View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13386_low_6 (Length: 781)

Name: NF13386_low_6
Description: NF13386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13386_low_6
NF13386_low_6
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (19-766)||(44477815-44478562)
chr3 (290-560)||(34584692-34584962)
chr3 (701-741)||(30037975-30038015)
chr3 (701-766)||(46240524-46240589)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-766)||(21975616-21976363)
chr5 (701-741)||(29878555-29878595)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (243-462)||(47735013-47735232)
chr7 (681-766)||(14798552-14798637)
chr7 (681-766)||(15245544-15245629)
chr7 (681-766)||(14632754-14632839)
chr7 (335-537)||(13048059-13048261)
chr7 (335-555)||(34797383-34797603)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (243-462)||(35598474-35598693)
chr4 (488-558)||(17323260-17323330)
chr4 (695-766)||(4497019-4497090)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (161-462)||(41771489-41771790)
chr8 (476-558)||(1379763-1379845)
chr8 (404-561)||(17130025-17130182)
chr8 (701-741)||(3921013-3921053)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (243-557)||(13649870-13650181)
chr2 (404-556)||(20653593-20653745)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (335-555)||(22370815-22371035)
chr6 (695-766)||(24675827-24675898)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (681-766)||(26268773-26268858)
chr1 (290-376)||(30964578-30964664)
[»] scaffold0300 (1 HSPs)
scaffold0300 (695-766)||(18433-18504)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 766
Target Start/End: Original strand, 44477815 - 44478562
Alignment:
Q  19 aaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgacatgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaaacattcagtaggtgtatctttccat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  44477815 aaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgatatgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaaatattcagtgggtgtatctttccat 44477914  T
Q  119 gtagcttggaaggcaaagaaaatggcaaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttggaggtatgctgctgagttgcacagag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44477915 gtagcttggaaggcaaagaaaatggctaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttggaggtatgctgctgagttgcacagag 44478014  T
Q  219 tttcattgggaaataccctcaaaattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44478015 tttcattgggaaataccctcaagattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgttttgaaggttgtaaaaa 44478114  T
Q  319 aggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44478115 aggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgca 44478214  T
Q  419 aatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44478215 aatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgaagcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactg 44478314  T
Q  519 ataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaataatttatgttttgagactaatttgtacttatgttatgttttgctctgtgtacttatgtt 618  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  44478315 acaggagatgggtctttataacagaccaacaaaaggtaaatagtttatgttttgagactaatttgtacttatgttttgttatgctgtgtgtacttatgtt 44478414  T
Q  619 ttgttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctgacagggttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaac 718  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  44478415 ttcttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctgacaggcttgaacataggttgtgtttgagacatttatatgctaac 44478514  T
Q  719 ttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44478515 ttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 44478562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 290 - 560
Target Start/End: Original strand, 34584692 - 34584962
Alignment:
Q  290 ttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaa 389  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||| ||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||| ||||||||   ||||| ||      
T  34584692 ttttatttttgctttgaaggttgtaaacaagggttcttgaatggttgtagacccttcataggtgtagatggatgtcatttgaaaacacaatatggcgggc 34584791  T
Q  390 tactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttctt 489  Q
     ||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||  | ||||||||| | |||||   ||||| || |||  | ||||| ||||| ||    
T  34584792 aacttctgatagctgtgggaagagatgctaatgaccaatattatcctcttgcttttggaattgttgaagttgagaatactgaatcatggaggtggttttt 34584891  T
Q  490 gacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaata 560  Q
     ||  |  ||||  | |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  34584892 aactcttttactagaggatattggaactgagaagagatgggtatttatatctgatcaacaaaaggtaaata 34584962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 701 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 30038015 - 30037975
Alignment:
Q  701 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagg 741  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30038015 agacatttgtatgctaatttcaagaagaagtttggaggagg 30037975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 701 - 766
Target Start/End: Original strand, 46240524 - 46240589
Alignment:
Q  701 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  | || || ||||||||||||    
T  46240524 agacatttgtatgctaacttcaagaagaaatttggtggaggtactcttataagggacttgatgatg 46240589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 21976363 - 21975616
Alignment:
Q  19 aaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgacatgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaaacattcagtaggtgtatctttccat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  21976363 aaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgatgtgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaaatattcagtgggtgtatctttccat 21976264  T
Q  119 gtagcttggaaggcaaagaaaatggcaaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttggaggtatgctgctgagttgcacagag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21976263 gtagcttggaaggcaaagaaaatggctaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttggaggtatactgctgagttgcacagag 21976164  T
Q  219 tttcattgggaaataccctcaaaattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21976163 tttcattgggaaataccctcaagattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgttttgaaggttgtaaaaa 21976064  T
Q  319 aggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21976063 aggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgttgttggaagagatgca 21975964  T
Q  419 aatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21975963 aatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgaagcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactg 21975864  T
Q  519 ataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaataatttatgttttgagactaatttgtacttatgttatgttttgctctgtgtacttatgtt 618  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  21975863 acaggagatgggtctttataacagaccaacaaaaggtaaatagtttatgttttgagactaatttgtacttatgttttgttatgctgtgtgtacttatgtt 21975764  T
Q  619 ttgttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctgacagggttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaac 718  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21975763 ttcttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctggcaggcttgaacataggctgtgtttgagacatttatatgctaac 21975664  T
Q  719 ttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21975663 ttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 21975616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 701 - 741
Target Start/End: Original strand, 29878555 - 29878595
Alignment:
Q  701 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagg 741  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29878555 agacatttgtatgctaatttcaagaagaagtttggaggagg 29878595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 243 - 462
Target Start/End: Original strand, 47735013 - 47735232
Alignment:
Q  243 ttaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcc 342  Q
    ||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||||||    
T  47735013 ttaatgttgagagaaccttgataacaaatcaaccaagattcagcaagttttacttttgttttgatggttgcaagcaaggttttttggctggttgtaggcc 47735112  T
Q  343 tttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggct 442  Q
     || |||||||||||||| || ||  ||||||| | || |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||     
T  47735113 atttattggagtggatgggtgtcacttgaaaactaagtttggaggtatattattagttgatgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagca 47735212  T
Q  443 tttggagtggttgagaatga 462  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  47735213 tttggagttgttgagaatga 47735232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 681 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 14798637 - 14798552
Alignment:
Q  681 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  14798637 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgctaattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 14798552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 681 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 15245629 - 15245544
Alignment:
Q  681 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  15245629 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgctaattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 15245544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 681 - 766
Target Start/End: Original strand, 14632754 - 14632839
Alignment:
Q  681 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  14632754 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgataattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 14632839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 13048261 - 13048059
Alignment:
Q  335 tgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacc 434  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||    |||||||| ||  || ||||||| ||||| |||||||||||||| || || | ||    
T  13048261 tgtaggccattcataggggtggatgggtgtcatctgaaaacccaatatggaggtattttattggttgcagttggtagagatgcaaatgaccaatacttcc 13048162  T
Q  435 cattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctt 534  Q
    |  ||||||||||||| || |||| |||||| |   || ||||||| |||||| | || || || ||| | |||||||| ||| | ||||||||||| ||    
T  13048161 ctctggcttttggagttgtagagactgagacaacatattcttggaggtggttccttaccttactgcttgaagatattggaactaacaggagatgggtgtt 13048062  T
Q  535 tat 537  Q
    |||    
T  13048061 tat 13048059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 34797603 - 34797383
Alignment:
Q  335 tgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacc 434  Q
    |||||| | ||||| || |||||||| || |||||||||||    | |||||| ||  || ||||||| ||||| |||||||||||||| || || |  |    
T  34797603 tgtaggtcattcataggggtggatgggtgtcatctgaaaacccaatttggaggtattttattggttgcagttggtagagatgcaaatgaccaatactttc 34797504  T
Q  435 cattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctt 534  Q
    | |||||||||||||| || |||| ||| || |  ||| | ||||| |||||| | || || || ||| | |||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  34797503 ctttggcttttggagttgtagagactgaaacaacagattcatggaggtggttccttaccttactgcttgaagatattggaactaataggagatgggtatt 34797404  T
Q  535 tatatcagaccaacaaaaggt 555  Q
    ||| || || |||||||||||    
T  34797403 tatttctgatcaacaaaaggt 34797383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 243 - 462
Target Start/End: Original strand, 35598474 - 35598693
Alignment:
Q  243 ttaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcc 342  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||||||    
T  35598474 ttaatgttgagagaaccttgttaacaaatcaacaaagattcagcaagttttacttttgttttgatggttgcaagcaaggttttttggctggttgtaggcc 35598573  T
Q  343 tttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggct 442  Q
     || |||||||||||||| || ||  ||||||| | || |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||     
T  35598574 atttattggagtggatgggtgtcacttgaaaactaagtttggaggtatattattagttgatgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagca 35598673  T
Q  443 tttggagtggttgagaatga 462  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  35598674 tttggagttgttgagaatga 35598693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 488 - 558
Target Start/End: Original strand, 17323260 - 17323330
Alignment:
Q  488 ttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaa 558  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17323260 ttgaccttgttacttgatgatattggtactgagaagagatgggtctttatttcagatcaacaaaaggtaaa 17323330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 695 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 4497090 - 4497019
Alignment:
Q  695 tgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||| ||||||||    
T  4497090 tgtttaagacatttatatgcaaacttcaaaaagaagtttggtggtggaaccttgataagggacctgatgatg 4497019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 41771790 - 41771489
Alignment:
Q  161 ggtgatgctaagaaacaatatactctgctttggaggtatgctgctgagttgcacagagtttc-attgggaaataccctcaaaattaatgtggagagaaca 259  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||  | || || |  | |||||| ||  |||||  ||||||| || |||||     
T  41771790 ggtgatgcaaagaaacaatacactctactatggaggtatgcagctgagttaaagagggtgtgtaatgggaa-taatctcaagcttaatgttgaaagaact 41771692  T
Q  260 ctgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatg 359  Q
     ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||| ||  |||| ||||||  ||| |||||||| || |||||||||||||    
T  41771691 ttgttaaccaatcaaccaagattcagcaagttttacttttgttttgatggttgcaagcaaggttttttggctggctgtaggccatttattggagtggatg 41771592  T
Q  360 gatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaa 459  Q
    | || ||  ||||||| | || |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| || |||||||| ||||||||    
T  41771591 ggtgtcacttgaaaactaagtttggaggtatattattagttgatgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagcatttggagttgttgagaa 41771492  T
Q  460 tga 462  Q
    |||    
T  41771491 tga 41771489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 476 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 1379845 - 1379763
Alignment:
Q  476 tggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaa 558  Q
    ||||| ||||| |||||  || ||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  1379845 tggaggtggtttttgaccctgttacttgatgatattggtactgagaagagatgggtctttatttcagatcaacaaaaggtaaa 1379763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 17130182 - 17130025
Alignment:
Q  404 gttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctactta 503  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||    |||| ||| ||  |||||||||||||  | ||| |  |||||     
T  17130182 gttgggagggatgcaaatgaccaatattaccctttagcttttggggtagttgaagtggagaataaggaatcttggagatggtttctaacacttttacttg 17130083  T
Q  504 atgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaataa 561  Q
    | |||||||| ||||||| |||||||||||| || || || |||||||||||| ||||    
T  17130082 aagatattggaactgataagagatgggtcttcatctctgatcaacaaaaggtacataa 17130025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 701 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 3921053 - 3921013
Alignment:
Q  701 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagg 741  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3921053 agacatttgtatgctaatttcaagaagaagtttggaggagg 3921013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 243 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 13650181 - 13649870
Alignment:
Q  243 ttaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcc 342  Q
    ||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| || | ||||||||| || |  ||| | ||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||||||    
T  13650181 ttaatgttgagagaaccttgataacaaatcaaccaagatttagcaagttttacttttttttttatggttgcaagcaaggttttttggctggctgtaggcc 13650082  T
Q  343 tttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggct 442  Q
     || |||||||||||||| || ||  ||||||| | || |||| | ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||     
T  13650081 atttattggagtggatgggtgtcacttgaaaactaagtttggatgtatattattagttgctgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagca 13649982  T
Q  443 tttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcag 542  Q
    |||||||| ||||||||||| || || ||  ||||||| ||||| || || || || ||| | |||||||| |   | |  |||||||| ||||| ||||    
T  13649981 tttggagttgttgagaatgaaaccaaagagacttggaggtggtttttaactttactgcttgaagatattggaa---acaaaagatgggtgtttatttcag 13649885  T
Q  543 accaacaaaaggtaa 557  Q
    | |||||||||||||    
T  13649884 atcaacaaaaggtaa 13649870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 556
Target Start/End: Original strand, 20653593 - 20653745
Alignment:
Q  404 gttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctactta 503  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||    |||| ||| ||  |||||||||||||  ||||| || |||||     
T  20653593 gttggtagggatgcaaatgaccaatattaccctttagcttttggggttgttgaagtggagaataaggaatcttggagatggtttctgacactgttacttg 20653692  T
Q  504 atgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggta 556  Q
    | ||||||||  |||||| |||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  20653693 aagatattggagctgataagagatgggtcttcatctctgatcaacaaaaggta 20653745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 335 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 22371035 - 22370815
Alignment:
Q  335 tgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacc 434  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| || ||| |||||||    |||||||| ||  || ||||||| || || |||||||||||||| || |||| ||    
T  22371035 tgtaggccattcataggggtggatggttgtcatttgaaaacccaatatggaggtattttattggttgcagtgggtagagatgcaaatgaccaatatttcc 22370936  T
Q  435 cattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctt 534  Q
    | |||||||||||||| || |||| |||||| |  ||| ||||||| |||||| | || || || ||| | |||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  22370935 ctttggcttttggagttgtagagactgagacaacagattcttggaggtggttccttaccttactgcttgaagatattggaactaataggagatgggtatt 22370836  T
Q  535 tatatcagaccaacaaaaggt 555  Q
    ||| || ||||||||||||||    
T  22370835 tatctctgaccaacaaaaggt 22370815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 695 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 24675898 - 24675827
Alignment:
Q  695 tgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || || |||||||| || ||| ||||||||    
T  24675898 tgtttaagacatttatatgcaaactacaagaagaagtttggtggtggaaccttgataagggacctgatgatg 24675827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 681 - 766
Target Start/End: Original strand, 26268773 - 26268858
Alignment:
Q  681 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  26268773 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgctaattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 26268858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 290 - 376
Target Start/End: Original strand, 30964578 - 30964664
Alignment:
Q  290 ttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaaca 376  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||| ||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||| ||||||||    
T  30964578 ttttatttttgctttgaaggttgtaaacaagggttcttgaatggttgtagacccttcataggtgtagatggatgtcatttgaaaaca 30964664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0300 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0300
Description:

Target: scaffold0300; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 695 - 766
Target Start/End: Original strand, 18433 - 18504
Alignment:
Q  695 tgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 766  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || || |||||||| || ||| ||||||||    
T  18433 tgtttaagacatttatatgcaaactacaagaagaagtttggtggtggaaccttgataagggacctgatgatg 18504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University