View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13420_low_2 (Length: 690)

Name: NF13420_low_2
Description: NF13420
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13420_low_2
NF13420_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-671)||(43756330-43756986)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 43756986 - 43756330
Alignment:
Q  13 aagaatatggagagggaaattactgtaagagacgttaatcgctatcatagttttaaacatggtatgtgttcatgtggtgatcattggtgacgaggatgca 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  43756986 aagattatggagagggaaattactgtaagagacgttaatcgctatcatagttttaaacatggtatgtgttcatgtggcgatcattggtgacaaggatgca 43756887  T
Q  113 gtctagttgggaaaactggccaacacaattacacaacaatctctcacatcagagttttgtccaaaataattgagttcattcatccatagagcggagtcca 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43756886 gtctagttgggaaaactggccaacacaattacacaaca-tctctcacatcagagttttgtccaaaataattgagttcattcatccatagagctgagtcca 43756788  T
Q  213 tatctatatctaaatctatatgagctaatggtacaaaattgtcaaattgagtatggatatctagcactagcatttacatgtggcattgtatcattgaaat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43756787 tatctatatctaaatctatatgagctaatggtacaaaattgtcaaattgagtatggatatctagcactagcatttacatgtggcattgtatcattgaaat 43756688  T
Q  313 caataaccatgtaatgctaaatggtgcaaaattttgagaatggatatgctagcatttacttgtggctttgtacattgaaattaacaatggtgtactgttt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43756687 caataaccatgtaatgctaaatggtgcaaaattttgagaatggatatgctagcatttacttgtggctttgtacattgaaattaacaatggtgtattgttt 43756588  T
Q  413 atcaaccttagttcttatttgaaaaccgatagccccatacactttcttgcatttcgtgcatgtagttatcaannnnnnnnnggtgatagtacaaaacaat 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         ||||||||||||| |||||    
T  43756587 atcaaccttagttcttatttgaaaaccgattaccccatacactttcttgcatttcgtgcgtgtagttatcaa-ttttttttggtgatagtacaatacaat 43756489  T
Q  513 ttaagagagcatttcatacaaacattctagacctgtagnnnnnnncaaatagagttcattgcttaggtttattttcaaatgtagttcgtcgcttcaattg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43756488 ttaagagagcatttcatacaaacattctagacctgtagtttttttcaaatagagttcgttgcttaggtttattttcaaatgtagttcgtcgcttcgattg 43756389  T
Q  613 tattatcaatcatacattccagaccagtaatttaatctcacgtattcacatgtttgtat 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43756388 tattatcaatcatacattccagaccagtaatttaatctcacgtattcacatgtttgtat 43756330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University