View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13414_low_2 (Length: 621)

Name: NF13414_low_2
Description: NF13414
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13414_low_2
NF13414_low_2
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-605)||(40635515-40636119)
chr1 (1-551)||(40629067-40629620)
chr1 (28-223)||(40656124-40656319)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 605
Target Start/End: Original strand, 40635515 - 40636119
Alignment:
Q  1 ttagaacaggttgagcagcgcggggatggagaacaggaacaagagttgaaagaatgggcggagaagttgaaggatgttgctctagatgcaaagaatgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635515 ttagaacaggttgagcagcgcggggatggagaacaggaacaagagttgaaagaatgggcggagaagttgaaggatgttgctctagatgcaaagaatgtga 40635614  T
Q  101 tagaaacgttcgtcataaaatcagtcaagaggaggaggtggggtgttttgcattggtatgataaatacaaagttggaaaagagctggaggagatccgaaa 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635615 tagaaacgttcgtcatcaaatcagtcaagaggaggaggtggggtgttttgcattggtatgataaatacaaagttggaaaagagctggaggagatccgaaa 40635714  T
Q  201 gaggatgagagacatctctcagaaaataatgaatttaaacttggatgttagtgtctctgttgaaactcccgttgtaagaggagaagcaccgccaccttcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40635715 gaggatgagagacatctctcagaaaataatgaatttaaacttggatgttagtgtctctgttgaaactcccgttgtaagaggagaagcactgccaccttcc 40635814  T
Q  301 tgttccaccatcgtagaagtagctatggagaagcttgatcaaattcggagtcgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgattgagatggtggaagaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635815 tgttccaccatcgtagaagtagctatggagaagcttgatcaaattcggagtcgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgattgagatggtggaagaag 40635914  T
Q  401 taaaagatgggctcaaagacctgaaaaacattgtgtctaaattgaagtcaacaaatcaaagagaaactgtgtggttggaagaggtgaacgaagtttgtaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40635915 taaaagatgggctcaaagacctgaaaaacattgtgtctaaattgaagtcaacaaatcaaagagaaactgtgtggttggaagaggtgaacgaagtctgtaa 40636014  T
Q  501 ttactcggaaaaagttgctggaaatttcatttcaacaagagaaaaatggttgaaaatgtatggttggaagaaggtcctttatctttatgaaggatatgct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40636015 ttactcggaaaaagttgctggaaatttcatttcaacaagagaaaaatggttgaaaatgtatggttggaagaaggtcctttatctttatgaaggatatgct 40636114  T
Q  601 tcagt 605  Q
    |||||    
T  40636115 tcagt 40636119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 40629620 - 40629067
Alignment:
Q  1 ttagaacaggttgagcagcgcggggatggagaacaggaacaagagttgaaagaatgggcggagaagttgaaggatgttgctctagatgcaaagaatgtga 100  Q
    ||||| ||| |||| || |||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||||    
T  40629620 ttagagcagattgaacaacgcggggaaggcgaacaggaacaagcgttgcgagaatgggcagagaagttgaaagatgttgctttggatgcaaaggacgtga 40629521  T
Q  101 tagaaacgttcgtcataaaatcagtcaagaggaggaggtggggtgttttgcattggtatgataaatacaaagttggaaaagagctggaggagatccgaaa 200  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40629520 tagatacgtttgtgataaaatcagtgaagaggaggaggtggggagttttgcattggtatgacaaatacaaggttggaaaagagctggagaagatccgaaa 40629421  T
Q  201 gaggatgagagacatctctcagaaaataatgaatttaaacttggatgttagtgtctctgttgaaactcccgttgtaagaggagaagcaccgccaccttcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  40629420 gaggatgagagatatctctcagaaaataatgaacttaaatttggatgttagtatctccgttgaaactccagttgtaggaggagaagcaccaacaccttcc 40629321  T
Q  301 ---tgttccaccatcgtagaagtagctatggagaagcttgatcaaattcggagtcgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgattgagatggtggaag 397  Q
       | | ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  40629320 aattctgccatcatagtagtagtagctatggagaagcttgatcacattctgagatgtcaaaatttaataaccagtaataaggtgatcaagatggtggagg 40629221  T
Q  398 aagtaaaagatgggctcaaagacctgaaaaacattgtgtctaaattgaagtcaacaaatcaaagagaaactgtgtggttggaagaggtgaacgaagtttg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40629220 aagtaaaagatgggctcaaagacctgcaaaatactgtgtctaaattgaagtcaacaaatgaaagagaaattgtgtggttggaacaggtgaacgaagtttg 40629121  T
Q  498 taattactcggaaaaagttgctggaaatttcatttcaacaagagaaaaatggtt 551  Q
    | |||||  || | ||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  40629120 tgattacatggcagaagttgctgaagatttcattgcaagaagagaaaaatggtt 40629067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Original strand, 40656124 - 40656319
Alignment:
Q  28 ggagaacaggaacaagagttgaaagaatgggcggagaagttgaaggatgttgctctagatgcaaagaatgtgatagaaacgttcgtcataaaatcagtca 127  Q
    |||||||| ||||||||||| || || ||||  |||||||||||||| ||||||   |||||| || |||||||||||||||| || || ||||| || |    
T  40656124 ggagaacaagaacaagagtttaatgagtgggaagagaagttgaaggaagttgctggtgatgcagaggatgtgatagaaacgtttgtgatcaaatcggtga 40656223  T
Q  128 agaggaggaggtggggtgttttgcattggtatgataaatacaaagttggaaaagagctggaggagatccgaaagaggatgagagacatctctcaga 223  Q
    | |||||||| ||||| ||| || |||||  ||| ||| |||| ||||| |||||| || || ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  40656224 aaaggaggagatggggagttctgtattggattgacaaacacaaggttgggaaagagttgcagaagatccgcaggaggatgagagacatctctcaga 40656319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University