View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13384_high_1 (Length: 738)

Name: NF13384_high_1
Description: NF13384
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13384_high_1
NF13384_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (5-720)||(38919569-38920284)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 720
Target Start/End: Original strand, 38919569 - 38920284
Alignment:
Q  5 gagtgagatgaatgagtgcaagaggtgttgtagtggtgagtgccatgttggtaagttagtgaaggagaattaagatttgaagatgaggtttggtgagtat 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919569 gagtgagaagaatgagtgcaagaggtgttgtagtggtgagtgccatgttggtaagttagtgaaggagaattaagatttgaagatgaggtttggtgagtat 38919668  T
Q  105 gtggagaggtggagaggggttttatttggagaggaatattattaataaggtaatttggttgagaatttgttggcatgagctggatcaaggctagcatata 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919669 gtggagaggtggagaggggttttatttggagaggaatattattaataaggtaatttggttgagaatttgttggcatgagctggatcaaggctagcatata 38919768  T
Q  205 tcaatatattcccttagttgacaaatgaatacaaaaataaatcacatcaaagttgcaataaggaatgaagtttaacatttggttggaatgataagaaatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919769 tcaatatattcccttagttgacaaatgaatacaaaaataaatcacatcaaagttgcaataaggaatgaagtttaacatttggttggaatgataagaaatt 38919868  T
Q  305 acatgttgtgttatatatgcaagtttgcaaaaagtcaagcctaatttgttttggtaggttgcattatatggaaattctttagagtggatcaaatacagac 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919869 acatgttgtgttatatatgcaagtttgcaaaaagtcaagcctaatttgttttggtaggttgcattatatggaaattctttagagtggatcaaatacagac 38919968  T
Q  405 cctagtttgctgtaaaaggaatgagatacttcttatactgattaaccattgttttatgttcattaaaagaaagtgtttcttccacccacttcttaccatg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919969 cctagtttgctgtaaaaggaatgagatacttcttatactgattaaccattgttttatgttcattaaaagaaagtgtttcttccacccacttcttaccatg 38920068  T
Q  505 tgctctgttttgggcgtacaagacgcacaatcaaactcgcggaaaaaatgggaaaaatacaaaggatgccgcatatatacggaacatcaaacacccaaag 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38920069 tgctctgttttgggcgtacaagacgcacaatcaaactcgcggaaaaaatgggaaaaatacaaaggatgccgcatatatacggaacatcaaacacccaaag 38920168  T
Q  605 aagaaaacccaatacaacgacgccaaaacaatgatgcaagaatatactttacaatagagcgaagcatacccctgcatcaagcatgaaacacccaaagcaa 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38920169 aagaaaacccaatacaacgacgccaaaacaatgatgcaagaatatactttacaatagagcgaagcatacccctgcatcaagcatgaaacacccaaagcaa 38920268  T
Q  705 gaaaccagccataaac 720  Q
    ||||||||||||||||    
T  38920269 gaaaccagccataaac 38920284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University