View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13409_low_11 (Length: 380)

Name: NF13409_low_11
Description: NF13409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13409_low_11
NF13409_low_11
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (17-360)||(13419421-13419764)
chr5 (17-360)||(13426312-13426655)
chr5 (17-360)||(13446972-13447315)
chr5 (17-360)||(13413076-13413419)
chr5 (17-359)||(13388984-13389326)
chr5 (17-356)||(13453925-13454264)
chr5 (21-359)||(13393391-13393729)
chr5 (33-359)||(13385163-13385489)
chr5 (255-356)||(13451082-13451183)
chr5 (67-198)||(13379009-13379140)
chr5 (67-187)||(13373213-13373333)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-359)||(47601243-47601585)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (67-198)||(28430528-28430659)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 360
Target Start/End: Original strand, 13419421 - 13419764
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13419421 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaagaagaggaccggcagcatcaagagg 13419520  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13419521 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtgccatcacgatactttgcaccacat 13419620  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13419621 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 13419720  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactataccc 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13419721 ctttaaacttttctactttgcttccaacctcggttactataccc 13419764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 360
Target Start/End: Original strand, 13426312 - 13426655
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13426312 caacgcctatattcataccaggcttgtcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 13426411  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  13426412 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcatctgcaaccattgagtcggaataacctccatatgtgacgctgccatcacgatacttagcaccacat 13426511  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    || |||||   |   |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13426512 gtaactgtttgttgggggcagtaattctcaagatcttccgcacaattttcgcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccactcctactttgtctccaa 13426611  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactataccc 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13426612 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttacaataccc 13426655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 360
Target Start/End: Original strand, 13446972 - 13447315
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13446972 caactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagagg 13447071  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  ||    ||    
T  13447072 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaat 13447171  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    ||    ||| || | | |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13447172 gtttgagtatatttggtgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcgcaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaa 13447271  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactataccc 360  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13447272 ctttaaacttttttactttgcttcccacctctgttactacaccc 13447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 360
Target Start/End: Original strand, 13413076 - 13413419
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    ||||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||| || || |  ||||| ||||| |||||||| ||||  ||||||||    
T  13413076 caacacctatatgtaaaccaggcttatcgagtccaaaaaatcgaagaggactatatacggtgacaccagcacaaaggagaggaccagcaaattcaagagg 13413175  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
    || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  13413176 tatgttgtcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccataagtgacggttccatcacgatacttggcaccacat 13413275  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    ||||||  |||| | ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||| || ||||| |||||||||||||    
T  13413276 gtgactacaaatttggggcagtaattctcaagattgtcattacaatcttggcatgatcgacatgaatcaatcaagtagccaacacctactttgtctccaa 13413375  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactataccc 360  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  13413376 ctttaaacttctccactttgcttcctacttctgttactataccc 13413419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13389326 - 13388984
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    |||||||||||   | |||||| || |||||| || ||| || ||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||  | ||| | ||||| ||    
T  13389326 caacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtgg 13389227  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
    ||| | |||||||||| ||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  13389226 taatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatctgcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacat 13389127  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    ||||  |||||||| || |||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  13389126 gtgaaagtaaatgtgggacagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacatgatcgacatgaatcaaccatgtagccaacacctactttgtctccaa 13389027  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactatacc 359  Q
    | || |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  13389026 cattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactatacc 13388984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 356
Target Start/End: Original strand, 13453925 - 13454264
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| | ||  ||||||||||    
T  13453925 caacacctatattcatatcaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatacggttatcccagcacaaaggagaggagcagctgcatcaagagg 13454024  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
    |||   ||| |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||| | |||||||  |||   || |||||||  || || | ||||       
T  13454025 taactgatctggaatgcgaaacacaaagtgctcgtcggaaaccattgagtcagagaagcctccatgagtgctggttccatcactgtatttggaaccatca 13454124  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    |||| ||| |||   || ||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||    
T  13454125 gtgagtgtcaattggggacagtaattctcaagattatcaacacaattttgacatgagtgacaagaatcaaccaagcatcccacacctactctgtctccaa 13454224  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactat 356  Q
    |||| |||||||  ||||||||||| || ||||| |||||    
T  13454225 ctttgaactttttcactttgcttcccacttctgtaactat 13454264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13393729 - 13393391
Alignment:
Q  21 acctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || || || || ||||| |||||| | |||   ||||| ||||||    
T  13393729 acctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagaggagcagcagattcaagtggtaag 13393630  T
Q  121 ctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacatgtga 220  Q
    | |||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | |||||||  || || |||| | ||||      
T  13393629 ccatcaggaatgtgaactataaagtgctcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgatgcttccatcactgtatttggcactatatgtat 13393530  T
Q  221 ctgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaacttt 320  Q
     |||   | | ||||| |||||||||||||  ||  |||| |||||||||| |||||| |||||||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||    
T  13393529 ttgtttgtttagggcaataattctcaagattttcctcacagttttggcatgcacgacacgaatcaactaagcatcccacacccactttgtctccaatttt 13393430  T
Q  321 aaacttttctactttgcttccaacctctgttactatacc 359  Q
     ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  13393429 gaacttctctactttgcttcctacctccgtcactatacc 13393391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 33 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 13385489 - 13385163
Alignment:
Q  33 accaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatg 132  Q
    |||||| ||||||||| |||| | || ||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||  | ||| | ||||| ||||| | ||||||||||    
T  13385489 accaggtttgtcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatg 13385390  T
Q  133 cgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacatgtgactgtaaatgttg 232  Q
     ||| ||| |||| |||  |  |||||| |||||| || |||||||| | |||||  || |||||||||| | |  |||||  |||    ||  |||  |    
T  13385389 tgaaccacgaagttctcagccacaaccaatgagtcagaataacctccgtgtgtgatggttccatcacgatgcatgccaccaactgtagtagtgtatgcgg 13385290  T
Q  233 ggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaactttaaacttttctac 332  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||||| || || |||||||||||||  ||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  13385289 ggcagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacacgatcgacatgaatcaattatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctac 13385190  T
Q  333 tttgcttccaacctctgttactatacc 359  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  13385189 tttgcttcccacctttgtcactatacc 13385163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 255 - 356
Target Start/End: Original strand, 13451082 - 13451183
Alignment:
Q  255 agcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttccaacctctgttact 354  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||| | | ||||||||| |||| ||||| ||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |||    
T  13451082 agcacaattttggcatgattgacaagaatcaacgaagcatcccacactaactctgtcttcaattttgaactttaccactttgcttccaacctgtgtaact 13451181  T
Q  355 at 356  Q
    ||    
T  13451182 at 13451183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Original strand, 13379009 - 13379140
Alignment:
Q  67 ctatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagt 166  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| |||||| ||||| ||||||| | ||||  ||| ||||| || |  | |||||| |||||  ||||||| | ||    
T  13379009 ctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgt 13379108  T
Q  167 cggagtaacctccatatgtgaccgtgccatca 198  Q
    | ||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  13379109 cagagtagcctccatatgtgatagtgccatca 13379140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 67 - 187
Target Start/End: Original strand, 13373213 - 13373333
Alignment:
Q  67 ctatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagt 166  Q
    ||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||  ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| ||||| ||||  |||||||| |  |    
T  13373213 ctatatactgtgatccccgcacaaagaagaggagcagcggcatcaagtggtaaggcatcaggaatacggatcacgaagtgttcgtgggcaaccatggtat 13373312  T
Q  167 cggagtaacctccatatgtga 187  Q
    | ||||| |||||||||||||    
T  13373313 cagagtagcctccatatgtga 13373333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 359
Target Start/End: Original strand, 47601243 - 47601585
Alignment:
Q  17 caacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagagg 116  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||| | | | | ||||| ||    
T  47601243 caacacctatatgcataccaggtttatcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtgg 47601342  T
Q  117 taagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgaccgtgccatcacgatactttgcaccacat 216  Q
     || | ||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||||||||||| || |||||||||    
T  47601343 caaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacat 47601442  T
Q  217 gtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaa 316  Q
    ||| |||||||    || || ||| | |||||||  |||||||||||||| || || |  |||||||| | |||| | || ||||| |||||||||||||    
T  47601443 gtggctgtaaagcgaggacaataactttcaagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttgtctccaa 47601542  T
Q  317 ctttaaacttttctactttgcttccaacctctgttactatacc 359  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  47601543 ctttgaacttttctactttgcttcccacttttgtcactatacc 47601585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 28430659 - 28430528
Alignment:
Q  67 ctatacactgttattccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagt 166  Q
    |||||||| || || || ||||| || |||||| | ||| |||||||||||| |||||  |||||||  |||||||||   ||||| |  ||||||| ||    
T  28430659 ctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagctgcagcatcaagaggtaggctatttggaatgctgatcacaaagctttcgtcggtgaccattgtgt 28430560  T
Q  167 cggagtaacctccatatgtgaccgtgccatca 198  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  28430559 cggagtagcctccatatgtgatggtgccatca 28430528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University