View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13386_low_15 (Length: 544)

Name: NF13386_low_15
Description: NF13386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13386_low_15
NF13386_low_15
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-529)||(28608432-28608960)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-527)||(437944-438470)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (2-529)||(13659803-13660330)
chr3 (4-527)||(13652305-13652828)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 28608960 - 28608432
Alignment:
Q  1 cgatcatcaggacctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28608960 cgatcatcaggacctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccacagagcaaggtg 28608861  T
Q  101 cactttgcatcacattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608860 cactttgcatcacattcaagtttatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaa 28608761  T
Q  201 gcttgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608760 gcttgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcgtgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcc 28608661  T
Q  301 tctctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608660 tctctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatcttgtaagattttgtgttccagattggccactaggcttctccatatgag 28608561  T
Q  401 aagcaacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggct 500  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608560 aagcaacaagtgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggct 28608461  T
Q  501 aataacccctacagcctgacgagtattat 529  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28608460 aataacccctacagcttgacgagtattat 28608432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Original strand, 437944 - 438470
Alignment:
Q  1 cgatcatcaggacctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||||||||| ||| || ||||||| |||||| ||||||||||    
T  437944 cgatcatcaggaccaccaacaaagatcatacaaatacgaaaatttaaagttggtaatgacccaagatcacggtccacaaatattcccacagagcaaggtg 438043  T
Q  101 cactttgcatcacattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||  || ||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  438044 cactttgcatcacattcaagtttatatctttgtatgcagtattagttgtttcgagtgcaccttctgaacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaa 438143  T
Q  201 gcttgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcc 300  Q
     ||||||  |||||| ||| |  | |||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||  ||||| |||||||||||||||    
T  438144 acttgtacatttttcattagccgagttgtatatatcttcgtgaatggttgcatagtttgacacaacatttagtgtttggactctaatagcatcatatgcc 438243  T
Q  301 tctctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgag 400  Q
    ||| ||| |||||||||  ||||   ||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||    
T  438244 tctttgaatgcttcaaaggtattggtaatgctttctaactctagctgggattgtgtaagattttgtgttccagattggccactagatttttccatatgag 438343  T
Q  401 aagcaacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggct 500  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  438344 aagcaacaagggcaccaacacgtccaacgatttcaacaaggtaaaggccaaaaacatgtataggggaaattctagtggcattgaaatattcaatgaggct 438443  T
Q  501 aataacccctacagcctgacgagtatt 527  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  438444 aataactcctacggcctgacgagtatt 438470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 2 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 13660330 - 13659803
Alignment:
Q  2 gatcatcaggacctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtgc 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||     
T  13660330 gatcatcaggacctccaataaagatcatacaaattcgaaagttcatttttgttattgacccaagattacgatcaacaaagattcccacagagcaaggtga 13660231  T
Q  102 actttgcatcacattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaag 201  Q
    | ||||||||||||||  ||| ||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| | ||||| |    
T  13660230 agtttgcatcacattctggtttatatctttgtatgcaacactagttgtttcgagtgcacctaatgaacttaagtgtttatggaatggaagtataatcatg 13660131  T
Q  202 cttgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcct 301  Q
    |||||  ||||||| ||| |  | || |||||||| || |||||||||| |||    |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  13660130 cttgtgcgtttttcattagcagagttatatatgtcctcatgaatggttgaataggatgacacaacatttaaggtttcgactctgacagcatcatatgcct 13660031  T
Q  302 ctctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgaga 401  Q
    |||  |||||||||||| |||||| ||| ||||||  |||||  |||||||| ||||||||||| | || || ||||  ||||||||| ||||||||||     
T  13660030 ctccaagtgcttcaaatgtattattaatgctttcttgctctacttgggatcttgtaagattttgcgctccaggttggttactaggcttatccatatgagc 13659931  T
Q  402 agcaacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggcta 501  Q
     ||||||| |||||||  ||||||   |||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  13659930 ggcaacaagtgcaccagtacgtcctttgagttcaataaggtaaagtgcgaaaacatgtataggggaaattctagtagcattgaaagattcaacgaggctg 13659831  T
Q  502 ataacccctacagcctgacgagtattat 529  Q
    |||||||||  |||||| |||| |||||    
T  13659830 ataacccctgtagcctggcgagcattat 13659803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 4 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 13652828 - 13652305
Alignment:
Q  4 tcatcaggacctccaacaaagatcatacaaatacgaaaattcatttttggtaaggacccaagattacgatcaacaaataatcccaccgagcaaggtgcac 103  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||     
T  13652828 tcatcagggccaccaacaaatatcatacaaattcgaaagttcattttcggtaatgtcccaagattacgatcaacaaagattcccacagagcaaggtgcag 13652729  T
Q  104 tttgcatcacattcaagttgatatctttgaacgcaacatcagttgtttcaaatgcaccttccggacttagttgtttgtggaatggaaggagaatcaagct 203  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||||||   | |||||  ||||| ||||||||||| | ||||| |||    
T  13652728 tttgcatcacattcaggtttatatctttgtatgcaacactagttgtttcgagtgcacctaatgaacttaagtgtttatggaatggaagtataatcatgct 13652629  T
Q  204 tgtatgtttttcgttaactaaattgtatatgtcttcctgaatggttgcatattcggacacaacatttaacgtttctactctgatagcatcatatgcctct 303  Q
    ||| |||||||| ||| || |||| |||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||| |||   ||||| | |||||| || ||||||    
T  13652628 tgtgtgtttttcattagctgaattatatatgtcctcgtgaatggttgcataggatgacacaacatttaaggttcggactctaacagcatcgtacgcctct 13652529  T
Q  304 ctgagtgcttcaaatttattatcaatactttctaactctatctgggatctcgtaagattttgtgttctagattggccactaggcttctccatatgagaag 403  Q
    |  | |||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||| |||||| || ||||||||||||| || || |||  |||||||||| |||||||||| ||    
T  13652528 ccaaatgcttcaaatgtattattaatgctttcttgctctacctgggaactggtaagattttgtgctccaggttgcacactaggcttatccatatgagcag 13652429  T
Q  404 caacaactgcaccatcacgtccaacgagttcaacaaggtaaagtgcaaaaatatgcataggggaaagtctagtggcattgaaagattcaatgaggctaat 503  Q
    |||||| ||||||   ||||||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | ||    
T  13652428 caacaagtgcaccggtacgtcctttgagttcaataaggtaaagtgaaaaaacatgtataggggaaattctagtggcattgaaagactgaatgaggttgat 13652329  T
Q  504 aacccctacagcctgacgagtatt 527  Q
    |||||||| ||| || ||||||||    
T  13652328 aacccctatagcgtggcgagtatt 13652305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University