View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13421_low_1 (Length: 602)

Name: NF13421_low_1
Description: NF13421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13421_low_1
NF13421_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-584)||(47601047-47601611)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (31-584)||(13385137-13385691)
chr5 (31-584)||(13388958-13389511)
chr5 (47-410)||(13393539-13393902)
chr5 (92-540)||(13419297-13419745)
chr5 (72-579)||(13412932-13413439)
chr5 (92-400)||(13446848-13447156)
chr5 (92-540)||(13426188-13426636)
chr5 (74-574)||(13453783-13454283)
chr5 (89-397)||(13378832-13379140)
chr5 (88-315)||(13373035-13373262)
chr5 (497-570)||(13393379-13393452)
chr5 (503-543)||(13447259-13447299)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (127-300)||(28430625-28430798)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (163-222)||(8354109-8354168)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 584
Target Start/End: Original strand, 47601047 - 47601611
Alignment:
Q  20 tttaagaatattagaatattgaactattgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgctt 119  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601047 tttaagaatattagaatgtttaactattgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgctt 47601146  T
Q  120 ctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaac 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601147 ctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagccccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaac 47601246  T
Q  220 acctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601247 acctatatgcataccaggtttatcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaa 47601346  T
Q  320 ccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtgg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601347 ccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtgg 47601446  T
Q  420 ctgtaaagcgaggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttatctccaacttt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47601447 ctgtaaagcgaggacaataactttcaagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttgtctccaacttt 47601546  T
Q  520 gaacttttctactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgtctgtatttcttat 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601547 gaacttttctactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgtctgtatttcttat 47601611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 31 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 13385691 - 13385137
Alignment:
Q  31 tagaatattgaactattgtattta-tacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttcttt 129  Q
    ||||||||||||||||| | |||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||    
T  13385691 tagaatattgaactatttttttttgtacctgcattttatcttggtcacgacttatcagaaatgaatcagctcctaagtgttcttttgcttccttttcttt 13385592  T
Q  130 gttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgc 229  Q
    | |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||     
T  13385591 gctagcagatgtactaattacggtcacattagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacaccgacatga 13385492  T
Q  230 ataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaa 329  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||| ||||    
T  13385491 agaccaggtttgtcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaa 13385392  T
Q  330 tgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtggctgt-aaagc 428  Q
    |||||||||| |||| |||  | ||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||   || |||||  ||| |  ||  | ||    
T  13385391 tgtgaaccacgaagttctcagccacaaccaatgagtcagaataacctccgtgtgtgatggttccatcacgatgcatgccaccaactgtagtagtgtatgc 13385292  T
Q  429 gaggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttatctccaactttgaacttttc 528  Q
    | || || ||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  13385291 g-gggcagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacacgatcgacatgaatcaattatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttc 13385193  T
Q  529 tactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgtctgtatttcttat 584  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13385192 tactttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtatttcttat 13385137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 31 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 13389511 - 13388958
Alignment:
Q  31 tagaatattgaactattgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttg 130  Q
    ||||| ||||||| ||| | ||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||  |||| |||||||||| ||||||    
T  13389511 tagaaaattgaacaattttttttgtacctgcattttctcttggtcacgacttatcagaaatgaatcggctcctaagtgttctattgcttctttctctttg 13389412  T
Q  131 ttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgca 230  Q
    || |||||||||||||| || || ||| | |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |    
T  13389411 ttgggtgatgtactaatcactgttacaatcgcaccaaatgctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacacctatacgaa 13389312  T
Q  231 taccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaat 330  Q
     ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  13389311 gaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaat 13389212  T
Q  331 gtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtggctgtaaagcga 430  Q
    ||||||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||   |||||        
T  13389211 gtgaaccacgaagttctcatctgcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtg 13389112  T
Q  431 ggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttatctccaactttgaacttttcta 530  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||  |||||||| | |||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13389111 ggacagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacatgatcgacatgaatcaaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttcta 13389012  T
Q  531 ctttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgtctgtatttcttat 584  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13389011 ctttgcttcccacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtatttattat 13388958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 47 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 13393902 - 13393539
Alignment:
Q  47 tgtatttatacttgcatcttatcttggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaa 146  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |  |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13393902 tgtatttgtacctgcattttatcttggtcatgacttataagaaatgaatcagctcctaggttttctattgcttctttctctttgttgggtgatgtactaa 13393803  T
Q  147 ttacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgag 246  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  13393802 ttactgttacattagctccaaaagcttttgcaaacttcacacccaagtgaccaagtccaccaagaccaacaatacctatattcataccaggcttgtcgag 13393703  T
Q  247 tccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgc 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| || ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  13393702 tccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagaggagcagcagattcaagtggtaagccatcaggaatgtgaactataaagtgc 13393603  T
Q  347 tcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcac 410  Q
    || ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | |||||||  ||||||||||    
T  13393602 tcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgatgcttccatcactgtatttggcac 13393539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 92 - 540
Target Start/End: Original strand, 13419297 - 13419745
Alignment:
Q  92 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagcca 191  Q
    ||||||||||| |||  |||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||    
T  13419297 gagtcagctcccaagtgttctattgcttccttttctttgtgaggcgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagcttttgcaaatttcacagcca 13419396  T
Q  192 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 291  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  13419397 tatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaag 13419496  T
Q  292 aagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtg 391  Q
    ||||||| | | ||| ||||| || || | ||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||    
T  13419497 aagaggaccggcagcatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtg 13419596  T
Q  392 ccatcacgatatttggcaccacatgtggctgtaaagcgaggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatga 491  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| |||||||    || || ||| | || ||||  |||||||||||||| || || |  |||||||| | ||||     
T  13419597 ccatcacgatactttgcaccacatgtgactgtaaatgttgggcagtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgt 13419696  T
Q  492 agccaacacccactttatctccaactttgaacttttctactttgcttcc 540  Q
    | || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13419697 atcccacaccaactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttcc 13419745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 72 - 579
Target Start/End: Original strand, 13412932 - 13413439
Alignment:
Q  72 ggtcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagc 171  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  13412932 ggtcactacttatcagaaatgaatcagctcctaagtgttctattgcttccttttctttgttaggcgatgtactaattacggtaacattagcaccgaaagc 13413031  T
Q  172 tttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatac 271  Q
    ||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  13413032 tttggcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgtaaaccaggcttatcgagtccaaaaaatcgaagaggactatat 13413131  T
Q  272 actgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagt 371  Q
    || |||| ||| |||||||| |||||| ||| |  |||||| || |     || |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13413132 acggtgacaccagcacaaaggagaggaccagcaaattcaagaggtatgttgtcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagt 13413231  T
Q  372 aacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtggctgtaaagcgaggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacga 471  Q
    ||||||| || |||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||    || || ||| | || ||||| |||  ||||| ||| || ||    
T  13413232 aacctccataagtgacggttccatcacgatacttggcaccacatgtgactacaaatttggggcagtaattctcaagattgtcattacaatcttggcatga 13413331  T
Q  472 tctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttatctccaactttgaacttttctactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgt 571  Q
    ||  |||||||| |||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||||||||  ||| ||||||     
T  13413332 tcgacatgaatcaatcaagtagccaacacctactttgtctccaactttaaacttctccactttgcttcctacttctgttactatacccgcaagctcatgc 13413431  T
Q  572 ctgtattt 579  Q
    ||||||||    
T  13413432 ctgtattt 13413439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 92 - 400
Target Start/End: Original strand, 13446848 - 13447156
Alignment:
Q  92 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagcca 191  Q
    ||||| |||||||||  |||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  13446848 gagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacggtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagcca 13446947  T
Q  192 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 291  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  13446948 tatgaccaagtccaccaagaccaacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 13447047  T
Q  292 aagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtg 391  Q
    ||||||| | | | | ||||| || || | ||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || ||| | |||    
T  13447048 aagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtg 13447147  T
Q  392 ccatcacga 400  Q
    |||||||||    
T  13447148 ccatcacga 13447156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 92 - 540
Target Start/End: Original strand, 13426188 - 13426636
Alignment:
Q  92 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagcca 191  Q
    ||||||||||||||   |||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||    
T  13426188 gagtcagctcctaaatgttctatcgcttccttttctttgctaggcgatgtactaattactgttacattagcaccaaaagctttggcgaatttcacagcca 13426287  T
Q  192 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 291  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  13426288 tatgaccaagtccaccaagaccaacaacgcctatattcataccaggcttgtcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 13426387  T
Q  292 aagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtg 391  Q
    ||||||| | | | | ||||| || || | ||| |||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||  | ||    
T  13426388 aagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcatctgcaaccattgagtcggaataacctccatatgtgacgctg 13426487  T
Q  392 ccatcacgatatttggcaccacatgtggctgtaaagcgaggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatga 491  Q
    ||||||||||| || |||||||||||  ||||     | || || ||| | || |||| ||| ||||||||||  || || |  |||||||| | ||||     
T  13426488 ccatcacgatacttagcaccacatgtaactgtttgttgggggcagtaattctcaagatcttccgcacaattttcgcatgaacgacatgaatcaaccatgt 13426587  T
Q  492 agccaacacccactttatctccaactttgaacttttctactttgcttcc 540  Q
    | || || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13426588 atcccactcctactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttcc 13426636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 74 - 574
Target Start/End: Original strand, 13453783 - 13454283
Alignment:
Q  74 tcacgacttatcaaaaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctt 173  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||  ||||  |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13453783 tcacggcttattagaaatgagtccgctcgtaagtgttctaatgcttccttttcctttttaggtgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagctt 13453882  T
Q  174 tagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacac 273  Q
    | || || || || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  13453883 tggcgaatttcacggccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatatcaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatac 13453982  T
Q  274 tgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaa 373  Q
     || || || |||||||| ||||||||||  || ||||| || ||   ||| |||||| ||| |||||||||||||||   |||||||||||||||| |     
T  13453983 ggttatcccagcacaaaggagaggagcagctgcatcaagaggtaactgatctggaatgcgaaacacaaagtgctcgtcggaaaccattgagtcagagaag 13454082  T
Q  374 cctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtggctgtaaagcgaggacaataactttcgagattttcagcacaattttgacacgatc 473  Q
    ||||| |  ||| |||| |||||||  ||||||| ||||   |||  ||| ||  | ||||| ||| | || ||||| ||| ||||||||||||| ||      
T  13454083 cctccatgagtgctggttccatcactgtatttggaaccatcagtgagtgtcaattggggacagtaattctcaagattatcaacacaattttgacatgagt 13454182  T
Q  474 tgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttatctccaactttgaacttttctactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatgtct 573  Q
      || ||||| | || | | || ||||| ||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  13454183 gacaagaatcaaccaagcatcccacacctactctgtctccaactttgaactttttcactttgcttcccacttctgtaactatgccaacaatttcatgtct 13454282  T
Q  574 g 574  Q
    |    
T  13454283 g 13454283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 89 - 397
Target Start/End: Original strand, 13378832 - 13379140
Alignment:
Q  89 aatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacag 188  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | ||||| || | ||||||||| || ||||| |  ||||| || ||| ||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  13378832 aatgagtcagctcctaagcgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacag 13378931  T
Q  189 ccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcaca 288  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| |   |  || |||||||||||||| || |||||    
T  13378932 ccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtcaaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcaca 13379031  T
Q  289 aagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtg 388  Q
    ||| |||||||| | ||| |||||||  ||  ||||||||||  | || | |||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||| |     
T  13379032 aaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgata 13379131  T
Q  389 gtgccatca 397  Q
    |||||||||    
T  13379132 gtgccatca 13379140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 88 - 315
Target Start/End: Original strand, 13373035 - 13373262
Alignment:
Q  88 aaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaaca 187  Q
    |||||||||||||||||||  |||  | ||||| || | ||||||||| || || || || || || |||||||||||||||||||| | ||| || |||    
T  13373035 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtgcttatcactgttacattagcaccaaaagctttggtaaatttcaca 13373134  T
Q  188 gccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcac 287  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| | ||| | |||||| ||||  ||||||||||||   | ||| ||||| |||||||| || ||||    
T  13373135 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacccacatgtaaaccaggcttgttaagtccaaaatatttcaaagggctatatactgtgatccccgcac 13373234  T
Q  288 aaagaagaggagcagtagcttcaagtgg 315  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||    
T  13373235 aaagaagaggagcagcggcatcaagtgg 13373262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 497 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 13393452 - 13393379
Alignment:
Q  497 acacccactttatctccaactttgaacttttctactttgcttcccacttttgtcactataccaacaatctcatg 570  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||| ||||||||||    
T  13393452 acacccactttgtctccaattttgaacttctctactttgcttcctacctccgtcactataccagcaatctcatg 13393379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 503 - 543
Target Start/End: Original strand, 13447259 - 13447299
Alignment:
Q  503 actttatctccaactttgaacttttctactttgcttcccac 543  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  13447259 actttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccac 13447299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 127 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 28430798 - 28430625
Alignment:
Q  127 tttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagcaccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctata 226  Q
    ||||||||| || || ||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  28430798 tttgttaggagaagtgctaatcactgttaccttagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaaccacacctaat 28430699  T
Q  227 tgcataccaggtttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagc 300  Q
    ||||    |||||| || ||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| ||||| || || ||||||||    
T  28430698 tgcaagttaggtttatcaagtccaaaatatttcaaagggctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagc 28430625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8354168 - 8354109
Alignment:
Q  163 accaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacc 222  Q
    |||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  8354168 accaaatgctttaccaaattttacagccatgtgaccaagtcctcccaaaccaacaacacc 8354109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University