View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13395_low_1 (Length: 1067)
Name: NF13395_low_1
Description: NF13395
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13395_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 944; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 944; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1049
Target Start/End: Original strand, 3700766 - 3701814
Alignment:
| Q |
1 |
aaaatcaatatcctcttgatcgtcactgccgctgctctcactggaagactcccagtctgaatcagtcatctgagcttccatcaactatatgcctgtcata |
100 |
Q |
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| T |
3700766 |
aaaatcaatatcctcttgatcgtcactgccgctgctctcactggaagactcccagtctgaatcagtcatctgagcttccatcaactatatgcctgtcata |
3700865 |
T |
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| Q |
101 |
atttgtcacagttaacatcaatgctacaagaaaataacttcaagacacaataaaagtaggaaataatagtattgttaggaagtgaaatctcaacaaatcc |
200 |
Q |
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| T |
3700866 |
atttgtcacagttaacatcaatgctacaagaaaataacttcaagacacaataaaagtaggaaataatagtattgttaggaagtgaaatctcaacaaatcc |
3700965 |
T |
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| Q |
201 |
ttaaaggaatattccaaataaataaggattcaagaagatccttacctttccaagctagtagaaacattaaacaccagagtccgtatgtattgcaatcaac |
300 |
Q |
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| T |
3700966 |
ttaaaggaatattccaaataaataaggattcaagaagatccttacctttccaagctagtagaaacattaaacaccagagtccgtatgtattgcaatcaac |
3701065 |
T |
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| Q |
301 |
aacggatgagtcgatactgacttcagaggatattctgtatataatacaaaatgtgtctgattgatacctatgcttgtcacagatacaaagccagtttctt |
400 |
Q |
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| T |
3701066 |
aacggatgagtcgataccaacttcagaggatattctgtatataatacaaaatgtgtctgattgatacctatgcttgtcacagatacaaagccagtttctt |
3701165 |
T |
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| Q |
401 |
gaaaagaaagaataccttcaccactgaaactg-aaaattaaatgccaaaggagatttgcccaacaggacagggataactggagtctattacgactccgaa |
499 |
Q |
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| T |
3701166 |
gaaaagaaagaataccttcaccactgaaactgaaaaattaaatgccaaaggagatttgcccaacaggacagggataactggagtctattatgactccgaa |
3701265 |
T |
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| Q |
500 |
ttgccaaaggagatttgcccagtttgcactggaatttccacagaaagaaactagagagaggtttgcaaaactagtatcaaggagctacaactatcaga-n |
598 |
Q |
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| T |
3701266 |
ttgccaaaggagatttgcccagtttgcactggaatttacacagaaagaaact--agagaggtttgcaaaactagtatcaaggagctacaactatcagatt |
3701363 |
T |
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| Q |
599 |
nnnnnnnnnnnnnnnggaaggagactttaaacaaggttgaggaaaccgactaagataatcagaagatgccaaaggagatttgtcctagtgaaagtgtgga |
698 |
Q |
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| T |
3701364 |
tttttgtgattttttggaaggagactttaaacaaggttgaggaaaccgactaagataatcaaaagatgccaaaggagatttgtcctagtgaaagtgtgga |
3701463 |
T |
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| Q |
699 |
attactttagaaaggagatactttcatagaagatgaaaactactattttgatatgctaagaatcaacacaaagaaaattaagtaacttttgccaaaggag |
798 |
Q |
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| T |
3701464 |
ataactttagaaaggtgatactttcatagaagatgaaaactactattttgatatgctaagaatcaacacaaagaaaattaagtaacttttgccaaaggag |
3701563 |
T |
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| Q |
799 |
atttgcccgatacagctgaatcttcaaacataagtaatttccagatagtagttaacaaatttgcctcttccaagattgagactcagaaactatattgcca |
898 |
Q |
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| T |
3701564 |
atttgcccgatacagctgaatcttcaaacataagtaatttccagatagtagttaacaaatttgcctcttccaagattgagactcagaaactatattgcca |
3701663 |
T |
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| Q |
899 |
aaggagatttgccccacggtgaagctaaacactctaccagatctatctggtattaagggagattgatcgatatcaagaatcaacaaaattttgaagttga |
998 |
Q |
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| T |
3701664 |
aaggagatttgccccacggtgaagctaaacactctaccagatctatctggtattaagggagattgatcgatatccagaatcaacaaaattttgaagttga |
3701763 |
T |
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| Q |
999 |
aatcaagaatatcatcagaaaacaaatcaaacatatactttctgacagaac |
1049 |
Q |
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| T |
3701764 |
aatcaagaatatcatcagaaaacaaatcaaacatatactttctgacagaac |
3701814 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 6602780 - 6602194
Alignment:
| Q |
1 |
aaaatcaatatcctcttgatcgtcactgccgctgctctcactggaagactcccagtctgaatcagtcatctgagcttccatcaactatatgcctgtcata |
100 |
Q |
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|
| T |
6602780 |
aaaatcaatatcctcttgatcatcagtgccgctactctcactggaagactcccagtcagaatcagtcatctgagcttccatcaactatatgcctgtcata |
6602681 |
T |
|
| Q |
101 |
atttg--tcacagttaacatcaatgctacaagaaaataacttcaagacacaataaaagtaggaaataatagtattgttaggaagtgaaatctcaacaaat |
198 |
Q |
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| T |
6602680 |
atttgcgtcatagttaacatcagtgctacaagaaaataacttcaagacacaataaaagtaggaaattatagtattgttcggaagcaaaatctcaacaaat |
6602581 |
T |
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| Q |
199 |
ccttaaaggaatattccaaataaataaggattcaagaagatccttacctttccaagctagtagaaacattaaacaccagagtccgtatgtattgcaatca |
298 |
Q |
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| T |
6602580 |
ccgtaaaggaatattaacgataaataaggattcaagaagatatttacctttccaagctaatagaaacattaaacaccagagtccgtatgtattgcaatca |
6602481 |
T |
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| Q |
299 |
acaacggatgagtcgatactgacttcagaggatattctgtatataatacaaaatgtgtctgattgatacctatgcttgtcacagatacaaagccagtttc |
398 |
Q |
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| T |
6602480 |
acaacggatgagtcgatactgacttcagaggatatt-tgtatacaatacaaaatgtgtctaattgatacctatgcttgtcacagatacaaagccagtttc |
6602382 |
T |
|
| Q |
399 |
ttgaaaagaaagaataccttcaccactgaaactgaaaattaaatgccaaaggagatttgcccaacaggacagggataactggagtctattacgactccga |
498 |
Q |
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| T |
6602381 |
ttaaaaaggaagaataccttcacc------actgaaaattaaatgccaaaggagatttgcccgaaaggacagggataactggagtctattacgactctga |
6602288 |
T |
|
| Q |
499 |
attgccaaaggagatttgcccagtttgcactggaatttccacagaaagaaactagagagaggtttgcaaaactagtatcaaggagctacaactatc |
594 |
Q |
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| T |
6602287 |
attgccaaaggagatttgcccagtttgcactggaatttccacagaaagaaact--agagaggtttgcaaaactagtatcaaggagctacaactatc |
6602194 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 614 - 1048
Target Start/End: Complemental strand, 6602162 - 6601730
Alignment:
| Q |
614 |
ggaaggagactttaaacaaggttgaggaaaccgactaagataatcagaagatgccaaaggagatttgtcctagtgaaagtgtggaattactttagaaagg |
713 |
Q |
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| T |
6602162 |
ggaaggaaaatttaaacaagttggaggaaaccgactaagataatcaaaagatgccaaaggagatttttcctagtgaaagtgcggaataactttagaaagg |
6602063 |
T |
|
| Q |
714 |
agatactttcatagaagatgaaaactactattttgatatgctaagaatcaacacaaagaaaattaagtaacttttgccaaaggagatttgcccgatacag |
813 |
Q |
| |
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| T |
6602062 |
tgatactttcatagaagatgaaaactactattttgatatgctaagaatcaacaca--gaaaattaagtaacttttgccaaaggagatttgcccgatacag |
6601965 |
T |
|
| Q |
814 |
ctgaatcttcaaacataagtaatttccagatagtagttaacaaatttgcctcttccaagattgagactcagaaactatattgccaaaggagatttgcccc |
913 |
Q |
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| T |
6601964 |
gtgaatcttcaaacataagtaatttccagatactagttaacaaatttgcctcttccaagattgagactcagaaactatattgccaaatgagatttgcccc |
6601865 |
T |
|
| Q |
914 |
acggtgaagctaaacactctaccagatctatctggtattaagggagattgatcgatatcaagaatcaacaaaattttgaagttgaaatcaagaatatcat |
1013 |
Q |
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| T |
6601864 |
acggtgaagctaaacactctaccagatctatctggtattaagggagattgattgatatccagaatcaacaaagttttgaagttgaaatcaagaatatcat |
6601765 |
T |
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| Q |
1014 |
cagaaaacaaatcaaacatatactttctgacagaa |
1048 |
Q |
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| T |
6601764 |
cagaaaacagatcaaacatatactttctgacagaa |
6601730 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 35439972 - 35439875
Alignment:
| Q |
1 |
aaaatcaatatcctcttgatcgtcactgccgctgctctcactggaagactcccagtctgaatcagtcatctgagcttccatcaactatatgcctgtca |
98 |
Q |
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| T |
35439972 |
aaaatcaatttcttcttgatcctcactactgctgctgtcactggaagtctcccattccgaatcactactcatagcatccatcaattatatgcctgtca |
35439875 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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