcggtatgtaacaactcaa 25730176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 396
Target Start/End: Original strand, 22767715 - 22768093
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||| | ||| | |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  22767715 gacatcattacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcgaccaacagtgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 22767814  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    || | ||||  ||||||||| | || ||||||||||  | ||||  |||||||||||||||| ||| | || | | |||||       ||||| ||| ||    
T  22767815 aaccggctcttagttccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagttctgcccaataccaactttcacgtgcaaccgtacaa-------cccacgaaagca 22767907  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||| || | |  | |||||| ||  |||||||| |  ||    
T  22767908 tgccaatcatcctcaacagccgtatcacact-aggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcagagacgagtaggaacacaccccatg 22768006  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatca 396  Q
    ||||||||||||||| |||||||  | |||||| |||||||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||    
T  22768007 caaatcctccataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgccactctccctcaacatggaaccgatca 22768093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 182
Target Start/End: Original strand, 27533377 - 27533537
Alignment:
Q  22 tgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcaca 121  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | || |    
T  27533377 tgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatatctcggctttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatctgttaaactacccata 27533476  T
Q  122 gttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgcca 182  Q
    |||||||| | || ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27533477 gttccaactcgcgattgcagcacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcatgcgcca 27533537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27292175 - 27291951
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagt---aaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatct 106  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||   |||| || ||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  27292175 gacatcattacgtgctgctcaaatttgccaaagaagttataaagccacccgaccagcaatgtttcgactttctgaacgacatatatcaaaaacaaaatct 27292076  T
Q  107 gtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaa 206  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||  | |||||||||||||  | |||||||||||||||| |        ||||||||||||||    
T  27292075 gtcaaacttctcacagttccaactcgcggttgcagcacaatcgaaagccctgcccataaacaactctcatgcgccatc-------gtacaacccacaaaa 27291983  T
Q  207 acatgtcaatcatcctcaacattcgtatcaca 238  Q
     ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27291982 gcatgtcaatcatcatcaacatttgtatcaca 27291951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 418
Target Start/End: Original strand, 30223261 - 30223657
Alignment:
Q  14 tcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaac 113  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||| |||| |||| || ||||||| |||| |||   |||||||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||||||    
T  30223261 tcattacgtgcttcccaaatttgccaaagaagcaaagccacccgaccagcaatgtctcagctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatatgtcaaac 30223360  T
Q  114 tgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtc 213  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |        || |||||| |||| ||||||    
T  30223361 tgctcacagttccaactcgcggttgcaacacagtcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccacc-------atataacccataaaagcatgtc 30223453  T
Q  214 aatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaa 313  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||||   |||  || || | || |||||||||||||||| ||||||  | ||| || ||  |||||||| ||||| |||    
T  30223454 aatcacccttaacaatcgtatcaca-ccaggaacatatcaccttacattgtacatgtcgtgattgtagtcagaggcgggttggaacacaccctctgtaaa 30223552  T
Q  314 tcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcat 413  Q
    |||| |||||| ||||||||   |||||| ||| |||| |||| | ||| |||   |||||||| |||||| |||| | |||||| || | ||||| |||    
T  30223553 tccttcataacaaattacgagttttatgagggggattcaccttccagatcctacaccactctccgtcaacatggaaccaatcagtgtgtaacaactccat 30223652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 8387815 - 8387410
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaa-----t 104  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||| |||  | ||||  ||| |||||| ||| || |||||     |    
T  8387815 gacatcattacgtgcagcccaaattttccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcaattttcgaaacaacatatgtcaaaattaaaacaaaat 8387716  T
Q  105 ctgtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaa 204  Q
    ||| |||||| ||  |||| ||||| |  | ||||||||||  | |||| | ||||||||| |||||||||||| ||| | |||||       |||||||    
T  8387715 ctgccaaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacagtcgaaagtcttgcccaataacaactctcatgctccaccgtacaa-------cccacaa 8387623  T
Q  205 aaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacact 304  Q
    || |||| |||||||||||||||   ||||||||   | || || |  | ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||     
T  8387622 aagcatgccaatcatcctcaacaactgtatcacacc-acggacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacacgtcagaacacacc 8387524  T
Q  305 ctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcag 404  Q
    | ||||| |||||||||||| ||||||   | |||||| |||| ||| |||| | |||||||||||| |||||||||||| | || ||||| ||||| |     
T  8387523 ccctgcatatcctccataacaaattacatgctttatgaggggagttcaccttccagattctatgtcattctccttcaacatgaaaccgatcggtatgtaa 8387424  T
Q  405 caacttcatcatag 418  Q
    ||||| ||||||||    
T  8387423 caactccatcatag 8387410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12660073 - 12659767
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||  | | |||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| |    
T  12660073 gacatcattacgtgcaacccaaatttaccaaatatggaaagccacccgaccagcaatgtctcgactttctgaacaacatatgtcaaaaataaaatctgcc 12659974  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||||||| ||  |||||| |    ||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |        ||||||| | |||| ||    
T  12659973 aaactgctctcaaatccaactcgtctttgcagcacagtcgaaagtcctgcccaataccaactctcacacgccacc-------gtacaacctagaaaagca 12659881  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||   |||| || || ||||||||||||||||| ||| ||||||  || | |||||||| || |||  | ||     
T  12659880 tgccaatcatcctcaacaggcgtatcaca-ccagggacatatcatctcacattgtacatgccgtgattgtagtcgaatacgcgtcaaaatacagcccctt 12659782  T
Q  310 caaatcctccataac 324  Q
    |||||||||||||||    
T  12659781 caaatcctccataac 12659767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 255 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 27285028 - 27284871
Alignment:
Q  255 ctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcc 354  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||| |   ||||||||||    |||||||  | |||||| ||| |||| ||    
T  27285028 ctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagacgcgtcgaaacacactctat--caatcctccatgctaaattacgcgctttatgaggggcattcacc 27284931  T
Q  355 tttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatc 414  Q
    || | |||| |||  ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  27284930 ttccagattttataccactctccttcaatatggaatcgatcagtatgtagcaactccatc 27284871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 94
Target Start/End: Original strand, 15989209 - 15989291
Alignment:
Q  12 catcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatca 94  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||| || ||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  15989209 catcattacgtgcatcccaaattttctaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtcttggctttctgaacgaaatatatca 15989291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 5609056 - 5608707
Alignment:
Q  22 tgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcaca 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  5609056 tgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaataaaatctgccaaactactcaca 5608957  T
Q  122 gttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcc 221  Q
    |||||||| | ||||||| |||||  | |||| ||||||||||||||||||||| |||||     |||   |||||||||||||| |||  |||||||||    
T  5608956 gttccaactcgcggttgccgcacagtcgaaagtcctgcccaataccaactctcacgcgcc-----aca--gtacaacccacaaaagcattccaatcatcc 5608864  T
Q  222 tcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccat 321  Q
    |||||| | ||||||||   | || || || | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  | || |||||||||||     
T  5608863 tcaacaattgtatcaca-ccaaggacaaatcacctcacattgtacatgtcatgattgtaatcggagacgcgtcagaacacatcccctacaaatcctccac 5608765  T
Q  322 aactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctcctt 379  Q
    ||| |||||  | | |||||| |||||||| |||| | |||||| || ||| ||||||    
T  5608764 aacaaattataagctttatgaggggaattcaccttccagattctttgccacgctcctt 5608707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 51113044 - 51112678
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||| || | ||| || |||| |||| |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  51113044 gacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcagtgtctcgattttcggaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgcc 51112945  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||  |||| ||||| |  | ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||||||    
T  51112944 aaactacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacaatcgaaagccctgcccaataccaactctcacgcgccacc-------gtacaacccacaaaaaca 51112852  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||| |||||||   |||||| |   |  | || |  | ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| | ||     
T  51112851 tgccaatcattctcaacaactgtatcata-ccacagacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtcggaacacacccccta 51112753  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaaca 384  Q
    || |||||||||||| |||||||  | |||||| |||| ||| |||| | ||||||||| || ||| ||||||||    
T  51112752 cagatcctccataacaaattacgtgctttatgaggggagttcaccttccagattctatgccattcttcttcaaca 51112678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 36733422 - 36733108
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||| |||  ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  36733422 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctcaactttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgtc 36733323  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||||||| |||||||||  | || ||||||||||  | ||||  |||||||||||||||| |||  ||||| |        |||||| | ||||| ||    
T  36733322 aaactgctctcagttccaattcgcgtttgcagcacagtcgaaagttctgcccaataccaactttcacacgccacc-------gtacaactctcaaaagca 36733230  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacaca-ctctct 308  Q
    |||||||| |||||||||   ||||||||   |||||||||| | |||||||||||||| |||| || | |   ||||||| |||  |||||| ||| ||    
T  36733229 tgtcaatcgtcctcaacaactgtatcaca-ccaggggcagatcacctcacattgtacatatcgtgatcgaagttggagacgagtcgaaacacatctc-ct 36733132  T
Q  309 gcaaatcctccataactaattacg 332  Q
    |||||||||||||||| |||||||    
T  36733131 gcaaatcctccataacaaattacg 36733108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 16098212 - 16097912
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  16098212 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatgtctcggctttcttaacgacatatatcaaaaacaaaatctgtc 16098113  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||  |||||| |||||||| || | | ||||| |||  | ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |        ||||||||| |||| ||    
T  16098112 aacatgctcatagttccaatacgcagatgcagaacagtcgaaatccctacccaataccaactctcatgcgccacc-------gtacaacccataaaagca 16098020  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    ||  |||| ||||||||| ||||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16098019 tgcaaatcgtcctcaacagtcgtatcaca-ccagggacagatcatctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcggagatgcgtcggaacacactctctg 16097921  T
Q  310 caaatcctc 318  Q
    |||||||||    
T  16097920 caaatcctc 16097912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 1581344 - 1580947
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||| | | ||| |||  |    
T  1581344 gacatcatttcgtgcagcccaaatttgccaaagaaataaagccacctgaccaacaatgtctcggctttttgaacgacatatatcaaagacaaagtctacc 1581245  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| |||||||||| ||| | |||||| | || |  |  |||||||||||||||| |||||||| |||||| |        |||||||||||||| ||    
T  1581244 aaacttctcacagttcaaactcgcggttggaacatagtcgcaagccctgcccaatacaaactctcacgcgccacc-------gtacaacccacaaaagca 1581152  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||||||||   || ||| |   | || || || ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  ||||| |||||||||||||     
T  1581151 tgccaatcatcctcaacaactgtttcaga-caaaggacatatcatctcacattgtacatgtcgtgattgtaatcgaaggagcgtcggaacacactctcta 1581053  T
Q  310 caaatcctccataacta------attacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgca 403  Q
    ||||||||||||| | |      ||||| | | |||||| |||||||| |||| | |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  1581052 caaatcctccatagcaagttacgattacaagctttatgaggggaattcaccttccagattttatgtcattctccttcaacatggaatcgatcagtatgta 1580953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17877139 - 17876839
Alignment:
Q  13 atcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaa 112  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||  | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17877139 atcattacgtgtagcccaaatttgtcaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatgtcgcggctttctgaccgacatatatcaaaaataaaatttgtcaaa 17877040  T
Q  113 ctgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgt 212  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||| |   ||||| ||| |||||||||||||||||  | ||| | |||||        |||||||| ||||     
T  17877039 ctgctcacagttccaacttgcggttgcagcaaagttaaaagaccttcccaataccaactctcacacaccaccgtacaa--------ccacaaaagcatgc 17876948  T
Q  213 caatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaa 312  Q
    ||||||||||||||   |||||||||   |||| || || ||  |||||||||||||| || |||||||||| ||||||| |  |||||||||| |||||    
T  17876947 caatcatcctcaactgccgtatcaca-ccagggacatatcattgcacattgtacatgttgtgattgtaaccgaagacgcgccgaaacacactctttgcaa 17876849  T
Q  313 atcctccata 322  Q
    ||||||||||    
T  17876848 atcctccata 17876839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 22288970 - 22288604
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |  | ||| || |||| |||| |||||| ||| ||| |||||||  |    
T  22288970 gacatcgttacgtgcagtccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagctgtgtctcgattttcggaacaacatatgtcaaaaacaaaatctacc 22288871  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||  ||  |||| ||||| |  | ||||||||||  | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| | |||||       ||||||||  ||    
T  22288870 aaaccacttgcagtgccaactcgtgattgcagcacattcgaaagttctgcccaataccaactctcatgcgccaccgtacaa-------cccacaaacgca 22288778  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||   | || || |  | ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| | ||     
T  22288777 tgccaatcatcctcaacagtcgtatcacacc-acggacatagcacctcacattgtacatgtcgtgattgtagtcggagacgcgtcggaacacacccccta 22288679  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaaca 384  Q
    || || ||||||||| |||||||  | |||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22288678 cagattctccataacaaattacgtgctttatgaggggagttcacctttcagattctatgtcattctccttcaaca 22288604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 9329059 - 9329459
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || | ||| | |||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  9329059 gacatcattatgagcagcccaaatttgctaaagaagtaaagtcattcgaccagcagtgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgtc 9329158  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    || | |||| |||||||||| | || ||||| ||||  | |||| | | ||||||||||||| ||| |||  | |        |||||||||| ||||||    
T  9329159 aagcggctctcagttccaactcacgtttgcaacacagtcgaaagtcttacccaataccaactttcacgcggaacc-------gtacaacccacgaaaaca 9329251  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||||||||||   ||| ||||   |||||||||| | ||||||||||||||||||| || | |  |||||||  ||  |||||||| | |||    
T  9329252 tgccaatcatcctcaacaactgtaccaca-ccaggggcagatcacctcacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacaagtaggaacacaccccctg 9329350  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
     |||||||||||||| |||||||    |||||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||||| ||||||  ||| |||||||| || | |||||    
T  9329351 aaaatcctccataacaaattacgtgttttatgaggggaattcaccttcgagattctatgccactctccctcaacatagaaccgatcagtgtgtaacaact 9329450  T
Q  410 tcatcatag 418  Q
     ||||||||    
T  9329451 ccatcatag 9329459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 313 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 16096773 - 16096667
Alignment:
Q  313 atcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttca 412  Q
    |||||||||||  |||||||| | |||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  16096773 atcctccataataaattacgagctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtcactctccttcaacatggaattgatcggtatgtagcaacttca 16096674  T
Q  413 tcatagt 419  Q
    |||||||    
T  16096673 tcatagt 16096667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 16731662 - 16731466
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||| || |||||||||||| ||| | |||||||| | | |||||||| ||| |||||||| |    
T  16731662 gacatcattacgtgcagtccaaatttgcaaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcggctttctgagcaatatatatcaaaaacaaaatctgcc 16731563  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||||||||||             |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |       ||| ||||||||||| ||    
T  16731562 aaactactcacagttc-------------cagcacagtcaaaagccccgcccaataccaactctcacgcgccacc-------ttataacccacaaaagca 16731483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 17709796 - 17709600
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||| || |||||||||||| ||| | |||||||| | | |||||||| ||| |||||||| |    
T  17709796 gacatcattacgtgcagtccaaatttgcaaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcggctttctgagcaatatatatcaaaaacaaaatctgcc 17709697  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| ||||||||||             |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |       ||| ||||||||||| ||    
T  17709696 aaactactcacagttc-------------cagcacagtcaaaagccccgcccaataccaactctcacgcgccacc-------ttataacccacaaaagca 17709617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 255 - 398
Target Start/End: Original strand, 29201557 - 29201700
Alignment:
Q  255 ctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcc 354  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||  | |||| || || |||||||| |  ||||||||||||||| | |||||||  | |||||| |||||||| ||    
T  29201557 ctcacattgtgcatgtcgtgattgtagtctgagatgcatcggaacacaccccatgcaaatcctccatagcaaattacgtgctttatgaggggaattcacc 29201656  T
Q  355 tttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagt 398  Q
    || | ||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||    
T  29201657 ttccagattctatgtcactctcattcaacatgaagtcgatcagt 29201700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Original strand, 29201409 - 29201520
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||  || ||||||| | || ||| |||||| ||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  29201409 gacatcattacgtgcaatccaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccagccatgtctcgactttttgaacaacatatgtcaaaaacaaaatatgtc 29201508  T
Q  110 aaactgctcaca 121  Q
    ||||| ||||||    
T  29201509 aaactactcaca 29201520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 8e-47; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 40589173 - 40589555
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  40589173 gacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaacgtctcgactttctgaacgacatatatcaaaaataaaatctgca 40589272  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| |||||||||||||| |  | |||| |||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||| ||    
T  40589273 aaactactcacagttccaactcgtgattgccgcacagtcgaaagtcctacccaataccaactctcatgcgccacc-------gtacaacccacaaaagca 40589365  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||   |||| || || | |||||||||||||||||||                  ||| |||||||| |||||    
T  40589366 tgtcaatcatcctcaacaaatgtatcaca-ccagggacaaatcacctcacattgtacatgtcgt------------------gtcggaacacaccctctg 40589446  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | |||||| |||||||| || | | |||| |||||||||||||||||||| | ||  ||||| |||| |||||||    
T  40589447 caaatcctcgataacaaattacgagctttatgaggggaattcaccatccagattttatgtcactctccttcaacatgaaactgatcactatgtagcaact 40589546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 418
Target Start/End: Original strand, 43318489 - 43318885
Alignment:
Q  13 atcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaa 112  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||  || |||||||  ||| ||| | |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  43318489 atcattacttgcagcacaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccagaaatgtctcggctttctgaacaacatatgtcaaaaacaaaatctgccaaa 43318588  T
Q  113 ctgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgt 212  Q
    |||||| || ||||||| | ||  ||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |        |||||||||||||| ||||     
T  43318589 ctgctctcatttccaactcgcgtatgcagcacagacgaaagtcctgcccaataccaactttcacgcgccacc-------gtacaacccacaaaagcatgc 43318681  T
Q  213 caatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaa 312  Q
    |||||||||||||||  |||||||||   | |  || || | ||||||||||||||| ||| || |||  |||||| |||||  ||||||| | ||||||    
T  43318682 caatcatcctcaacaaccgtatcaca-ccaagaacaaatcacctcacattgtacatgacgtgatcgtagtcggagatgcgtcgaaacacac-ccctgcaa 43318779  T
Q  313 atcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttca 412  Q
    |||||||||||  ||||| |  | |||||| |||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || | ||||| ||    
T  43318780 atcctccataataaattatgtgctttatgaggggaattcaccttccagattctatgtcattctccttcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaactcca 43318879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 7126952 - 7126552
Alignment:
Q  10 gacatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtc 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||| |||| ||| | | |||||| | |||||| ||| ||| ||||| || |    
T  7126952 gacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccatcaatgtctcggccttctgagcaacatatgtcaaaaacaaaatatgcc 7126853  T
Q  110 aaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaactctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaaca 209  Q
    ||||| |||  ||||||||| | || ||||| ||||  | |||| |||| |||||||||||| ||| | |||| | |||||       ||||||||  ||    
T  7126852 aaactactctaagttccaactcgcgtttgcaacacagtcgaaagtcctgtccaataccaactttcacgtgccaccgtacaa-------cccacaaatgca 7126760  T
Q  210 tgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctg 309  Q
    || |||||||| ||||||| |||| |||| | || ||||||| | | ||||||||||||||||| || | |  |||||||| ||  |||||||| | |||    
T  7126759 tgccaatcatcatcaacatccgtaacaca-tcagaggcagatcaccccacattgtacatgtcgtgatcgaagtcggagacgagtaggaacacaccccctg 7126661  T
Q  310 caaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaact 409  Q
    ||||||||||||||| |||||||  | |||||| |||||||| ||||   |||| |||| |||| ||| |||||| |||| |||||||| || | |||||    
T  7126660 caaatcctccataacaaattacgtgctttatgaggggaattcaccttcaagattttatgccactatccctcaacatggaaccgatcagtgtgtaacaact 7126561  T
Q  410 tcatcatag 418  Q
     ||||||||    
T  7126560 ccatcatag 7126552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 418
Target Start/End: Original strand, 21371558 - 21371895
Alignment:
Q  72 gactttctgaacgacatatatcacaaataaaatctgtcaaactgctcacagttccaacacccggttgcagcacacacaaaagccctgcccaataccaact 171  Q
    |||||||||||| || ||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| | || ||||||||||  | |||| |||||||||||||||||    
T  21371558 gactttctgaacaacttatgtcaaaaataaaatctgccaaactgctctcagttccaactcgcgtttgcagcacagtcgaaagtcctgcccaataccaact 21371657  T
Q  172 ctcatgcgccaacttacaagttacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtc 271  Q
    |||| ||||| |||       ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| | |||| |||   |||| ||||| | ||||||||||||||||     
T  21371658 ctcacgcgcc-act------gtacaacctacaaaagcatgccaatcatcctcaacagttgtattaca-ccagggacagatcacctcacattgtacatgtt 21371749  T
Q  272 gtaattgtaaccggagacgcgtcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtca 371  Q
    || ||||||  ||||||| | |  | |||| | | |  ||||||||||||||| ||||||   | |||||| || ||||| |||| | ||||||||| ||    
T  21371750 gtgattgtagtcggagacacattgggacac-cccccgacaaatcctccataacaaattacatgctttatgagggaaattcaccttccagattctatgcca 21371848  T
Q  372 ctctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcatag 418  Q
    |||||||||| || |||| |||||||| || | ||||||||||||||    
T  21371849 ctctccttcatcatggaaccgatcagtgtgtaccaacttcatcatag 21371895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 193 - 382
Target Start/End: Original strand, 478689 - 478877
Alignment:
Q  193 tacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtatcacagttaggggcagataatctcacattgtacatgtcgtaattgtaaccggagacgcg 292  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||   |||  || || | ||||||||||||||| ||| || |||    ||||||||    
T  478689 tacaacccacaaaagcatgccaatcatcctcaacagccgtatcacaccaagga-caaatcacctcacattgtacatgacgtgatcgtagtaagagacgcg 478787  T
Q  293 tcagaacacactctctgcaaatcctccataactaattacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaa 382  Q
    || |||||||| | ||| |||||||||||||  |||||||  | |||||| |||||||| |||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  478788 tcggaacacaccccctgtaaatcctccataataaattacgtgctttatgaggggaattcaccttccagatcctatgtcattctccttcaa 478877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 103
Target Start/End: Original strand, 8451582 - 8451674
Alignment:
Q  11 acatcatcacgtgcagcccaaatttgccaacgaagtaaagtcatccgaccaacaatatcttgactttctgaacgacatatatcacaaataaaa 103  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||  ||| | |||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  8451582 acatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaacgtctcggctttctgaacaacatatatcaaaaaaaaaa 8451674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 327 - 419
Target Start/End: Original strand, 8451815 - 8451907
Alignment:
Q  327 attacgaaccttatgatgggaattctcctttcggattctatgtcactctccttcaacagggaatcgatcagtatgcagcaacttcatcatagt 419  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| | || | ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | || | |||||||||||||||    
T  8451815 attacgagccttatgaggggaattcacattccagattctatgccactctccttcaacatggaaccgatcattgtgtaacaacttcatcatagt 8451907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 234
Target Start/End: Original strand, 8451747 - 8451788
Alignment:
Q  193 tacaacccacaaaaacatgtcaatcatcctcaacattcgtat 234  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8451747 tacaacccacaaaaacatgccaatcatcctcaacattcgtat 8451788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University