View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13382_low_2 (Length: 860)

Name: NF13382_low_2
Description: NF13382
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13382_low_2
NF13382_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-841)||(26181050-26181878)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 841
Target Start/End: Original strand, 26181050 - 26181878
Alignment:
Q  13 atcatcatgctgcattagaaactgttcatcctctgaaatatataaaacattggcaatggaatgctgaactgcaatggaaggaatggtgtacaatatatgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26181050 atcatcatgctgcattagaaactgttcatcctctgaaatatataaaacattggcaatggaatgctgaactgcaatggaaggaatggtgtacaatatatgc 26181149  T
Q  113 catgactctttatttccgaattccatcatcatccatatatctgtacccctatcattgcaatcaaatatgcacaagaaatcctttatgacacccaaggtca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26181150 catgactctttatttccgaattccatcatcatccatatatctgtacccctatcattgcaatcaaatatgcacaagaaatcctttaagacacccaaggtca 26181249  T
Q  213 aactaccctttcctctagcagtaggaagcaaaagcttctggtatgtctcagtggccagatcaagagaaaaaagctcaccagctaaccaattaactgtccc 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26181250 aactaccctttcctctagaagtaggaagcaaaagcttctggtatgtctcagtggctagatcaagagaaaaaagctcaccagctaaccaattaactgtccc 26181349  T
Q  313 actcagaaatagtcccgttttaggaagtgtgttactgcaacgttttggaaagtcatggatcgccctccaggaacaatccgtaggatcggaccccaaggta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26181350 actcagaaatagtcccgttttaggaagtgtgttactgcaacgttttggaaagtcatggatcgccctccaggaacaatccgtaggatcggaccccaaggta 26181449  T
Q  413 taaatactagttttaggggtggggggtttgcggataaaagaaatagcaacaatcttatacttatgagtggtattatcatgcccaaagctataaaaattag 512  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  26181450 taaatactagttttaggagtggggggtttgcggataaaagaaatagcaacaatcttatacttatgagtggtattatcatacccaaagctataaaagttag 26181549  T
Q  513 cttgaacgctcattcttcttcttgtgtgtggtgtaaacttatcaaaactatatcttatagggggaggaaacgaattttccacagggggaatgacactata 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26181550 cttgaacgctcattcttcttcttgtgtgtggtgtaaacttatcaaaactatatcttatagggggaggaaacgaattttccacagggggaatgacactata 26181649  T
Q  613 ttgtctagtggaagggttccacagaacagggtaactatcccgaatagtgaaacagatgattccattgcaatcgccggaacatctactgaaatcatctgta 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26181650 ttgtctagtggaagggttccacagaacagggtaactatcccgaatagtgaaacagatgattccattgcaatcgccggaacatctactgaaatcatctgta 26181749  T
Q  713 ttcaaattatgaggtaaagggagtggggtctgtgattgtgatagtgtgttgaaaactgaagttatatgggtacaagtgaaaccgttgttttgaagcatga 812  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26181750 ttcaaattatgaggcaaagggagtggggtctgtgattgtgatagtgtgttgaaaactgaagttatatgggtacaagtgaaaccgttgttttgaagcatga 26181849  T
Q  813 ggagatggtggtggttctgggaagccttt 841  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||    
T  26181850 agagatggtggtggttctgagaagccttt 26181878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University