View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1341R-Insertion-13 (Length: 375)

Name: NF1341R-Insertion-13
Description: NF1341R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1341R-Insertion-13
NF1341R-Insertion-13
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (48-375)||(27929731-27930058)
chr5 (48-375)||(28081783-28082107)
chr5 (9-250)||(28080928-28081169)
chr5 (48-250)||(27930468-27930670)
chr5 (48-250)||(27930264-27930466)
chr5 (48-250)||(27930672-27930874)
chr5 (48-250)||(28081171-28081373)
chr5 (48-250)||(28081375-28081577)
chr5 (48-250)||(28081579-28081781)
chr5 (48-250)||(27930060-27930262)
chr5 (43-250)||(27930876-27931083)
chr5 (76-372)||(27935811-27936101)
chr5 (9-106)||(28080865-28080962)
chr5 (9-106)||(28080802-28080899)
chr5 (15-106)||(28080745-28080836)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 48 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 27930058 - 27929731
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27930058 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgacgttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 27929959  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27929958 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattctctggccaggatgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 27929859  T
Q  248 aatactgctgttgtcaatatattctgagcagtgctggttatcatcatcgtcaggggaaaagccttcatgtgaaccatggttttccaccagttcaaatatt 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27929858 aatactgctgttgtcaatatattctgagcagtgctggttatcaccatcgtcaggggaaaagccttcatgtgaaccatggttttccaccagttcaaatatt 27929759  T
Q  348 aacttatggatacgtggtcgcttgagat 375  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  27929758 aacttatggatacgtgttcgcttgagat 27929731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 48 - 375
Target Start/End: Original strand, 28081783 - 28082107
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  28081783 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcctgatgcagctcctggttcaaaatgcttct 28081882  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28081883 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggcca---tgggaagtcgatgcctccacgttgaataaatgacactgaccacc 28081979  T
Q  248 aatactgctgttgtcaatatattctgagcagtgctggttatcatcatcgtcaggggaaaagccttcatgtgaaccatggttttccaccagttcaaatatt 347  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28081980 aatcctgttgttgtcaatatattctgagtagtggtggttatcaccatcgtcaggagaaaagccttcgtgtgaaccatggttttccgccagttcaaatatt 28082079  T
Q  348 aacttatggatacgtggtcgcttgagat 375  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||||    
T  28082080 aacttatggatatgtgtttgcttgagat 28082107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Original strand, 28080928 - 28081169
Alignment:
Q  9 gataatgatcgctggtcaaaagattgacgatgccttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  28080928 gataatgatcgctggtcaaaagattggcgatgtcttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgcagttcaaaagattggcaatgtctca 28081027  T
Q  109 gtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgcttaagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttggga 208  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  28081028 gtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgcttaagaaccatattagaagtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatggga 28081127  T
Q  209 agtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccaccaat 250  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||    
T  28081128 agtcgatgtctcctcgttgaataaatgagattgaccaccaat 28081169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27930670 - 27930468
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27930670 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 27930571  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  27930570 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggatgggaagtcgatgcctcctcgttgaataaatgagattgaccacc 27930471  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  27930470 aat 27930468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27930466 - 27930264
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27930466 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 27930367  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  27930366 taagaaccatattagttgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatgggaagtcgatgcctccctgttgaataaatgacgctgaccacc 27930267  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  27930266 aat 27930264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27930874 - 27930672
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27930874 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgttggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 27930775  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  27930774 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggatgggaagtcaatgcctcctcgttgaataaatgagattgaccacc 27930675  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  27930674 aat 27930672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Original strand, 28081171 - 28081373
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28081171 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 28081270  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  28081271 taagaaccatattagaagtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatgggaagtcgatgcctcctcgttgaataaatgagattgaccacc 28081370  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  28081371 aat 28081373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Original strand, 28081375 - 28081577
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28081375 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 28081474  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  28081475 taagaaccatattagaagtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatgggaagtcgatgcctcctcgttgaataaatgagattgaccacc 28081574  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  28081575 aat 28081577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Original strand, 28081579 - 28081781
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28081579 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 28081678  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  28081679 taagaaccatattagaagtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatgggaagtcgatgcctcctcgttgaataaatgagattgaccacc 28081778  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  28081779 aat 28081781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27930262 - 27930060
Alignment:
Q  48 ctgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgct 147  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27930262 ctgtcgaacaaataattagatgatgataatgattgctggtcaaaagattggcaatgtctcagtgaagttcgcgatgcagctcctggttcaaaatgctgct 27930163  T
Q  148 taagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccacc 247  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27930162 taagaaccatgttagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgagattgaccacc 27930063  T
Q  248 aat 250  Q
    |||    
T  27930062 aat 27930060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 43 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27931083 - 27930876
Alignment:
Q  43 ttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatg 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||  ||| || ||||||||||    
T  27931083 ttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgttggtcaaaagattggcaatatctcagtgaagttcccaatgttgctcctagttcaaaatg 27930984  T
Q  143 ctgcttaagaaccatattagatgtattgtaagatggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactga 242  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  27930983 ctccttaagaaccatattagaagtattgtaagatggaaacatttctattccctggccagaatgggaagtcgatgcctcctcgttgaataaatgagattga 27930884  T
Q  243 ccaccaat 250  Q
    ||||||||    
T  27930883 ccaccaat 27930876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 76 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 27936101 - 27935811
Alignment:
Q  76 atgatcgctggtcaaaagattgacaatgtctcagtgaagttcccgatgcagctactggttcaaaatgctgcttaagaaccatattagatgtattgtaaga 175  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |  |||||| ||||| |||| ||||   ||||    
T  27936101 atgatcgccgctcaaaagattggcaatgtctcagtgaagttcccaatgtagcttctggttcaaaatgatctttaagagccatactagaagtatcaaaaga 27936002  T
Q  176 tggaaacatttctattccctggccaggttgggaagtcgatgcctccccgttgaataaatgacactgaccaccaatactgctgttgtcaatatattctgag 275  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||  ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||  |||||||  |||||||||||    
T  27936001 tggagccatttctattccccggccagcatgggatgttgatgcctccccgttgattaaatgacactggccaccaat-ct--tgttgtccttatattctgag 27935905  T
Q  276 cagtgctggttatcatcatcgtcaggggaaaagccttcatgtgaaccatggttttccaccagttcaaatattaacttatggatacgtggtcgcttga 372  Q
     ||||  ||| |||| ||| |||| ||||||||||||||| ||   ||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||||    
T  27935904 gagtggcggtcatcaacattgtcatgggaaaagccttcat-tg--tcatggtttttcaccagctcaactattaacctatggataagtgttcgtttga 27935811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Original strand, 28080865 - 28080962
Alignment:
Q  9 gataatgatcgctggtcaaaagattgacgatgccttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtct 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28080865 gataatgatcgctggtcaaaagattggcgatgtcttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattggcgatgtct 28080962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Original strand, 28080802 - 28080899
Alignment:
Q  9 gataatgatcgctggtcaaaagattgacgatgccttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtct 106  Q
    ||||| ||| |||| ||||||| ||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28080802 gataacgattgctgttcaaaaggttggcaatgtcttgaactgttgaaaaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattggcgatgtct 28080899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 106
Target Start/End: Original strand, 28080745 - 28080836
Alignment:
Q  15 gatcgctggtcaaaagattgacgatgccttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataatgatcgctggtcaaaagattgacaatgtct 106  Q
    |||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||| ||||||||    
T  28080745 gatcgctggtcaaaagatcggcaatgtcttgaactgttgaacaaatgattagatgatgataacgattgctgttcaaaaggttggcaatgtct 28080836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University