View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13396_low_5 (Length: 432)

Name: NF13396_low_5
Description: NF13396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13396_low_5
NF13396_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-425)||(53146147-53146553)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (25-401)||(5532282-5532658)
chr4 (46-407)||(5921369-5921730)
chr4 (25-407)||(5934829-5935211)
chr4 (19-407)||(38177153-38177541)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-404)||(45452574-45452960)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (73-398)||(34841399-34841724)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-407)||(11732009-11732397)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (196-407)||(45320229-45320440)
chr8 (58-401)||(40916443-40916786)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 53146553 - 53146147
Alignment:
Q  19 atttctgcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccac 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146553 atttccgcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccac 53146454  T
Q  119 gtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtggga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146453 gtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtggga 53146354  T
Q  219 cgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146353 cgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaa 53146254  T
Q  319 caaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146253 caaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttga 53146154  T
Q  419 tgatgtc 425  Q
     ||||||    
T  53146153 agatgtc 53146147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 401
Target Start/End: Original strand, 5532282 - 5532658
Alignment:
Q  25 gcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttc 124  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  5532282 gcaactatgtctggtgtcacctgttgtttgaggttccctggtcagctgaactctgatcttaggaagcttgctgtgaatctcattccattcccgcgtcttc 5532381  T
Q  125 acttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaa 224  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| || ||||||||     | || | |||||| || || ||||||||||||||||| |||||    
T  5532382 actttttcatggtgggatttgctcctttgacttcccgtggctcccagcagtacaggactctaagtgtccctgagctcactcaacaaatgtgggatgccaa 5532481  T
Q  225 gaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatc 324  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  5532482 gaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagccatgtttagaggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatg 5532581  T
Q  325 atcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatat 401  Q
    || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  5532582 atgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtctactgtctgtgatat 5532658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 5921730 - 5921369
Alignment:
Q  46 tgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttg 145  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||  | ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||    
T  5921730 tgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttg 5921631  T
Q  146 cacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctga 245  Q
    ||||| | |||||  | || |||||||||||     |  | | ||| || || || ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||    
T  5921630 cacctttgacttcaagaggttctcagcagtaccgtgctttgagtgtaccagagctcactcagcaaatgtgggattccaagaatatgatgtgtgctgccga 5921531  T
Q  246 ccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaat 345  Q
    |||| |||| || |||||| | |||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  5921530 ccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaac 5921431  T
Q  346 tcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 407  Q
    || || ||||| || ||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| |||||    
T  5921430 tcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccacc 5921369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 25 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 5935211 - 5934829
Alignment:
Q  25 gcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttc 124  Q
    |||||||||  ||| || || |||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| || || |||||| | |||||||| || || |    
T  5935211 gcaactatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctgaactccgatcttaggaagcttgcagtgaatctggttccattccctcgcctcc 5935112  T
Q  125 acttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaa 224  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||| | |||||  | || |||||||||||     |  | | ||| || ||  | || || |||||||||||  ||||    
T  5935111 actttttcatgttagggtttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtacagggctttgagtgttccagagatcacacagcaaatgtgggattccaa 5935012  T
Q  225 gaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatc 324  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||| || || ||| | |||||||| || || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||     
T  5935011 gaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacggtacctcactgcatcagccatcttcagaggcaagatgagcacaaaggaagttgatgaacaaatg 5934912  T
Q  325 atcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 407  Q
    |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| |||||    
T  5934911 atcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccacc 5934829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 38177541 - 38177153
Alignment:
Q  19 atttctgcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccac 118  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  | || ||||| ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| |    
T  38177541 atttctgctaccatgagtggagttacttgttgtctacgtttccctgggcagctgaactctgatcttagaaagcttgctgtcaaccttatcccattccctc 38177442  T
Q  119 gtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtggga 218  Q
    |||| || || ||||||||||||||||||||  | || ||  | || || || |||||      | |  |||| || ||| ||||||| || ||||||||    
T  38177441 gtctccatttctttatggttgggtttgcacccttgacatcaagaggatcccaacagtaccgcaacttgtctgtgcctgaattgactcagcagatgtggga 38177342  T
Q  219 cgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaa 318  Q
     || |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || ||     
T  38177341 tgctaagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgag 38177242  T
Q  319 caaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 407  Q
    || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||    
T  38177241 cagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccacc 38177153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 45452960 - 45452574
Alignment:
Q  18 aatttctgcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattccca 117  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  | || ||||| ||||||||||| |||||  | ||  |||| |||||||| || || |||||     
T  45452960 aatttctgccacaatgagtggtgttacatgttgtcttcgattccctggtcaattgaactcagatcttcgcaaattggcagtcaatctcattcctttccct 45452861  T
Q  118 cgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtggg 217  Q
    ||| | || || || ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||   | | |||||||| || || ||||| || || |||||||    
T  45452860 cgtttgcatttcttcatggtgggatttgccccactcacttctcgtggttcacagcagtacagagctcttactgtacctgagctgacccagcagatgtggg 45452761  T
Q  218 acgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatga 317  Q
    |  | ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |||||| | || |||||||||||||| |||||||||||    
T  45452760 attcaaagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggttgatga 45452661  T
Q  318 acaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatccc 404  Q
     || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||    
T  45452660 gcagatgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtgatatccc 45452574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 73 - 398
Target Start/End: Original strand, 34841399 - 34841724
Alignment:
Q  73 aactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagc 172  Q
    |||||||||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||    
T  34841399 aactctgatctccggaaactggcagtgaatctcatcccattccctcgcctgcacttcttcatggttggttttgctcctcttacatcccgtggctctcagc 34841498  T
Q  173 agtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgc 272  Q
    | ||     |  | ||||| || ||||| || || || ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | |||||    
T  34841499 aataccgtgcattgactgttccagaactcacccagcagatgtgggattccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatggtcgatacctcactgc 34841598  T
Q  273 atctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattccc 372  Q
     ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  34841599 gtctgccatgttcaggggtaagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatcccc 34841698  T
Q  373 aacaatgtgaagtctagtgtgtgtga 398  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||    
T  34841699 aacaatgttaagtcaagtgtttgtga 34841724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 11732397 - 11732009
Alignment:
Q  19 atttctgcaactatgagtggggttacctgttgtctgaggtttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccac 118  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  | || ||||||||| |||||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  11732397 atttctgccaccatgagtggagttacttgttgtctacgtttccctggacaactgaactctgatcttcgtaagcttgctgtcaatcttatcccattccctc 11732298  T
Q  119 gtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtggga 218  Q
    | || || || || |||||||||||||||||  | || ||  | || || ||||| |||    |  | ||||| || ||| ||||||| || ||||||||    
T  11732297 ggctccatttcttcatggttgggtttgcacccttgacatcaagaggatcccagcaatatcgtgctttgactgtaccagaattgactcagcagatgtggga 11732198  T
Q  219 cgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaa 318  Q
      | ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| ||||||||| | || ||||||||||| || || || |||||     
T  11732197 ttcaaagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttccgtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgag 11732098  T
Q  319 caaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 407  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||    
T  11732097 cagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccacc 11732009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 196 - 407
Target Start/End: Original strand, 45320229 - 45320440
Alignment:
Q  196 gaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaaga 295  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| || || ||||| || || ||  |||| ||||| || |    
T  45320229 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 45320328  T
Q  296 tgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtg 395  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  45320329 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 45320428  T
Q  396 tgatatcccacc 407  Q
    |||| |||||||    
T  45320429 tgatgtcccacc 45320440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 58 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 40916786 - 40916443
Alignment:
Q  58 tttcctggacaattgaactctgatctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcactt 157  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||| |||||  | || || || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||  | || |    
T  40916786 tttcctggccaactcaactctgatcttaggaaattagcagttaacctcatccctttcccacgtctacactttttcatggttggttttgctcccttaacat 40916687  T
Q  158 ctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatgg 257  Q
    |  | || ||||| |||||    ||||| ||  | || ||||| || || ||||||||||| || |  || ||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  40916686 caaggggttctcaacagtacagttccctcaccattccagaactcacacagcaaatgtgggatgcaagaaacatgatgtgtgctgctgatccaagacatgg 40916587  T
Q  258 tcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatacttt 357  Q
    | | ||  |||| || || ||||||||| | || || |||||||| ||||| |||||| |||| || || ||||| ||||||||||| || || ||||||    
T  40916586 taggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaagaagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttacttt 40916487  T
Q  358 gttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatat 401  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40916486 gtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttgtgatat 40916443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University