View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13398_low_10 (Length: 313)

Name: NF13398_low_10
Description: NF13398
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13398_low_10
NF13398_low_10
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (18-299)||(10565012-10565293)
chr5 (17-299)||(10604736-10605018)
chr5 (18-299)||(11048600-11048881)
chr5 (27-299)||(10740642-10740914)
chr5 (18-299)||(10216692-10216973)
chr5 (19-299)||(10763076-10763356)
chr5 (21-299)||(10716883-10717161)
chr5 (19-299)||(10611696-10611976)
chr5 (22-258)||(10580993-10581228)
chr5 (19-299)||(10746958-10747238)
chr5 (19-299)||(10588373-10588653)
chr5 (19-299)||(19605808-19606088)
chr5 (19-299)||(10558888-10559168)
chr5 (27-299)||(7192999-7193271)
chr5 (22-299)||(9836271-9836548)
chr5 (197-299)||(10660028-10660130)
chr5 (187-299)||(10652145-10652257)
chr5 (19-118)||(9825086-9825186)
chr5 (18-118)||(10660209-10660309)
chr5 (27-118)||(10550778-10550869)
chr5 (19-110)||(9850832-9850924)
chr5 (18-118)||(10652326-10652426)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (18-299)||(12899555-12899836)
chr6 (18-299)||(12948629-12948910)
chr6 (18-299)||(12932264-12932545)
chr6 (18-299)||(12907175-12907456)
chr6 (18-299)||(12958063-12958344)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (18-299)||(7278-7559)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-299)||(17923346-17923627)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (235-299)||(39875835-39875899)
chr1 (235-299)||(39883958-39884022)
chr1 (235-299)||(39890912-39890976)
chr1 (72-117)||(39898820-39898865)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (232-299)||(28605822-28605889)
chr8 (19-121)||(28605612-28605714)
chr8 (70-119)||(27724179-27724228)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (30-103)||(31467301-31467374)
chr3 (177-299)||(31467105-31467227)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 10565012 - 10565293
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565012 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 10565111  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565112 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacattattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 10565211  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565212 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 10565293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 299
Target Start/End: Original strand, 10604736 - 10605018
Alignment:
Q  17 agttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcat 116  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10604736 agttttaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcat 10604835  T
Q  117 cctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagag 216  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| | | |||||  |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  10604836 cctgagattttaaatgcagagcctccaacaacgttggaccttggtaaaagatttaacatcatttttgatgttgcttctgcattgcattatcttcatcaag 10604935  T
Q  217 aatgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10604936 aatgtgagcaattagtcattcattgtgatctaaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgctcatgtgagtgat 10605018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 11048881 - 11048600
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  11048881 gttttaacctgttgttctagtacagattacaaaggtgaagaatttaaagcactagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatc 11048782  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||||||||||| |||| |  |||| |||||||||| ||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  11048781 ctgagattttaaattcagagcatccaaaaacattggaccttggtgataggttaaacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatctgcatcaaga 11048682  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11048681 atgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcatgtgagtgat 11048600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 27 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10740914 - 10740642
Alignment:
Q  27 tgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctgagattt 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10740914 tgttgttctagtacagattacaaaggtcaaacttttaaagctcttgtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcttgagattt 10740815  T
Q  127 taaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgtgaaga 226  Q
    |||||||||| |  |||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||   |||||||||| |    
T  10740814 taaatgcagatcatccaagaacattggaccttggtcatagattaaacatcatgaacgatgtcgccactgcattacattatcttcaccaagaatgtgaaca 10740715  T
Q  227 attggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10740714 attggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 10740642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10216973 - 10216692
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10216973 gttttaacatgttgttctagtacaaactacaaaggtcaagaatttaaagctctagttttttattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatc 10216874  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||||||||||| |||| |  |||| |||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||    
T  10216873 ctgagattttaaattcagagcatccaaaaacattggaccttggtcataggttaaacatcattatcgatgttgcttcggcattacattatctgcatcaaga 10216774  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  10216773 atgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagcaatgttcttctgaatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 10216692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10763356 - 10763076
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||    
T  10763356 ttttaacatgttgttctagtactgattataaaggtcaagaatttaaagctctggtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacgatggctgcaccc 10763257  T
Q  119 tgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaa 218  Q
    |  || ||||||||||||  | ||||||||||||||  ||| ||| ||| |  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10763256 taggaatttaaatgcagagactccaacaacattggatcttgatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaa 10763157  T
Q  219 tgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10763156 tgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 10763076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10717161 - 10716883
Alignment:
Q  21 ttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctg 120  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  10717161 ttaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaaacttttaaagctctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcttg 10717062  T
Q  121 agattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatg 220  Q
    |||||||||||||||| |  |||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||   ||||||    
T  10717061 agattttaaatgcagatcatccaagaacattggaccttggtcatagattaaacatcatgatcgatgtcgccactgcattacattatcttcaccaagaatg 10716962  T
Q  221 tgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  10716961 tgaacaattaatcattcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgactgat 10716883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Original strand, 10611696 - 10611976
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10611696 ttttaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagccctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcc 10611795  T
Q  119 tgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaa 218  Q
      || ||||||||| ||| |   || ||||||||||| |   |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  10611796 caaggttttaaatgaagagcatacagcaacattggacctcagtcatagattaaacatcattatggatgttggttctgcattacattatcttcataatgaa 10611895  T
Q  219 tgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  10611896 tgtgagcaattggtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgcacatgtgagtgat 10611976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 22 - 258
Target Start/End: Original strand, 10580993 - 10581228
Alignment:
Q  22 taacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctga 121  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  10580993 taacatgttgttctagtacaaattacaaaggccaagaatttaaagctttagttttttattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcctca 10581092  T
Q  122 gattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgt 221  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10581093 gattt-aagtgcagaacctctaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcattatggatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgt 10581191  T
Q  222 gaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagca 258  Q
    ||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  10581192 gagcaattggtccttcgttgtgatctaaagccaagca 10581228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10747238 - 10746958
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10747238 ttttaacgtgttgttctagtatagattacaaagttcaggagtttaaagctctagttttttattacataaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcc 10747139  T
Q  119 tgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaa 218  Q
    |||| ||||||||| ||| |  |||| ||| || ||| |||  || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||   ||||    
T  10747138 tgagtttttaaatgaagagcatccaaaaacgttagaccttggccacagattaaacatcattatcgatgttgcttcaacattacattatcttcaccaagaa 10747039  T
Q  219 tgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||  |||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  10747038 tgtgagcaattagtcattcactgtgatctcaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgactgat 10746958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10588653 - 10588373
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||    
T  10588653 ttttaacatgttgttctggtactgattataaaggtcaagaatttaaagctttagtttttgattacatgaaaaatggaagtttagaacaatggcttcatcc 10588554  T
Q  119 tgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaa 218  Q
       || | | ||| |||| |  |||| ||| |||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||   |||    
T  10588553 atggaatgtgaattcagagcatccaagaacgttggaccttgttcatagattaaatatcactatcgatattgcttctgcactacattatcttcatcatgaa 10588454  T
Q  219 tgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||  |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10588453 tgtgagcaggtggtccttcattgtgatataaagccaagcaacgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 10588373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 19606088 - 19605808
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19606088 ttttaacttgttgttctagtattgataacaaaggtctagaattcaaagctctagtttttgagtacatgagaaatggaagcttagaacaatggttgcatcc 19605989  T
Q  119 tgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaa 218  Q
     | ||   | |||||||| |  |||| ||||||| | ||||  || |||||| | ||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||   |||    
T  19605988 cgggacaatgaatgcagatcatccaagaacattgaagtttgagcaaagattaaatatccttgtcgatgtttcttctgcattacattaccttcatcatgaa 19605889  T
Q  219 tgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  19605888 tgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttattgacgacgatatcgttgcacatgtgagtgat 19605808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 299
Target Start/End: Original strand, 10558888 - 10559168
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |    
T  10558888 ttttaacttgttgttctagtattgattacaaaggtcaggaattcaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaaaactggttgcattc 10558987  T
Q  119 tgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaa 218  Q
       |||  | |||| ||| |  |||| | |||||||  ||  ||| ||| |  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10558988 aaggatgatgaatgtagagcaaccaagagcattggatcttaatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaa 10559087  T
Q  219 tgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||  ||||||||||||||||||    
T  10559088 tgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttattgatgaagacaatgttgctcatgtgagtgat 10559168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 299
Target Start/End: Original strand, 7192999 - 7193271
Alignment:
Q  27 tgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctgagattt 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||| | |||||| ||||      
T  7192999 tgttgttccagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctttagtctttgaatacatgaacaacggaagcttagaacaatggctacatcct-agatca 7193097  T
Q  127 -taaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgtgaag 225  Q
     | |||| |||    | || ||| |||||| ||| ||| |||||  | |||  | | ||| |||| | || ||||||||| ||||||   ||||||||      
T  7193098 gtgaatgtagagaatcaaagaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagc 7193197  T
Q  226 aattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193198 aatcgatcattcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 7193271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 9836548 - 9836271
Alignment:
Q  22 taacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctga 121  Q
    |||| |||||||| ||||  ||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||       
T  9836548 taacatgttgttctagtattgattataaaggtggagaatttaaagctttagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggctttatccctg 9836449  T
Q  122 gattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgt 221  Q
    ||   |  || ||||    || | ||||||| || ||| ||| ||| || | |||   || ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9836448 gacagtggattcagagtatcctagaacattgaaccttgttcaaagactaaatatctccattgatattgcttctgcattacattatcttcattgtgaatgt 9836349  T
Q  222 gaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||  || ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9836348 gagcaagtggtcattcattgtgatatcaagccaagcaacatccttctcgatgataacatggttgctcacgtgagtgat 9836271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 197 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10660130 - 10660028
Alignment:
Q  197 attacattatcttcatagagaatgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 296  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10660130 attacattaccttcatcacgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 10660031  T
Q  297 gat 299  Q
    |||    
T  10660030 gat 10660028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 187 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 10652257 - 10652145
Alignment:
Q  187 ttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgc 286  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||   ||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||    
T  10652257 ttgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttgc 10652158  T
Q  287 tcatgtgagtgat 299  Q
    |||||||||||||    
T  10652157 tcatgtgagtgat 10652145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 118
Target Start/End: Original strand, 9825086 - 9825186
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaat-ggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    ||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||    
T  9825086 ttttaacatgtttttctagtatcgattacaaagggcaagaattcaaagctctagtttttgagtacatgcaaaatgggaagcttagaacaatggttgaatc 9825185  T
Q  118 c 118  Q
    |    
T  9825186 c 9825186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10660309 - 10660209
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| | || ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| | ||||    
T  10660309 gttttgacatgttgttcaagtacagattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaatggaagcctagaacaatggctacatc 10660210  T
Q  118 c 118  Q
    |    
T  10660209 c 10660209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 118
Target Start/End: Original strand, 10550778 - 10550869
Alignment:
Q  27 tgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    |||||||| || ||||||||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||    
T  10550778 tgttgttccagcacagattacaaaggaagtgagtttaaagctcttgtatttgagtacatgagaaatggaaacttagaaaattggttgcatcc 10550869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 9850924 - 9850832
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaa-gctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatgg 110  Q
    ||||||| | |||||| ||||  ||||||||||| |  ||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9850924 ttttaacttcttgttctagtatcgattacaaagggcatgaattcaaaagctctagttttttagtacatgataaatggaagcttagaacaatgg 9850832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10652426 - 10652326
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| | || ||||| |||||||| || |||| | |||| |||||| | ||||    
T  10652426 gttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatc 10652327  T
Q  118 c 118  Q
    |    
T  10652326 c 10652326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 12899555 - 12899836
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12899555 gttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatc 12899654  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    | |||| ||| |||||| | || |||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12899655 ccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgaga 12899754  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12899755 atgtgagcaattagtctttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 12899836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 12948629 - 12948910
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| || ||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  12948629 gttttaacatgttgttctagcacaaataacaaaggccaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatc 12948728  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||| ||| |||||| | || |||||||||||| || ||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  12948729 ctgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttcgtcgtagattaaacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgata 12948828  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12948829 atgtgagcaattagtccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 12948910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 12932264 - 12932545
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  12932264 gttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagcactagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatc 12932363  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||| ||| |||||| | || |||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  12932364 ctgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattgcattaccttcatcgaga 12932463  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  | ||  || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12932464 atgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 12932545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 12907175 - 12907456
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  12907175 gttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatc 12907274  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||| | ||| |||||| | || |||||||||||| || ||| || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12907275 ctgaaactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcttagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgaga 12907374  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  | ||  || | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  12907375 atgtgagcagttaatcctccattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatttgagtgat 12907456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 12958063 - 12958344
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  12958063 gttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatggaaaatggaagcttagaacagtggttacatc 12958162  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    || | ||||| |||||    || |||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12958163 ctcaaattttgaatgcgagtcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgaga 12958262  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  | ||  || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  12958263 atgtgagcagttaatccttcactgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatggtgacatggttgctcatgtgagtgat 12958344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 7278 - 7559
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  7278 gttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatc 7377  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||| ||| |||||| | || |||| ||||||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  7378 ctgagactttgaatgcaaatcctccaataacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattaacttcatcgaga 7477  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  ||||  |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7478 atgtgagcaattaatacttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 7559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 17923627 - 17923346
Alignment:
Q  18 gttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  17923627 gttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatc 17923528  T
Q  118 ctgagattttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagaga 217  Q
    |||||| ||| |||||| | || |||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  17923527 ctgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattgcattaccttcatcgaga 17923428  T
Q  218 atgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||  | ||  || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17923427 atgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgat 17923346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 235 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 39875899 - 39875835
Alignment:
Q  235 ttcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39875899 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 39875835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 235 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 39884022 - 39883958
Alignment:
Q  235 ttcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39884022 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 39883958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 39890976 - 39890912
Alignment:
Q  235 ttcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39890976 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgaagatgacatggttgctcatgtgagtgat 39890912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 39898865 - 39898820
Alignment:
Q  72 gtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatc 117  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  39898865 gtttttgaatacatgacaaatggaagcttagaggaatggttgcatc 39898820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 232 - 299
Target Start/End: Original strand, 28605822 - 28605889
Alignment:
Q  232 tcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  28605822 tcattcattgtgatttaaagccaagcaatattcttcttcataatgacatggttgctcatgtgagtgat 28605889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 121
Target Start/End: Original strand, 28605612 - 28605714
Alignment:
Q  19 ttttaacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcc 118  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||| |||   ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  28605612 ttttaacatgttgttcaagtatggattacaatggtaatgaattcaaagctttagtttttgagtacatggaaaatggaagtttagataaatggctgcatcc 28605711  T
Q  119 tga 121  Q
    |||    
T  28605712 tga 28605714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 27724228 - 27724179
Alignment:
Q  70 tggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcct 119  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||| |||||    
T  27724228 tggtttttgagtacatgcaaaacggaagcttagagaaatggttgtatcct 27724179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 31467374 - 31467301
Alignment:
Q  30 tgttcaagtacagattacaaaggtcgagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttaga 103  Q
    ||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  31467374 tgttccagtacagatttcaaagatcaagaatttaaagctcttgttttcgagtacatgaaaaacggaagcttaga 31467301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 31467227 - 31467105
Alignment:
Q  177 attatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatg 276  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||   |||||| |  ||   ||||||||||||||| ||||||| |||||  | |||||||| |||     
T  31467227 attattgacgttgcttcggcatttcattatcttcatcatgaatgtcagcaacctgtcattcattgtgatttaaagcctagcaacgttcttcttgatgatt 31467128  T
Q  277 acatggttgctcatgtgagtgat 299  Q
      ||||| |||||||||||||||    
T  31467127 ctatggtagctcatgtgagtgat 31467105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University