View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1338_low_1 (Length: 488)

Name: NF1338_low_1
Description: NF1338
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1338_low_1
NF1338_low_1
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (7-480)||(9305527-9306000)
chr5 (7-473)||(9352056-9352518)
chr5 (8-430)||(9301910-9302326)
chr5 (23-430)||(9367149-9367548)
chr5 (7-473)||(9332328-9332805)
chr5 (7-430)||(9288558-9288961)
chr5 (235-435)||(9293287-9293487)
chr5 (237-430)||(9297896-9298089)
chr5 (237-430)||(9373067-9373260)
chr5 (7-168)||(9293087-9293247)
chr5 (8-395)||(9309552-9309939)
chr5 (7-178)||(9297694-9297867)
chr5 (7-103)||(9373374-9373470)
chr5 (8-395)||(9355958-9356347)
chr5 (113-395)||(9348588-9348870)
chr5 (16-63)||(9348910-9348957)
chr5 (437-473)||(9367095-9367131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 480
Target Start/End: Original strand, 9305527 - 9306000
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnn 106  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  9305527 tattcttgtggagttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgtactt 9305626  T
Q  107 nnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggat 206  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305627 tttttcttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggat 9305726  T
Q  207 aattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305727 aattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaata 9305826  T
Q  307 tggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9305827 tggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattttgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggt 9305926  T
Q  407 tcatgatgaatatagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctccctatgct 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305927 tcatgatgaatatagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctccctatgct 9306000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 7 - 473
Target Start/End: Original strand, 9352056 - 9352518
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnn 106  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||       
T  9352056 tattcttgtggagttgggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatgatacttggtgtttgccatatttgtctttaatttgttgtgtgttatt 9352155  T
Q  107 nnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtgg 204  Q
          |||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  9352156 tttcttttctaagat---tgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgaatctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttg 9352252  T
Q  205 ataattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||| ||    
T  9352253 ataattattaaattcatatgataatgaaatt-aataaaataaacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatgattt--cctttaaa 9352349  T
Q  305 tatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgag 404  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9352350 tatggtaagcttgttacatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgag 9352449  T
Q  405 gttcatgatgaatatagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9352450 gttcatgatgaatatagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc 9352518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 8 - 430
Target Start/End: Original strand, 9301910 - 9302326
Alignment:
Q  8 attcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatattt----ctcttt-aatttgttgtttgt 102  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     |||||| |||||||| ||| |    
T  9301910 attctagtggagtttggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatcttaactgctcttttaatttgttcttttt 9302009  T
Q  103 tcnnnnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactc--tatttatataagatgtattcatcatattgattg 200  Q
    |        ||||||||||| ||| ||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9302010 t------ttcttctaagatagttgaaaagctagaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattg 9302103  T
Q  201 gtggataattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctt 300  Q
    || ||||||| ||||||| |||| |||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||    
T  9302104 gttgataattgttaaattgatataataatga-aattaataaaatatgcagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgca-ggatttccctt 9302201  T
Q  301 tgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagta 400  Q
    | |||||||||||||||||  ||||     ||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9302202 taaatatggtaagcttgtttgatgt-----caacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtt 9302296  T
Q  401 tgaggttcatgatgaatatagctggcatgt 430  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9302297 tgaggtgcatgatgaatatagctggcatgt 9302326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 9367548 - 9367149
Alignment:
Q  23 ggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnnnnnnncttctaagata 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||       |||||||||||    
T  9367548 ggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaaattatagtttgttctttttttcttctaagata 9367449  T
Q  123 attgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattca 220  Q
    ||| |||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9367448 attataaagctctaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactctctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgagaattattaaattca 9367349  T
Q  221 tatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgtta 320  Q
    |||||||||||   ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9367348 tatgataatga-aattaataaaatatgaagcacttgtcggtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatg-attcccctttgaatatggtaagcttgtta 9367251  T
Q  321 catgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatata 420  Q
     |||||   |||||||||||||| | | |||||||  ||||||| || ||||||        |||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||    
T  9367250 gatgttttcccaacattgtgaatatttgaatgatatagcatgtgttaatctgca--------atgatattaaaatgagtttgaggtgcacgatgaatata 9367159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 473
Target Start/End: Original strand, 9332328 - 9332805
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnn 106  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||       
T  9332328 tattcttgtggagttgggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatgatacttggtgtttgccatatttttctttaatttgctgtgtgttatt 9332427  T
Q  107 nnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtgg 204  Q
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  9332428 tttcttttctaagataattgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgatgctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttg 9332527  T
Q  205 ataattattaaattcatatgataatgat-ttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttga 303  Q
    ||||||||| ||||||||| || || ||   || ||||||||| ||| |||||||  ||||||| |||||||||||| ||||  ||| |||||| |||||    
T  9332528 ataattatttaattcatataat-ataataagttgataaaatatgcagtacttgttgatgatggtttagagcatgtggtgcctgtatg-atttccttttga 9332625  T
Q  304 atatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatga 403  Q
    |||| |||| ||||||| |||||   ||| |||||||||| | | |||| ||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||    
T  9332626 atatagtaaccttgttagatgttttcccagcattgtgaatatgtgaatggtatcgcatgtggtattatgcaagatgc-tatgatattaaaatgaatttga 9332724  T
Q  404 ggttcatgatgaatatagctggcatgtttt-----------cagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc 473  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||           || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9332725 gatgcatgatgaatatagctggcatgtcttcctagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc 9332805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 430
Target Start/End: Original strand, 9288558 - 9288961
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnn 106  Q
    |||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  9288558 tattcttgaggtgttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttc-- 9288655  T
Q  107 nnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctat--ttatataagatgtattcatcatattgattggtgg 204  Q
          ||         ||||||||||  |||||||  | || ||||||||  ||||||||| |  ||||||||||  || |||| |||||| |||        
T  9288656 ------tt---------ttgtaaagctcgatgtttgcttgatattaccaagtgcttgactctctctttatataagagctaatcatgatattggttg---- 9288736  T
Q  205 ataattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaa 304  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||  |  || ||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||    
T  9288737 ataattattatgttcatataataacaaaatt-aataaaatagacagcagttgttaaggatggtgtagagcatgtggtgcctacataaattgccatttgaa 9288835  T
Q  305 tatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatga 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||    
T  9288836 tatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgagaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgc-tatgaatattgaaatgagtttga 9288934  T
Q  404 ggttcatgatgaatatagctggcatgt 430  Q
    | | |||||||||||||||||||||||    
T  9288935 gatgcatgatgaatatagctggcatgt 9288961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 235 - 435
Target Start/End: Original strand, 9293287 - 9293487
Alignment:
Q  235 ttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac 334  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293287 ttaataaaatagacagcagttgttaatgatggtgtagagcatgtggtgcctacatgaattgccatttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac 9293386  T
Q  335 attgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgtttt 433  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  9293387 attgtgaatttattaatgagactgcatgtgttattctgctagatgc-tatgaatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggcatgtctt 9293485  T
Q  434 ca 435  Q
    ||    
T  9293486 ca 9293487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Original strand, 9297896 - 9298089
Alignment:
Q  237 aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat 336  Q
    |||||||||| ||||| ||||||  |||||||| |||||||||| | | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9297896 aataaaatatgcagcagttgttaaggatggtgttgagcatgtggtgtcaatatggatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat 9297995  T
Q  337 tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt 430  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  9297996 tgtgaatatattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgcttatgatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctgccatgt 9298089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 9373260 - 9373067
Alignment:
Q  237 aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat 336  Q
    ||||||||| |  ||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373260 aataaaatagagggcagttgttaatgatggagtagagcatgtggtgcctacatgaattttcctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat 9373161  T
Q  337 tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  9373160 tgtgaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgc-catgaatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctggcatgt 9373067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 168
Target Start/End: Original strand, 9293087 - 9293247
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnn 106  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  9293087 tattcttgtggagttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacgtggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgtt-at 9293185  T
Q  107 nnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactct 168  Q
         |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9293186 tttttcttctaagataattgtaaagcttaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgactct 9293247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9309939 - 9309552
Alignment:
Q  8 attcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccat----atttctctttaatttgttgtttgtt 103  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||| |||    ||||||| |||||||||||||||||    
T  9309939 attctagtggagcttggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtatttg---cttgacatcttaatttctccttaatttgttgtttgtt 9309843  T
Q  104 -cnnnnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggt 202  Q
     |        |||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| || ||||||| |||||||||||   |||||| ||    ||||||    
T  9309842 tcttttttagttctaagaaaattgtaaagctcaatgtttgtgtggtgttcccaagttcctgactctctttatataagagccattcatgatcgatattggt 9309743  T
Q  203 ggataattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttg 302  Q
     | | |||||||| ||||||| ||||  |  || |||||||||   | ||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  9309742 tgctgattattaatttcatataataagtaaatt-aataaaatagttatcacttgttaatcatggtttagagcatgtggtgcctgcatggatttccctttg 9309644  T
Q  303 aatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat 395  Q
    |||||||||||||||| | |  |    |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  9309643 aatatggtaagcttgtcatacctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaat 9309552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 178
Target Start/End: Original strand, 9297694 - 9297867
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgt--tc 104  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |     
T  9297694 tattcttgtggagttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtacttgttgcttgccatatttctctttaaattgtagtttgttatt 9297793  T
Q  105 nnnnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataa 178  Q
           |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||  ||||||||| |||||||||    
T  9297794 tttttttcttctaagataattgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaacaagtgcttgactctctttatataa 9297867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 7 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 9373470 - 9373374
Alignment:
Q  7 tattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgtt 103  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9373470 tattcttgtggagttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtacttgttgcttgccatatttctctttaatctgttgtttgtt 9373374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9356347 - 9355958
Alignment:
Q  8 attcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccat----atttctctttaatttgttgtttg-t 102  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||    |||||||||||    ||| ||||||||||||||||||| |    
T  9356347 attcttgtggagcttggatgggattgagaaggaaagctatttgagcgaacatggta---tttgcttgccatcttaattgctctttaatttgttgtttgtt 9356251  T
Q  103 tcnnnnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattg 200  Q
    ||        |||||||| ||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||  | |||  |||| |||||||||||   |||||| ||    ||||    
T  9356250 tcttttttagttctaagaaaatggtaaagctcaatgtttgtgtggtgttaccaagtgcctgactctctctttatataagagccattcatgattgatattg 9356151  T
Q  201 gtggataattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctt 300  Q
    || | | |||||||| ||||||| |||| ||   || ||||||||   | ||||||||| | ||||| |||||||||||  | || ||||||||||| ||    
T  9356150 gttgctgattattaatttcatataataagga-aattgataaaataggtatcacttgttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatt 9356052  T
Q  301 tgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat 395  Q
    ||||||||||||| |||| | || |    |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  9356051 tgaatatggtaaggttgtcatatctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaat 9355958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 113 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9348870 - 9348588
Alignment:
Q  113 ttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctat--ttatataagatgtattcatcatattgattggtggataatt 210  Q
    |||||||| | | |||||||| |||||||||||| |||||||||| || | ||||| |  |||||||||||  |||||| ||    |||||| | | |||    
T  9348870 ttctaagaaattggtaaagctcaatgtttgtgttgtgttaccaagttccttactctctctttatataagatccattcatgattgatattggtagctgatt 9348771  T
Q  211 attaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggt 310  Q
    |||||  |||||| |||| ||  || | |||||||   | ||||||||| | ||||| |||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||    
T  9348770 attaatctcatataataaggaaattga-taaaataggtatcacttgttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggt 9348672  T
Q  311 aagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat 395  Q
    ||| |||| | || |    |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  9348671 aaggttgtcatatctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tatgatattgaaat 9348588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 9348957 - 9348910
Alignment:
Q  16 ggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggta 63  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9348957 ggagcttggatgagattgagaaggaaaactatttgagcgaacatggta 9348910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 437 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 9367131 - 9367095
Alignment:
Q  437 ttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc 473  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9367131 ttagaaaacctcattagtcaccaattagcttgcctcc 9367095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University