View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1341R-Insertion-9 (Length: 597)

Name: NF1341R-Insertion-9
Description: NF1341R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1341R-Insertion-9
NF1341R-Insertion-9
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-597)||(21262187-21262775)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (9-597)||(19950-20533)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (9-597)||(22529813-22530396)
chr8 (9-597)||(25992422-25993005)
chr8 (320-597)||(22534804-22535081)
chr8 (9-302)||(22533024-22533312)
chr8 (109-158)||(21267383-21267432)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (9-597)||(20984260-20984843)
chr3 (9-597)||(49366890-49367474)
chr3 (109-149)||(8407250-8407290)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (9-597)||(13190242-13190825)
chr5 (109-149)||(37504046-37504086)
chr5 (109-150)||(26248093-26248134)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (9-597)||(20716112-20716695)
chr2 (109-149)||(32038268-32038308)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-597)||(33092170-33092753)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (109-149)||(37569027-37569067)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 21262187 - 21262775
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21262187 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcatgcagccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatgtgc 21262286  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21262287 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacataacttattaatatttg 21262386  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21262387 tgtaagacacgatttctgtttaccttaaaatacgggcagaacctattgttgttaagtatctctggaggaacttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 21262486  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21262487 tcccctccacctctatcaaagcgtctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccataacgtctaaagaagaaagacatcacatgatttctcac 21262586  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21262587 attatgtcctaccatctgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataagatgcacaag 21262686  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21262687 tttaagaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattacctcatttctaactctctc 21262775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 19950 - 20533
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  19950 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 20049  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  20050 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 20145  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||     
T  20146 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatt 20244  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  20245 tgtcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 20344  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20345 gttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 20444  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  20445 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 20533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 22529813 - 22530396
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  22529813 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 22529912  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  22529913 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 22530008  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||     
T  22530009 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatt 22530107  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  22530108 tgtcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 22530207  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22530208 gttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 22530307  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  22530308 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 22530396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 25992422 - 25993005
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  25992422 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 25992521  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  25992522 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 25992617  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||     
T  25992618 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctgttgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatt 25992716  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  25992717 tgtcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 25992816  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25992817 gttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 25992916  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  25992917 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 25993005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 320 - 597
Target Start/End: Original strand, 22534804 - 22535081
Alignment:
Q  320 tctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtccta 419  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| |    
T  22534804 tctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccga 22534903  T
Q  420 ccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagt 519  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  22534904 ctgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagc 22535003  T
Q  520 tttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  22535004 tttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 22535081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 302
Target Start/End: Original strand, 22533024 - 22533312
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  22533024 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgaatacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 22533123  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  22533124 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcga----ag 22533219  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttca 302  Q
    |||||||||  |  | |  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  22533220 tgtaagaca-aacttattcttaccttgaaatatgggtacaacctattgttgttacgtatctctgaaggcacttgtgttccatcaggttgtttca 22533312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 109 - 158
Target Start/End: Original strand, 21267383 - 21267432
Alignment:
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcct 158  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  21267383 tggtacttttacacgaacatgtgtacaatcaattgctccaacgcagtcct 21267432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 20984843 - 20984260
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  20984843 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 20984744  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  20984743 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 20984648  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||     
T  20984647 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatt 20984549  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  20984548 tgtcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 20984449  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20984448 gttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 20984349  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  20984348 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 20984260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 49366890 - 49367474
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  49366890 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 49366989  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  49366990 tggaactttgacacgtatatgtgtacggtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 49367085  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacct-attgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaat 307  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  49367086 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaaccttattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaat 49367184  T
Q  308 atcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctca 407  Q
     |  | ||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  49367185 ttgtcttccaattctatcaaagtatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctga 49367284  T
Q  408 cattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaa 507  Q
    | |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49367285 cgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaa 49367384  T
Q  508 gtttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  49367385 gtttacgaaagctttgggactcatacaaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 49367474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 8407290 - 8407250
Alignment:
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaa 149  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8407290 tggtacttttacacgaacatgtgtacaatcaattgctccaa 8407250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 13190242 - 13190825
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  13190242 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 13190341  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| || ||||| |     |    
T  13190342 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataatttattgaa----g 13190437  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    ||||||| |   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||     
T  13190438 tgtaagaaaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatt 13190536  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  13190537 tgtcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 13190636  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13190637 attatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcatgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 13190736  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  13190737 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 13190825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 149
Target Start/End: Original strand, 37504046 - 37504086
Alignment:
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaa 149  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37504046 tggtacttttacacgaacatgtgtacaatcaattgctccaa 37504086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 26248134 - 26248093
Alignment:
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaat 150  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26248134 tggtacttttatacgaacatgtgtacaatcaattgctccaat 26248093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Original strand, 20716112 - 20716695
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  20716112 caaccaagacatatgtaaatttcaagtcaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 20716211  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  20716212 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 20716307  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||| |    
T  20716308 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctattgttgttacatatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaaaa 20716406  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  20716407 tttcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 20716506  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20716507 gttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 20716606  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  20716607 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 20716695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 32038308 - 32038268
Alignment:
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaa 149  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32038308 tggtacttttacacgaacatgtgtacaatcaattgctccaa 32038268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 33092753 - 33092170
Alignment:
Q  9 caaccaagacataagtaaatttcaagtcaaatgtgcattcaaccaagacattttgtgtagggtaatcttttctaccacgatatctaggtgcaagatctgc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  33092753 caaccaagacatatgtaaatttcaagccaaatgtgcacgcagcgagtacattttgtgtagggtaatcttttctaccacggtatctaggtgcaagttctgt 33092654  T
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaatacagtcctgacattcaattaacatattaaaagtgcagaacacaacttattaatatttg 208  Q
    ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||  |     |    
T  33092653 tggaactttgacacgtatatgtgtacagtcaattgctccgatacaatcctggcattcaattatcccattaaaagtgtataacataacttatcgaa----g 33092558  T
Q  209 tgtaagacacgatatctgtttaccttaaaatacgggtagaacctattgttgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaata 308  Q
    |||||||||   | | |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||     
T  33092557 tgtaagacaaact-tattcttaccttgaaatatgggtagaacctattgttgttacgtatctttggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatt 33092459  T
Q  309 tcccctccacctctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcac 408  Q
    |  | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  33092458 tgtcttccaattctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgac 33092359  T
Q  409 attatgtcctaccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaag 508  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33092358 gttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaag 33092259  T
Q  509 tttaagaaagttttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctc 597  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  33092258 tttacgaaagctttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctc 33092170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 37569067 - 37569027
Alignment:
Q  109 tggtactttaacacgcacatgtgtacaatcaattgctccaa 149  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37569067 tggtacttttacacgaacatgtgtacaatcaattgctccaa 37569027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University