View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13424_low_12 (Length: 265)

Name: NF13424_low_12
Description: NF13424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13424_low_12
NF13424_low_12
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-253)||(39399044-39399296)
chr3 (1-192)||(38175708-38175898)
chr3 (79-236)||(9105275-9105433)
chr3 (81-236)||(11004404-11004560)
chr3 (84-236)||(21847109-21847264)
chr3 (84-236)||(21850199-21850354)
chr3 (84-236)||(54171924-54172081)
chr3 (127-236)||(9697586-9697697)
chr3 (84-236)||(54167344-54167501)
chr3 (84-236)||(43547723-43547878)
chr3 (174-236)||(43554292-43554355)
chr3 (79-167)||(755899-755989)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (27-236)||(10504436-10504644)
chr1 (133-236)||(16588532-16588635)
chr1 (84-237)||(39793830-39793984)
chr1 (84-236)||(43591825-43591978)
chr1 (175-237)||(26311521-26311583)
chr1 (175-236)||(26316013-26316074)
chr1 (79-167)||(17459040-17459127)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (21-236)||(10277204-10277418)
chr5 (22-236)||(10274546-10274759)
chr5 (84-236)||(30695293-30695446)
chr5 (84-237)||(16794107-16794265)
chr5 (84-236)||(7099374-7099531)
chr5 (84-236)||(7103943-7104100)
chr5 (84-236)||(12018731-12018888)
chr5 (84-236)||(12023289-12023446)
chr5 (84-236)||(16798669-16798826)
chr5 (89-236)||(32485994-32486143)
chr5 (133-236)||(40371789-40371892)
chr5 (84-237)||(19502306-19502462)
chr5 (84-216)||(43384972-43385105)
chr5 (79-188)||(20830327-20830437)
chr5 (159-236)||(40367680-40367757)
chr5 (79-236)||(26336804-26336964)
chr5 (147-236)||(37682036-37682127)
chr5 (159-236)||(36632314-36632391)
chr5 (177-237)||(37658731-37658792)
chr5 (133-188)||(20808694-20808749)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (27-236)||(35950387-35950595)
chr2 (1-236)||(41093824-41094059)
chr2 (81-238)||(8050837-8050995)
chr2 (84-236)||(8055392-8055545)
chr2 (84-236)||(36670503-36670660)
chr2 (84-236)||(36675051-36675208)
chr2 (84-236)||(12999468-12999622)
chr2 (159-236)||(6463506-6463583)
chr2 (80-167)||(34590284-34590370)
chr2 (181-236)||(13271075-13271131)
chr2 (136-223)||(29767953-29768041)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (40-236)||(31359151-31359347)
chr4 (27-236)||(49274461-49274668)
chr4 (6-236)||(31354678-31354905)
chr4 (43-236)||(41884925-41885117)
chr4 (84-236)||(53722007-53722160)
chr4 (79-236)||(8892619-8892778)
chr4 (79-236)||(10317062-10317220)
chr4 (84-236)||(31670090-31670244)
chr4 (84-237)||(3770841-3770999)
chr4 (84-237)||(44147022-44147180)
chr4 (84-236)||(44151558-44151715)
chr4 (127-236)||(27186142-27186255)
chr4 (147-229)||(43683731-43683813)
chr4 (79-202)||(53785880-53786004)
chr4 (178-236)||(50628029-50628087)
chr4 (84-153)||(50627946-50628016)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (46-198)||(6440827-6440979)
chr6 (84-236)||(17096278-17096431)
chr6 (84-236)||(27552114-27552267)
chr6 (84-236)||(8315507-8315661)
chr6 (88-236)||(8320050-8320199)
chr6 (147-236)||(27574795-27574884)
chr6 (84-237)||(17895727-17895882)
chr6 (84-236)||(17779914-17780068)
chr6 (84-236)||(14531791-14531945)
chr6 (158-236)||(17886921-17887000)
chr6 (51-200)||(2933197-2933346)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (84-236)||(28644562-28644715)
chr8 (5-117)||(11032659-11032769)
chr8 (84-236)||(42234698-42234851)
chr8 (84-236)||(43807485-43807640)
chr8 (84-236)||(43812044-43812199)
chr8 (81-236)||(30410330-30410486)
chr8 (84-237)||(33071917-33072071)
chr8 (84-236)||(197684-197841)
chr8 (84-236)||(202202-202359)
chr8 (84-236)||(312521-312678)
chr8 (84-236)||(317039-317196)
chr8 (175-236)||(38757003-38757064)
chr8 (136-236)||(41949802-41949902)
chr8 (159-236)||(41945339-41945416)
chr8 (80-208)||(27435190-27435314)
chr8 (194-236)||(30405918-30405960)
chr8 (81-184)||(30405821-30405925)
chr8 (84-117)||(1286739-1286772)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (84-236)||(27761397-27761550)
chr7 (83-236)||(35705634-35705789)
chr7 (84-237)||(27756845-27756999)
chr7 (84-237)||(7944636-7944794)
chr7 (84-236)||(7940083-7940240)
chr7 (127-230)||(47419626-47419729)
chr7 (84-236)||(22901154-22901309)
chr7 (159-236)||(7466591-7466669)
chr7 (88-224)||(37355573-37355710)
chr7 (79-224)||(13828101-13828248)
chr7 (84-223)||(733670-733811)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (84-237)||(49445-49603)
scaffold0044 (84-236)||(44865-45022)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (84-236)||(2980-3137)
scaffold0440 (84-236)||(7506-7662)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (105-234)||(60171-60302)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 39399044 - 39399296
Alignment:
Q  1 tatgtgattgatgaaaattgattgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39399044 tatgtgattgatgaaaattgattgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaag 39399143  T
Q  101 ctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39399144 ctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgatt 39399243  T
Q  201 atcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaggaccaacatgtatatt 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39399244 atcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaggaccaacatgtatatt 39399296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Original strand, 38175708 - 38175898
Alignment:
Q  1 tatgtgattgatgaaaattgattgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  38175708 tatgtgattgatgaaaattgatgtaatatttaaaaagtaacaa-atgtacaagagtttagcttatatatacaaacttggttaggttgcttgaagtacaag 38175806  T
Q  101 ctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaa 192  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38175807 ctaagtaacaaaccctaatcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccactaa 38175898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 79 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 9105433 - 9105275
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat 177  Q
    |||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  | ||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| || | ||||    
T  9105433 gttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaat 9105334  T
Q  178 gtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105333 gtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9105275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 81 - 236
Target Start/End: Original strand, 11004404 - 11004560
Alignment:
Q  81 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 179  Q
    |||||||||||||| |||| | | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  11004404 taggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 11004503  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004504 gattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 11004560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 21847264 - 21847109
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || ||||||    
T  21847264 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgat 21847165  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21847164 taaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21847109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 21850354 - 21850199
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || ||||||    
T  21850354 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgat 21850255  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21850254 taaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21850199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172081
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54172081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 127 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 9697697 - 9697586
Alignment:
Q  127 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaat-ctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaa 224  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9697697 gctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaa 9697598  T
Q  225 aacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||||    
T  9697597 aacaaactaaca 9697586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167501
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  | ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54167501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 43547878 - 43547723
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaact-gaatctaaatgtga 181  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  | ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  || | |||||| |    
T  43547878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaa 43547779  T
Q  182 ttaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43547778 ttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43547723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 43554355 - 43554292
Alignment:
Q  174 aaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43554355 aaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 43554292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 755989 - 755899
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaacc--ttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaact 167  Q
    ||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||  |||| || ||  ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  755989 gttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttattagttacactctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaact 755899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 27 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10504644 - 10504436
Alignment:
Q  27 tattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatga 126  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504644 tattgaagtagtaaaa-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatga 10504546  T
Q  127 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504545 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 10504446  T
Q  227 caaactaaca 236  Q
    ||||||||||    
T  10504445 caaactaaca 10504436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 133 - 236
Target Start/End: Original strand, 16588532 - 16588635
Alignment:
Q  133 ctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaact 232  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588532 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccacttattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaact 16588631  T
Q  233 aaca 236  Q
    ||||    
T  16588632 aaca 16588635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 39793984 - 39793830
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||| |||    
T  39793984 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgagat 39793885  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793884 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 39793830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 43591825 - 43591978
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |  ||||  ||||| ||||||| |  |||||||||| ||||||||||||| ||   || || |||    
T  43591825 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagattttatttgctaacctctaacaatattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgat 43591924  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591925 taatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 43591978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26311583 - 26311521
Alignment:
Q  175 aatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311583 aatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 26311521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 175 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 26316074 - 26316013
Alignment:
Q  175 aatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316074 aatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26316013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 167
Target Start/End: Original strand, 17459040 - 17459127
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaact 167  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||  |||||| ||||||||    
T  17459040 gttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactaaataagctattctccaacaaacttgtaac-taattcaaaacaaact 17459127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 21 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10277418 - 10277204
Alignment:
Q  21 attgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaacc 120  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  10277418 attgtatattgaagtagtgaaa-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttaaaatacaagctaagtaacaaaccctaacc 10277320  T
Q  121 ttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10277319 ttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaa 10277220  T
Q  221 ttaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||||||||    
T  10277219 ttaaaacaaactaaca 10277204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 22 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10274759 - 10274546
Alignment:
Q  22 ttgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaacct 121  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10274759 ttgtatattgaagtagtgaaa-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaaataacaaaccctaacct 10274661  T
Q  122 tatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10274660 tatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccattaattgtgattatcactaaactaaacttgaat 10274561  T
Q  222 taaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||||||||    
T  10274560 taaaacaaactaaca 10274546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 30695446 - 30695293
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  30695446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 30695347  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695346 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30695293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794107
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 16794107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099531
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7099531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104100
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7104100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018731
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12018731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023289
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12023289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798669
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16798669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Original strand, 32485994 - 32486143
Alignment:
Q  89 ttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaacc 187  Q
    |||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||| |    
T  32485994 ttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatc 32486093  T
Q  188 actaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486094 attgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 32486143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 133 - 236
Target Start/End: Original strand, 40371789 - 40371892
Alignment:
Q  133 ctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaact 232  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371789 ctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaact 40371888  T
Q  233 aaca 236  Q
    ||||    
T  40371889 aaca 40371892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 19502462 - 19502306
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtga- 181  Q
    ||||||||||| |||| | | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||     
T  19502462 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttattttctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 19502363  T
Q  182 ttaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19502362 ttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaacag 19502306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 84 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 43385105 - 43384972
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||| | | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||   |||||||||    
T  43385105 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagcaaatgtgat 43385006  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaact 216  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43385005 taaccactaattatgattatcactaaactaaact 43384972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 79 - 188
Target Start/End: Original strand, 20830327 - 20830437
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat 177  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||  | |||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20830327 gttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactgaaactaaat 20830426  T
Q  178 gtgattaacca 188  Q
    |||||||||||    
T  20830427 gtgattaacca 20830437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 159 - 236
Target Start/End: Original strand, 40367680 - 40367757
Alignment:
Q  159 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40367680 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40367757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 236
Target Start/End: Original strand, 26336804 - 26336964
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaat-ctaaa 176  Q
    |||| ||||||||||| |||| | | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||| |||||||||  |||||||||||| ||  | |||    
T  26336804 gttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaa 26336903  T
Q  177 tgtgattaaccactaattgtgattatcactaaact-aaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  26336904 tgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaaaacaaactaaca 26336964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 147 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 37682127 - 37682036
Alignment:
Q  147 taacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||| ||||||||||||| || | || | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37682127 taacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37682036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 159 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 36632391 - 36632314
Alignment:
Q  159 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| || | || ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632391 taacaaactaaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 177 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 37658792 - 37658731
Alignment:
Q  177 tgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37658792 tgtgattaaccactgattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 37658731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 188
Target Start/End: Original strand, 20808694 - 20808749
Alignment:
Q  133 ctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaacca 188  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20808694 ctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 20808749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 27 - 236
Target Start/End: Original strand, 35950387 - 35950595
Alignment:
Q  27 tattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatga 126  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35950387 tattgaagtagtaaag-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttacga 35950485  T
Q  127 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35950486 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 35950585  T
Q  227 caaactaaca 236  Q
    ||||||||||    
T  35950586 caaactaaca 35950595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41094059 - 41093824
Alignment:
Q  1 tatgtgattgatgaaaat-tgattgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaa 99  Q
    |||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  41094059 tatgtgattgctgaaaaaatgaatgtatattgaagtagtaaaa-tatgtacaagagtttagcttatatacacaaacttgattaggttgcttgaagtacaa 41093961  T
Q  100 gctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41093960 gctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatatgattaatcactaattgtgat 41093861  T
Q  200 tatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41093860 tatcactaaactaaatttgaattaaaacaaaccaaca 41093824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 81 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8050995 - 8050837
Alignment:
Q  81 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 179  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||    |||||    
T  8050995 taggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaatagaatgt 8050896  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacagg 238  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050895 gattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacagg 8050837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 8055545 - 8055392
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||    ||||||||    
T  8055545 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgat 8055446  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055445 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8055392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670503
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36670503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675051
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36675051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 12999468 - 12999622
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||  | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  12999468 gttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 12999567  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999568 taaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 12999622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 159 - 236
Target Start/End: Original strand, 6463506 - 6463583
Alignment:
Q  159 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6463506 taacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaagacaaactaaca 6463583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 80 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 34590370 - 34590284
Alignment:
Q  80 ttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaact 167  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||  |||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  34590370 ttaggttgcttaaagcacaagctatataacaaaccctaactctatatgctaatctctaacaaacttgtaac-aaattcataacaaact 34590284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 236
Target Start/End: Original strand, 13271075 - 13271131
Alignment:
Q  181 attaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13271075 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 13271131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 136 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29768041 - 29767953
Alignment:
Q  136 taactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccact-aattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 223  Q
    |||| ||||||||||||| || | |||||||| || | || |||||| || || | |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29768041 taaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaatta 29767953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 40 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 31359347 - 31359151
Alignment:
Q  40 aaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaac 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359347 aaaatatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaac 31359248  T
Q  140 taacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359247 taacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcattaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 31359151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 27 - 236
Target Start/End: Original strand, 49274461 - 49274668
Alignment:
Q  27 tattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatga 126  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49274461 tattgaagtagtaaca-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatga 49274559  T
Q  127 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49274560 gctaatctctaactaacttgtaac-aaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattatgatcatcactaaactaaacttgaattaaaa 49274658  T
Q  227 caaactaaca 236  Q
    ||||||||||    
T  49274659 caaactaaca 49274668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 6 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 31354905 - 31354678
Alignment:
Q  6 gattgatgaaaattgattgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaag 105  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31354905 gattgatgaaa-ttgaatgtatatttaagttgtaaaa-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgacgtacaagctaag 31354808  T
Q  106 taacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcac 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31354807 taacaaaccctaaccttatgagctaatccctaagtaacttgtaacaaaattcataac-aactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtaattatcac 31354709  T
Q  206 taaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31354708 taaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 31354678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41885117 - 41884925
Alignment:
Q  43 atatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaa 142  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41885117 atatgtacaagagtttagtttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaatcttatgagctaatctctaactaa 41885018  T
Q  143 cttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41885017 cttgtaac-aaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaaccaaca 41884925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 53722160 - 53722007
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  53722160 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 53722061  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722060 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 53722007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 79 - 236
Target Start/End: Original strand, 8892619 - 8892778
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat 177  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || | ||||    
T  8892619 gttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctctaacaaatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaat 8892718  T
Q  178 gtgattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892719 gtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8892778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 79 - 236
Target Start/End: Original strand, 10317062 - 10317220
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat 177  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  | | || |    
T  10317062 gttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagt 10317161  T
Q  178 gtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317162 gtgattaatcactgattgtgattataactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10317220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 31670244 - 31670090
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| | |||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || ||||||    
T  31670244 gttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgat 31670145  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670144 taaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 31670090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770841
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 3770841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147022
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 44147022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151558
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 127 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27186255 - 27186142
Alignment:
Q  127 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaa-ctgaat--ctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt 222  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||   | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27186255 gctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt 27186156  T
Q  223 aaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||||||    
T  27186155 aaaacaaactaaca 27186142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 229
Target Start/End: Original strand, 43683731 - 43683813
Alignment:
Q  147 taacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaa 229  Q
    ||||||| ||||||||||||| || | || ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43683731 taacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaataaacttgaattaaaacaa 43683813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 79 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 53786004 - 53785880
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaa--tctaaa 176  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| | |||||| |||||||||| |||||| ||||||||  ||   |||||    
T  53786004 gttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactatataagctagtttctaacaaacttgtaac-aaattcttaacaaacaaaaacactaaa 53785906  T
Q  177 tgtgattaaccactaattgtgattat 202  Q
    |||||||||||||| | |||||||||    
T  53785905 tgtgattaaccactgagtgtgattat 53785880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 178 - 236
Target Start/End: Original strand, 50628029 - 50628087
Alignment:
Q  178 gtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  50628029 gtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaaaacaaactaaca 50628087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 153
Target Start/End: Original strand, 50627946 - 50628016
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa 153  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  50627946 gttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaa 50628016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 46 - 198
Target Start/End: Original strand, 6440827 - 6440979
Alignment:
Q  46 tgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaactt 145  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6440827 tgtactagattttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaactt 6440926  T
Q  146 gtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtga 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6440927 gtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtga 6440979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 17096278 - 17096431
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||  || | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  17096278 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 17096377  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096378 taatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17096431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 27552114 - 27552267
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  | |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  27552114 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaacaaacctgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 27552213  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552214 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27552267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 8315507 - 8315661
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtga 181  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  8315507 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 8315606  T
Q  182 ttaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315607 ttaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8315661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 88 - 236
Target Start/End: Original strand, 8320050 - 8320199
Alignment:
Q  88 cttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaac 186  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  | ||||||||||    
T  8320050 cttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaac 8320149  T
Q  187 cactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320150 cactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8320199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 147 - 236
Target Start/End: Original strand, 27574795 - 27574884
Alignment:
Q  147 taacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574795 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27574884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Original strand, 17895727 - 17895882
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||  ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||   |||||||||    
T  17895727 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgat 17895826  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895827 taatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 17895882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 17780068 - 17779914
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac-cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||  |||||   |||  ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  17780068 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaacaaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 17779969  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 236  Q
    ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17779968 taatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattcaaaacaaactaaca 17779914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 14531791 - 14531945
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||| || | |||||||||    
T  14531791 gttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgat 14531890  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||| || | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14531891 taatcattgattgtgattataactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 14531945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 236
Target Start/End: Original strand, 17886921 - 17887000
Alignment:
Q  158 ataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||| || | |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886921 ataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17887000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 2933346 - 2933197
Alignment:
Q  51 aagagtttagcttatata-tacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaa 149  Q
    |||||||||||||||||| || ||  || ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||  ||| | ||| | ||| || |||||||||    
T  2933346 aagagtttagcttatatactagaa--ttagttagattgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccttaactctataaactagtttcttacaaacttgtaa 2933249  T
Q  150 caaaattcataacaaactgaa--tctaaatgtgattaaccactaattgtgatt 200  Q
    | |||||||||||||||  ||   || |||||||||||||||||| |||||||    
T  2933248 c-aaattcataacaaacacaaacacttaatgtgattaaccactaagtgtgatt 2933197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 28644715 - 28644562
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||    
T  28644715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgat 28644616  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644615 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 28644562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 11032769 - 11032659
Alignment:
Q  5 tgattgatgaaaattgattgtatattgaagtagtaaaaatatgtacaagagtttagcttatatatacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaa 104  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11032769 tgattgatgaaa-ttgaatgtatattgaagtagtaaca-tatgtacaagagtttagcttatatacacaagtttggttaggttgcttgaagtacaagctaa 11032672  T
Q  105 gtaacaaacccta 117  Q
    |||||||||||||    
T  11032671 gtaacaaacccta 11032659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 42234698 - 42234851
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || ||||||    
T  42234698 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgat 42234797  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234798 taatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 42234851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807640
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtg 180  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  181 attaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43807585 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43807640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812199
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtg 180  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  181 attaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43812144 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43812199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 81 - 236
Target Start/End: Original strand, 30410330 - 30410486
Alignment:
Q  81 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 179  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | || |  |||||    
T  30410330 taggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaattaaaacagaatgt 30410429  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410430 gattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30410486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33072071 - 33071917
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||   || ||||||    
T  33072071 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctccaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgat 33071972  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33071971 taatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 33071917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197841
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 197841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202359
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 202359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312678
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 312678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317196
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 317196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 175 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 38757064 - 38757003
Alignment:
Q  175 aatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757064 aatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 38757003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 136 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41949902 - 41949802
Alignment:
Q  136 taactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 235  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||| || |  | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  41949902 taaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacagagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaagcttgaattaaaagaaactaac 41949803  T
Q  236 a 236  Q
    |    
T  41949802 a 41949802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 159 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41945416 - 41945339
Alignment:
Q  159 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| || | || ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41945416 taacaaactaaaacaaagtgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 41945339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 80 - 208
Target Start/End: Original strand, 27435190 - 27435314
Alignment:
Q  80 ttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaaccttatgagctaatctctaactaacttgtaacaa-aattcataacaaactgaatcta-aat 177  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||      | |||||||||||| || |||||||||||| || | | |||    
T  27435190 ttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactctatgtgctaat------caaacttgtaacaataactcataacaaactaaaacaataat 27435283  T
Q  178 gtgattaaccactaattgtgattatcactaa 208  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  27435284 gtgattaaccactaagtgagattatcactaa 27435314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 236
Target Start/End: Original strand, 30405918 - 30405960
Alignment:
Q  194 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405918 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30405960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 81 - 184
Target Start/End: Original strand, 30405821 - 30405925
Alignment:
Q  81 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 179  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||||    
T  30405821 taggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgt 30405920  T
Q  180 gatta 184  Q
    |||||    
T  30405921 gatta 30405925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 1286772 - 1286739
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1286772 gttgcttgaagtacaagcaaagtaacaaacccta 1286739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27761550 - 27761397
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   | || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||    
T  27761550 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgat 27761451  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761450 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27761397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 83 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 35705789 - 35705634
Alignment:
Q  83 ggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataa-caaactgaatctaaatgtg 180  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||| || | |||||||    
T  35705789 ggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactccataaacaaactaaaacaaaatgtg 35705690  T
Q  181 attaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705689 attaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 35705634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 27756999 - 27756845
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   | || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||| |||    
T  27756999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgat 27756900  T
Q  183 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756899 taaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 27756845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944794
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 7944794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940240
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7940240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 127 - 230
Target Start/End: Original strand, 47419626 - 47419729
Alignment:
Q  127 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 226  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419626 gctaacctctaagaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaa 47419725  T
Q  227 caaa 230  Q
    ||||    
T  47419726 caaa 47419729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22901309 - 22901154
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtga 181  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  22901309 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 22901210  T
Q  182 ttaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901209 ttaaccactgattgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaaca 22901154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 159 - 236
Target Start/End: Original strand, 7466591 - 7466669
Alignment:
Q  159 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7466591 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7466669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37355710 - 37355573
Alignment:
Q  88 cttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaacct-tatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatcta-aatgtgattaa 185  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||   ||  |||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||| || | | ||| |||||||    
T  37355710 cttgaagtacaagtaaagtaacaaaccctaacaaatacaagctaatctctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaaagcaataatatgattaa 37355611  T
Q  186 ccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaa 224  Q
    ||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  37355610 ccactaagtgtgattatcact-aggtaaacttgaattaa 37355573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 224
Target Start/End: Original strand, 13828101 - 13828248
Alignment:
Q  79 gttaggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaacc-ttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat 177  Q
    ||||||| |||||||| |||||| | |||||| ||||||||  |||| || ||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||  |||  ||||    
T  13828101 gttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacagaccctaactattattagatacactctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaacaaaatgaaaat 13828200  T
Q  178 gtgattaacc-actaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaa 224  Q
    |||||||||| |||||   |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13828201 gtgattaaccaactaaacatgattatcactaaggtaaacttgaattaa 13828248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 223
Target Start/End: Original strand, 733670 - 733811
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 182  Q
    |||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| | |  | |||||||    
T  733670 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaaattgtaacaaatttcataacaaactaactgaatatgtgat 733769  T
Q  183 taacca-ctaattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 223  Q
    ||||||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  733770 taaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 733811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 237
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49603
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacag 49603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45022
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 45022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2980
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgt 179  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  180 gattaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 2980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 84 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7506
Alignment:
Q  84 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaaccctaac---cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtg 180  Q
    ||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||   |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || ||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  181 attaaccactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 236  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7562 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 105 - 234
Target Start/End: Original strand, 60171 - 60302
Alignment:
Q  105 gtaacaaaccctaac-cttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaact-gaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattat 202  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  60171 gtaacaaaccctgactcttatgagctaatttctaacaaactggtaacaaaatttataacaaactaaaaattaaatgtgattaatcactaattgtgattat 60270  T
Q  203 cactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 234  Q
      |  ||   ||||||||||||||||||||||    
T  60271 atcacaaagtaacttgaattaaaacaaactaa 60302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University