View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13385_low_10 (Length: 241)

Name: NF13385_low_10
Description: NF13385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13385_low_10
NF13385_low_10
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (20-236)||(41286949-41287164)
chr5 (26-236)||(41332756-41332966)
chr5 (26-232)||(41366939-41367145)
chr5 (26-236)||(41328823-41329033)
chr5 (25-236)||(41316782-41316993)
chr5 (41-236)||(31177859-31178054)
chr5 (26-236)||(41324846-41325056)
chr5 (41-236)||(31187922-31188117)
chr5 (55-236)||(41310983-41311168)
chr5 (75-231)||(41337568-41337724)
chr5 (121-228)||(41432005-41432112)
chr5 (41-236)||(31225661-31225856)
chr5 (176-228)||(14235910-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (75-236)||(17248773-17248934)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41287164 - 41286949
Alignment:
Q  20 acaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  41287164 acaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctca 41287065  T
Q  120 atgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgc 219  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  41287064 ttgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgc 41286965  T
Q  220 ttcttccattacctttg 236  Q
    || |||||| |||||||    
T  41286964 tt-ttccatcacctttg 41286949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41332966 - 41332756
Alignment:
Q  26 accctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgttt 125  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    |  |||| |||||||||||||    
T  41332966 acccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgttt 41332867  T
Q  126 ctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttc 225  Q
    ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||||||||    
T  41332866 ctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttc 41332767  T
Q  226 cattacctttg 236  Q
    || ||||||||    
T  41332766 caatacctttg 41332756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 26 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 41367145 - 41366939
Alignment:
Q  26 accctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgttt 125  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||| |||||    
T  41367145 acccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgttt 41367046  T
Q  126 ctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttc 225  Q
    ||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| ||||    
T  41367045 ctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttc 41366946  T
Q  226 cattacc 232  Q
    |||||||    
T  41366945 cattacc 41366939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41329033 - 41328823
Alignment:
Q  26 accctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgttt 125  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||    |  ||||||||||||||||||    
T  41329033 acccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgttt 41328934  T
Q  126 ctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttc 225  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  41328933 ctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttc 41328834  T
Q  226 cattacctttg 236  Q
    |||||||||||    
T  41328833 cattacctttg 41328823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 25 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41316993 - 41316782
Alignment:
Q  25 aaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtt 124  Q
    |||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||||||     || ||| |||||||||||||    
T  41316993 aacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtt 41316894  T
Q  125 tctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttctt 224  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||    
T  41316893 tctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgtt 41316794  T
Q  225 ccattacctttg 236  Q
    ||||||| ||||    
T  41316793 ccattacatttg 41316782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 41 - 236
Target Start/End: Original strand, 31177859 - 31178054
Alignment:
Q  41 gggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagact 140  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||||||||||||||| ||||  | | |||||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  31177859 gggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagact 31177958  T
Q  141 tcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 236  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  31177959 ttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttg 31178054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 26 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41325056 - 41324846
Alignment:
Q  26 accctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgttt 125  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||| |||| ||   |||| | ||||| |||||    
T  41325056 acccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgttt 41324957  T
Q  126 ctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttc 225  Q
    | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||    
T  41324956 ccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttc 41324857  T
Q  226 cattacctttg 236  Q
    ||| |||||||    
T  41324856 catcacctttg 41324846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 41 - 236
Target Start/End: Original strand, 31187922 - 31188117
Alignment:
Q  41 gggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagact 140  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| || |  | | |||| | ||||||||||||| |||| | |||||    
T  31187922 gggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagact 31188021  T
Q  141 tcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 236  Q
    | |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  31188022 ttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttg 31188117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 55 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41311168 - 41310983
Alignment:
Q  55 attaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaat 154  Q
    |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||    |  |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||     
T  41311168 attaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaac 41311069  T
Q  155 tggtgcaactctgactcatccacata----cccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 236  Q
     ||||||||||   ||||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41311068 aggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttg 41310983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 75 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41337724 - 41337568
Alignment:
Q  75 tactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatc 174  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||  | | |||| | ||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || |||||||||| ||| ||    
T  41337724 tactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtc 41337625  T
Q  175 cacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 231  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  41337624 tacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattac 41337568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432005
Alignment:
Q  121 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgct 220  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  221 tcttccat 228  Q
    ||||||||    
T  41432012 tcttccat 41432005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 41 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 31225856 - 31225661
Alignment:
Q  41 gggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagact 140  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||   |   |||| || |||||||||||| | || | |||||    
T  31225856 gggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagact 31225757  T
Q  141 tcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 236  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  31225756 ttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccattatctttg 31225661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235910
Alignment:
Q  176 acatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccat 228  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccat 14235910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 236
Target Start/End: Original strand, 17248773 - 17248934
Alignment:
Q  75 tactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatc 174  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    | |||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| | |||||| |  |||||    
T  17248773 tactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatc 17248872  T
Q  175 cacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 236  Q
     |||||||||||| ||||||| |  |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  17248873 tacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttg 17248934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University