View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13391_low_3 (Length: 941)

Name: NF13391_low_3
Description: NF13391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13391_low_3
NF13391_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-922)||(41422138-41423051)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 818; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 818; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 41423051 - 41422138
Alignment:
Q  11 catcatcaaaggcatcaagtataagatttctgtaatacaagcttgaagttgatccattaatacaatgagaacttgtttctgatgcaaaatcatctgaaaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41423051 catcatcaaaggcatcaagtataagatttctgtaatacaagcttgaagttgatccattaatacaatgagaacttgtttctgatgcaaaatcatctgaaaa 41422952  T
Q  111 aatcacagctttatctgccaaataagtgtcatctgaggcactacaagtcttaagaaacaaccctgaaattaaagatgataaactattaaacccatgttcc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422951 aatcacagctttatctgccaaataagtgtcatctgaggcactacaagtcttaagaaacaaccctgaaattaaagatgataaactattaaacccatgttcc 41422852  T
Q  211 acattctctttaacattttagttggnnnnnnnnnca------caccaattaagttcaaatatcagctcaaaaaatcctcgattagactttacttacctcg 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||          |      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422851 acattctctttaacattttagttggaaaaaaaaaaaaaaaaacaccaattaagttcaaatatcagctcaaaaaatcctcgattagactttacttacctcg 41422752  T
Q  305 aggtcaaactccggattatcagggtcgtttccctgagaaccggagtgttaa-gacaaaaataagtactaaattaaccatgactttagattttatgcaaaa 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||    
T  41422751 aggtcaaactccggattatcagggtcgtttcc-tgagaaccggagtgttaaagacaaaaataagtactaaattaaccatga-----gattttatgcaaaa 41422658  T
Q  404 acacacacaaattaaaaagcttatatgagaatctaattagctttt-agttacctctgcggcacttgaacttaggagagtatctaactccaaatttgtgcc 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422657 acacacacaaattaaaaagcttatatgagaatctaattagctttttagttacctctgcggcacttgaacttaggagagtatctaactccaaatttgtgcc 41422558  T
Q  503 taaaacttgtgaacaaagtggaagaaaattttccaacttcaaatgtggacaaagaattggaagagagagatttcacctccatcttgatcactgacactat 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422557 taaaacttgtgaacaaagtggaagaaaattttccaacttcaaatgtggacaaagaattggaagagagagatttcacctccatcttgatcactgacactat 41422458  T
Q  603 ttaccacaattttagtctccaatgagagatcacaatactatgtgaggggaaactataaagcagagaatcttcactaaaatcaaggcaaccttagcatgta 702  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422457 ttaccacaatttcagtctccaatgagagatcacaatactatgtgaggggaaactataaagcagagaatcttcactaaaatcaaggcaaccttagcatgta 41422358  T
Q  703 tcgaactatacttgactaaagaaacatcatggtcatgtcatgtgattcatgattttttagtgtagtatatgcgtttcatatatatcatattatgcttttg 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422357 tcgaactatacttgactaaagaaacatcatggtcatgtcatgtgattcatgattttttagtgtagtatatgcgtttcatatatatcatattatgcttttg 41422258  T
Q  803 agttaaaaatctagataatccaattaggcacaaacaagaccatatgtgataatgctatttgacacgtagggacaagtgatattaaatcacgagtagtggc 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41422257 agttaaaaatctagataatccaattaggcacaaacaagaccatatgtgataatgctatttgacacgtagggacaagtgatattaaatcacgagtagtggc 41422158  T
Q  903 aaaacttggcttgttggaaa 922  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  41422157 aaaacttggcttgttggaaa 41422138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University