View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13403_low_1 (Length: 840)

Name: NF13403_low_1
Description: NF13403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13403_low_1
NF13403_low_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (12-840)||(18806122-18806968)
chr7 (185-840)||(5633674-5634334)
chr7 (185-839)||(11568351-11569010)
chr7 (185-416)||(23833896-23834131)
chr7 (14-134)||(5634398-5634517)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (185-840)||(53708958-53709618)
chr4 (308-401)||(45420667-45420760)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (186-840)||(26382120-26382781)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (185-840)||(19111141-19111797)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (310-827)||(5211791-5212309)
chr1 (185-277)||(5212304-5212400)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (545-840)||(33348601-33348896)
chr2 (268-659)||(10421896-10422288)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (185-350)||(43639627-43639796)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (330-427)||(21739423-21739520)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 18806968 - 18806122
Alignment:
Q  12 catcatcaccatttaacacctgcagtaactgaaaaaataacacttccccattcctgaccctaatttatcacactgtccacggttgtaaagaaatcacaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||    
T  18806968 catcatcaccatttaacacctgcagtaactgaaaaaataacacttgccctttcctgaccctaatttatcacactattcacagttgttaagaaatcacaca 18806869  T
Q  112 tactccatatattgcaactaccatcacaatgnnnnnnn-ggtggaaactgtcttcctctgccatatttcataa------------ttcacaattaacccc 198  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||||| |||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||    
T  18806868 tactccatatattgcaactaccatgacaatgaaagaaaaggtggaaactatcttcctctgccatatttcataaagcacaagtcgattcacaattaacccc 18806769  T
Q  199 tttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagacaatatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagcttcctaaccagatctcaag 298  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  18806768 tttgtctttaaggcgtaaatgtgttggtaaagtgtttcggcagacaatatgaagttccttgccttggaaggaattttaagcttcctaatcagatctcagg 18806669  T
Q  299 gtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccattgttttccttcgtccaaac 398  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18806668 gtccttgttccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgtatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccattgttttccttcgtccaaac 18806569  T
Q  399 aagcctatcatcatgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatc-aaaatttaaagtaagaaaggaacattccaaact 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18806568 aagcctatcatcatgaaccgagggatacaaaggcgtattcaccacttaattcactatatgttgatcaaaaattgaaagtaagaaaggaacattccaaact 18806469  T
Q  498 ttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccattgccaacaatccagttat 597  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18806468 ttagcttcaagaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccattgccaacaatccagttat 18806369  T
Q  598 tattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataattctcctgac-----aaag 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||     ||||    
T  18806368 tattccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccacttgcttcccgccttaaggatgaacttgacattacaaataattctccagacaaattaaag 18806269  T
Q  693 cttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagaggattggtcataattc 792  Q
    |||||||||||||||||||||| ||        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18806268 cttggcttatgccccaagggagctt-aaaaaaattactatgcggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagaggattggtcataattc 18806170  T
Q  793 ttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactct 840  Q
    |  || ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||    
T  18806169 tccacccctgcttaccaagcataacaagattaaaagtccctaagctct 18806122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 185 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 5634334 - 5633674
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagct 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  5634334 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgaagttcttcaccttgggaggaattttaagct 5634235  T
Q  281 tcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccatt 380  Q
    |||  | |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5634234 tccagatcagatcccagcgtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattttatatgcacttctaacagaatactcaccatt 5634135  T
Q  381 gttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatcaaaattt-aaagtaag 479  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||    
T  5634134 attttccttcgtccaaacaagtctatcatcatgaactgagggatacaaaggcgtattcatcacctgattcactatatgttgatcaaaaatagaaagtaag 5634035  T
Q  480 aaaggaacattccaaactttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccat 579  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5634034 aaaggaacattccaagctttagcttccggagtaatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagtgtaaggtatccat 5633935  T
Q  580 tgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataat 679  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||||| || || |||||||||||| |    
T  5633934 taccaacaagccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccatctgcttcccgctctaaggataaatttagcattacaaatact 5633835  T
Q  680 tctcctgacaaagcttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagagga 779  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||        |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  5633834 tctccagacaaaacttggtttatgccccaaggaagcttcaaaaaaattactatgcggaaaatatcttgctttgtacattctagctataagcgtttgagga 5633735  T
Q  780 ttggtcataattcttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactct 840  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5633734 ttggtcataattctccacccctgcttaccaagcatagcaagattaaaagtccctaaactct 5633674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 185 - 839
Target Start/End: Original strand, 11568351 - 11569010
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagct 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  11568351 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgaagttcttcaccttgggaggaattttaagct 11568450  T
Q  281 tcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccatt 380  Q
    |||  | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11568451 tccagatcagatcccaacgtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattttatatgcacttctaacagaatactcaccatt 11568550  T
Q  381 gttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatc-aaaatttaaagtaag 479  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||| |||||||||| |||||  ||||||||    
T  11568551 attttccttcgtccaaacaagtctatcatcatgaactgagggatacaaaggcgtattcatcacctaattcactatatgttgatcaaaaatagaaagtaag 11568650  T
Q  480 aaaggaacattccaaactttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccat 579  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  11568651 aaaggaacattccaagctttagcttccagagtaatacaatccgaaactttgagattatctaaaggtgttgaaccgtgaatttgaagtgtaaggtatccat 11568750  T
Q  580 tgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataat 679  Q
    | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||||| || || ||| |||||||| |    
T  11568751 taccaacaagccagttattataccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccatctgcttcccgctctaaggataaatttagcaatacaaatact 11568850  T
Q  680 tctcctgacaaagcttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagagga 779  Q
    |||||  ||||| ||||| ||||||||||| | || ||        |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  11568851 tctccaaacaaaacttggtttatgccccaatgaagcttcaaaaaaattactatgcggaaaatatcttgctttgtacattctagctataagcgtttgaggg 11568950  T
Q  780 ttggtcataattcttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactc 839  Q
    ||| ||||||||||  || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  11568951 ttgatcataattctccacccctgcttaccaagcatagcaagattaaaagtccctaaactc 11569010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 185 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 23834131 - 23833896
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagct 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23834131 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaatgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgaagttcttcaccttggaaggaattttaagct 23834032  T
Q  281 tcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccatt 380  Q
    |||  | |||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||    
T  23834031 tccagatcagatcccaatgtccttatgccttaaaatgattaacatcgagtaattcttgcatacacattttatatgcacttctaagagaatactcacaatt 23833932  T
Q  381 gttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaac 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23833931 gttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaac 23833896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 5634517 - 5634398
Alignment:
Q  14 tcatcaccatttaacacctgcagtaactgaaaaaataacacttccccattcctgaccctaatttatcacactgtccacggttgtaaagaaatcacacata 113  Q
    ||||||||||||||||||||||  || || |||| |||||||| | |  ||||| || | |||||||||| | | ||| ||  ||||||||||||||||     
T  5634517 tcatcaccatttaacacctgcaacaattggaaaa-taacacttgcactatcctggccttgatttatcacattattcacagtactaaagaaatcacacatg 5634419  T
Q  114 ctccatatattgcaactacca 134  Q
    ||||| |||||||| ||||||    
T  5634418 ctccaaatattgcagctacca 5634398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 185 - 840
Target Start/End: Original strand, 53708958 - 53709618
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagct 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  53708958 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgaagttcttcaccttgggaggaattttaagct 53709057  T
Q  281 tcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccatt 380  Q
    |||  | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  53709058 tccagatcagatcccaacgtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattttatatgcacttctaatagaatactcaccatg 53709157  T
Q  381 gttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatcaaaattt-aaagtaag 479  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||    
T  53709158 attttccttcgtccaaacaagtctatcatcatgaactaagggatacaaaggcgtattcatcacctgattcactatatgttgataaaaaatagaaagtaag 53709257  T
Q  480 aaaggaacattccaaactttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccat 579  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53709258 aaaggaacattccaagctttagcttccggagtaatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagtgtaaggtatccat 53709357  T
Q  580 tgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataat 679  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||||| || || |||||||||||| |    
T  53709358 taccaacaagccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccatctgcttcccgctctaaggataaatttagcattacaaatact 53709457  T
Q  680 tctcctgacaaagcttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagagga 779  Q
    |||||  ||||| ||||| ||||||||||| | || ||        |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||     
T  53709458 tctccaaacaaaacttggtttatgccccaatgaagcttcaaaaaaattactatgcggaaaatatcttgctttgtacattttagctataagcgtttgaggg 53709557  T
Q  780 ttggtcataattcttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactct 840  Q
    ||||||||||||||  || ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  53709558 ttggtcataattctccacccctacttaccaagcatagcaagattaaaagtccctaaactct 53709618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 308 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 45420760 - 45420667
Alignment:
Q  308 ccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccattgttttccttcgtccaaacaag 401  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |  | |||||||||||  | |||||||||||||||   |||||| |||||||||||    
T  45420760 ccttgaaatgattaacatcaaataattcttggatacaaagacgatatgcactttgcacagaatactcaccattcgattccttagtccaaacaag 45420667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 186 - 840
Target Start/End: Original strand, 26382120 - 26382781
Alignment:
Q  186 cacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagctt 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| ||||| |||    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  26382120 cacaattaacccctttgtctttaagacataaacgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgatgttcttcaccttgggaggaattttaagctt 26382219  T
Q  282 cctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccattg 381  Q
    ||  | |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  26382220 ccagatcagatcccagtgtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattttatatgcacttctaacagaatacttaccattg 26382319  T
Q  382 ttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggataca--aagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatcaaaattt-aaagtaa 478  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |  |||||||    
T  26382320 ttttccttcgtccaaacaagtctatcatcatgaactgagggatacacaaaggcgtattcatcacctgattcactatatgttgatcaaaaatagaaagtaa 26382419  T
Q  479 gaaaggaacattccaaactttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatcca 578  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26382420 gaaaggaacattccaagctttagcttccggaataatacaatctgaaactttaagattatcaaaacgtgttgaaccgtgattttgaagtgtaaggtatcca 26382519  T
Q  579 ttgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataa 678  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||||| || || ||||||||||||     
T  26382520 ttaccaacaagccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccatctgcttcccgctctaaggataaatttagcattacaaatac 26382619  T
Q  679 ttctcctgacaaagcttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagagg 778  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||        |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  26382620 ttctccagacaaaacttggtttatgccccaaggaagcttcaaaaaaattactatgcggaaaatatcttgctttgtacattctagctataagcgtttgagg 26382719  T
Q  779 attggtcataattcttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactct 840  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26382720 attggtcataattctccacccctgcttaccaagcatagcaagattaaaagtccctaaactct 26382781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 185 - 840
Target Start/End: Original strand, 19111141 - 19111797
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagct 280  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||| || | |||| |||||||||||| |    
T  19111141 tcacaattaaaccctttgtctttaaggcgtaaacgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgaagttcttcgctttgggaggaattttaagtt 19111240  T
Q  281 tcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccatt 380  Q
    |||  | |||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  19111241 tccatatcagatcccagtggccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattttatatgcacttctaacagaatactcaccatt 19111340  T
Q  381 gttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatcaaaattt-aaagtaag 479  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||    
T  19111341 attttccttcgtccaaacaagtctatcatcataaactgagggatacaaaggcgtattcatcacctgattcactatatgttgatcaaaaatagaaagtaag 19111440  T
Q  480 aaaggaacattccaaactttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccat 579  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19111441 aaaggaacattacaagctttagcttccggaataatacaatcagaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagtgtaaggtatccat 19111540  T
Q  580 tgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataat 679  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||  ||||||| || || |||||||||||| |    
T  19111541 taccaacaagccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccatctgcttccagctctaaggataaatttagcattacaaatact 19111640  T
Q  680 tctcctgacaaagcttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagagga 779  Q
    || |   ||||| ||||| |||||||||||||  | ||        |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||   ||||    
T  19111641 tcac---acaaaacttggtttatgccccaaggttgcttcaaaaaaattactatgcggaaaatatcttgctttgtacattatagctaaaagagtttaagga 19111737  T
Q  780 ttggtcataattcttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactct 840  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  19111738 ttggtcataattctccacccctgcttaccaagcatagcaagatt-aaagtccctaaactct 19111797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 272; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 310 - 827
Target Start/End: Original strand, 5211791 - 5212309
Alignment:
Q  310 ttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccattgttttccttcgtccaaacaagcctatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5211791 ttaaaatgattgacatcaagtaatccttgcatacacattttatatgcacttctaacaaaatactcatcattattttccttcgtccaaacaagtctatcat 5211890  T
Q  410 catgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatcaaaattt-aaagtaagaaaggaacattccaaactttagcttcatg 508  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||||| ||| ||||| | | |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |    
T  5211891 catgaactgaaggatacaaaggcgtattcatcacctgatt-attatatgttgatcaaaaatagaaagtaagaaaggaacattccaagctttagcttccgg 5211989  T
Q  509 aatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccattgccaacaatccagttattattccaaatt 608  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5211990 aataatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagtgtaaggtatccattaccaacaagccatttattattccaaatt 5212089  T
Q  609 ggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatgaacttggcattacaaataattctcctgacaaagcttggcttatgcccca 708  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||| || || |||||||||||| ||||||   |||| ||||| ||||||||||    
T  5212090 gaaattgaggacccatcacctatcttccacctgcttcccgctctaaggataaatttagcattacaaatacttctccaagcaaaacttggtttatgcccca 5212189  T
Q  709 agggagatt-nnnnnnnnttactatgtggaaaatatcttactttgtacattctagctataagcgtcagaggattggtcataattcttaacacctgcttac 807  Q
    ||| || ||         |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  5212190 aggtagcttcaaaaaaaattactatgcggaaaatatcttgctttgtacattctagctataagcgtttgaggattggtcataattctccacccctgcttac 5212289  T
Q  808 caagaatagcacgattaaaa 827  Q
    |||| |||||| ||||||||    
T  5212290 caagcatagcaagattaaaa 5212309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 185 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 5212400 - 5212304
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaa 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||    ||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  5212400 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgtgttggtaaagtgtcgcgacaaacacgccatatgaagttcttcgccttgggaggaattttaa 5212304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 545 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 33348896 - 33348601
Alignment:
Q  545 tgttgaaccgtgattttgaagggtaaggtatccattgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgctt 644  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  33348896 tgttgaaccgtgattttgaagtgtaaggtatccattaccaacaagccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcttccatctgctt 33348797  T
Q  645 cccgccttaaggatgaacttggcattacaaataattctcctgacaaagcttggcttatgccccaagggagattnnnnnnnnttactatgtggaaaatatc 744  Q
    |||||  ||||||| || || |||||||||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||| | || ||        |||||||| ||||||||||    
T  33348796 cccgctctaaggataaatttagcattacaaatacttctccaaacaaaacttggtttatgccccaatgaagcttcaaaaaaattactatgcggaaaatatc 33348697  T
Q  745 ttactttgtacattctagctataagcgtcagaggattggtcataattcttaacacctgcttaccaagaatagcacgattaaaagtccctaaactct 840  Q
    || |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  33348696 ttgctttgtacattctagctataagcgtttgagggttggtcataattctccacccctgcttaccaagcatagcaagattaaaagtccctaaactct 33348601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 268 - 659
Target Start/End: Original strand, 10421896 - 10422288
Alignment:
Q  268 ggaattttaagcttcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaag 367  Q
    |||||||||||||||| || || ||| || |  |||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||   ||  |    
T  10421896 ggaattttaagcttccaaatcaaatcccaggaaccttgtgccttaaagtgatcaacatcaaataattcctgcatacacatacgatatgcactacgaatgg 10421995  T
Q  368 aatactcaccattgttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggatacaaagacgtattcaccacttgattcactgtatgttgatc-aa 466  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| || || || |||||||   |||| |  || ||    
T  10421996 aatactcaccattgttttcctttgtccaaactagcctatcatcatgaatcgagggatacagaggcgtgttgacaacctgattcataatatgctcgtcaaa 10422095  T
Q  467 aatttaaagtaagaaaggaacattccaaactttagcttcatgaatgatacaatccgaaactttgagattatcaaaaggtgttgaaccgtgattttgaagg 566  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  | ||  |||  ||| |||| ||||||||||||||||||| |   |||| |||  ||||||| ||     
T  10422096 aattgaaagtaagaaaggaacattccaagctttttcctctggaagaatataatctgaaactttgagattatcaataacagttggacctggattttgtaga 10422195  T
Q  567 gtaaggtatccattgccaacaatccagttattattccaaattggaattgaggacccatcacctatcatccacttgcttcccgccttaaggatg 659  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||    ||||| ||||| ||  ||||  ||||||||||||| ||||||    
T  10422196 gtaaggtaaccattgccagcaatccagttattgttccatatcggaataagtgacccgtcaccaattttccatctgcttcccgcctttaggatg 10422288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 185 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 43639796 - 43639627
Alignment:
Q  185 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgcattggtaaagtgtttcgacagaca----atatgaagttcctcaccttggaaggaattttaagct 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  43639796 tcacaattaacccctttgtctttaaggcgtaaacgtgttggtaaagtgttgcgacaaacacgccatatgaagttcttcaccttgggaggaattttaagct 43639697  T
Q  281 tcctaaccagatctcaaggtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattct 350  Q
    |||  | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43639696 tccagatcagatcccaacgtccttgtgccttaaaatgattgacatcaagtaattcttgcatacacattct 43639627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 330 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 21739520 - 21739423
Alignment:
Q  330 taattcttgcatacacattctatatgcacttttaaaagaatactcaccattgttttccttcgtccaaacaagcctatcatcatgaaccgagggataca 427  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||   || |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21739520 taattcttgcatacacatactatatgcactacgaacagaatactcaccattgttttcctttgtctaaactagcctatcatcatgaactgagggataca 21739423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University