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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13389_low_2 (Length: 774)
Name: NF13389_low_2
Description: NF13389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13389_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 705
Target Start/End: Original strand, 43381116 - 43381804
Alignment:
| Q |
37 |
atcttcttcttttccatatgttccttccaagctttaacacaattcnnnnnnnctcttcaggttgttagggagcatattttaaatcacgatcatattttca |
136 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43381116 |
atcttcttcttttccatatgttccttccaagttttaacaccattctttttttctcttcaggttgttagggagcatattttaaatcacgatcatattttca |
43381215 |
T |
|
| Q |
137 |
atcacaaagatatgatatagtaaaaatcagttagatgaaaatcatagtctcaaatgtaacaaggtaagtggattcaaatattttattttcttagattatt |
236 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
43381216 |
atcataaagatatgatatagtaaaaatcaattagatgaaaatcatagtctcaagtgtaacaaggtaagtggattcaaatattttattttcttagattatt |
43381315 |
T |
|
| Q |
237 |
gacggtgtcaacgtgttaatattggtttgaagtccgtgtttgtataaatgttcatagatgcgtgctgatcgttcttgcattagtatttatgtacagaaag |
336 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
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| T |
43381316 |
gacagtgtcaacgtgttagtattggtttgaaacccgtatttgtgtaaatattcatagatgcgatctgatcgttcttgcattagtgtttgtgtacagaaag |
43381415 |
T |
|
| Q |
337 |
ttttaaccactatttaatagagatttgtttataatttcctataaatattgcttcaaccataaccattcctcgcatc--------atttcaacattcaatt |
428 |
Q |
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|
|
| T |
43381416 |
ttttaaccactatttaatagagatttgtttataattttctataaatattacttcaaccataaccattcctcgcatcatttcattatttcaacattcagtt |
43381515 |
T |
|
| Q |
429 |
atagaattcaaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcatttataatttgtatccannnnnnnat-aaaaaatatttgtattagttttcttc------- |
520 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43381516 |
atagaattcaaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcatttataatttcaatccatttttttataaaaaaatatttgtattatttttcttcatagtgc |
43381615 |
T |
|
| Q |
521 |
------atagtgtctcatccttattctctaaatatcac--atttgtttctggttcttgactactctcagtttgcaatttatttaaacccattattttann |
612 |
Q |
| |
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|
| T |
43381616 |
ttataaatagtgtctcatctttattctctaaatatcacatatttgtttctggttcttgacta--ctcagtttgcaatttatttaaacccattatttta-t |
43381712 |
T |
|
| Q |
613 |
nnnnnnaatcctctttctatcgctatatttttatagtctttttgccnnnnnnnnttgatcaacttttcttctttggcaacagttgaagtatat |
705 |
Q |
| |
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|
|
| T |
43381713 |
ttttttaatcctctttctatctctatatttttatagtctttttgcc-aaaaaaattgatcaacttttcttctttagcaacagttgaaatatat |
43381804 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 89 - 373
Target Start/End: Original strand, 17471748 - 17472043
Alignment:
| Q |
89 |
ctcttcaggttgttagggagcatattttaaatcacgatcatattttcaatcacaaagatatgatatagtaaaaatcagttagatgaaaatcatagtctca |
188 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
17471748 |
ctcttcaggttgttagggagcatattttaaatcacgatcatattttcaatcacgaagatatgatatagtgaaaatcaattagttgaaaatcatagtctca |
17471847 |
T |
|
| Q |
189 |
aatgtaacaaggtaagtggattcaaatattttattttcttagattattgacggtgtcaacgtgttaatattggtttgaagtccgtgtttgtataaatgtt |
288 |
Q |
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| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||| |||||||| |
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| T |
17471848 |
agtgtaataaggtaagtggattcaaatattttattttcttagattattgacggtgtcgacgtgttagtattggtttgatgttcatgtttgtgtaaatgtt |
17471947 |
T |
|
| Q |
289 |
catagatgcgtgctgatcgttcttgcattagtatttatgtacagaaa-----------gttttaaccactatttaatagagatttgtttataattt |
373 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17471948 |
catagatatgtgatgatcgttcttgcattagtatttgtgtaaagaaacttcaatcatgcttttaagcactatttaatagagatttgtttataattt |
17472043 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 89 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 17581466 - 17581171
Alignment:
| Q |
89 |
ctcttcaggttgttagggagcatattttaaatcacgatcatattttcaatcacaaagatatgatatagtaaaaatcagttagatgaaaatcatagtctca |
188 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17581466 |
ctcttcaggttgttagggagcatattttaaatcacgatcatattttcaatcacgaagatatgatatagtgaaaatcaattagttgaaaatcatagtctca |
17581367 |
T |
|
| Q |
189 |
aatgtaacaaggtaagtggattcaaatattttattttcttagattattgacggtgtcaacgtgttaatattggtttgaagtccgtgtttgtataaatgtt |
288 |
Q |
| |
|
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17581366 |
agtgtaataaggtaagtggattcaaatattttattttcttagattattgacggtgtcgacgtgttagtattggtttgatgttcatgtttgtgtaaatgtt |
17581267 |
T |
|
| Q |
289 |
catagatgcgtgctgatcgttcttgcattagtatttatgtacagaaa-----------gttttaaccactatttaatagagatttgtttataattt |
373 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17581266 |
catagatatgtgatgatcgttcttgcattagtatttgtgtaaagaaacttcaatcatgcttttaagcactatttaatagagatttgtttataattt |
17581171 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 371 - 724
Target Start/End: Original strand, 17472083 - 17472455
Alignment:
| Q |
371 |
tttcctataaatattgcttcaaccataaccattcctcgcatcatttcaacattcaattatagaattcaaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcatt |
470 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17472083 |
tttcctataaatattactttaaccatcatcattcctcacatcatttcaacattcggttatagaat-caaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcatt |
17472181 |
T |
|
| Q |
471 |
tataatttgtatcca--nnnnnnnataaaaaatatttgtattagttttcttc-------------atagtgtctcatccttattctctaaatatcac--a |
553 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
17472182 |
tataatttgtatccattttttattaaaaaaaatattggtattatttttcttcatagtgcctataaatagtgtctcatccttattctctaaatatcacata |
17472281 |
T |
|
| Q |
554 |
tttgtttctggttcttgactactctcagtttgcaatttatttaaacccattattttannnnnnnnaatcctctttcta--tcgctatatttttatagtct |
651 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17472282 |
tttgtttttggttcttgactactatgagtttgcaatttatttaaatcaatt-tttatttttttttaatcctctttctatctctctatatttgtatagtct |
17472380 |
T |
|
| Q |
652 |
ttttgccnnnnnnnnttgatcaacttttcttctttggcaacagttgaagtatatatt---ggttgcgcttcgacca |
724 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17472381 |
ttttgcc-taactttttgttcaatttttcttctttagcaacagttgaaatatatattatgggttgctcttcgacca |
17472455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 371 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 17581131 - 17580759
Alignment:
| Q |
371 |
tttcctataaatattgcttcaaccataaccattcctcgcatcatttcaacattcaattatagaattcaaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcatt |
470 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17581131 |
tttcctataaatattactttaaccatcatcattcctcacatcatttcaacattcggttatagaat-caaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcatt |
17581033 |
T |
|
| Q |
471 |
tataatttgtatcca--nnnnnnnataaaaaatatttgtattagttttcttc-------------atagtgtctcatccttattctctaaatatcac--a |
553 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
17581032 |
tataatttgtatccattttttattaaaaaaaatattggtattatttttcttcatagtgcctataaatagtgtctcatccttattctctaaatatcacata |
17580933 |
T |
|
| Q |
554 |
tttgtttctggttcttgactactctcagtttgcaatttatttaaacccattattttannnnnnnnaatcctctttcta--tcgctatatttttatagtct |
651 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| |
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|
| T |
17580932 |
tttgtttttggttcttgactactatgagtttgcaatttatttaaatcaatt-tttatttttttttaatcctctttctatctctctatatttgtatagtct |
17580834 |
T |
|
| Q |
652 |
ttttgccnnnnnnnnttgatcaacttttcttctttggcaacagttgaagtatatatt---ggttgcgcttcgacca |
724 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17580833 |
ttttgcc-taactttttgttcaatttttcttctttagcaacagttgaaatatatattatgggttgctcttcgacca |
17580759 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 372 - 658
Target Start/End: Original strand, 18428317 - 18428616
Alignment:
| Q |
372 |
ttcctataaatattgcttcaaccataaccattcctcgcatcatttcaacattcaattatagaattcaaaattatttcaaaacaatcatgtttgttcattt |
471 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| ||||||| || | |||||||| || |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
18428317 |
ttccaataaatattacttcaactatcatcattcctcacaccatttcaacattatgtcatagaattcataattatttcaaaataatcatgttggttcgttt |
18428416 |
T |
|
| Q |
472 |
ataatttgtatccannnnnnnataaaaaatatttgtattagttttcttcatagtgtct------------catccttattctctaaatatcacat--ttg |
557 |
Q |
| |
|
||| ||| | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
18428417 |
atatttttttctccttcttttataaaaattatttgtattatttttcttcatagtgcctataaataggtatcatccttattctctaaatatcacatatttg |
18428516 |
T |
|
| Q |
558 |
tttctggttcttgactactctcagtttgcaatttatttaaacccattattttannnnnnnnaatcctctttctatcgctatatttttatagtctttttgc |
657 |
Q |
| |
|
||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
18428517 |
tttttggtccttgactactctgagtttgcaatttatttaaatccattatttt-tattttctaatcctctttctatctctatatttttatagtcgttttgc |
18428615 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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